【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开涉及在具有肺结节的受试者中鉴定肺癌的方法。更具体地，本公开涉及一种通过联合肺结节的放射学特征和多个甲基化生物标志物基因诊断肺癌的方法。
技术介绍
1、肺癌是全球第二常见的癌症，也是全球癌症死亡的主要原因[1]。在1987年，它超过了乳腺癌，成为女性癌症相关死亡的主要原因。到2020年，肺癌预计将占全部女性癌症死亡人数的22％，占全部男性癌症死亡人数的23％[1]。
2、肺癌的超高死亡率可归因于高度晚期诊断。肺癌所有分期的5年生存率仅为15～19％。早期诊断的结果可以明显更好，尤其是对于i期，5年生存率可以提高到81-85％[2，3]。因此，提高肺癌早期筛查似乎是合理的。低剂量计算机断层扫描(ldct)作为一种可靠的早期检测肺癌的筛查工具被广泛接受。国家肺部筛查试验(nlst)报告称，ldct可将高危人群的死亡率降低20％[4，5]。然而，由于ldct的广泛使用，肺结节(pn)在无症状个体中的出现频率增加。高假阳性率和过度诊断限制了ldct筛查的诊断准确性。国家肺部筛查试验显示，在重度吸烟者中，ldct检测到的不确定pn的阳性率为24.2％；然而，在三轮筛查中，96.4％的pn最终被确认为假阳性[5]。
3、目前，为了预测ldct发现的pn的恶性概率，已经提出了一系列检查技术，包括非侵入性和侵入性方法[6]。每种方法都有优点和缺点。非侵入性方法包括随访至2年的正电子发射断层扫描、ldct、或磁共振成像，以确定它是否是良性病变。这些非侵入性方法通常会导致不必要的辐射暴露、焦虑、流程以及良性病变受试者的额
4、分析肺肿瘤相关的体液分子变化可以为检测肺癌提供一种安全和经济有效的方法。dna甲基化是一种相对稳定的生化修饰；它不仅可以从组织中检测到，还可以在血清和血浆中检测到[8]。血浆中dna甲基化的评估为区分良性和恶性pn提供了一种潜在的成本效益高的方法。在几项研究中，前列腺素e受体4基因(ptger4)、ras关联结构域家族1a(rassf1a)和身材矮小同源盒基因2(shox2)甲基化已被单独鉴定为诊断肺癌的有价值生物标志物[9，10，11，12]。然而，研究这三种甲基化生物标志物是否有助于识别ldct检测的pn患者中的肺癌的报道很少。
5、先前的研究还表明，根据受试者的人口统计学特征和ct图像上pn的放射学特征，构建的预测模型可以区分良性pn和恶性pn[13，14，15，16]。例如，swensen等人基于六个独立预测因素(患者年龄、吸烟史、癌症史、结节直径、上叶位置和毛刺)开发了mayo clinic模型，其诊断恶性pn的auc为0.83[13]。gould等人建立了另一个预测模型，根据年龄、吸烟史、结节直径和戒烟情况得出0.78auc[14，15]。最近，mcwilliams等人还开发了两个类似的预测模型，auc为0.89-0.91[16]。尽管这些基于临床/放射学特征的模型在识别恶性pn方面很有前景，但诊断准确性仍需提高。
6、考虑到肺癌发展过程中复杂的肿瘤微环境和克隆选择，单独使用循环生物标志物或单独使用临床/放射学因素可能对肺癌没有足够的诊断准确性。
技术实现思路
1、在一方面，本文提供了多个甲基化生物标志物基因与肺结节的放射性特征联合使用在受试者中预测肺癌的用途。
2、在一些实施方案中，所述甲基化生物标志物基因选自ptger4、rassf1a和shox2。
3、在一些实施方案中，所述多个甲基化生物标志物基因为ptger4、rassf1a和shox2。
4、在一些实施方案中，所述放射学特征为所述肺结节的大小。
5、在一些实施方案中，所述放射学特征为所述肺结节的直径。
6、在一些实施方案中，所述受试者具有多个肺结节，并且所述放射性特征为最大肺结节的直径。
7、在一些实施方案中，所述直径为ct产生的直径。
8、在一些实施方案中，所述直径为ldct产生的直径。
9、在一些实施方案中，所述肺癌为恶性肺结节。
10、在另一方面，本文提供了在具有肺结节的受试者中鉴定肺癌的方法，包括：确定所述受试者中所述肺结节的放射性特征；检测来自所述受试者的样品中多个甲基化生物标志物的甲基化水平；以及通过将所述放射性特征与所检测的甲基化水平联合使用来评估所述受试者是否具有肺癌。
11、在一些实施方案中，所述甲基化生物标志物基因选自ptger4、rassf1a和shox2。
12、在一些实施方案中，所述多个甲基化生物标志物基因为ptger4、rassf1a和shox2。
13、在一些实施方案中，所述的甲基化水平检测通过使用甲基化特异性引物对来进行。
14、在一些实施方案中，用于ptger4基因的甲基化特异性引物对包括seq id nos:4和5的序列或seq id nos:8和9的序列；用于rassf1a基因的甲基化特异性引物对包括seq idnos:12和13的序列或seq id nos:16和17的序列；用于shox2基因的甲基化特异性引物对包括seq id nos:20和21的序列或seq id nos:24和25的序列。
