【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子辅助诊断领域，并且具体地涉及肝癌组织特异性甲基化标志物及其诊断肝癌的应用。
技术介绍
1、肝癌在早期往往没有明显的临床症状和体征，肿瘤肿块生长缓慢且迅 速。大多数患者仅在晚期发现，导致治疗选择有限，预后极差。
2、最近的生存率数据显示，中国人群癌症登记处的肝癌5年生存率约为 9.8％-12.1％(zeng h m等，2018)，医院癌症登记处的肝癌5年生存率为11.69％ (chen j g等，2018)。此外，1958-1970年、1971-1982年和1983-1994年接受 手术切除的患者的5年生存率分别为4.8％、11.2％和45.4％；小肝癌切除术患 者的死亡率为63.8％(zhou x d等，1996)。在过去的4-50年中，afp的应用 价值和早期检测的筛查效益的结果还不明确(chenjg等，2003；bruix j等， 2005；amarapurkar d等，2009；santi v等，2010；kubota h等，2002)。到 目前为止，还没有国际公认的肝癌筛查计划，学术界也没有形成科学共识。 然而，病例报告和研究报告提供了证据，证明筛查是实现肝癌早期发现、早 期诊断和早期治疗的有效途径。筛查对改善预后和降低死亡率具有积极而重 要的意义，尤其是在乙型肝炎/肝癌流行区。
3、dna甲基化检测技术被认为是最有潜力的无创癌症筛查手段，已经有技术被证明可以用来进行癌症筛查和组织溯源(e.a.klein等，2021)。这样就可以设计出一款检测多重癌症的检测手段，同时对多重癌症进
4、本领域中需要用于肝癌组织特异性甲基化标志物。
技术实现思路
1、急需用于针对肝癌的组织特异性甲基化标志物。本专利技术人从7个癌种(肺 癌，结直肠癌，肝癌，胃癌，食管癌，胰腺癌，乳腺癌)的大量下一代测序 (ngs)cfdna甲基化靶向测序数据中筛选到肝癌组织特异性的甲基化标志 物。专利技术人使用筛选得到的甲基化标志物进行机器学习模型的构建和验证， 用于泛癌种早期筛查过程中对肝癌的组织溯源，达到更好的区分肝癌的目 的。
2、一方面，本专利技术提供了试剂或组件在制备试剂盒或装置中的用途，所述试剂盒或装置用于(1)区分肝癌患者与非肝癌的癌症患者，(2)用于诊断或辅助诊断肝癌；或者(3)用于泛癌筛查过程中对肝癌的组织溯源，其中试剂或组件包含检测样品基因组dna中肝癌组织特异性甲基化标志物的甲基化水平的试剂或组件，所述甲基化标志物是以下区域或其位点，所述区域是以下基因以及该基因在其所处的染色体中的3kb上游区和3kb下游区：tal1(t-cell acute lymphocytic leukemia protein 1)基因；trim58基因；lbh基因；abcg5(atp binding cassette subfamily g member 5)基因；pax8(paired box 8)基因； dlec1基因；amigo3基因；rassf1基因；cldn11基因；slc2a9基因； slc9a3基因；cxxc5基因；foxc1基因；hist1h4f基因；trim40基因； hoxa13基因；crhr2基因；agpat6基因；tcf24基因；oplah基因；gpam 基因；adam8基因；grasp基因；b4galnt1基因；b4galnt1基因；stx2 基因；atl1基因；itpka基因；pif1基因；zfhx3基因；c1ql1基因；sept-9 基因；kctd1基因；pip5k1c基因；rasal3基因；cyp2f1基因；wisp2 基因；或任一种基因的互补序列或变体，只要变体中的甲基化位点未发生突变。在一个实施方案中，位点的长度为100bp-550bp。在一个实施方案中，位点的长度为150bp-480bp。
3、在一个实施方案中，非肝癌的癌症或泛癌包括结直肠癌、肺癌、胃癌、食管癌、胰腺癌和/或乳腺癌。
4、在一个实施方案中，甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：seq id no:1-37。
5、在一个实施方案中，试剂或组件包含以下一种或多种检测甲基化的方法中使用的试剂或组件：基于重亚硫酸盐转化的pcr、dna测序、甲基化敏感的限制性内切酶分析法、荧光定量法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线法和基于芯片的甲基化图谱分析和质谱法。
6、在一个实施方案中，试剂或组件包含用于检测甲基化标志物的引物和/ 或探针，和/或样品为细胞、组织、细针穿刺活检物和/或血浆，优选地，样品基因组dna是血浆中的游离dna。
7、在另一个方面，本专利技术提供了一种构建区分肝癌与其他非肝癌的预测模型的方法，其包括：
