【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因及分子育种，具体涉及一种欧洲云杉40k基因组液相芯片及其应用。
技术介绍
1、云杉(picea asperatamast.)是全球蓄积量最高的树种，更是我国温带和寒温带高山区的主要森林树种。欧洲云杉(picea abiesl.karst)材质优异、干形良好、生长较快，在我国表现出较强的适应性和巨大的生产潜力。
2、分子标记辅助育种和基因组选择技术的出现，能加速林木育种进程，提高育种选择精度和效率，是云杉分子育种前沿手段。然而，云杉基因组庞大，高达20-30gb，基因组存在大量的重复序列和多态性，且缺乏高质量的参考基因组，使均匀覆盖基因组的可靠snp位点开发面临巨大挑战。尽管，目前本领域针对欧洲云杉开发有50k固相芯片，但是固相芯片为固定位点组合，在使用时无法添加或删减位点，具有使用局限性。因此，亟需建立高效、低成本和标准化的基因型分型技术，突破制约云杉分子育种的瓶颈难题。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种欧洲云杉40k基因组液相芯片及其应用，所述欧洲云杉40k基因组液相芯片可用于欧洲云杉的基因分型、遗传育种和种质资源保护，且检测效率高，成本低，应用前景广泛。
2、本专利技术提供了一种用于欧洲云杉基因分型的分子标记组合，所述分子标记组合包括40000个snp位点，所述40000个snp位点的信息如表1所示。
3、本专利技术还提供了含有上述技术方案所述分子标记组合的分子标记区段，所述分子标记区段包括40000个标记区段
4、优选的，所述分子标记区段上包括74687个msnp位点。
5、本专利技术还提供了一种欧洲云杉40k基因组液相芯片，所述欧洲云杉40k基因组液相芯片包括上述技术方案所述的分子标记组合。
6、本专利技术还提供了上述技术方案所述的分子标记组合、所述的标记区段或所述的欧洲云杉40k基因组液相芯片在云杉基因分型中的应用。
7、本专利技术还提供了上述技术方案所述的分子标记组合、所述的标记区段或所述的欧洲云杉40k基因组液相芯片在云杉种质资源保护中的应用。
8、本专利技术还提供了上述技术方案所述的分子标记组合、所述的标记区段或所述的欧洲云杉40k基因组液相芯片在云杉遗传育种中的应用。
9、优选的，所述云杉遗传育种包括种质资源遗传评价、群体遗传结构分析、亲缘关系鉴定、数量性状遗传定位、全基因组关联分析和全基因组选择分析中的一项或几项。
10、有益效果：
11、本专利技术提供了一种用于欧洲云杉基因分型的分子标记组合，所述分子标记组合包括40000个snp位点，所述欧洲云杉40k基因组液相芯片含有40000个snp位点，包含170个背景位点，其中120个具有生物学功能，其余为转录因子。其中，与萌芽期相关的位点44个，材性和木材解剖性状相关标记44个，树高和胸径等生长性状10个和抗虫标记22个；涵盖了欧洲云杉常见的约45个性状。
12、基于上述40000个snp位点，本专利技术还提供了一种欧洲云杉40k基因组液相芯片，所述欧洲云杉40k基因组液相芯片均匀覆盖基因组，功能位点丰富，成本低廉，生信分析简单，可用于包括欧洲云杉在内的多种云杉的基因分型、种质资源保护以及包括种质资源遗传评价、群体遗传结构分析、亲缘关系鉴定、数量性状遗传定位(qtl)、全基因组关联分析(gwas)和全基因组选择(gs)等在内的分子育种研究，有助于推动分子标记辅助育种和基因组选择育种，缩短林木育种周期，提高选择精度和育种效率，填补了国内林木育种液相芯片的空白，是清晰云杉遗传资源、加速云杉遗传改良进程、实现高效育种和提升云杉种业创新能力的基础。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种用于欧洲云杉基因分型的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括40000个SNP位点，所述40000个SNP位点的信息如下表所示：
2.含有权利要求1所述分子标记组合的分子标记区段，其特征在于，所述分子标记区段包括40000个标记区段，每一个标记区段包括一个SNP位点上游100bp和下游100bp的核苷酸序列；所述SNP位点为权利要求1所述分子标记组合中的40000个SNP位点。
3.根据权利要求2所述的分子标记区段，其特征在于，所述分子标记区段上包括74687个mSNP位点。
4.一种欧洲云杉40K基因组液相芯片，其特征在于，所述欧洲云杉40K基因组液相芯片包括权利要求1所述的分子标记组合。
5.权利要求1所述的分子标记组合、权利要求2～4任一项所述的标记区段或权利要求4所述的欧洲云杉40K基因组液相芯片在云杉基因分型中的应用。
6.权利要求1所述的分子标记组合、权利要求2～4任一项所述的标记区段或权利要求4所述的欧洲云杉40K基因组液相芯片在云杉种质资源保护中的应用。
7.权利要求1所述的分
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述云杉遗传育种包括种质资源遗传评价、群体遗传结构分析、亲缘关系鉴定、数量性状遗传定位、全基因组关联分析和全基因组选择分析中的一项或几项。
...【技术特征摘要】
1.一种用于欧洲云杉基因分型的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括40000个snp位点，所述40000个snp位点的信息如下表所示：
2.含有权利要求1所述分子标记组合的分子标记区段，其特征在于，所述分子标记区段包括40000个标记区段，每一个标记区段包括一个snp位点上游100bp和下游100bp的核苷酸序列；所述snp位点为权利要求1所述分子标记组合中的40000个snp位点。
3.根据权利要求2所述的分子标记区段，其特征在于，所述分子标记区段上包括74687个msnp位点。
4.一种欧洲云杉40k基因组液相芯片，其特征在于，所述欧洲云杉40k基因组液相芯片包括权利要求1所述的分子标记组合。<...
【专利技术属性】
技术研发人员：王军辉，张苗苗，杨晓伟，杨桂娟，安三平，
申请(专利权)人：中国林业科学研究院林业研究所，
类型：发明
国别省市：
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