生物标志物组合及其在预测结直肠癌疗效中的应用制造技术

本发明专利技术提供了一种生物标志物组合及其在预测结直肠癌疗效中的应用

【技术实现步骤摘要】
生物标志物组合及其在预测结直肠癌疗效中的应用


[0001]本专利技术属于生物信息学领域，具体涉及一种生物标志物组合及其在预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效中的应用
。

技术介绍

[0002]结直肠癌
(Colorectal cancer
，
CRC)
是消化系统最常见的恶性肿瘤之一，也是癌症死亡的第二大常见原因
。
早期肠癌无明显症状，出现症状就诊时往往已是晚期，失去根治性手术的机会，只能靠新辅助药物治疗提高生活质量甚至维持生存
。
近年来，随着奥沙利铂
、
西妥昔单抗联合
FOLFOX
和贝伐单抗等药物的出现，结直肠癌的医学治疗取得了较大的进步
。
尽管各种调节策略
(
如单克隆抗体联合化疗
)
的反应率有所提高，但晚期结直肠癌患者的五年生存率仅略高于
12
％
。
[0003]耐药性是生存率低的主要原因之一
。
人们逐步认识到没有两个患者的癌症完全相同
。
同样癌症可能对化疗和放疗等常见治疗方案有不同的反应
。
但是个性化药物的选择依据过少，除少数患者，其他患者均以“一刀切”的方法进行全身治疗，只有一部分患者获益
。
而且在西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗中不可避免地会出现获得性耐药性，所有患者都会出现疾病进展，这限制了药物的临床疗效
。
目前已涌现的多项研究性专利均是基于基因组和转录组的基因表达水平实现对结直肠癌的诊断与预后预测，如结直肠癌的预后预测
(
专利号
CN101389957B)
，大肠癌相关的
miRNA
作为生物标志物的应用及大肠癌检测试剂盒
(
专利号
CN107326092A)。
然而在临床中，针对结直肠癌患者的西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗方案，仍未提供有效的治疗方案决择依据
。
[0004]组织和血液的临床分析是支持患者治疗决策的最常用方法
。
由于侵袭性风险，组织活检很难监测结直肠癌治疗期间发生的动态时间和空间变化
。
体液循环系统及其组成的动态性质可以反映不同的生理或病理状态
。
血液中循环的蛋白质既可以是器官串扰的媒介，也可以是全身状态的标志物
。
目前，结直肠癌患者的治疗反应蛋白质组学图谱仍然是缺乏的，因此从生物学功能的执行者蛋白质的层面进行全景式的深入分析是非常有必要的，全面剖析结直肠癌的分子特征，开发药物治疗反应的预测模型，为结直肠癌患者提供精准治疗方案抉择依据
。

