【技术实现步骤摘要】
本文提供的一些实施方案包括用于检测阵列上的靶配体的方法和组合物。在一些实施方案中，捕获探针特异性结合到来自样本的靶配体，确定阵列中包含捕获探针的小珠的位置，并且对小珠进行解码以识别捕获探针和样本。在一些实施方案中，条形码指示附接于小珠的捕获探针；并且索引指示小珠亚群。在一些实施方案中，条形码和索引通过测序来确定。
技术介绍
1、生物样本中存在的特定核酸序列的检测已被用作例如鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。用于检测生物样本中的特定核酸序列的常用技术是核酸测序。
2、核酸测序方法已从maxam和gilbert所使用的化学降解方法以及sanger所使用的链延长方法得到了显著发展。现在使用了允许在单个芯片上并行处理数千个核酸的若干测序方法。一些平台包括基于小珠的形式和微阵列形式，其中二氧化硅小珠用探针官能化，这取决于此类形式在包括测序、基因分型、基因表达谱分析在内的应用中的应用。
技术实现思路
1、一些实施方案包括检测多个靶配体的方法，该方法包括：(a)获得第一小珠亚群和第二小珠亚群，其中每个小珠包含：特异性结合到靶配体的捕获探针、包含指示该捕获探针的条形码和该条形码的条形码引物结合位点3′的第一多核苷酸、以及包含索引和该索引的索引引物结合位点3′的第二多核苷酸，其中第一亚群的索引不同于第二亚群的索引；(b)使第一靶配体与第一小珠亚群的捕获探针接触，以及使第二靶配体与第二
2、在一些实施方案中，捕获探针包含核酸，第一靶配体和第二靶配体包含核酸，并且步骤(d)包括使特异性结合到第一靶配体和第二靶配体的捕获探针延伸。
3、在一些实施方案中，第一多核苷酸包含捕获探针。
4、在一些实施方案中，第一小珠亚群和第二小珠亚群的捕获探针各自包含彼此不同的核苷酸序列。
5、在一些实施方案中，第一小珠亚群和第二小珠亚群的不同捕获探针包含相同的核苷酸序列。
6、在一些实施方案中，捕获探针包含能够与单核苷酸多态性(snp)或其互补序列杂交的核苷酸序列。
7、在一些实施方案中，步骤(d)包括捕获探针的聚合酶延伸。
8、在一些实施方案中，步骤(d)包括捕获探针的连接酶延伸。
9、在一些实施方案中，步骤(d)包括捕获探针的单核苷酸延伸。
10、在一些实施方案中，步骤(d)包括用多个核苷酸延伸捕获探针。
11、在一些实施方案中，所延伸的捕获探针包含可检测标记。
12、在一些实施方案中，捕获探针包含抗体或其抗原结合片段。
13、在一些实施方案中，第一小珠亚群和第二小珠亚群的捕获探针各自特异性结合到彼此不同的靶配体。
14、在一些实施方案中，第一小珠亚群和第二小珠亚群的不同捕获探针特异性结合到相同的靶配体。
15、在一些实施方案中，检测包括使特异性结合到捕获探针的第一靶配体和第二靶配体与第二抗体或其抗原结合片段接触，其中该第二抗体或其抗原结合片段包含可检测标记。
16、在一些实施方案中，条形码引物结合位点包含相同的核苷酸序列。
17、在一些实施方案中，第一小珠亚群的索引的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列，并且第二小珠亚群的索引的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列。
18、在一些实施方案中，索引引物结合位点的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列。
19、在一些实施方案中，使第一靶配体与第一小珠亚群的捕获探针接触和使第二靶配体与第二小珠亚群的捕获探针接触在不同的反应体积中进行。
20、一些实施方案还包括，在将第一小珠亚群和第二小珠亚群分布在基板上之前，组合第一小珠亚群和第二小珠亚群。
21、在一些实施方案中，在将第二小珠亚群分布在基板上之前，将第一小珠亚群分布在基板上。
22、在一些实施方案中，步骤(d)在步骤(c)之前进行。
23、在一些实施方案中，所检测的捕获探针包含可检测标记。
24、在一些实施方案中，步骤(d)还包括确定所检测的捕获探针在基板上的位置。
25、在一些实施方案中，确定所检测的捕获探针的位置包括边合成边测序的至少一个循环。
26、在一些实施方案中，步骤(e)包括通过对基板上的索引进行测序来解码包含所检测的捕获探针的小珠的索引的位置。
27、在一些实施方案中，步骤(e)包括通过对基板上的条形码进行测序来解码包含所检测的捕获探针的小珠的条形码的位置。
28、在一些实施方案中，流通池包括基板。
29、在一些实施方案中，分布的第一小珠亚群和第二小珠亚群构成阵列。
30、在一些实施方案中，第一靶配体和第二靶配体获自不同的受试者。
31、在一些实施方案中，第一小珠亚群和第二小珠亚群各自包含至少50个彼此不同的捕获探针。
32、一些实施方案还包括至少10个不同小珠亚群，每个亚群包含不同于另一亚群的索引。
33、一些实施方案包括检测靶核酸的方法，该方法包括：(a)获得靶核酸，该靶核酸包含能够与第一捕获探针杂交的第一部分和能够与第二捕获探针杂交的第二部分；(b)获得小珠群体，每个小珠包含：第一捕获探针、第二捕获探针，其中第二捕获探针经由可切割接头附接于小珠，并且其中第二捕获探针包含可检测标记和第一多核苷酸，该第一多核苷酸包含指示第一捕获探针或第二捕获探针的条形码和该条形码的条形码引物结合位点3′；(c)将第一捕获探针与第二捕获探针连接，包括：使靶核酸与小珠群体的小珠的第一捕获探针和第二捕获探针杂交，以生成包含在第一捕获探针和第二捕获探针之间的单链缺口的双链核酸，以及填充第一捕获探针和第二捕获探针之间的该缺口；(d)切割可切割接头以生成包含可检测标记的第一捕获探针；(e)将小珠群体分布在基板上；以及(f)解码包含第一捕获探针的小珠在基板上的位置，该第一捕获探针包含可检测标记。
34、在一些实施方案中，第一捕获探针包含第一多核苷酸。
35、在一些实施方案中，步骤(e)在步骤(d)之前进行。
36、在一些实施方案中，每个小珠包含第二多核苷酸，该第二多核苷酸包含指示靶核酸来源的索引和该索引的索引引物结合位点3′。
37、在一些实施方案中，步骤(f)包括确定包含可检测标记的第一捕获探针在基板上的位置。
38、在一些实施方案中，步骤(f)包括通过对基板上的条形码进行测序来解码包含第一捕获探针的小珠的条形码在基板上的位置，该第一捕获探针包含可检测标记。
