用于芦竹品种鉴定的制造技术

本发明专利技术公开了用于芦竹品种鉴定的

【技术实现步骤摘要】
用于芦竹品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用


[0001]本专利技术涉及生物检测
，特别涉及用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点
、
引物组合物和试剂盒及其应用
。

技术介绍

[0002]芦竹是一种多年生的草本植物，广泛分布于世界热带和温带地区，是一种前景良好的能源作物
。
相比其他的能源作物如甘蔗和高粱等，芦竹有产量高
、
适应性强，生产投入低等优点，其经济价值近年来逐渐为人们所认知
。
芦竹工业用途广泛，除了直接燃烧外，还能通过气化或热解产生氢气
、
天然气
、
生物乙醇等重要的化工原料
。
中国的耕地资源匮乏，但存有大约
11.7
亿亩的边际土地
。
这些土地由于气候
、
地形
、
土壤等限制因子，无法种植粮食作物
。
芦竹等能源作物由于良好的环境适应性往往能够在这些土地上生长
。
在边际土地上种植芦竹等能源作物，能够解决生物质原料供应不足
、
成本过高等问题，促进生物质能源产业发展
。
[0003]芦竹是无性繁殖植物，遗传变异率低，并且由于此前芦竹的经济价值尚未开发，市场上成熟的芦竹品种较少，也没有用于芦竹品种鉴定的标准
。
目前植物品种鉴定中最常见的方法是
DUS
测试，即对申请保护的植物新品种进行特异性
(Distinctness)、
一致性
(Uniformi ty)
和稳定性
(Stability)
的栽培鉴定试验或室内分析测试的过程
(
简称
DUS
测试
)。
但目前
DUS
也存在如下问题：
(1)
测试周期长，要经过2～3年的重复观察，受季节限制，也易受自然灾害
、
病虫害等因素的影响，不能及时给授权决策或者法院的判决提供依据
。(2)
测试性状多，花费的人工多，工作量较大
。(3)
测试性状多数为多基因控制的数量性状，受环境等因素影响较大，表现为连续变异，使性状分级不明显
。
[0004]分子标记技术是近年来用于品种鉴定的新型技术，目前广泛应用的分子标记类型有
SSR
标记和
SNP
标记
。SSR
标记包含一段简单重复序列，其突出优势是多态性高，缺点是通量低，无法满足实质性派生品种鉴定对标记数量的要求
。
基因芯片法可以一次可检测成千上万
、
甚至几十万个
SNP
位点，通量大大高于
SSR
标记，但多态性远低于
SSR
标记，难以区分多倍体植株
。
芦竹作为一种无性繁殖的多倍体植物，
SSR
和
SNP
标记难以满足芦竹品种鉴定的需求
。
因此，开发用于芦竹品种鉴定的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题
。

技术实现思路

[0005]本专利技术目的是提供用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点
、
引物组合物和试剂盒及其应用，不仅可以对芦竹品种进行品种真实性鉴定和实质性派生品种鉴定，也可以对芦竹品种进行遗传分析，具有区分度强
、
通量高
、
准确度高的效果
。
[0006]为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]在本专利技术的第一方面，提供了一种用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点，所述
MNP
标
记位点为在芦竹基因组上筛选的在芦竹种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域
。
[0008]在本专利技术的第二方面，提供了一种用于检测所述
MNP
标记位点的多重
PCR
引物组合物，所述多重
PCR
引物组合物包括
1100
对引物，所述
1100
对引物的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
‑
SEQ ID NO.2200
所示
。
[0009]在本专利技术的第三方面，提供了一种用于检测所述
MNP
标记位点的检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组合物
。
[0010]进一步地，所述试剂盒还包括多重
PCR
预混液
。
[0011]在本专利技术的第四方面，提供了所述的
MNP
标记位点或者所述的多重
PCR
引物组合物或者所述的检测试剂盒在芦竹品种真实性鉴定中的应用
。
[0012]在本专利技术的第五方面，提供了所述的用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点或者所述的多重
PCR
引物组合物或者所述的检测试剂盒在芦竹实质性派生品种鉴定中的应用
。
[0013]在本专利技术的第六方面，提供了所述的用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点或者所述的多重
PCR
引物组合物或者所述的检测试剂盒在芦竹种质资源遗传多样性分析中的应用
。
[0014]在本专利技术的第七方面，提供了所述的用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点或者所述的多重
PCR
引物组合物或者所述的检测试剂盒在构建芦竹品种
DNA
指纹数据库中的应用
。
[0015]以上所述的应用中，具体应用步骤为：
[0016](1)
首先是获取待测品种的总
DNA
；
(2)
利用本专利技术的试剂盒对所述待测样本
DNA
进行第一轮多重
PCR
扩增，循环数
17
个；
(3)
对扩增产物进行纯化后，进行基于第二轮
PCR
扩增进行样本标签和二代测序接头的添加；
(4)
对第二轮扩增产物纯化后定量；
(5)
检测多个芦竹品种样本时通过将第二轮扩增产物等量混合后进行高通量测序；
(6)
对待测样本的测序数据进行数据质量控制和数据分析，将测序结果比对到所述的芦竹参考序列上，获取所述待测样在所述
MNP
位点上的检出位点数目
、
覆盖每个所述
MNP
位点的测序序列数目和所述
MNP
位点基因型数据
。
[0017]当用于品种鉴定和实质性派生品种鉴定时，制定了所述试剂盒和检测方法，评估所述试剂盒和检测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
用于芦竹品种鉴定的
MNP
标记位点，其特征在于：所述的
MNP
标记位点包括在芦竹基因组上筛选的在芦竹种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域
。2.
一种用于检测权利要求1所述的
MNP
标记位点的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物包括
1100
对引物，所述的
1100
对引物的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
‑
SEQ ID NO.2200
所示
。3.
一种用于检测权利要求1所述的
MNP
标记位点的试剂盒，其特征在于：所述的试剂盒包括权利要求2所述的引物组合物
。4.
根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒还包括多重
P...

【专利技术属性】
技术研发人员：任蒙蒙，韩晓红，刘福鹏，
申请(专利权)人：武汉兰多生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：