技术实现思路

[0005]针对现有技术中缺少预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的技术方案的缺陷，本专利技术提供了一种生物标志物组合及其在预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效中的应用
。
所述生物标志物组合包括
IDH3G、MDN1、KLC4、MYL9、SBF1
和
HTRA3
，与西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效存在较高的相关性
。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术第一方面提供了一种生物标志物组合，所述生物标志物组合包括以下一种或多种蛋白质：
IDH3G、MDN1、KLC4、MYL9、SBF1
和
HTRA3。
[0007]为解决上述技术问题，本专利技术第二方面提供了一种用于检测如本专利技术第一方面所
述的生物标志物组合的试剂，其中，所述试剂用于检测所述生物标志物组合的表达水平
。
[0008]在本专利技术一较佳实施方案中，所述表达水平为基因表达水平
、mRNA
转录水平和
/
或蛋白表达水平
。
[0009]在本专利技术一较佳实施方案中，所述试剂为用于检测如本专利技术第一方面所述的生物标志物组合的表达水平的基因组
、
转录组和
/
或蛋白质组测序的试剂
。
[0010]在本专利技术一较佳实施方案中，所述试剂包括分别或同时与所述生物标志物组合中生物标志物特异性杂交的生物分子试剂
。
[0011]在本专利技术一较佳实施方案中，所述生物分子试剂选自引物
、
探针和抗体
。
[0012]为解决上述技术问题，本专利技术第三方面提供了一种如本专利技术第二方面所述的试剂在制备预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的试剂盒中的应用，其中，所述生物标志物组合为如本专利技术第一方面所述的生物标志物组合
。
[0013]在本专利技术一较佳实施方案中，所述试剂为如本专利技术第二方面所述的试剂；和
/
或，所述西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌的疗效包括0‑4个疗程的西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗对结直肠癌的疗效；所述疗程包括0个
、1
个
、2
个
、3
个或4个疗程
。
[0014]为解决上述技术问题，本专利技术第四方面提供了一种试剂盒，所述试剂盒包含如本专利技术第二方面所述的试剂
。
[0015]为解决上述技术问题，本专利技术第五方面提供了一种用于预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的方法，其中，所述方法包括检测如本专利技术第一方面所述的生物标志物组合的表达水平；所述方法为非诊断或治疗目的的
。
[0016]在本专利技术一较佳实施方案中，所述表达水平为蛋白表达水平和
/
或
mRNA
转录水平
。
[0017]在本专利技术一较佳实施方案中，所述试剂为如本专利技术第二方面所述的试剂
。
[0018]为解决上述技术问题，本专利技术第六方面提供了一种西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效预测模型的构建方法，所述构建方法包括：
[0019]将蛋白质表达量数据库中的蛋白质表达量数据输入广义线性回归模型进行机器学习，构建得到所述预测模型；所述蛋白质表达量数据库中蛋白质表达量数据的来源包含接受西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗敏感的结直肠癌患者血浆样本和接受西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗不敏感的结直肠癌患者血浆样本；所述蛋白质表达量数据包括如本专利技术第一方面所述的生物标志物组合的表达量数据
。
[0020]在本专利技术一较佳实施方案中，所述结直肠癌患者血浆样本为接受0‑4个疗程西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗后的样本
。...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种生物标志物组合，其特征在于，所述生物标志物组合包括以下一种或多种蛋白质：
IDH3G、MDN1、KLC4、MYL9、SBF1
和
HTRA3。2.
一种用于检测如权利要求1中所述的生物标志物组合的试剂，其特征在于，所述试剂用于检测所述生物标志物组合的表达水平；优选地，所述表达水平为基因表达水平
、mRNA
转录水平和
/
或蛋白质表达水平；更优选地，所述试剂为用于检测如权利要求1所述的生物标志物组合的表达水平的基因组
、
转录组和
/
或蛋白质组测序的试剂；进一步优选地，所述试剂为与所述生物标志物组合特异性结合，或者与编码所述生物标志物组合的核酸特异性杂交的生物分子试剂；进一步更优选地，所述生物分子试剂选自引物
、
探针和抗体
。3.
一种生物标志物组合或用于检测生物标志物组合的试剂在制备预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的试剂盒中的应用，其特征在于，所述生物标志物组合为如权利要求1所述的生物标志物组合；优选地，所述试剂为如权利要求2所述的试剂；和
/
或，所述西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌的疗效包括0‑4个疗程的西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗对结直肠癌的疗效；所述疗程包括0个
、1
个
、2
个
、3
个或4个疗程
。4.
一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如权利要求2所述的试剂
。5.
一种用于预测西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的方法，其特征在于，所述方法包括使用试剂检测如权利要求1所述的生物标志物组合的表达水平；所述方法为非诊断或治疗目的的；优选地，所述生物标志物组合的表达水平为蛋白质表达水平和
/
或
mRNA
转录水平；更优选地，所述试剂为如权利要求2所述的试剂
。6.
一种西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效预测模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括：将蛋白质表达量数据库中的蛋白质表达量数据输入广义线性回归模型进行机器学习，构建得到所述预测模型；所述蛋白质表达量数据库中蛋白质表达量数据的来源包含接受西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗敏感的结直肠癌患者血浆样本和接受西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗不敏感的结直肠癌患者血浆样本；所述蛋白质表达量数据包括如权利要求1所述的生物标志物组合的表达量数据；优选地，所述结直肠癌患者血浆样本为接受0‑4个疗程西妥昔单抗联合
FOLFOX
治疗后的样本；更优选地，所述蛋白质表达量数据通过
LC
‑
MS
技术得到，使用
DIA
检测方式采集；和
/
或，所述
DIA
检测方式采集的数据经
Firmiana
软件进行肽段匹配；进一步优选地，所述肽段匹配的数据库为
UniProt
人类蛋白质数据库；和
/
或，采用
DIA
‑
NN
分析经
Firmiana
处理后的蛋白质表达量数据：使用
iBAQ
方法进行蛋白质定量，计算各蛋白质的
FOT
，并将各蛋白的
FOT
作为蛋白质表达量数据输入广义线性回归模型；进一步更优选地，所述广义线性回归模型的参数中，训练集参数设置为
60
％，验证集参数设置为
40
％
。7.
一种西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的预测模型，其特征在于，所述预测模
型由如权利要求6所述的构建方法建构得到
。8.
一种西妥昔单抗联合
FOLFOX
对结直肠癌疗效的...

【专利技术属性】
技术研发人员：李明珠，
申请(专利权)人：上海爱谱蒂康生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：