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【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因测序,更具体地,涉及一种生物样本的批量化dna测序方法及应用。
技术介绍
1、在基因编辑技术已被广泛应用于作物性状的遗传改良、野生植物驯化、作物单倍体诱导产生克隆种子以固定杂种优势等场景下,dna测序是基因编辑检测中至关重要的一步。当基因编辑的样本量较少时,可以对每一个生物样品的目的dna序列进行一代测序或者聚丙烯酰胺凝胶电泳实验以进行鉴定;然而,当需要分析的生物样本量规模较大时,采用一代测序或聚丙烯酰胺凝胶电泳实验费时费力,有时无法提供准确的序列信息,且花费较大。因此,研究一种如何高效准确地对样本进行dna测序的方法具有重要意义。
2、在现有技术中,高通量dna测序能够一次并行地对大量生物样本的dna进行并行序列测定。其主要步骤包括:首先对某一生物样品的dna序列进行超声波等方式打断,生成长度为500bp左右的dna片段,随后在片段序列的两端加上通用接头序列,最后进行上机测序。然而,不进行特殊处理的普通高通测序一次只能分析一种生物样品,当多个样品进行混合上机进行高通量测序时,后续的数据分析无法准确地区分测序数据中哪些dna序列是属于哪些生物样本的,无法真正实现大量不同生物样本的高效快速准确地dna测序。
技术实现思路
1、针对现有技术的以上缺陷或改进需求,本专利技术提供了一种生物样本的批量化dna测序方法及应用,用于解决现有技术无法同时实现不同生物样本的高效快速准确地dna测序。
2、为了实现上述目的,第一方面,本专利技术提供了一种生物样
3、为待测序的一批生物样本中的每一个生物样本均分配一个对应的标引序列对,记为第一标引序列和第二标引序列;各生物样本所对应的标引序列对均不相同;
4、在每一个生物样本溶液中加入携带有对应第一标引序列的正向引物和携带有对应第二标引序列的反向引物,并进行pcr扩增操作;将扩增后的各生物样本的扩增子混合后,进行高通量测序,得到高通量测序数据;
5、提取高通量测序数据中各dna序列中的标引序列对;当某一dna序列中的标引序列对为某一生物样本所对应的标引序列对时,则判定该dna序列属于该生物样本,从而得到各生物样本的dna序列;
6、其中,第一标引序列和第二标引序列均为碱基序列。
7、进一步优选地,第一标引序列的长度为4~9个碱基,第二标引序列的长度为4~9个碱基。
8、进一步优选地,第一标引序列和第二标引序列的长度均为6个碱基。
9、进一步优选地,将各生物样本溶液以阵列形式进行放置,在同一行生物样本溶液中加入的第一标引序列相同,加入的第二标引序列不同;在同一列生物样本溶液中加入的第二标引序列相同,加入的第一标引序列不同。
10、第二方面,本专利技术提供了一种生物样本的批量化dna测序系统,包括:
11、标引分配模块,用于为待测序的一批生物样本中的每一个生物样本均分配一个对应的标引序列对,记为第一标引序列和第二标引序列;各生物样本所对应的标引序列对均不相同;
12、测序模块,用于在每一个生物样本溶液中加入携带有第一标引序列的正向引物和携带有第二标引序列的反向引物,并进行pcr扩增操作;将扩增后的各生物样本的扩增子混合后,进行高通量测序,得到高通量测序数据;
13、鉴定模块,用于提取高通量测序数据中各dna序列中的标引序列对;当某一dna序列中的标引序列对为某一生物样本所对应的标引序列对时,则判定该dna序列属于该生物样本,从而得到各生物样本的dna序列;
14、其中,第一标引序列和第二标引序列均为碱基序列。
15、进一步优选地,第一标引序列的长度为4~9个碱基,第二标引序列的长度为4~9个碱基。
16、进一步优选地,第一标引序列和第二标引序列的长度均为6个碱基。
17、进一步优选地,各生物样本溶液以阵列形式进行放置,同一行生物样本溶液中所加入的第一标引序列相同,所加入的第二标引序列不同;同一列生物样本溶液中所加入的第二标引序列相同,加入的第一标引序列不同。
