【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学与遗传育种领域，涉及到用于鉴定长牡蛎“海大1号”品种的snp位点组合及方法。
技术介绍
1、“海大1号”是中国培育的第一个长牡蛎新品种，它具有生长速度快、壳型规则、出肉率高等优点。它是通过对山东乳山海区自然采苗养殖的长牡蛎进行连续6代的群体选育而得到的，是中国第一个牡蛎新品种。它在山东、辽宁等地的中试养殖中表现出了良好的适应性和经济效益，每亩平均增产24.6%，新增产值1700多万元。是中国水产养殖业的一项重要创新成果，为我国牡蛎产业的发展提供了新的动力和选择。
2、但面对市面上出现以其他品种冒充“海大1号”品种的情况，目前的检测方法多停留在通过肉眼检测上，检测准确性不够高，且辨别时间长。snp分子标记是基因组中最丰富、最稳定、最广泛分布的遗传变异形式，可以覆盖基因组的各个区域，为基因组分析提供了大量的信息。它还具有高度的遗传稳定性和重复性，高度的特异性和灵敏度，不受环境因素的影响，可以在不同的实验室和平台之间进行比较和共享。snp分子标记具有高效的检测方法和技术，可以实现高通量、高密度、低成本的基因组分析。因此，运用snp分子标记技术可以为长牡蛎种质资源的鉴定和分类提供客观和可靠的依据，对于牡蛎养殖业的健康可持续发展具有重要意义。
技术实现思路
1、基于上述原因，本专利技术的目的在于提供“海大1号”品种的特异性snp位点组合及该组合的引物对，并提供了一种鉴定方法，可快速检测待测长牡蛎品种是否属于“海大1号”，有效打击市场假冒品种的泛滥程度。p>
2、为了实现上述目的，本申请第一个技术方案公开了一种用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的特异性snp位点组合，包括region1片段上2个snp位点和region2片段上3个snp位点；
3、其中，region1片段位于nc_047563.1号染色体第57954631-57955063位，碱基序列如seq id no:1所示，2个snp位点分别位于第57954732位，突变类型为a/g、第57954771位，突变类型为a/t；
4、region2片段位于nc_047565.1号染色体第9731887-9732248位，碱基序列如seqid no:2所示，3个snp位点分别位于第9732149位，突变类型为g/a、第9732153位，突变类型为a/t、第9732196位，其突变类型为t/a。
5、以及，包含上述特异性snp位点组合的分子指纹片段。
6、本申请第二个技术方案公开了一种用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的snp标记引物，包括第一技术方案所述region1片段和region2片段的扩增引物对，所述 region1的正向引物序列如seq id no:3、反向引物序列如seq id no:4；所述region2的正向引物序列如seq id no:5、反向引物序列如seq id no:6。
7、本申请的第三个技术方案公开了一种如技术方案一所述特异性snp位点组合在鉴定“海大1号”品种中的应用。
8、本申请的第四个技术方案公开了一种如技术方案三所述snp标记引物在鉴定“海大1号”品种中的应用。
9、本申请的第五个技术方案公开了一种“海大1号”长牡蛎品种鉴定方法，所述方法包括如下步骤：
10、s1.确定“海大1号”品种在权利要求1所述snp位点的联合基因型频率；
11、s2.提取待测长牡蛎品种的基因组dna，并利用权利要求3所述引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；
12、s3.对pcr扩增产物进行测序，得到待测长牡蛎品种在权利要求1所述snp位点的基因型；
13、s4.根据待测品种基因型，基于贝叶斯定理计算该个体属于“海大1号”品种的概率，判断待测品种是否为“海大1号”品种。
14、进一步的，s1中“海大1号”品种在上述snp位点的联合基因型及频率如下：其在region1片段上2个snp位点出现gg-tt联合基因型的频率为1；在region2片段上3个snp基因位点出现ga-at-ta联合基因型的频率为0.08；出现aa-tt-aa联合基因型的频率为0.92。
15、进一步的，所述s4中基于贝叶斯定理计算的公式为：。
16、进一步的，所述s4中以0.95为阈值，当计算得出待测品种概率≥0.95时，判断待测样品为“海大1号”品种。
17、本专利技术的有益效果为：本专利技术公开了长牡蛎“海大1号”品种在2个染色体片段上的特异性snp位点，并公开了该两个染色体片段上特异性snp位点的联合基因型频率，以及根据上述特异性snp位点及联合基因型频率的“海大1号”品种的鉴定方法；克服了传统肉眼辨别“海大1号”品种时出现的准确度低、鉴定时间长等问题，提高了品种鉴别的便捷性及准确性。
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1.用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的特异性SNP位点组合，其特征在于，包括Region1片段上2个SNP位点和Region2片段上3个SNP位点；
2.包含权利要求1所述特异性SNP位点组合的分子指纹片段。
3.用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的SNP标记引物，其特征在于，包括权利要求1所述Region1片段和Region2片段的扩增引物对，所述 Region1的正向引物序列如SEQ ID No:3、反向引物序列如SEQ ID No:4；所述Region2的正向引物序列如SEQ ID No:5、反向引物序列如SEQ ID No:6。
4.一种如权利要求1所述特异性SNP位点组合在鉴定“海大1号”品种中的应用。
5.一种如权利要求3所述SNP标记引物在鉴定“海大1号”品种中的应用。
6.一种“海大1号”长牡蛎品种鉴定方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
7.根据权利要求6所述鉴定方法，其特征在于，S1中“海大1号”品种在权利要求1所述SNP位点的联合基因型及频率如下：其在Region1片段上2个SNP位点出现
8.根据权利要求6所述鉴定方法，其特征在于，所述S4中基于贝叶斯定理计算的公式为：
9.根据权利要求6所述鉴定方法，其特征在于，所述S4中以0.95为阈值，当计算得出待测品种概率≥0.95时，判断待测样品为“海大1号”品种。
...【技术特征摘要】
1.用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的特异性snp位点组合，其特征在于，包括region1片段上2个snp位点和region2片段上3个snp位点；
2.包含权利要求1所述特异性snp位点组合的分子指纹片段。
3.用于“海大1号”长牡蛎品种鉴定的snp标记引物，其特征在于，包括权利要求1所述region1片段和region2片段的扩增引物对，所述 region1的正向引物序列如seq id no:3、反向引物序列如seq id no:4；所述region2的正向引物序列如seq id no:5、反向引物序列如seq id no:6。
4.一种如权利要求1所述特异性snp位点组合在鉴定“海大1号”品种中的应用。
5.一种如权利要求3所述snp标记引物在鉴...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘士凯，张子豪，陈晨光，李琪，
申请(专利权)人：中国海洋大学，
类型：发明
国别省市：
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