【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因工程，特别涉及用于鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496菌株的引物及其应用。
技术介绍
1、婴儿双歧杆菌(bifidobacterium infantis)是人体肠道内的一种益生菌，但随着年龄的增长会越来越少。婴儿双歧杆菌为一种益生菌，对人体健康具有生物屏障、营养作用、抗肿瘤作用、免疫增强作用、改善胃肠道功能、抗衰老等多种重要的生理功能。
2、16srdna是编码核糖体rna亚基的基因，其保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变异序列区域则能体现物种间的差异。通过pcr扩增16srdna并进行测序，将测序得到的16srdna序列在ncbi网站进行blast比对是传统的细菌测序与鉴定方式。对菌株株水平的鉴定对实际的实验应用和生产过程有着极其重要的指导作用，但传统测序方式通过pcr对微生物的16srdna进行扩增，只能对菌株种水平进行鉴定，无法精确到株水平。
技术实现思路
1、为解决上述问题，本专利技术提供用于鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496菌株的引物及其应用。
2、一方面，本专利技术提供用于鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的引物，其中，所述引物包括引物对一和引物对二；所述引物对一为27f-1492r，其包括如seq id no.1所示序列的上游引物27f和如seq id no.2所示序列的下游引物1492r：
3、seq id no.1：5’-agagtttgatcctggctcag-3’；
4、seq id n
5、所述引物对二为1496f-1496r，其包括如seq id no.3所示序列的上游引物1496f和如seq id no.4所示序列的下游引物1496r：
6、seq id no.3：5’-gagagtggcgaacgggtgag-3’；
7、seq id no.4：5’-taccttgttacgactt-3’。
8、另一方面，本专利技术提供一种鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的试剂盒，其中，所述试剂盒包含前面所述的引物。
9、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，所述试剂盒还包括阳性质控品和阴性质控品；所述阳性质控品包括婴儿双歧杆菌ylgb-1496标准质粒模板，所述阴性质控品包括婴儿双歧杆菌ylgb-1496外其他婴儿双歧杆菌标准质粒模板。
10、另一方面，本专利技术提供一种鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的方法，其中，所述方法是利用所述的引物或所述的试剂盒进行的。
11、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，所述方法包括如下步骤：
12、s1：提取含有乳酸菌的待测样品的基因组dna，以获得的基因组dna为模板，以权利要求1所述引物对一和引物对二分别进行pcr扩增，分别得到pcr扩增产物；
13、s2：序列测定：将pcr扩增产物纯化后，得到大小750bp的扩增片段，对目标扩增片段进测序；
14、s3：对扩增序列进行物种注释，得到准确的鉴定结果。
15、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，当利用所述引物对一和引物对二获得同样鉴定结果时，以鉴定结果判定所述待测样品对应的菌种；
16、当待测样品仅能在所述引物对二下鉴定为婴儿双歧杆菌，在所述引物对一鉴定下，27f端测序图片出现叠砸峰，无法得到准确检测结果，而1492r端可以得到准确检测结果时，则判定所述待测样品为婴儿双歧杆菌ylgb-1496；所述婴儿双歧杆菌ylgb-1496已在cn114223728a中公开。
17、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，所述引物在pcr反应体系中的终浓度为0.1-10μm。
18、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，所述pcr扩增的体系为：
19、。
20、优选地，所述pcr扩增的体系为：
21、
22、根据本专利技术的具体实施方案，优选地，所述pcr扩增的条件包括：
23、先将pcr扩增体系在93-95℃下预变性2-5min；
24、然后在如下的程序下进行30-40次循环：
25、93-95℃变性25-35s，57-58.5℃退火8-12s，70-75℃延伸18-22s；
26、最后70-75℃延伸3-10min。
27、另一方面，本专利技术提供所述引物或试剂盒在针对婴儿双歧杆菌ylgb-1496快速检测和验收的分析过程中应用。