18、第三方面,本专利技术提供了一种基因分析系统,包括:本专利技术第二方面所提供的批量化dna测序系统,以及分析模块;
19、其中,分析模块用于提取各生物样本dna序列中的sgrna序列或crispr靶序列,并进行分析。
20、总体而言,通过本专利技术所构思的以上技术方案,能够取得以下有益效果:
21、1、本专利技术提供了一种生物样本的批量化dna测序方法,为待测序的一批生物样本中的每一个生物样本均分配一个对应的标引序列对,并将标引序列对加入到每一个生物样本溶液中进行标识后再进行pcr扩增,在得到高通量测序数据后,通过检测高通量测序数据中各dna序列中的标引序列对,即可确认各dna序列所属的生物样本,从而实现了不同生物样本的高效快速准确地dna测序。
22、2、进一步地,本专利技术所提供的生物样本的批量化dna测序方法,极大提高了庞大生物样本的dna序列的鉴定效率,在大大降低分析测试成本以及提高序列识别准确度的同时,还提供了额外的dna序列信息,比如可以通过dna序列的读段数推测同一生物样本含有不同dna序列的比例。此外,还可以基于该比例提高信噪比,剔除实验过程中由于生物样品的污染而导致的假阳性。
23、3、进一步地,本专利技术所提供的生物样本的批量化dna测序方法,将各生物样本溶液以阵列形式进行放置,在同一行生物样本溶液中加入的第一标引序列相同,加入的第二标引序列不同;在同一列生物样本溶液中加入的第二标引序列相同,加入的第一标引序列不同,大大减小了标引序列对的数量,也进一步提高了识别对比的效率。
24、4、本专利技术所提供的生物样本的批量化dna测序方法,所加入的标引序列长度可根据具体使用情况进行调整,在生物样品量不多时,可只在引物的两端添加4个碱基长度的标引序列,基于此可降低引物的合成成本。
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1.一种生物样本的批量化DNA测序方法,其特征在于,包括:
2.根据权利要求1所述的批量化DNA测序方法,其特征在于,所述第一标引序列的长度为4~9个碱基;所述第二标引序列的长度为4~9个碱基。
3.根据权利要求2所述的批量化DNA测序方法,其特征在于,所述第一标引序列和所述第二标引序列的长度均为6个碱基。
4.根据权利要求1-3任意一项所述的批量化DNA测序方法,其特征在于,将各生物样本溶液以阵列形式进行放置,在同一行生物样本溶液中加入的第一标引序列相同,加入的第二标引序列不同;在同一列生物样本溶液中加入的第二标引序列相同,加入的第一标引序列不同。
5.一种生物样本的批量化DNA测序系统,包括:
6.根据权利要求5所述的批量化DNA测序系统,其特征在于,所述第一标引序列的长度为4~9个碱基;所述第二标引序列的长度为4~9个碱基。
7.根据权利要求6所述的批量化DNA测序系统,其特征在于,所述第一标引序列和所述第二标引序列的长度均为6个碱基。
8.根据权利要求5-7任意一项所述的批量化DNA测序系
9.一种基因分析系统,其特征在于,包括:权利要求5-8任意一项所述的批量化DNA测序系统,以及分析模块;
...【技术特征摘要】
1.一种生物样本的批量化dna测序方法,其特征在于,包括:
2.根据权利要求1所述的批量化dna测序方法,其特征在于,所述第一标引序列的长度为4~9个碱基;所述第二标引序列的长度为4~9个碱基。
3.根据权利要求2所述的批量化dna测序方法,其特征在于,所述第一标引序列和所述第二标引序列的长度均为6个碱基。
4.根据权利要求1-3任意一项所述的批量化dna测序方法,其特征在于,将各生物样本溶液以阵列形式进行放置,在同一行生物样本溶液中加入的第一标引序列相同,加入的第二标引序列不同;在同一列生物样本溶液中加入的第二标引序列相同,加入的第一标引序列不同。
5.一种生物样本的批量化dna测序系统,包括:...
【专利技术属性】
技术研发人员:栗茂腾,何坚杰,陈望,张礼斌,尹永泰,付春华,周惟贤,
申请(专利权)人:华中科技大学,
类型:发明
国别省市:
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