【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子标记辅助育种，具体涉及snp标记在鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性或苗期耐旱芥菜型油菜育种中应用。
技术介绍
1、
2、水资源短缺已成为全球性的问题，对全球农业生产具有极其严重的影响。干旱是对农作物危害最为严重的非生物胁迫之一。我国半干旱、干旱地区多。随着全球变暖，干旱问题日益突出，已成为影响我国北方地区农业生产全局性的自然灾害，而南方季节性的干旱的对农业生产的影响程度也在不断加剧。
3、油菜是我国区域分布最广、播种面积最大的油料作物，是植物油脂和植物蛋白的重要来源。多年来，我国食用油消费量一直呈快速增长态势。油菜作为小春作物，不与夏季粮食作物争地，生产面积发展潜力大，但是，近年我国油菜生产面积不升反降，除油菜生产机械化程度低、农村劳动力缺乏等客观因素外，干旱等自然灾害对油菜产量的影响也成为限制油菜产业发展的主要原因，干旱已经成为影响油菜，尤其是山区及半山区油菜产业发展的首要制约因素，提高油菜耐旱性，培育耐旱品种迫在眉睫。
4、目前，冬油菜（指生长过程中需要越冬，秋播或秋冬交际时播种至第二年春季或夏季收获的油菜。）占我国油菜生产总面积的90%以上，主要集中在长江流域、云贵高原各省，这些区域常受到干旱的危害，尤其苗期如遇干旱将严重影响后期产量，秋旱导致油菜出苗不齐及苗弱影响产量的情况在全国各油菜产区频繁发生。冬油菜是越年生作物，苗期很长，一般占整个生育期的1/2以上，苗期是油菜营养生长的关键时期，壮苗健苗是影响油菜产量的重要因素。根系对保证植物正常生长极为重要，干旱胁迫条件下发达的根系
技术实现思路
1、
2、本专利技术的目的在于提供一组检测准确高效、扩增方便稳定的snp标记，应用于鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性和/或苗期耐旱芥菜型油菜育种及种质资源改良。本专利技术同时提供扩增所述snp标记组的引物组以及利用所述引物组鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性的方法。
3、本专利技术采取的技术方案如下：
4、与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组，所述snp标记组包括snp1、snp2和snp3；所述snp1位于芥菜型油菜a06染色体1140038bp处，变异类型为c/t；所述snp2位于芥菜型油菜a06染色体1141595bp处，变异类型为c/a；所述snp3位于芥菜型油菜a06染色体1142860bp处，变异类型为a/c。
5、本专利技术所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组可应用于鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性。
6、本专利技术所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组还可应用于芥菜型油菜苗期耐旱遗传育种或种质资源改良，获得干旱胁迫下相对根鲜重高、耐旱性强的芥菜型油菜品种或品系。
7、本专利技术还提供用于扩增所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组的引物组，所述引物组包括snp1标记的引物组、snp2标记的引物组和snp3标记的引物组；
8、其中snp1标记的引物组包括上游引物seq id no.1，下游引物seq id no.2，扩增产物为299bp，snp位点位于扩增片段的第114bp；snp2标记的引物组包括上游引物seq idno.3，下游引物seq id no.4，扩增产物为270bp，snp位点位于扩增片段的第103bp；snp3标记的引物组包括上游引物seq id no.5，下游引物seq id no.6，扩增产物为211bp，snp位点位于扩增片段的第153bp；各引物序列如下：
9、seq id no.1： gctctctctccttctcacatcag；
10、seq id no.2： gtgaagactggcatggccta；
11、seq id no.3： ctgaacccgaaccaaatcca；
12、seq id no.4： agagcaggtggaagagtggt；
13、seq id no.5： taagtgttactacgacgagggtg；
14、seq id no.6： ttagatttccttattagcaggagaa。
15、本专利技术还提供利用所述snp标记组的引物组鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性的方法，其方法步骤如下：
16、（1）提取待测芥菜型油菜的基因组dna；
17、（2）以步骤（1）所述基因组dna为模板，分别利用所述snp1标记的引物组、snp2标记的引物组和snp3标记的引物组进行pcr扩增反应，获得扩增产物；
18、（3）对扩增产物进行测序，当检测到snp1的碱基为t、snp2的碱基为a、snp3的碱基为a，snp标记组成的单倍型为taa时，鉴定为芥菜型油菜苗期根部相对鲜重增加，耐旱性增强。
19、本专利技术人研究发现，芥菜型油菜bjua021322基因与芥菜型油菜干旱胁迫下的相对根鲜重及耐旱性显著相关，该基因位于a06染色体1.137mb-1.143 mb-区间，该基因区包含三个显著snp，其中snp1、snp3位于外显子上，snp2位于内含子间，这三个snp可以组成12种主要的单倍型（hap1-12），其中taa（hap1）材料在干旱胁迫下相对根鲜重及耐旱性显著高于其他单倍型材料。
20、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
21、1. 本专利技术得到的snp标记组为共显性标记，特异性、灵敏度、分辨力高；标记不受环境影响，检测准确高效、扩增方便稳定，可降低芥菜油菜苗期耐旱性材料选育的时间成本，提高不同耐旱性芥菜型油菜品种的鉴定效率，为芥菜型油菜苗期耐旱性分子标记辅助选择提供了标记资源，具有重要的实际应用价值。本专利技术对参试群体在多种环境下（干旱年份的大田、盆栽、遮雨棚内）对其耐旱性进行性进行鉴定，发现该标记均与耐旱性显著关联；可以用种子及任何类型的植物组织，检测结果准确、重复性好。
22、2. 本专利技术提供的利用所述snp标记组的引物组鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性的方法，不需要根据dna片段大小进行分型，与传统的凝胶电泳相比操作更简便、成本更低、特异性更强、稳定性更高。
23、3. 本专利技术可以有效提高耐旱型芥菜型油菜育种效率，缩短育种时间，适用于耐旱型芥菜型油菜的辅助育种及耐旱种质的筛选。
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1.与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的SNP标记组，其特征在于，所述SNP标记组包括SNP1、SNP2和SNP3；所述SNP1位于芥菜型油菜A06染色体1140038bp处，变异类型为C/T；所述SNP2位于芥菜型油菜A06染色体1141595bp处，变异类型为C/A；所述SNP3位于芥菜型油菜A06染色体1142860bp处，变异类型为A/C。
2.权利要求1所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的SNP标记组在鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性中的应用。
3.权利要求1所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的SNP标记组在芥菜型油菜苗期耐旱遗传育种或种质资源改良中的应用。
4.用于扩增权利要求1所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的SNP标记组的引物组，其特征在于，所述引物组包括SNP1标记的引物组、SNP2标记的引物组和SNP3标记的引物组；
5.利用权利要求4所述SNP标记组的引物组鉴定芥菜型油菜苗期耐旱性的方法，其特征在于，方法步骤如下：
【技术特征摘要】
1.与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组，其特征在于，所述snp标记组包括snp1、snp2和snp3；所述snp1位于芥菜型油菜a06染色体1140038bp处，变异类型为c/t；所述snp2位于芥菜型油菜a06染色体1141595bp处，变异类型为c/a；所述snp3位于芥菜型油菜a06染色体1142860bp处，变异类型为a/c。
2.权利要求1所述与芥菜型油菜苗期耐旱性相关的snp标记组在鉴定芥菜型油菜苗期耐...
【专利技术属性】
技术研发人员：原小燕，符明联，张立帆，张玉松，张云云，李根泽，何柳，罗延青，赵凯琴，田正书，李劲峰，俎峰，何晓莹，
申请(专利权)人：云南省农业科学院经济作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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