28、在以27f为上游引物对婴儿双歧ylgb-1496进行测序时，会出现重叠峰，测序结果不可直接使用。将测序结果手动拼接后，在ncbi网站进行比对发现其与婴儿双歧的16srdna相似度较高。同时，利用克隆测序技术对婴儿双歧ylgb-1496进行测序，测序峰图上无重叠峰出现，在ncbi网站进行比对后确定其为婴儿双歧。继续使用27f作为上游引物对实验室保藏的其他多株婴儿双歧进行测序，发现并无重叠峰出现。此现象说明婴儿双歧ylgb-1496的基因组上存在与通用引物非特异性结合的位点。
29、本专利技术利用了现有技术中27f-1492r引物在只在扩增鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的过程中会出现的1492r端可有效测序、27f端无法有效测序的特点，针对双歧类菌属的16s测序引物，辅以新设计的1496f-1496r引物，将两种引物的测序结果进行交叉比对。从而可以低成本、快速地确定婴儿双歧杆菌ylgb-1496菌株水平的正确性，而不需要进行如全基因组测序这种成本高、耗时久的测试，更适合于菌种生产中的应用，尤其适合如菌种工厂生产质控等已知菌种范围的场合下的应用。例如在婴儿双歧杆菌ylgb-1496乳酸菌粉的生产过程中，确保菌种和菌株的正确性。例如适用于菌株生产的质控环节和菌粉验收环节，可以针对婴儿双歧杆菌ylgb-1496，以极低的成本将菌株准确性质控从种水平提升到菌株水平。
30、本专利技术相比现有技术的有益效果为：
31、1、本专利技术提供了用于婴儿双歧杆菌ylgb-1496的16s序列测序引物，解决了原有引物无法有效鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496菌株的问题；
32、2、本专利技术提供了一种婴儿双歧杆菌ylgb-1496菌株水平的快速检测方法，可准确、快速、低成本地实现婴儿双歧杆菌ylgb-1496株水平的检测鉴定，为该菌株在生产应用中的质控提供了可靠的方法基础。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.用于鉴定婴儿双歧杆菌YLGB-1496的引物，其中，所述引物包括引物对一和引物对二；所述引物对一为27F-1492R，其包括如SEQ ID NO.1所示序列的上游引物27F和如SEQ IDNO.2所示序列的下游引物1492R：
2.一种鉴定婴儿双歧杆菌YLGB-1496的试剂盒，其中，所述试剂盒包含权利要求1所述的引物。
3.根据权利要求2所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括阳性质控品和阴性质控品；所述阳性质控品包括婴儿双歧杆菌YLGB-1496标准质粒模板，所述阴性质控品包括婴儿双歧杆菌YLGB-1496外其他婴儿双歧杆菌标准质粒模板。
4.一种鉴定婴儿双歧杆菌YLGB-1496的方法，其中，所述方法是利用权利要求1所述的引物或权利要求2或3所述的试剂盒进行的。
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述方法包括如下步骤：
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中，当利用所述引物对一和引物对二获得同样鉴定结果时，以鉴定结果判定所述待测样品对应的菌种；
7.根据权利要求5或6所述的方法，其中，所述引物在PCR
8.根据权利要求5-7任一项所述的方法，其中，所述PCR扩增的体系为：
9.根据权利要求5-8任一项所述的方法，其中，所述PCR扩增的体系为：
10.根据权利要求5-9任一项所述的方法，其中，所述PCR扩增的条件包括：
...【技术特征摘要】
1.用于鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的引物，其中，所述引物包括引物对一和引物对二；所述引物对一为27f-1492r，其包括如seq id no.1所示序列的上游引物27f和如seq idno.2所示序列的下游引物1492r：
2.一种鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的试剂盒，其中，所述试剂盒包含权利要求1所述的引物。
3.根据权利要求2所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括阳性质控品和阴性质控品；所述阳性质控品包括婴儿双歧杆菌ylgb-1496标准质粒模板，所述阴性质控品包括婴儿双歧杆菌ylgb-1496外其他婴儿双歧杆菌标准质粒模板。
4.一种鉴定婴儿双歧杆菌ylgb-1496的方法，其中，所...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘福东，洪维鍊，赵雯，
申请(专利权)人：内蒙古伊利实业集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。