39、在一些实施方案中，流通池包括基板。<本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测靶核酸的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一捕获探针包含所述第一多核苷酸。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(e)在步骤(d)之前进行。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中每个小珠包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸包含指示所述靶核酸来源的索引和所述索引的索引引物结合位点3′。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中步骤(f)包括确定包含所述可检测标记的所述第一捕获探针在所述基板上的位置。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中步骤(f)包括通过对所述基板上的条形码进行测序来解码包含所述第一捕获探针的所述小珠的条形码在所述基板上的位置，所述第一捕获探针包含所述可检测标记。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中流通池包括所述基板。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述分布的小珠群体构成阵列。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述小珠群体包括第一小珠亚群和第二小珠亚群，每个小珠包含第二
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述第一小珠亚群的索引的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列，并且所述第二小珠亚群的索引的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列。
11.根据权利要求9或10所述的方法，其中使用所述第一小珠亚群的所述连接或切割步骤在与使用所述第二小珠亚群的所述连接或切割步骤不同的反应体积中进行。
12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，还包括在将所述小珠群体分布在所述基板上之前，组合所述第一小珠亚群和所述第二小珠亚群。
13.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，其中在将所述第二小珠亚群分布在所述基板上之前，将所述第一小珠亚群分布在所述基板上。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中步骤(f)包括通过对所述基板上的索引进行测序来解码包含所检测的捕获探针的所述小珠的索引的位置。
15.一种试剂盒，包括：
16.根据权利要求15所述的试剂盒，其中所述捕获探针选自核酸、抗体或其抗原结合片段。
17.根据权利要求15或16所述的试剂盒，其中所述第一多核苷酸包含所述捕获探针。
18.根据权利要求15至17中任一项所述的试剂盒，其中所述第一小珠亚群和所述第二小珠亚群的捕获探针各自特异性结合到彼此不同的靶配体。
19.根据权利要求18所述的试剂盒，其中所述第一小珠亚群和所述第二小珠亚群的不同捕获探针特异性结合到相同的靶配体。
20.一种用于解码多核苷酸在阵列中的位置的方法，包括：
...【技术特征摘要】
1.一种检测靶核酸的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一捕获探针包含所述第一多核苷酸。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(e)在步骤(d)之前进行。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中每个小珠包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸包含指示所述靶核酸来源的索引和所述索引的索引引物结合位点3′。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中步骤(f)包括确定包含所述可检测标记的所述第一捕获探针在所述基板上的位置。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中步骤(f)包括通过对所述基板上的条形码进行测序来解码包含所述第一捕获探针的所述小珠的条形码在所述基板上的位置，所述第一捕获探针包含所述可检测标记。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中流通池包括所述基板。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述分布的小珠群体构成阵列。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述小珠群体包括第一小珠亚群和第二小珠亚群，每个小珠包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸包含索引和所述索引的索引引物结合位点3′，其中所述第一亚群的索引不同于所述第二亚群的索引。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述第一小珠亚群的索引的核苷酸序列包含相同的核苷酸序列，并且所述第二...
【专利技术属性】
技术研发人员：洛伦佐·贝尔蒂，菲奥娜·E·布莱克，杰弗里·丹尼斯·布罗丁，杰弗里·费希尔，梁晁康，达伦·塞加尔，
申请(专利权)人：ILLUMINA公司，
类型：发明
国别省市：
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