8、(1)获得肝癌样品和非肝癌的癌症样品的基因组dna中甲基化标志物的甲基化水平作为训练集；所述甲基化标志物选自以下区域或该区域的位点，所述区域是以下基因以及该基因在其所处的染色体中的3kb上游区和3kb下游区：tal1基因；trim58基因；lbh基因；abcg5基因；pax8基因；dlec1 基因；amigo3基因；rassf1基因；cldn11基因；slc2a9基因；slc9a3 基因；cxxc5基因；foxc1基因；hist1h4f基因；trim40基因；hoxa13 基因；crhr2基因；agpat6基因；tcf24基因；oplah基因；gpam基因； adam8基因；grasp基因；b4galnt1基因；b4galnt1基因；stx2基因；atl1基因；itpka基因；pif1基因；zfhx3基因；c1ql1基因；sept-9基因；kctd1基因；pip5k1c基因；rasal3基因；cyp2f1基因；wisp2基因；或任一种基因的互补序列或变体，只要变体中的甲基化位点未发生突变；和
9、(2)使用甲基化标志物的甲基化水平数据构建逻辑回归的机器学习模型。
10、在一个实施方案中，在一个实施方案中，位点的长度为100bp-550bp。在一个实施方案中，位点的长度为150bp-480bp。在一个实施方案中，非肝癌的癌症是结直肠癌、肺癌、胃癌、食管癌、胰腺癌和/或乳腺癌。
11、在一个实施方案中，甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：seq id no:1-37。
12、在一个实施方案中，样品为细胞、组织、细针穿刺活检物或血浆。在一个实施方案中，基因组dna是血浆中的游离dna。
13、在一个实施方案中，步骤(1)包括获得样品dna的甲基化测序数据。
14、在一个实施方案中，步骤(2)包括建立逻辑回归模型(例如pyth本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.试剂或组件在制备试剂盒或装置中的用途，所述试剂盒或装置用于(1)区分肝癌患者与非肝癌的癌症患者，(2)用于诊断或辅助诊断肝癌；或者(3)用于泛癌筛查过程中对肝癌的组织溯源，其中试剂或组件包含检测样品基因组DNA中肝癌组织特异性甲基化标志物的甲基化水平的试剂或组件，所述甲基化标志物是以下区域或其位点，所述区域是以下基因以及该基因在其所处的染色体中的3kb上游区和3kb下游区：TAL1基因；TRIM58基因；LBH基因；ABCG5基因；PAX8基因；DLEC1基因；AMIGO3基因；RASSF1基因；CLDN11基因；SLC2A9基因；SLC9A3基因；CXXC5基因；FOXC1基因；HIST1H4F基因；TRIM40基因；HOXA13基因；CRHR2基因；AGPAT6基因；TCF24基因；OPLAH基因；GPAM基因；ADAM8基因；GRASP基因；B4GALNT1基因；B4GALNT1基因；STX2基因；ATL1基因；ITPKA基因；PIF1基因；ZFHX3基因；C1QL1基因；SEPT-9基因；KCTD1基因；PIP5K1C基因；RASAL3基因；CYP2F1基因；WISP
2.根据权利要求1所述的用途，其中所述非肝癌的癌症或泛癌包括结直肠癌、肺癌、胃癌、食管癌、胰腺癌和/或乳腺癌。
3.根据权利要求1或2所述的用途，其中所述甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：SEQ ID NO:1-37。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的用途，其中试剂或组件包含以下一种或多种检测甲基化的方法中使用的试剂或组件：基于重亚硫酸盐转化的PCR、DNA测序、甲基化敏感的限制性内切酶分析法、荧光定量法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线法和基于芯片的甲基化图谱分析和质谱法。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的用途，其中试剂或组件包含用于检测甲基化标志物的引物和/或探针，和/或样品为细胞、组织、细针穿刺活检物和/或血浆，优选地，样品基因组DNA是血浆中的游离DNA。
6.一种构建区分肝癌与其他非肝癌的癌症的预测模型的方法，其包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：SEQ ID NO:1-37；
8.根据权利要求6或7所述的方法，其中步骤(1)包括获得样品DNA的甲基化测序数据。
9.根据权利要求6-8中任一项所述的方法，其中步骤(2)包括建立逻辑回归模型以得到模型预测分值；以及使用获得的甲基化标志物的甲基化水平作为训练集进行训练，并根据训练集的样本确定模型的相关阈值。
10.根据权利要求6-9中任一项所述的方法构建的肝癌预测模型。
