用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组及试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及医学生物检测技术领域，提供了用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组及试剂盒，该引物探针组包括检测新冠病毒保守序列的引物探针组以及检测德尔塔突变株5个

【技术实现步骤摘要】
用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组及试剂盒


[0001]本专利技术属于医学生物检测
，涉及新型冠状病毒德尔塔突变株的检测，具体涉及用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组
、
基因芯片
、
试剂盒及检测系统
。

技术介绍

[0002]新型冠状病毒
(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
，
SARS
‑
CoV
‑
2)
是单股正链
RNA
病毒，直径
60
～
140nm
，该病毒基因组约由
29903
个核苷酸构成，编码4种结构蛋白：核蛋白
(nucleocapsid
，
N)、
包膜
(envelop
，
E)、
基质蛋白
(membrane
，
M)、
刺突蛋白
(spike
，
S)
以及
RNA
依赖性
RNA
聚合酶
(RNAdependent DNA polymerase
，
RdRp)。S
蛋白是重要的结构蛋白，其主要功能是通过受体结合结构域
(receptorbinding domain
，
RBD)、N
端结构域
(Nr/>‑
Terminal RNAbinding domain
，
NTD)
促进病毒包膜与宿主细胞的血管紧张素转换酶
2(angiotensin converting enzyme 2
，
ACE2)
结合，使宿主细胞和病毒融合
。
由于
ACE2
在广泛部位和器官
(
如呼吸道
、
心血管
、
胃肠道
、
肾脏等
)
高度表达，
SARS
‑
CoV
‑2变异，尤其是
S
蛋白上的特定位点的突变，不仅能影响病毒与人体细胞的亲和力，改变病毒的传染性和致病性，
S
蛋白作为诱发机体产生细胞和体液免疫的重要成分还可影响机体免疫应答
、
疫苗的抗体转化和单克隆抗体的中和作用
。
[0003]德尔塔是新冠病毒的一个突变株，最早于
2020
年9月发现于印度，从
2021
年4月逐渐显露出来并迅速蔓延，相较于
Alpha
和
Gamma
变异株，具有传播能力显著增强，潜伏期或者传代间隔缩短，病毒载量高的特点
。
[0004]德尔塔变异株通过将刺突蛋白
S
与
ACE2
受体结合来入侵宿主细胞，刺突蛋白
S
被弗林蛋白酶
(furin)
切割成
S1
亚基和
S2
亚基
。Sl
亚基由
n
端结构域
(NTD)
和受体结合结构域
(RBD)
组成，负责与宿主细胞上的
ACE2
受体结合，
S2
亚基负责膜融合
。
其次
RNA
病毒在复制过程中能与一种容易发生基因突变的
RNA
聚合酶相作用，在较短的复制周期内产生多种病毒种群，导致突刺蛋白
S
发生突变，刺突蛋白
S
的突变越多，免疫系统就越难识别它们，抗体也就越难附着，从而导致病毒被难以消灭，更有效地感染人类
。
[0005]目前，关于德尔塔变异株的大部分机制研究集中在
L452R
，
P681R
突变位点上，但其他关键突变位点仍然需要更多的实验研究
。
为了对新型冠状病毒
SARS
‑
CoV
‑2野生株和德尔塔变异株进行检测，且能有效评估受检者感染的
SARS
‑
CoV
‑2的传播性
、
致病性以及是否对疫苗有免疫逃逸，亟需专利技术一种能够一次性检测
SARS
‑
CoV
‑2保守序列和德尔塔突变株具有研究意义突变位点的试剂盒
。

