【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于水产生物育种领域，具体涉及草鱼细菌性烂鳃病抗性相关的snp位点、位点组合及其应用。
技术介绍
1、草鱼(ctenopharyngodon idellus)，属鲤形目，鲤科，雅罗鱼亚科，草鱼属，别名草鲩，是我国第一大淡水养殖经济鱼，作为水产养殖的主要品种已有60多年的历史。因其具有生长速度快、饲料来源广、营养丰富、味道鲜美、产量高等优点，在水产消费市场广受欢迎，是理想的养殖品种。
2、近几年，由于高密度、集约化养殖，在草鱼养殖过程中发现细菌性烂鳃病危害严重，该病是由柱状黄杆菌感染所致，病原体主要通过附着鳃上的粘膜而引起严重的烂鳃，继而使草鱼发病死亡，发病时症状为厌食、头背部发黑、离群独游、趴边、对外界刺激反应迟钝，鳃丝末端腐烂并粘附淤泥和污物。该病发病时间在4-11月，主要危害1-2岁的草鱼，不加以控制死亡率在90％以上，严重影响草鱼养殖业的发展。
3、目前对于草鱼细菌性烂鳃病有效的治疗方法是在幼鱼时期接种免疫灭活疫苗，但一对一接种不仅影响幼苗生长，且增加养殖投入成本。因此，开展草鱼抗病品种的培育是一种较为经济有效的方式。snp是指基因组中单个核苷酸的变异，是遗传变异的最常见形式之一。snp位点的研究可以揭示不同个体之间的遗传差异，为遗传性状的研究提供重要的基础。在草鱼中，研究snp位点与细菌性烂鳃病抗性的相关性，可以为草鱼的抗病育种提供重要的理论依据。因此，挖掘草鱼细菌性烂鳃病抗性相关snp位点，对于草鱼的养殖和疾病防控具有重要意义。目前，研究者已经鉴定出一些草鱼出血病和细菌性败血症抗性相关
技术实现思路
1、鉴于现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂在草鱼抗细菌性烂鳃病毒育种中的应用。
2、本专利技术的另一个目的在于提供检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂和检测草鱼13号染色体第5960961位碱基的试剂在草鱼抗细菌性烂鳃病毒育种中的应用。
3、为了达到上述目的，本专利技术采取以下技术措施：
4、申请人从广东省广东海大集团股份有限公司草鱼养殖基地同一池塘中采集未曾注射免疫灭活疫苗，自然感染柱状黄杆而爆发细菌性烂鳃病的濒死个体120尾作为易感组，渡过发病期后，采集180尾稳定后存活的个体作为抗病组，共300个草鱼样品送至上海派森诺生物科技股份有限公司进行全基因组重测序，使用软件gatk进行基因分型，并使用beagle对缺失的基因型进行填充，使用plink对分型文件进行质控过滤得到最终的分型结果。使用case-control表型记录格式，结合基因分型结果，使用emmax软件将snp基因型和表型数据结合起来进行全基因组关联分析(gwas)将阈值设置为-log10(1/n)＝6.464(n为用于分析的snp数量)作为具有统计学意义的阈值，并认为p值达到阈值的位点具有显著相关性。最终筛选出与细菌性烂鳃病抗性相关的2个snp，snp位点chr06-22749095位于表1序列中的第200位，其中第200位的碱基y是c(胞嘧啶)或t(胸腺嘧啶)；snp位点chr13-05960961位于表1展示序列的第600位，其中第600位的碱基m是a(腺嘌呤)或c(胞嘧啶)。
5、本专利技术的保护范围包括：
6、检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂在草鱼细菌性烂鳃病抗性育种中的应用。
7、检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂和检测草鱼13号染色体第5960961位碱基的试剂在草鱼细菌性烂鳃病抗性育种中的应用。
8、以上所述的应用，优选的，所述的试剂为引物，本申请通过常规pcr引物即可检测到该snp，因此本领域技术人员通过常规引物设计，都能对该snp位点实现检测。
9、优选的引物为：
10、chr06-22749095：上游引物f:5’cctgctcagcactgcttaca 3’、下游引物r:5’ttatccatagtctcgtcgttctc 3’；
11、chr13-05960961：上游引物f:5’cccatcctcctcatccttg 3’、下游引物r:5’aaagccacaggttccacaga3’。
12、与现有技术相比，本专利技术的有益成果在于：
13、本专利技术筛选出2个与草鱼细菌性烂鳃病抗性显著相关snp分子标记，相关snp分子标记可用于草鱼分子标记辅助育种，加快选育抗病草鱼品种，为草鱼或其他养殖鱼类的抗病选育工作提供参考依据。
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1.检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂在草鱼抗细菌性烂鳃病毒育种中的应用。
2.检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂和检测草鱼13号染色体第5960961位碱基的试剂在草鱼细菌性烂鳃病抗性育种中的应用。
3.根据权利要求1或2所述的应用，所述的试剂为引物。
4.根据权利要求1所述的应用，所述的试剂为引物，为：
5. 根据权利要求2所述的应用，所述的试剂为引物，为：Chr06-22749095：上游引物F: 5’CCTGCTCAGCACTGCTTACA 3’、下游引物R: 5’TTATCCATAGTCTCGTCGTTCTC 3’和Chr13-05960961：上游引物F: 5’CCCATCCTCCTCATCCTTG 3’、下游引物R: 5’ AAAGCCACAGGTTCCACAGA 3’。
【技术特征摘要】
1.检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂在草鱼抗细菌性烂鳃病毒育种中的应用。
2.检测草鱼6号染色体的第22749095位碱基的试剂和检测草鱼13号染色体第5960961位碱基的试剂在草鱼细菌性烂鳃病抗性育种中的应用。
3.根据权利要求1或2所述的应用，所述的试剂为引物。
4.根据权利要求1所述的应用，所述的试剂为引物，为：
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