15、在一些实施方案中，所述放射学特征为所述肺结节的大小。
16、在一些实施方案中，所述放射学特征为所述肺结节的直径。
17、在一些实施方案中，所述受试者具有多个肺结节，并且所述放射性特征为最大肺结节的直径。
18、在一些实施方案中，所述直径为ct产生的直径。
19、在一些实施方案中，所述直径为ldct产生的直径。
20、在一些实施方案中，所述评估基于采用由具有恶性肺结节的患者和具有良性肺结节的患者构成的训练队列构建的预测模型，其中关于所述肺结节放射性特征和甲基化生物标志物基因的水平以及所述受试者是否为肺癌患者的信息在所述训练队列中是已知的。
21、在一些实施方案中，所述预测模型为逻辑回归模型。
22、在一些实施方案中，所述肺癌为恶性肺结节。
23、在一些实施方案中，所述预测模型表示为：恶性pn概率＝ex/(1+ex)，其中e为自然对数的底，x＝-4.433+1.066×(8.327-0.103*2-δct.shox2-0.184*2-δct.rassf1a-0.077*2-δct.ptger4)+0.151×所述肺结节直径。
24、在另一方面，本文提供了用于在具有肺结节的受试者中鉴定肺癌的试剂盒，包括用于在来自所述受试者的样品中检测多个甲基化标志物基因ptger4,rassf1a and shox2的甲基化水平的试剂。
25、在一些实施方案中，所述用于检测甲基化水平的试剂包本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.多个甲基化生物标志物基因与肺结节的放射性特征联合在受试者中预测肺癌的用途。
2.如权利要求1所述的用途，其中所述甲基化生物标志物基因选自PTGER4、RASSF1A和SHOX2。
3.如权利要求1或2所述的用途，其中所述多个甲基化生物标志物基因为PTGER4、RASSF1A和SHOX2。
4.如权利要求1所述的用途，其中所述放射学特征为所述肺结节的大小。
5.如权利要求4所述的用途，其中所述放射学特征为所述肺结节的直径。
6.如权利要求5所述的用途，其中所述受试者具有多个肺结节，并且所述放射性特征为最大肺结节的直径。
7.如权利要求5所述的用途，其中所述直径为CT产生的直径。
8.如权利要求7所述的用途，其中所述直径为LDCT产生的直径。
9.如权利要求1所述的用途，其中所述肺癌为恶性肺结节。
10.在具有肺结节的受试者中鉴定肺癌的方法，包括：
11.如权利要求10所述的方法，其中所述甲基化生物标志物基因选自PTGER4、RASSF1A和SHOX2。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.多个甲基化生物标志物基因与肺结节的放射性特征联合在受试者中预测肺癌的用途。
2.如权利要求1所述的用途，其中所述甲基化生物标志物基因选自ptger4、rassf1a和shox2。
3.如权利要求1或2所述的用途，其中所述多个甲基化生物标志物基因为ptger4、rassf1a和shox2。
4.如权利要求1所述的用途，其中所述放射学特征为所述肺结节的大小。
5.如权利要求4所述的用途，其中所述放射学特征为所述肺结节的直径。
6.如权利要求5所述的用途，其中所述受试者具有多个肺结节，并且所述放射性特征为最大肺结节的直径。
7.如权利要求5所述的用途，其中所述直径为ct产生的直径。
8.如权利要求7所述的用途，其中所述直径为ldct产生的直径。
9.如权利要求1所述的用途，其中所述肺癌为恶性肺结节。
10.在具有肺结节的受试者中鉴定肺癌的方法，包括：
11.如权利要求10所述的方法，其中所述甲基化生物标志物基因选自ptger4、rassf1a和shox2。
12.如权利要求10或11所述的方法，其中所述多个甲基化生物标志物基因为ptger4、rassf1a和shox2。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述的甲基化水平检测通过使用甲基化特异性引物对来进行。
14.如权利要求12所述的方法，其中用于ptger4基因的甲基化特异性引物对包括seqid nos:4和5的序列或seq id nos:8和9的序列；用于rassf1a基因的甲基化特异性引物对包括seq id nos:12和13的序列或seq id nos:16和17的序列；用于shox2基因的甲基化特异性引物对包括seq id nos:20和21的序列或seq id nos:24和25的序列。
15.如权利要求12所述的方法，其中所述放射学特征为所述肺结节的大小。
16.如权利要求15所述的方法，其中...
【专利技术属性】
技术研发人员：李明明，蒲珏，
申请(专利权)人：北京艾克伦医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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