System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法技术_技高网
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一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法技术

技术编号:40507436 阅读:9 留言:0更新日期:2024-03-01 13:22
本发明专利技术属于食品过敏原检测技术领域,具体涉及一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法。该方法通过免疫信息学,初步得到新资源食品中的潜在致敏性蛋白质信息;再用质谱法获得的蛋白质组学信息对新资源食品的潜在过敏原进行进一步筛查;然后联合多个过敏原表位预测数据库,得到新资源食品潜在过敏原中致敏表位;最后输出新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的筛查结果。本发明专利技术的方法使用免疫信息学作为一种低成本高通量的手段,可在免疫组学研究初期的筛选阶段从海量的数据中快速挑选出新资源食品中的潜在过敏原,减少预测结果中的假阴性,并结合质谱法精准定位至特定研究对象中的过敏原,提高过敏原筛查方法的准确度。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于食品过敏原检测,具体涉及一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法


技术介绍

1、新型资源食品存在一定的风险性,尤其是致敏风险,而且目前缺乏新资源食品致敏风险的监测与防控的标准和方法,业内对新资源食品中未知过敏原的快速筛查技术研究匮乏,亟待突破提升。目前过敏原检测主要是酶联免疫吸附试验、免疫印迹和胶体金免疫层析等,而对于新资源食品,其致敏的风险尚不清楚,也缺少相应的特异性抗体进行直接检测。

2、然而,(1)目前过敏原检测方法主要是酶联免疫吸附试验、免疫印迹和胶体金免疫层析等,高度依赖于抗原抗体的特异性结合,因此无法对缺少特异性抗体的新资源食品的过敏原进行检测;(2)皮肤点刺和食物激发也是目前过敏原检测方法之一,但会受到成本、受试者来源和伦理等因素的限制,并且直接的人体实验在很多情况下无法满足需求,构建动物致敏模型也因为周期长、成本高、通量低,无法高效筛查新型食品过敏原;(3)现有过敏原预测技术多采用单个预测平台,预测的数据库和算法较为局限,且预测结果可能会存在较高的假阴性,准确性较低。因此,亟需开发一种具有高通量、低成本、周期短、准确度高等优点的检测方法。


技术实现思路

1、本专利技术的目的是解决现有技术的不足,提供一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法,具体采用以下的技术方案:

2、一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法,该方法包括:

3、获取与新资源食品对应的至少一个蛋白质氨基酸序列,并将所述蛋白质氨基酸序列输入到在线过敏原预测平台进行致敏性预测,得到与至少一个所述在线过敏原预测平台对应的潜在致敏性蛋白质信息;

4、采用质谱法对所述新资源食品提取物蛋白质进行分析,获取所述提取物的蛋白质组学信息;

5、将所有的所述潜在致敏性蛋白质信息分别与所述提取物的蛋白质组学信息进行对比,并根据所述对比结果筛选出所述新资源食品中同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质,定义为新资源食品中的潜在过敏原;

6、将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列输入到iedb过敏原表位数据库中进行比对,根据对比结果输出相似度大于90%的过敏原表位;

7、将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列和所述相似度大于90%的过敏原表位输入clustalw进行比对,确定过敏原表位在所述新资源食品中潜在过敏原氨基酸序列中的位置,得到所述新资源食品中潜在过敏原的致敏表位;

8、根据所述的同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质及其致敏表位结果输出为新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的筛查结果。

9、本专利技术首次创新使用生物信息学和质谱法相结合的预测方法,在生物信息学方法中利用免疫信息学工具,根据基因或蛋白序列的同源性,通过过敏原数据库,在新的研究对象中寻找与已知过敏原结构相近的新过敏原以供后续实验研究验证。同时,还可用于蛋白质序列中致敏表位的预测,能够加快研究进程,降低研究费用,缩短研究周期,为免疫学的快速发展发挥了重要的作用。其次,生物信息学方法预测蛋白致敏性具有高通量和高效的独特优势,在新资源食品致敏性评价的过程中成为初筛的重要手段。同时,质谱法(massspectrometry,ms)是一种分子裂解后形成的离子按照其质量和电荷的比值(质荷比)大小依次排列成谱,从而记录数据的方法。ms已成为一种研究蛋白质组学的常用技术,其基于肽段进行定性或定量分析,可避免因加工处理样品时破坏蛋白质空间结构而影响检测结果。此外,相较于其他蛋白质检测方法,ms还具有灵敏度高,响应时间短,分析速度快,自动化程度高和应用范围广等优势。因此本专利技术基于生物信息学和质谱法提高对新资源食品蛋白质进行潜在致敏性预测的准确性,并通过与现有过敏原表位数据库比对获取致敏表位,为新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的快速筛查提供切实有效的方法。

10、作为进一步优选的实施方式,所述获取与新资源食品对应的至少一个蛋白质氨基酸序列,并将所述蛋白质氨基酸序列输入到在线过敏原预测平台进行致敏性预测,得到与至少一个所述在线过敏原预测平台对应的潜在致敏性蛋白质信息的步骤包括:

