【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及水稻育种领域，特别是一种水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记及引物组和应用。
技术介绍
1、水稻是重要的粮食作物，稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生，严重时导致颗粒无收，威胁着粮食安全，利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式，且对环境友好。水稻抗稻瘟病基因ptr对我国不同稻区的稻瘟病菌表现广谱抗性，在水稻育种中具有较高的利用价值。
2、稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期，亦可进行有目的的多基因聚合，提高育种效率，带来巨大的社会经济效益。
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记及引物组和应用。
2、为达到上述目的，本专利技术是按照以下技术方案实施的：
3、本专利技术的第一个目的是要提供一种水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记，所述snp分子标记为ptr-w1，所述ptr-w1的多态性位点位于水稻12号染色体的ptr基因第10833386-10833387位碱基，第10833386-10833387位碱基为tg或aa。
4、本专利技术的第二个目的是要提供一种用于检测水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq id
5、优选地，所述primer seq ptr-w1的5’端连接fam或hex荧光序列，primerseqallele y的5’端连接hex或fam荧光序列。
6、本专利技术的第三个目的是要提供一种水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记在鉴定水稻ptr基因型中的应用。
7、本专利技术的第四个目的是要提供一种用于检测水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记的引物组在鉴定水稻ptr基因型中的应用，包括如下步骤：
8、s1、从水稻叶片中提取基因组dna；
9、s2、以步骤s1中提取的基因组dna为模板，利用用于检测水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记的引物组，用parms技术对ptr-w1分子标记进行检测；若ptr-w1的snp位点的碱基为tg，判定测试的水稻样品为纯合的抗病ptr基因型；若ptr-w1的snp位点的碱基为aa，判定测试的水稻样品为纯合的感病的ptr基因型；若ptr-w1的snp位点同时检测到tg、aa，判断待测水稻为杂合的抗病ptr基因型。
10、与现有技术相比，通过对本专利技术的水稻稻瘟病抗性基因ptr进行snp分子标记，应用parms技术反应对水稻材料进行ptr基因检测，可在籼稻、粳稻等不同种质资源中快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因ptr。本专利技术利用parms技术对所开发的snp标记进行基因分型，相比于目前最常用的基于pcr+电泳的ssr技术，parms snp检测技术免去了耗时费力的电泳技术，采用荧光扫描的方式直接读取等位基因的基因型信号，配合数据分析软件，可快速完成基因型分析工作，工作效率具有数量级的提升。parms技术非常适用于检测自动化，配合genematrix高通量基因分型系统，可以做到每天十万个数据点的超高通量的ptr基因鉴定和稻瘟病抗性资源筛选。parms完美兼容lgc kasp snp检测硬件体系以及引物，可做到无缝转换。本专利技术在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少pcr产物气溶胶的污染以及eb等有毒物的使用，同时可在分子标记辅助育种的早期进行前景选择，减小育种群体的规模，加快育种进程，有利于ptr基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。
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1.一种水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记为Ptr-W1，所述Ptr-W1的多态性位点位于水稻12号染色体的Ptr基因第10833386-10833387位碱基，第10833386-10833387位碱基为TG或AA。
2.一种用于检测权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标记的引物组，其特征在于：所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的Primer Seq Ptr-W1Ra和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的PrimerSeq Ptr-W1Rt；所述通用引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的PrimerPtr-W1F。
3.根据权利要求2所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标记的引物组，其特征在于：所述Primer Seq Ptr-W1的5’端连接FAM或HEX荧光序列，Primer SeqAlleleY的5’端连接HEX或FAM荧光序列。
4.一种如权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标
5.一种如权利要求2或3所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标记的引物组在鉴定水稻Ptr基因型中的应用。
6.根据权利要求5所述的用于检测水稻稻瘟病抗性基因Ptr的SNP分子标记的引物组在鉴定水稻Ptr基因型中的应用，其特征在于，包括如下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记为ptr-w1，所述ptr-w1的多态性位点位于水稻12号染色体的ptr基因第10833386-10833387位碱基，第10833386-10833387位碱基为tg或aa。
2.一种用于检测权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因ptr的snp分子标记的引物组，其特征在于：所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物包括核苷酸序列如seq id no.1所示的primer seq ptr-w1ra和核苷酸序列如seq id no.2所示的primerseq ptr-w1rt；所述通用引物为核苷酸序列如seq id no.3所示的primerptr-...
【专利技术属性】
技术研发人员：郑文静，王丽丽，马作斌，张良坤，唐志强，张丽颖，何娜，付亮，高虹，隋国民，王辉，王昌华，闫博文，陈宏伟，王远征，
申请(专利权)人：辽宁省水稻研究所，
类型：发明
国别省市：
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