沙门氏菌血清组鉴定靶点的筛选方法技术

技术编号:3937422 阅读:307 留言:0更新日期:2012-04-11 18:40
一种食品安全技术领域的沙门氏菌血清组鉴定靶点的筛选方法,包括如下步骤:获取所有沙门氏菌的基因组DNA序列,按照血清型进行分类,拼接,得长序列,格式化成BLASTN程序文件;从目标血清型中选择一个代表菌株,切割其基因组DNA序列,得到小片段,将所有小片段与该血清型对应的长序列进行比对,选择E值趋近于0的DNA片段;之后将得到的DNA片段与其余血清型对应的长序列分别进行比对,选择最终E值均>1的DNA片段;以步骤二最终所得DNA片段为模板,设计引物,扩增所有基因组DNA,检测扩增产物;只有属于目标血清型的基因组DNA序列能扩增到特异扩增条带时,则相应DNA片段为目标血清型的特异靶点。本发明专利技术的方法实施简便、结果准确,能够提供可靠的特异靶点。

【技术实现步骤摘要】

【技术保护点】
一种沙门氏菌血清组鉴定靶点的筛选方法,其特征在于,包括如下步骤:  步骤一,获取已经测序完成的沙门氏菌的基因组DNA序列,按照沙门氏菌的血清型进行分类,拼接每种血清型下的所有基因组DNA序列,得长序列,利用BLASTN软件格式化成BLASTN程序文件;  步骤二,从目标血清型中选择一个代表菌株,切割其基因组DNA序列,得到小片段,将所有小片段与该血清型对应的长序列进行比对,选择E值趋近于0的DNA片段;之后将得到的DNA片段与其余血清型对应的长序列分别进行比对,选择最终E值均>1的DNA片段;  步骤三,以步骤二最终所得DNA片段为模板,设计引物;利用引物扩增每种血清型下对应的所有基因组DNA,检测扩增产物;只有属于目标血清型的基因组DNA序列能扩增到特异扩增条带时,则相应DNA片段为目标血清型的特异靶点。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:史贤明刘斌施春雷张利达朱东升
申请(专利权)人:上海交通大学
类型:发明
国别省市:31[中国|上海]

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