一种鉴定大白菜杂交种纯度的方法及其使用的技术

本发明专利技术涉及一种鉴定大白菜杂交种纯度的方法及其使用的

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定大白菜杂交种纯度的方法及其使用的SNP引物组合


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴定大白菜杂交种纯度的方法及其使用的
SNP
引物组合；杂交种指杂交一代种，可能有亲本混杂
。

技术介绍

[0002]大白菜属于十字花科芸薹属叶用蔬菜，是典型的孢子体型自交不亲和类型，其作为人们日常生活中一类重要蔬菜，具有极高的经济与营养价值
。
大白菜为异花授粉作物，由于其自交不亲和性受到温度等环境因素影响，时常会出现亲本有极少量自交结实现象
。
目前大白菜杂交种主要采用自交不亲和性制种，杂种率达不到
100
％
。
由于现代分子技术的发展及人们对大白菜不同需求的变化，使得大白菜优新品种数量急剧增加，与此同时品种侵权
、
品种套盘的现象也层出不穷，屡禁不止
。
为维护育种者合法权益，减少农民及生产者的经济损失，在杂交种进入市场之前，均需进行纯度鉴定
。
种子纯度是种子质量的重要指标之一，纯度降低会导致减产甚至有可能抵消一个新品种的增产潜力
。
因此选择一种既高效又稳定的纯度鉴定方式，对大白菜新品种的纯度快速鉴定是十分必要的
。
[0003]随着测序技术的进步，分子标记技术在遗传与育种研究中的应用越来越普及，已经成为检测作物杂交种纯度真实且可靠的方法之一
。
分子标记技术不仅克服了田间种植鉴定易受环境影响
、
对鉴定专家水平要求高
、
周期长
、
占地面积大的缺点，还具有数量多，多态性高，不受季节
、
环境限制，不存在表达与否的优点，在品种纯度鉴定方面有着广泛的应用前景
。
[0004]近几年，已有一大批
SSR
标记定位到大白菜连锁图谱上
。
但利用
SSR
标记不能适应自动化
、
高通量
、
大规模的要求，同时
SSR
检测方式极易导致不真实
、
假阳性
、
假阴性的结果
。
随着白菜基因组测序的开展，大规模开发大白菜
SNP
标记成为可能
。
与
SSR
相比，
SNP
标记具有稳定性好
、
密度高
、
分布广泛
、
适于规模化筛选等优点，现已被应用于辣椒
、
黄瓜等作物的品种鉴定以及种子纯度检测等方面
。KASP
作为目前主要的
SNP
分型检测技术之一，相较于传统的分子标记
(RFLP
，
STS、SSR
等
)
有其独特的优势
。
[0005]鉴于此，特提出本专利技术
。