技术实现思路

[0006]本专利技术针对上述问题进行，对德尔塔突变株的其他关键位点进行研究，提供了用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组，以及由该引物探针组衍生的相关产
品，如基因芯片
、
试剂盒
。
[0007]本专利技术第一方面，提供了用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组，包括检测新冠病毒保守序列的引物探针组，检测德尔塔突变株5个
SNP
突变位点的引物探针组，检测人内参基因的引物探针组和监控杂交的阴性质控探针
。
[0008]其中，检测新冠病毒保守序列的引物探针组包括检测
N
基因保守序列的引物探针组
、
检测
ORF1ab
基因保守序列的引物探针组
、
检测
E
基因保守序列的引物探针组；检测新冠病毒德尔塔突变株5个
SNP
突变位点的引物探针组包括检测
nCoV
‑
C241T
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
C3037T
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
C22995A
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
A23403G
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
G28882A
位点的引物探针组
。
[0009]在保证检测结果的准确性的前提下，将检测新冠病毒保守序列的引物探针组和检测德尔塔突变株5个
SNP
突变位点的引物探针组进行分组，新冠病毒保守序列和德尔塔突变株突变位点优化的特异性引物及其对应的靶标位点，如表1所示：
[0010]表1新冠病毒特异性引物及其对应的靶标位点
[0011][0012]优化的特异性探针及其对应的靶标位点，如表2所示：
[0013]表2新冠病毒特异性探针及其对应的靶标位点
[0014]探针名称序列
(5
’‑3’
)
序列号靶标基因3‑
025CAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCSEQ本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组，其特征在于，包括检测新冠病毒保守序列的引物探针组，以及检测德尔塔突变株5个
SNP
突变位点的引物探针组，所述检测新冠病毒保守序列的引物探针组包括检测
ORF1ab
基因保守序列的引物探针组
、
检测
N
基因保守序列的引物探针组
、
检测
E
基因保守序列的引物探针组，检测
ORF1ab
基因保守序列的引物如
SEQ ID NO.1
和2所示，探针序列如
SEQ ID NO.17
所示；检测
N
基因保守序列的引物如
SEQ ID NO.3
和4所示，探针序列如
SEQ ID NO.18
所示；检测
E
基因保守序列的引物如
SEQ ID NO.5
和6所示，探针序列如
SEQ ID NO.19
所示；所述检测德尔塔突变株5个
SNP
突变位点的引物探针组包括检测
nCoV
‑
C241T
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
C3037T
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
C22995A
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
A23403G
位点的引物探针组
、
检测
nCoV
‑
G28882A
位点的引物探针组，检测
nCoV
‑
C241T
位点的引物如
SEQ ID NO.7
和8所示，探针序列如
SEQ ID NO.20
和
SEQ ID NO.21
所示；检测
nCoV
‑
C3037T
位点的引物如
SEQ ID NO.9
和
10
所示，探针序列如
SEQ ID NO.22
和
SEQ ID NO.23
所示；检测
nCoV
‑
C22995A
位点的引物如
SEQ ID NO.11
和
12
所示，探针序列如
SEQ ID NO.24
和
SEQ ID NO.25
所示；检测
nCoV
‑
A23403G
位点的引物如
SEQ ID NO.13
和
14
所示，探针序列如
SEQ ID NO.26
和
SEQ ID NO.27
所示；检测
nCoV
‑
G28882A
位点的引物如
SEQ ID NO.15
和
16
所示，探针序列如
SEQ ID NO.28
和
SEQ ID NO.29
所示
。2.
根据权利要求1所述的用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组，其特征在于：其中，该引物探针组还包括检测人内参基因的引物探针组和监控杂交的阴性质控探针，所述检测人内参基因的引物探针组包括核苷酸序列如
SEQ ID NO.32
所示的正向引物
、
核苷酸序列如
SEQ ID NO.33
所示的反向引物和核苷酸序列如
SEQ ID NO.34
所示的探针；所述阴性质控探针的序列为空白
。3.
根据权利要求2所述的用于检测新冠病毒并鉴定德尔塔突变株的引物探针组，其特征在于：其中，下游引物的
5'
端用生物素进行修饰；探针
5'
端均包含一段由氨基修饰的
16

【专利技术属性】
技术研发人员：秦阳华，廖威，李洪波，朱滨，
申请(专利权)人：上海百傲科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：