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基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型及应用制造技术

技术编号:40118815 阅读:8 留言:0更新日期:2024-01-23 20:19
本发明专利技术公开了一种基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型及其应用,该模型利用包括LMNB2,NCAPD2,MELK,NUF2,TMEM158,DLL1,RECQL4,BCAT1,CALB2,NDRG4,CDC45在内的11个基因构建而成。研究首次发现了肾上腺皮质癌中ECM对其预后的影响,通过ECM不同集群筛选出11个具有预后预测价值的差异表达基因,并构建了ACC预后预测新模型,为预测ACC患者预后提供了新方法。通过该模型相关的差异基因的功能富集途径、免疫微环境、药敏分析,探索了该模型影响患者预后、治疗反应的潜在机制,为目前的临床治疗手段提供新思路。

【技术实现步骤摘要】

:本专利技术属于肾上腺皮质癌预测,具体涉及基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型及应用


技术介绍

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技术介绍

1、肾上腺皮质癌(acc)是一种起源于肾上腺皮质的内分泌恶性肿瘤,年发病率为每百万人分之一,预后不良,5年生存率为11-100%。近一半患者确诊时存在远处转移,总体中位生存期在5-20个月左右。手术是早期患者唯一治愈机会,但即使是肿瘤的完全切除,术后5年的无病生存率也仅为30%左右。手术、米托坦、放疗、化疗、靶向、免疫等综合治疗在晚期患者中显示出一定潜力,但总体疗效仍十分有限。

2、肿瘤微环境(tumor microenvironment,tme)是由肿瘤细胞、基质细胞、细胞外基质(ecm)以及各种细胞因子和趋化因子构成的一个综合网络系统,与肿瘤各种生物过程息息相关,可能成为改善患者预后的潜在治疗靶点。其中ecm是肿瘤微环境中为肿瘤细胞提供生化成分和结构支持的非细胞成分,与肿瘤的侵袭、转移、扩散息息相关。越来越多的研究表明,ecm相关基因可以作为肿瘤预后预测和个性化治疗的潜在靶标。然而,作为肿瘤微环境的关键成分之一,ecm与acc预后之间的关系仍然未知。虽然基于ecm的肿瘤微环境改变在癌症的发生发展中非常重要,与肿瘤预后密切相关,但是在acc中尚无ecm相关的预后研究。因此,进一步探索acc的预后预测因素,有助于确定获益人群,对于寻找潜在治疗方法以及指导临床治疗方案的制定至关重要。


技术实现思路

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技术实现思路

1、基于细胞外基质(ecm)的肿瘤微环境改变在癌症的发生发展中非常重要,与肿瘤预后密切相关,但在acc中尚无ecm相关的预后研究。为进一步探索acc的预后预测因素,确定获益人群,寻找潜在治疗方法。本专利技术的首要目的是基于癌症基因组图谱(tcga)和基因表达综合(geo)数据库,通过生物信息学分析筛选与acc预后相关的基于ecm分型的差异表达基因(degs),构建了包含11个关键基因的预后预测模型。该模型在预测acc患者预后中表现优异。组成该模型的11个关键degs,可能作为acc患者预后指标和治疗潜在靶点。所述的基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型,利用包括lmnb2,ncapd2,melk,nuf2,tmem158,dll1,recql4,bcat1,calb2,ndrg4,cdc45在内的11个基因构建而成。

2、所述的预后模型,对标本进行基因检测,将模型中11个关键基因的表达fpkm值套入模型评分公式中,获得最终的模型评分;如果高于模型的截断值则为高危组,否则为低危组。

3、所述的预后模型,

4、模型评分=lmnb2×0.86+ncapd2×0.62+melk×0.56+nuf2×0.35+tmem158×0.35+dll1×0.30+recql4×0.21+bcat1×0.20-calb2×0.12-ndrg4×0.25-cdc45×0.58;截断值为5.2378。

5、本专利技术的第二个目的是提供所述的成人肾上腺皮质癌预后模型在构建成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

6、本专利技术的第三个目的是提供检测lmnb2,ncapd2,melk,nuf2,tmem158,dll1,recql4,bcat1,calb2,ndrg4,cdc45任一基因表达水平的试剂在制备成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

7、尤其是检测lmnb2、tmem158、dll1、recql4或cdc45表达水平的试剂在制备成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

8、上述11个基因的序列在gene bank上的编号如下:

9、lmnb2:id:84823

10、ncapd2:id:9918

11、melk:id:9833

12、nuf2:id:83540

13、tmem158:id:25907

14、dll1:id:28514

15、recql4:id:9401

16、bcat1:id:586

17、calb2:id:794

18、ndrg4:id:65009

19、cdc45:id:8318

20、本专利技术的这种新模型对于acc患者的预后预测简单易行。对患者的病理标本进行基因检测,将模型中11个关键基因的表达fpkm值(采用rnaseq基因检测获得)套入该模型的危险评分公式中,就可以获得最终的危险值。如果高于模型的截断值则为高危组,否则为低危组,两组间预后有显著差异,同时还能提供一定的药敏信息和免疫微环境数据,为临床用药提供思路,对于患者和医生都具有较大的临床支持作用。

21、该模型中的11个关键基因对于acc的治疗潜在靶点的研究具有开拓性的作用。研究首次发现了肾上腺皮质癌(acc)中ecm对其预后的影响,鉴定了三种具有不同预后结局的ecm分子集群,通过ecm不同集群筛选出11个具有预后预测价值的差异表达基因,并构建了acc预后预测新模型,系统全面的分析了acc中ecm分型相关的差异基因的预后特征,为预测acc患者预后提供了一个新方法。通过该模型相关的差异基因的功能富集途径、免疫微环境、药敏分析,探索了该模型影响患者预后、治疗反应的潜在机制,为目前的临床治疗手段提供新思路。

22、总之,该模型是一种优异的预后预测方法,特异性和灵敏度高。同时还为探索acc的致病新机制以及潜在治疗策略提供了新思路,帮助探索更多的科研方向。不仅在经济上还在科研上甚至在社会影响上均有帮助,因此该模型的应用具有较高的社会价值。

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【技术保护点】

1.基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型,其特征在于,利用包括LMNB2,NCAPD2,MELK,NUF2,TMEM158,DLL1,RECQL4,BCAT1,CALB2,NDRG4,CDC45在内的11个基因构建而成。

2.根据权利要求1所述的预后模型,其特征在于,对标本进行基因检测,将模型中11个关键基因的表达FPKM值套入模型的危险评分公式中,获得最终的模型评分;如果高于模型的截断值则为高危组,否则为低危组。

3.根据权利要求2所述的预后模型,其特征在于,模型评分=LMNB2×0.86+NCAPD2×0.62+MELK×0.56+NUF2×0.35+TMEM158×0.35+DLL1×0.30+RECQL4×0.21+BCAT1×0.20-CALB2×0.12-NDRG4×0.25-CDC45×0.58;截断值为5.2378。

4.权利要求1-3任一项所述的成人肾上腺皮质癌预后模型在构建成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

5.检测LMNB2,NCAPD2,MELK,NUF2,TMEM158,DLL1,RECQL4,BCAT1,CALB2,NDRG4,CDC45任一基因表达水平的试剂在制备成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

6.检测LMNB2、TMEM158、DLL1、RECQL4、CDC45中任一基因表达水平的试剂在制备成人肾上腺皮质癌预后工具中的应用。

7.检测LMNB2,NCAPD2,MELK,NUF2,TMEM158,DLL1,RECQL4,BCAT1,CALB2,NDRG4,CDC45任一基因表达水平的试剂在排除诊断和治疗目的的基因功能富集途径、免疫微环境、药敏分析中的应用。

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【技术特征摘要】

1.基于细胞外基质相关基因分型的成人肾上腺皮质癌预后模型,其特征在于,利用包括lmnb2,ncapd2,melk,nuf2,tmem158,dll1,recql4,bcat1,calb2,ndrg4,cdc45在内的11个基因构建而成。

2.根据权利要求1所述的预后模型,其特征在于,对标本进行基因检测,将模型中11个关键基因的表达fpkm值套入模型的危险评分公式中,获得最终的模型评分;如果高于模型的截断值则为高危组,否则为低危组。

3.根据权利要求2所述的预后模型,其特征在于,模型评分=lmnb2×0.86+ncapd2×0.62+melk×0.56+nuf2×0.35+tmem158×0.35+dll1×0.30+recql4×0.21+bcat1×0.20-calb2×0.12-ndrg4×0.25-cdc45×...

【专利技术属性】
技术研发人员:王晶晶江雨鹏单敏婕许超
申请(专利权)人:中南大学湘雅二医院
类型:发明
国别省市:

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