【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开总体上涉及表达载体文库，并且更具体地涉及用于鉴定候选治疗部分的表达载体文库。
技术介绍
1、尽管最近取得了进展，但在基因疗法和其它类型的临床干预中仍存在许多挑战，所述挑战包含将体外研究转化为体内疗法，在疾病病因未知或未被充分了解时设计疗法，筛选大量干预和疗法靶标，以及在体内筛选疗法以说明影响疗法设计、安全性和/或功效的胞内和胞外因素。由于导致疾病或病状的多种途径和因素，包含细胞和环境因素，和/或涉及知之甚少的机制，用于衰老相关疾病或病状的疗法可能是复杂的。
技术实现思路
1、需要用于筛选和鉴定解决本领域中的一个或多个挑战的新颖疗法或干预的更高效和有效的方法。
2、本公开至少部分地基于涉及增强筛选方法的有效性以鉴定可用于治疗人类或其它动物的多种疾病或病状的候选治疗部分的发现。在一些实施例中，本文提供的方法涉及将具有可表达的治疗部分、治疗部分条形码和捕获序列的合并表达盒递送到组织。此类盒可以引起治疗部分在体内(例如，在动物中)的表达，然后可以通过检测对应治疗部分条形码来鉴定所述治疗部分。捕获序列可以用于允许更有效地鉴定治疗条形码，也可以从中鉴定治疗部分。治疗部分条形码和捕获序列可以在基于液滴的单细胞测序期间扩增。在一些方面和实施例中，本公开涉及增加治疗部分条形码和捕获序列的量，以便改进治疗部分条形码的捕获并且改进单细胞筛选的成本效率。
3、大多数基于液滴的单细胞测序系统排他地捕获聚腺苷酸化转录物，并且因此先前的合并筛选表达来自聚合酶ii启动子(pol ii
4、在一个实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含一个或多个表达载体，所述一个或多个表达载体各自包含表达盒，所述表达盒包含(a)聚合酶ii启动子，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性；以及(b)聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与编码shrna的核酸序列、治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接。在一些方面，所述聚合酶iii启动子定向在所述表达载体上的所述聚合酶ii启动子的下游。
5、在另一个实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含一个或多个表达载体，所述一个或多个表达载体各自包含(a)第一表达盒，所述第一表达盒包含聚合酶ii启动子和治疗转基因，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性；以及(b)第二表达盒，所述第二表达盒包含聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接。在一些方面，所述一个或多个表达载体包含所述第二表达盒的两个、三个、四个、五个或多于五个拷贝。
6、在另外的实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含一个或多个表达载体，所述一个或多个表达载体各自包含(a)第一表达盒，所述第一表达盒包含聚合酶ii启动子和一个或多个mirna，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性；以及(b)第二表达盒，所述第二表达盒包含聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接。在一些方面，所述一个或多个mirna在转录物的3′或5′非翻译区(utr)处表达。例如，所述一个或多个mirna可以是1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个或更多个mirna。
7、在一个实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含一个或多个表达载体，所述一个或多个表达载体各自包含(a)第一表达盒，所述第一表达盒包含聚合酶ii启动子和下游聚合酶iii启动子，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个报告基因共同指示细胞的细胞状态的可能性，所述下游聚合酶iii启动子与编码shrna的核酸序列可操作地连接；以及(b)第二表达盒，所述第二表达盒包括聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接。在一些方面，所述一个或多个表达载体包含所述第二表达盒的两个、三个、四个、五个或多于五个拷贝。
8、在另一个实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含：第一多个表达载体，所述第一多个表达载体各自包含(a)第一表达盒，所述第一表达盒包含聚合酶ii启动子和下游聚合酶iii启动子，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个第一报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个第一报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性，所述下游聚合酶iii启动子与编码sgrna的核酸序列可操作地连接；(b)第二表达盒，所述第二表达盒包含聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接；以及第二多个表达载体，所述第二多个表达载体各自包含(c)第三表达盒，所述第三表达盒包含聚合酶ii启动子，所述聚合酶ii启动子与编码sacas9的核酸序列和编码一个或多个第二报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个第二报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性。在一些方面，所述第二报告基因不同于所述第一报告基因。在其它方面，所述一个或多个第一表达载体包含所述第二表达盒的两个、三个、四个、五个或多于五个拷贝。
9、在另外的实施例中，本公开提供了一种文库，所述文库包含：第一多个表达载体，所述第一多个表达载体各自包含(a)第一表达盒，所述第一表达盒包含聚合酶ii启动子，所述聚合酶ii启动子与编码一个或多个第一报告基因的核酸序列可操作地连接，所述一个或多个第一报告基因当在细胞中表达时共同指示细胞的细胞状态的可能性；(b)第二表达盒，所述第二表达盒包含聚合酶iii启动子，所述聚合酶iii启动子与编码sgrna的核酸序列、治疗部分条形码和捕获序列可操作地连接；以及第二多个表达载体本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种文库，其包括：