技术实现思路

[0006]针对现有技术的缺陷，本专利技术的目的之一在于提供一种鉴定大白菜杂交种纯度的方法及其使用的
SNP
引物组合
。
本专利技术方法和引物组合可以用于鉴定大白菜杂交种纯度
。
[0007]本专利技术的目的之二在于提供上述
SNP
引物组合的用途
。
[0008]本专利技术的目的之三在于提供一种
SNP
位点组合
。
[0009]为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0010]本专利技术第一方面提供一种
SNP
位点组合，包括大白菜基因组的8个
SNP
位点；所述8个
SNP
位点具体如下：
BCSNP01
位点为3号染色体上的第
3106517
位核苷酸；
BCSNP02
位点为6号染色体上的第
20202980
位核苷酸；
BCSNP03
位点为9号染色体上的第
3549613
位核苷酸；
BCSNP04
位点为
10
号染色体上的第
20135946
位核苷酸；
BCSNP05
位点为1号染色体上的第
26369261
位核苷酸；
BCSNP06
位点为2号染色体上的第
11733689
位核苷酸；
BCSNP07
位点为5号染色体上的第
17590267
位核苷酸；
BCSNP08
位点为7号染色体上的第
22173529
位核苷酸
。SNP
位点
BCSNP01
至
BCSNP08
在染色体上的位置是基于大白菜
Chiifu
‑
401
‑
42
参考基因组序列比对确定的，所述大白菜
Chiifu
‑
401
‑
42
参考基因组序列的版本号为
V3.0。
[0011]本专利技术第二方面提供一种
SNP
引物组合，包括第一引物组至第八引物组，其中，
[0012]第一引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP01
以确定
SNP
位点的
BCSNP01
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP01
位于3号染色体上的第
3106517
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
A
或
G
；
[0013]第二引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP02
以确定
SNP
位点的
BCSNP02
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP02
位于6号染色体上的第
20202980
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
G
或
C
；
[0014]第三引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP03
以确定
SNP
位点的
BCSNP03
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP03
位于9号染色体上的第
3549613
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
T
或
G
；
[0015]第四引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP04
以确定
SNP
位点的
BCSNP04
对应的基因型，所述
SNP
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种
SNP
引物组合，包括第一引物组至第八引物组，其中，第一引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP01
以确定
SNP
位点的
BCSNP01
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP01
位于3号染色体上的第
3106517
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
A
或
G
；第二引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP02
以确定
SNP
位点的
BCSNP02
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP02
位于6号染色体上的第
20202980
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
G
或
C
；第三引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP03
以确定
SNP
位点的
BCSNP03
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP03
位于9号染色体上的第
3549613
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
T
或
G
；第四引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP04
以确定
SNP
位点的
BCSNP04
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP04
位于
10
号染色体上的第
20135946
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
G
或
C
；第五引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP05
以确定
SNP
位点的
BCSNP05
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP05
位于1号染色体上的第
26369261
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
C
或
T
；第六引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP06
以确定
SNP
位点的
BCSNP06
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP06
位于2号染色体上的第
11733689
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
T
或
A
；第七引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP07
以确定
SNP
位点的
BCSNP07
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP07
位于5号染色体上的第
17590267
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
A
或
C
；第八引物组用于扩增
SNP
位点
BCSNP08
以确定
SNP
位点的
BCSNP08
对应的基因型，所述
SNP
位点
BCSNP08
位于7号染色体上的第
22173529
位核苷酸，该位点的核苷酸碱基为
T
或
C
；
SNP
位点
BCSNP01
至
BCSNP08
在染色体上的位置是基于大白菜
Chiifu
‑
401
‑
42
参考基因组序列比对确定的，所述大白菜
Chiifu
‑
401
‑
42
参考基因组序列的版本号为
V3.0。2.
如权利要求1所述的
SNP
引物组合，其特征在于：所述第一引物组由序列表中
SEQ ID NO
：1所示的正向引物
1F1、SEQ ID NO
：2所示的正向引物
1F2
和
SEQ ID NO
：3所示的反向引物
1R
组成；所述第二引物组由序列表中
SEQ ID NO
：4所示的正向引物
2F1、SEQ ID NO
：5所示的正向引物
2F2
和
SEQ ID NO
：6所示的反向引物
2R
组成；所述第三引物组由序列表中
SEQ ID NO
：7所示的正向引物
3F1、SEQ ID NO
：8所示的正向引物
3F2
和
SEQ ID NO
：9所示的反向引物
3R
组成；所述第四引物组由序列表中
SEQ ID NO
：
10
所示的正向引物
4F1、SEQ ID NO
：
11
所示的正向引物
4F2
和
SEQ ID NO
：
12
所示的反向引物
4R
组成；所述第五引物组由序列表中
SEQ ID NO
：
13
所示的正向引物
5F1、SEQ ID NO
：
14
所示的正向引物
5F2
和
SEQ ID NO
：
15
所示的反向引物
5R
组成；所述第六引物组由序列表中
SEQ ID NO
：
16
所示的正向引物
6F1、SEQ ID NO
：
17
所示的正向引物
6F2
和
SEQ ID NO
：
18
所示的反向引物
6R
组成；所述第七引物组由序列表中
SEQ ID NO
：
19
所示的正向引物
7F1、SEQ ID NO
：
20
所示的正向引物
7F2
和
SEQ ID NO
：
21
所示的反向引物
7R
组成；所述第八引物组由序列表中
SEQ ID NO
：
22
所示的正向引物
8F1、SEQ ID NO
：
23
所示的正向引物
8F2
和
SEQ ID NO
：
24
所示的反向引物
8R
组成
。3.
如权利要求1所述的
SNP
引物组合，其特征在于：所述第一引物组由序列表中
SEQ ID NO
：1自5’
末端起第
22
至
50
位所示的正向引物
1F1、SEQ ID NO
：2自5’
末端起第
22
至
47
位所示的正向引物
1F2
和
SEQ ID NO
：3所示的反向引物
1R
组成；所述第二引物组由序列表中
SEQ ID NO
：4自5’
末端起第
22
至
50
位所示的正向引物
2F1、SEQ ID NO
：5自5’
末端起第
22
至
50
位所示的正向引物
2F2
和
SEQ ID NO
：6所示的反向引物
2R
组成；所述第三引物组由
SEQ ID NO
：7自5’
末端起第
22
至
46
位所示的正向引物
3F1、SEQ ID NO
：8自5’
末端起第
22
至
44
位所示的正向引物
3F2
和
SEQ ID NO
：9所示的反向引物
3R
组成；所述第四引物组由
SEQ ID NO
：
10
自5’
末端起第
22
至
43
位所示的正向引物
4F1、SEQ ID NO
：
11
自5’
末端起第
22
至
43
位所示的正向引物
4F2
和
SEQ ID NO
：
12
所示的反向引物
4R
组成；所述第五引物组由
SEQ ID NO
：
13
自5’
末端起第
22
至
44
位所示的正向引物
5F1、SEQ ID NO
：
14
自5’
末端起第
22
至
47
位所示的正向引物
5F2
和
SEQ ID NO
：
15
所示的反向引物
5R
组成；所述第六引物组由
SEQ ID NO
：
16
自5’
末端起第
22
至
46
位所示的正向引物
6F1、SEQ ID NO
：
17
自5’
末端起第
22
至
46
位所示的正向引物
6F2
和
SEQ ID NO
：
18
所示的反向引物
6R
组成；所述第七引物组由
SEQ ID NO
：
19
自5’
末端起第
22
至
52
位所示的正向引物
7F1、SEQ ID NO
：
20
自5’
末端起第
22
至
51
位所示的正向引物
7F2
和
SEQ ID NO
：
21
所示的反向引物
7R
组成；所述第八引物组由
SEQ ID NO
：
22
自5’
末端起第
...

【专利技术属性】
技术研发人员：张建，杨静静，蔡静美，夏昌选，张晓飞，赵泓，温常龙，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：