11、所述在线过敏原预测平台包括allergenoline、allercatpro和algpred中的至少一种;

12、从ncbi中下载所有符合fasta格式的且与所述新资源食品对应的蛋白质氨基酸序列;

13、将所有的所述蛋白质氨基酸序列分别输入到allergenoline、allercatpro和algpred中进行预测,得到与每个在线过敏原预测平台对应的潜在致敏性蛋白质信息。

14、作为进一步优选的实施方式,采用质谱法对所述新资源食品提取物蛋白质进行分析,获取所述提取物蛋白质组学信息的步骤包括:

15、首先使用sdt裂解液裂解新资源食品,获得新资源食品蛋白质样品,对样品进行sds-page(聚丙烯酰胺凝胶电泳),然后切取相应胶粒,对胶粒进行胰蛋白酶(trypsin)酶解,之后将处理好的样品通过液质联用(lc-ms/ms)分析,得到质谱原始结果的raw文件,经过软件maxquant分析,匹配数据,得到鉴定结果。

16、作为进一步优选的实施方式,将所有的所述潜在致敏性蛋白质信息分别与所述提取物的蛋白质组学信息进行对比,并根据所述对比结果筛选出所述新资源食品中同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质,定义为新资源食品中的潜在过敏原的步骤包括:

17、首先将allergenoline、allercatpro和algpred预测的潜在致敏性蛋白质信息汇总,筛选出具有潜在致敏性的蛋白质与蛋白质组学分析的结果进行对比,确定预测结果中的潜在致敏性蛋白质是否存在于蛋白质组学结果中,将新资源食品中的潜在过敏原进行后续分析。

18、作为进一步优选的实施方式,将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列输入到iedb过敏原表位数据库中进行比对,根据对比结果输出相似度大于90%的过敏原表位的步骤包括:

19、获取所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列与所述iedb过敏原表位数据库比对,并判断所述相似度是否大于90%的阈值;

20、若所述相似度大于90%的阈值,则将大于90%相似阈值的过敏原表位输出,汇总得到所有相似度大于90%的过敏原表位excel文件。

21、作为进一步优选的实施方式,将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列和所述相似度大于90%的过敏原表位输入clustalw进行比对,确定过敏原表位在所述新资源食品中潜在过敏原氨基酸序列中的位置,得到所述新资源食品中潜在过敏原的致敏表位的步骤包括:

22、首先对新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列输入到iedb过敏原表位数据库比对的相似度大于90%的过敏原表位汇总;其次将新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列和相似度大于90%的过敏原表位在clustalw中进行比对,确定过敏原表位在所本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述获取与新资源食品对应的至少一个蛋白质氨基酸序列,并将所述蛋白质氨基酸序列输入到在线过敏原预测平台进行致敏性预测,得到与至少一个所述在线过敏原预测平台对应的潜在致敏性蛋白质信息的步骤包括:

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述采用质谱法对所述新资源食品提取物蛋白质进行分析,获取所述提取物蛋白质组学信息的步骤包括:

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将所有的所述潜在致敏性蛋白质信息分别与所述提取物的蛋白质组学信息进行对比,并根据所述对比结果筛选出所述新资源食品中同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质,定义为新资源食品中的潜在过敏原的步骤包括:

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列输入到IEDB过敏原表位数据库中进行比对,根据对比结果输出相似度大于90%的过敏原表位的步骤包括:

6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将所述新资源食品中的潜在过敏原氨基酸序列和所述相似度大于90%的过敏原表位输入ClustalW进行比对,确定过敏原表位在所述新资源食品中潜在过敏原氨基酸序列中的位置,得到所述新资源食品中潜在过敏原的致敏表位的步骤包括:

7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,根据所述的同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质及其致敏表位结果输出为新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的筛查结果的步骤包括:

8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,根据所述的同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质及其致敏表位结果输出为新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的筛查结果的步骤还包括:

...

【技术特征摘要】

1.一种筛查新资源食品潜在过敏原及其致敏表位的方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述获取与新资源食品对应的至少一个蛋白质氨基酸序列,并将所述蛋白质氨基酸序列输入到在线过敏原预测平台进行致敏性预测,得到与至少一个所述在线过敏原预测平台对应的潜在致敏性蛋白质信息的步骤包括:

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述采用质谱法对所述新资源食品提取物蛋白质进行分析,获取所述提取物蛋白质组学信息的步骤包括:

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将所有的所述潜在致敏性蛋白质信息分别与所述提取物的蛋白质组学信息进行对比,并根据所述对比结果筛选出所述新资源食品中同时存在于预测结果和蛋白质组学结果中的潜在致敏性蛋白质,定义为新资源食品中的潜在过敏原的步骤包括:

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将所述...

【专利技术属性】
技术研发人员:佟平祝梦婷张闪闪高金燕陈红兵李欣吴志华杨安树孟轩夷袁娟丽
申请(专利权)人:南昌大学
类型:发明
国别省市:

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