2.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
3.一种文库，其包括：
4.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
5.一种文库，其包括：
6.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
7.一种文库，其包括：
8.根据权利要求7所述的文库，其中所述一个或多个miRNA在转录物的3′或5′非翻译区(UTR)处表达。
9.根据权利要求7所述的文库，其中一个或多个miRNA包括1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个或更多个miRNA。
10.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
11.一种文库，其包括：
12.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
13.一种文库，其包括：
14.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
15.一种文库，其包括：
16.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
17.一种文库，其包括：
19.一种文库，其包括：
20.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
21.一种文库，其包括：
22.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
23.一种文库，其包括：
24.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
25.根据权利要求1至4、7至9或12至23中任一项所述的方法或组合物，其中所述shRNA、所述miRNA或所述sgRNA含有长度为14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个、22个、23个、24个、25个、26个、27个、28个或29个核苷酸的延伸的发夹环。
26.根据权利要求1至4、7至10或13至24中任一项所述的方法或组合物，其中所述shRNA、所述miRNA或所述sgRNA含有长度为17个、18个、19个、20个、21个、22个或23个核苷酸的延伸的发夹环。
27.根据权利要求1至4、7至10或13至24中任一项所述的方法或组合物，其中所述shRNA、所述miRNA或所述sgRNA含有长度为18个、19个、20个、21个或22个核苷酸的延伸的发夹环。
28.根据权利要求1至4、7至10或13至24中任一项所述的方法或组合物，其中所述shRNA、miRNA或sgRNA含有长度为19个、20个或21个核苷酸的延伸的发夹环。
29.根据前述权利要求中任一项所述的文库，其中所述第一表达盒、所述第二表达盒和/或所述第三表达盒进一步包括一个或多个分子富集序列和/或唯一基因组标识(UGI)序列。
30.根据前述权利要求中任一项所述的文库，其中所述捕获序列具有包括SEQ ID NO：1-2中的任一个的序列。
31.根据前述权利要求中任一项所述的文库，其中所述捕获序列被刺突寡核苷酸替代或补充有所述刺突寡核苷酸。
32.根据权利要求31所述的文库，其中所述刺突寡核苷酸具有包括SEQ ID NO：3-4中的任一个的序列。
33.根据权利要求29所述的文库，其中所述一个或多个分子富集序列具有包括SEQ IDNO：5-84中的任一个的序列。
34.根据权利要求29所述的文库，其中所述UGI具有包括SEQ ID NO：85的序列。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种文库，其包括：
2.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
3.一种文库，其包括：
4.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
5.一种文库，其包括：
6.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
7.一种文库，其包括：
8.根据权利要求7所述的文库，其中所述一个或多个mirna在转录物的3′或5′非翻译区(utr)处表达。
9.根据权利要求7所述的文库，其中一个或多个mirna包括1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个或更多个mirna。
10.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
11.一种文库，其包括：
12.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
13.一种文库，其包括：
14.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
15.一种文库，其包括：
16.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
17.一种文库，其包括：
18.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
19.一种文库，其包括：
20.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
21.一种文库，其包括：
22.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
23.一种文库，其包括：
24.一种鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
25.根据权利要求1至4、7至9或12至23中任一项所述的方法或组合物，其中所述shrna、所述mirna或所述sgrna含有长度为14个、15个、16个、...
【专利技术属性】
技术研发人员：M·B·詹森，D·福恩特斯，
申请(专利权)人：戈迪安生物技术公司，
类型：发明
国别省市：
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