【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，更具体地，涉及一种鲤鱼耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，通常为二态性标记，是在基因组内分布最为广泛的遗传多态性标记类型。随着核酸检测技术的飞速发展和基因组序列资源的大量发掘，snp标记已成为群体遗传分析、种质资源评估、经济性状关联分析和分子设计育种等领域应用的主要分子标记类型。
2、鲤鱼分布广泛，具有商业价值。但是在养殖过程中，众多因素会影响其生存，例如环境、饲料、苗种品质等。溶解氧是重要的环境因子，在养殖过程中，鲤鱼因缺氧死亡为养殖者带来了巨大的经济损失。通常情况下，养殖者会在水中放入通氧的设备，但当养殖过密的时候，会出现水体缺氧而造成鲤鱼缺氧死亡。所以通过分子标记辅助选育出具有耐低氧鲤鱼以解决上述问题，具有重要的意义。
技术实现思路
1、本专利技术的一个目的是解决至少上述问题，并提供至少后面将说明的优点。
2、本专利技术还有一个目的是提供一种鲤鱼耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用，能够通过snp分子标记选育出耐低氧鲤鱼。
3、为了实现根据本专利技术的这些目的和其它优点，提供一种鲤鱼耐低氧性状相关的snp
4、分子标记，鲤鱼耐低氧性状相的snp分子标记包括位于如seq id no.1所示核苷酸序列上的seq.115g>t，seq.162
5、提供一种鲤鱼耐低氧性状的检测方法，包括以下步骤：
6、s1、采集待测个体的组织样本，分别提取基因组dna；
7、s2、以所述基因组dna为模板，根据如seq id no：1所示核苷酸序列中snp位点的侧翼序列设计引物，鉴定各snp位点的基因型；
8、s3、依据所述各snp位点的基因型进行单倍型分析，预测个体的耐低氧的表型。
9、优选的是，所述组织样本为鳍条或血液。
10、优选的是，所述鉴定各snp位点的基因型的方法为sanger测序法或kasp基因分型法。
11、优选的是，所述单倍型分析采用基于连锁不平衡水平和基于连续固定的snp个数的方式进行。
12、提供一种用于检测鲤鱼耐低氧性状相关的snp分子标记的芯片，根据所述seq idno.1所示核苷酸序列中snp位点的侧翼序列设计探针，与其他经过筛选的经济性状关联位点结合，构建snp分型芯片。
13、优选的是，所述snp分型芯片为液相芯片。
14、提供一种芯片在鲤鱼耐低氧性状的选择育种方面的应用。
15、提供一种芯片提升鲤鱼育种效率的方法，包括以下步骤：
16、sa、构建育种参考群体，进行多性状表型测定；
17、sb、使用snp分型芯片对所述育种参考群体进行基因型测定；
18、sc、构建育种候选群体，使用所述snp分型芯片对候选群体进行基因型测定；
19、sd、基于snp效应值，计算所述育种候选群体中每个个体的基因组估计育种值，选择基因组估计育种值高的个体饲养至性成熟，用作育种亲本；
20、se、基于snp效应值，制定育种亲本配组方案。
21、优选的是，所述育种参考群体个体数大于500个。
22、本专利技术至少包括以下有益效果：
23、第一、提供了一组鲤鱼耐低氧的snp位点组合，位于鲤鱼1号染色体上的17kb基因组区间，来源于鲤鱼重测序数据的分离群体分组分析定位结果，根据性状关联分析结果，该区间与鲤鱼耐低氧性状的表型关联度高，育种价值高。
24、第二、提供的鲤鱼耐低氧snp位点组合包含20个变异位点，能够组合形成多种单倍型，适用于不同遗传背景的育种群体。
25、第三、提供的鲤鱼耐低氧snp位点组合位于染色体上的基因密集区，序列保守性高，在其他养殖鱼类中具有一定通用性。
26、第四、本专利技术提供的鲤鱼耐低氧snp位点使用基因组dna进行检测，可从少量鳍条或血液样本中提取，不损害鱼体健康，操作安全便捷，有效避免了通过低氧胁迫实验测定耐低氧性状造成的健康损伤和致死性后果。
27、第五、提供的鲤鱼耐低氧snp位点在幼鱼期即能有效预估成鱼的耐低氧表型，无需生长至商品规格或性成熟，可用于育种候选亲本的早期筛选和亲本配组设计。
28、本专利技术的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本专利技术的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
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1.鲤鱼耐低氧性状相关的SNP分子标记，其特征在于，鲤鱼耐低氧性状相的SNP分子标记包括位于如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列上的SEQ.115 G＞T，SEQ.1626 C＞T，SEQ.2960T＞A，SEQ.4279 A＞T，SEQ.5174 C＞G，SEQ.5845 C＞A，SEQ.5959 T＞A，SEQ.6587 G＞C，SEQ.6729 C＞A，SEQ.6952 T＞G，SEQ.7636 A＞G，SEQ.8819 T＞G，SEQ.11437 T＞C，SEQ.11458 A＞C，SEQ.13782 T＞G，SEQ.13905 A＞C，SEQ.14896 A＞T，SEQ.15080 G＞A，SEQ.16011 C＞A，SEQ.16296 A＞C。
2.鲤鱼耐低氧性状的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述组织样本为鳍条或血液。
4.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述鉴定各SNP位点的基因型的方法为Sanger测序法或KASP基因分型法。
5.如权利要求2所述的方法，其特征
6.用于检测鲤鱼耐低氧性状相关的SNP分子标记的芯片，其特征在于，根据SEQ IDNO.1所示核苷酸序列中SNP位点的侧翼序列设计探针，与其他经过筛选的经济性状关联位点结合，构建SNP分型芯片。
7.如权利要求6所述的芯片，其特征在于，所述SNP分型芯片为液相芯片。
8.如权利要求6所述的芯片在鲤鱼耐低氧性状的选择育种方面的应用。
9.根据如权利要求6所述的芯片提升鲤鱼育种效率的方法，其特征在于，包括以下步骤：
10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，所述育种参考群体个体数大于500个。
...【技术特征摘要】
1.鲤鱼耐低氧性状相关的snp分子标记，其特征在于，鲤鱼耐低氧性状相的snp分子标记包括位于如seq id no.1所示核苷酸序列上的seq.115 g＞t，seq.1626 c＞t，seq.2960t＞a，seq.4279 a＞t，seq.5174 c＞g，seq.5845 c＞a，seq.5959 t＞a，seq.6587 g＞c，seq.6729 c＞a，seq.6952 t＞g，seq.7636 a＞g，seq.8819 t＞g，seq.11437 t＞c，seq.11458 a＞c，seq.13782 t＞g，seq.13905 a＞c，seq.14896 a＞t，seq.15080 g＞a，seq.16011 c＞a，seq.16296 a＞c。
2.鲤鱼耐低氧性状的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述组织样本为鳍条或血液。...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵紫霞，江炎亮，许建，张研，马卓君，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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