【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物信息学领域，具体公开了一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法。
技术介绍
1、急性淋巴细胞白血病 (acute lymphocytic leukemia，all)是一种b淋巴母细胞、t淋巴母细胞、nk淋巴母细胞的恶性肿瘤，其特征是异常、未成熟的淋巴细胞及其祖细胞失控增殖，产生大量异常细胞。这些异常细胞会排挤健康细胞，从而导致患者产生感染、贫血、容易出血、淋巴结肿大、骨痛等症状。据文献报道，all的发生率约为每10万人中有0.85人患病，在儿童中多发，发病率约为每100,000名中3.3例，男性多于女性。
2、大多数急性淋巴细胞白血病发生在健康个体中，但在一些患者中也发现了遗传易感性或环境暴露等易感因素。遗传风险因素包括唐氏综合征、 li-fraumeni综合征等。疾病风险分层和强化化疗方案的发展改善了急性淋巴细胞白血病患者的预后，目前的五年总体存活率约为 85%。然而all的存活率具有显著的差异，儿童（1-14 岁）all患者和青少年和年轻all患者（15-39 岁）5年总生存率分别为90%和61%，老年人（≥40 岁）和复发或难治性all患者的预后仍然很差，在50岁以上的患者中，只有25%的患者在确诊5年后仍存活。
3、根据2016年who关于前体淋巴细胞肿瘤分类，急性淋巴细胞白血病涵盖t淋巴细胞白血病、b淋巴母细胞白血病、nk淋巴细胞白血病。其中b淋巴母细胞白血病主要分为（1）b淋巴母细胞白血病/淋巴瘤，非特指型（nos）（2）伴重现性遗传学异常的b淋巴母细胞白血病/淋
4、2022年急性淋巴细胞白血病nccn指南推荐通过第二代测序技术(ngs)对基因融合和致病突变进行全面检测。第二代测序技术又称高通量测序技术，与传统生化技术和sanger测序技术相比优点在于速度快、成本低、通量高、准确性高。然而ngs技术所呈现的信息海量而且复杂，从这些信息中筛选到对诊断、预后以及治疗有指导意义的信息较为困难。
5、虽然amp/asc0/cap变异解读指南提供了相应的分级标准，众多检测公司也参考该指南进行分级，指南中也罗列了变异分级时可参考的公共数据库，但是如何整合各领域的信息进行突变解读目前尚无统一标准。
6、对于报告解读人员而言，根据搜集结果进行专业性解读时由于现有的各肿瘤临床信息公共数据库之间互相独立开发，无统一标准，数据库结构、变异标注信息差异大，导致变异的注释难以形成统一操作规范，为报告解读人员增加变异分级难度。
技术实现思路
1、针对现有技术不足，本文公开了一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法。
2、本专利技术包括以下技术方案：
3、一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，包括以下步骤：
4、1）通过整合各公共数据库中的变异信息，获取急性淋巴细胞白血病基因变异关于诊断、治疗、预后的信息；
5、2）通过人工阅读国内外血液病肿瘤相关指南，对指南中急性淋巴细胞白血病基因变异关于诊断、治疗、预后的信息进行整理，筛选，汇总；
6、3）通过生信构建流程，采用生信软件对血液病基因变异进行功能预测评估；
7、4）将获得的变异注释信息根据指南的解读逻辑，进行自动化分级，得出初步的变异分级结果，再由报告解读人员进行审核；
8、5）审核结果及时存储和更新，使其为临床解读提供可靠的依据。
9、本技术方案能降低变异解读的人力投入，变异临床意义分级准确性达到95%以上，为临床解读提供可靠的依据。
10、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述步骤1)中的公共数据库包括alliance of genome
11、resources、human protein atlas、genecards、kegg pathways、wiki pathways、ncbi gene、hgnc、pdb、uniprot、interpro、biogrid、dbsnp、hgmd、clinge中的一种或者多种。上述公共数据库是目前最全面权威的基因数据库。
12、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述步骤2)中的相关指南包括ascp、cap、amp、cgc和asco指南。使用美国临床病理学学会,美国病理学家学院,分子病理学协会和美国临床肿瘤学协会的指南，权威度高。
13、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述步骤3）生信软件包括：bioxfinder、blast、bowtie、bwa、samtools、gatk、picard、trinity、cufflinks、deseq2和rsem中的一种或者多种。
14、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述步骤3）功能预测评估包括以下步骤：
15、a.采用基于序列特征与统计模型的基因预测方法获得目标基因组上潜在急性淋巴细胞白血病基因的位置；
16、b.采用基于序列相似性的基因注释方法，将已知急性淋巴细胞白血病基因序列和物种间同源保守序列比对到目标基因组上，标记目标基因组上相似基因的位置；
17、c.根据所述目标基因组上潜在基因的位置和相似基因的位置采用加权 投票的方法整合并筛选预测结果，获得综合基因预测结果及相应的编码序列；
18、d.运用目标生物体及其近亲物种的高通量转录组测序数据进行转录组序列组装及基因组定位，获得目标基因组的表达序列数据集；
19、e.对获得的目标基因组的表达序列进行编码区预测，确定优选读码框及其相应的蛋白质序列数据集；
20、f.比较并整合获得的综合基因预测结果和表达基因数据集，针对目标 基因组序列获得含有可变剪接形式的基因注释结果。
21、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述物种为人类。
22、进一步的，上述一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，所述基因包括runx1-runx1t1、cbfb-myh11、npm1、cebpa、mllt3-kmt2a、dek-nup214、kmt2a、bcr-abl1、gata2— mecom、runx1、asxl1、tp53、flt3-itd。基因改变与aml本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的
3.根据权利要求1所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，所述步骤2)中的相关指南包括ASCP、CAP、AMP、CGC和ASCO指南。
4.根据权利要求1所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，所述步骤3）生信软件包括：BioXFinder、BLAST、Bowtie、BWA、SAMtools、GATK、Picard、Trinity、Cufflinks、DESeq2和RSEM中的一种或者多种。
5.根据权利要求1所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于,所述步骤3）功能预测评估包括以下步骤：
6.根据权利要求1所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，所述物种为人类。
7.根据权利要求6所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的
8.一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释系统，其特征在于，包括NGS测序仪器以及采用如权利要求1-7所述注释方法的分析装置。
9.根据权利要求8所述的一种基于NGS的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释系统，其特征在于，具体包括以下装置：
10.如权利要求1-7任一项所述的注释方法在制备治疗急性淋巴细胞白血病的药物中的用途。
...【技术特征摘要】
1.一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的
3.根据权利要求1所述的一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，所述步骤2)中的相关指南包括ascp、cap、amp、cgc和asco指南。
4.根据权利要求1所述的一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于，所述步骤3）生信软件包括：bioxfinder、blast、bowtie、bwa、samtools、gatk、picard、trinity、cufflinks、deseq2和rsem中的一种或者多种。
5.根据权利要求1所述的一种基于ngs的急性淋巴细胞白血病基因变异的注释方法，其特征在于,所述步骤3）功能预测评估包括以下步骤：
6.根据...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋春华，王艳玲，
申请(专利权)人：南京艾迪康医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：
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