11.诊断肝癌的装置，其包含存储器和处理存储器存储的指令的处理器，所述指令执行根据权利要求6-9中任一项所述的方法以构建肝癌预测模型；并且使用待测样品的基因组DNA中的甲基化标志物的甲基化水平作为测试集以得到模型预测分值，使用预测分值并根据阈值对样本是否是肝癌进行判断，大于阈值预测为肝癌，反之预测为其它癌种。
12.一种用于检测肝癌组织特异性甲基化标志物的试剂盒或装置，其包含检测来自样品的基因组DNA中的一种或多种肝癌组织特异性甲基化标志物状态和/或水平的试剂或组件，所述肝癌组织特异性甲基化标志物是以下区域或其位点，所述区域是以下基因以及该基因在其所处的染色体中的3kb上游区和3kb下游区：TAL1基因；TRIM58基因；LBH基因；ABCG5基因；PAX8基因；DLEC1基因；AMIGO3基因；RASSF1基因；CLDN11基因；SLC2A9基因；SLC9A3基因；CXXC5基因；FOXC1基因；HIST1H4F基因；TRIM40基因；HOXA13基因；CRHR2基因；AGPAT6基因；TCF24基因；OPLAH基因；GPAM基因；ADAM8基因；GRASP基因；B4GALNT1基因；B4GALNT1基因；STX2基因；ATL1基因；ITPKA基因；PIF1基因；ZFHX3基因；C1QL1基因；SEPT-9基因；KCTD1基因；PIP5K1C基因；RASAL3基因；CYP2F1基因；WISP2基因；或任一种基因的互补序列或变体，只要变体中的甲基化位点未发生突变；优选地，其中所述位点的长度为100bp-550bp，优选150bp-480bp；
13.根据权利要求12所述的试剂盒或装置，其中样品为细胞、组织、...
【技术特征摘要】
1.试剂或组件在制备试剂盒或装置中的用途，所述试剂盒或装置用于(1)区分肝癌患者与非肝癌的癌症患者，(2)用于诊断或辅助诊断肝癌；或者(3)用于泛癌筛查过程中对肝癌的组织溯源，其中试剂或组件包含检测样品基因组dna中肝癌组织特异性甲基化标志物的甲基化水平的试剂或组件，所述甲基化标志物是以下区域或其位点，所述区域是以下基因以及该基因在其所处的染色体中的3kb上游区和3kb下游区：tal1基因；trim58基因；lbh基因；abcg5基因；pax8基因；dlec1基因；amigo3基因；rassf1基因；cldn11基因；slc2a9基因；slc9a3基因；cxxc5基因；foxc1基因；hist1h4f基因；trim40基因；hoxa13基因；crhr2基因；agpat6基因；tcf24基因；oplah基因；gpam基因；adam8基因；grasp基因；b4galnt1基因；b4galnt1基因；stx2基因；atl1基因；itpka基因；pif1基因；zfhx3基因；c1ql1基因；sept-9基因；kctd1基因；pip5k1c基因；rasal3基因；cyp2f1基因；wisp2基因；或任一种基因的互补序列或变体，只要变体中的甲基化位点未发生突变；优选地，其中所述位点的长度为100bp-550bp，优选150bp-480bp。
2.根据权利要求1所述的用途，其中所述非肝癌的癌症或泛癌包括结直肠癌、肺癌、胃癌、食管癌、胰腺癌和/或乳腺癌。
3.根据权利要求1或2所述的用途，其中所述甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：seq id no:1-37。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的用途，其中试剂或组件包含以下一种或多种检测甲基化的方法中使用的试剂或组件：基于重亚硫酸盐转化的pcr、dna测序、甲基化敏感的限制性内切酶分析法、荧光定量法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线法和基于芯片的甲基化图谱分析和质谱法。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的用途，其中试剂或组件包含用于检测甲基化标志物的引物和/或探针，和/或样品为细胞、组织、细针穿刺活检物和/或血浆，优选地，样品基因组dna是血浆中的游离dna。
6.一种构建区分肝癌与其他非肝癌的癌症的预测模型的方法，其包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述甲基化标志物包含以下任一项或多项所示的核苷酸序列或者其互补序列或变体序列：seq id no:1-37；
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【专利技术属性】
技术研发人员：马成城，杨世方，谢可辉，李威，王佳，徐敏杰，何其晔，苏志熙，刘蕊，
申请(专利权)人：江苏鹍远生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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