EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡分子辅助育种中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子辅助育种中的应用，EDNRB2基因SNP分子标记位于NC_006091.4染色体4上第11161799位，为T或C多态，该位点在乌骨鸡中存在CC、CT和TT三种基因型，其中CC和CT基因型腿部皮肤亮度L*值显著低于TT基因型。在育种中可以将CC和CT优势等位基因型作为选育腿部皮肤亮度L*值的重要分子标记，通过选留具有CC和CT基因型个体，淘汰TT基因型个体的方法来辅助提高腿部皮肤乌色度的选育，加快腿皮乌色度世代选育进展。度世代选育进展。度世代选育进展。

【技术实现步骤摘要】
EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡分子辅助育种中的应用


[0001]本专利技术涉及分子标记辅助育种
，具体地，涉及EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用。

技术介绍

[0002]乌骨鸡是我国珍贵的药用和食用鸡种，具有乌皮、乌肉等特点，深受广大消费者的喜爱。在乌骨鸡的研究和开发利用过程中，“乌肤、乌肉、乌骨”为主要研究目标，其中“乌肤”是乌骨鸡最显著的特点。黑色素沉积是造成乌色形成的主要原因，人们在消费中惯于以其乌色的深浅来评判品质的优劣。黑色素沉积是一个复杂的调控系统，受到多种基因和信号通路等因子调控。黑色素沉积过程中有一个重要的迁移信号分子内皮素基因（EDN3），一种由多个氨基酸组成的血管活性多肽，可以与内皮素受体（EDNRB2和EDNRB）结合，EDNRB2背侧迁移的成黑色素细胞表达，同时下调EDNRB的表达。EDNRB2基因可能是影响乌色度的重要候选基因。
[0003]研究表明，皮肤亮度L*值反映皮肤肌肉表面的亮度，L*值越低，皮肤肌肉颜色越暗，乌色度越高，黑色素含量越高，确立了亮度L*值可作为乌色度性状选育的参考指标。目前在育种过程中通常以肉眼观察皮肤乌色度进行选育，世代遗传进展缓慢，因此，寻找皮肤乌色度显著相关的分子标记，对于提高皮肤乌色度世代选育进展具有重要意义。

技术实现思路

[0004]针对目前乌骨鸡皮肤乌色度选育进展缓慢的问题，本专利技术提供了一种EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用。所述EDNRB2基因SNP分子标记相关信息如下：上述SNP分子标记的引物的核苷酸序列如下：所述SNP分子标记的筛选方法如下：采用基于飞行时间质谱分析技术的MassARRAY平台对黑色素沉积相关基因的60个SNP位点进行基因分型，剔除没有多态性的SNP位点。使用SPSS 16.0软件的一般线性模型中的单变量方差分析进行多态性位点基因型与肤色亮度L*值关联分析。经过分析，筛选到EDNRB2基因的1个SNP位点具有多态性，然后分析该SNP标记与皮肤肤色亮度L*值性状的相
关性，该SNP位点CC和CT基因型大腿部皮肤亮度L*值显著低于TT基因型，说明CC和CT基因型个体大腿部皮肤乌色度较高；不同基因型个体间背部皮肤和胸部皮肤亮度L*值差异不显著。
[0005]具体地，上述EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用方法包括如下步骤：（1）提取待测鸡基因组总DNA；优选地，所述待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
[0006]（2）大腿部皮肤亮度L*值、背部皮肤亮度L*值和胸部皮肤亮度L*值测定方法：将活鸡背部、大腿部和翅根下面的胸部三个部位的羽毛拔掉1cm2左右的片区，用75%酒精棉球擦拭一下，再用TC.PIIG 型全自动测色色差计测定大腿部皮肤、背部皮肤、胸部皮肤的亮度L*值。所有肤色测定均由同一人测量，所测部位基本一致。
[0007]（3）根据SNP位点设计引物，进行PCR扩增，并进行测序验证和基因分型；PCR产物送生物公司进行测序，将所得序列与鸡的参考基因组进行比对，找出多态性位点。SNP位点PCR产物的核苷酸序列如下所示：EDNRB2
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第3外显子，rs316614064（突变位点T/C），PCR产物长度为212 bp。
[0008]CCTCTTCTCTGGGGCATGTAGCCAGACCCCAGAGGCTTTCCAGGCGAGCTCCATCCCCTTCGAGGCACTCAGCCAGGAGCAGGCTTACAGCCTGGTGCAGCCCAGCCTGTTCCAGGATGCCAAGGCACCCAACTACTCAGAAAGCCTTCCCAAGAGCAGCGGGTCGGAGCCTCCCCTGCTGCCK(T/C)GTCTGTGTGAAGCCAGCAGATATCAGGC注：以上序列中标注的K为突变位点，括号中为突变碱基，为等位基因突变。
[0009]（4）根据基因型结果，选留皮肤乌色度较高的优势基因型个体，淘汰乌色度较低的劣势基因型个体。
[0010]优势基因型个体的具体判断方法为：SNP（rs316614064）位点具有3种基因型TT、CT和CC，CC和CT基因型大腿部皮肤亮度L*值显著低于TT基因型（P＜0.05），说明CC和CT基因型个体大腿部皮肤乌色度较高，TT基因型个体腿部皮肤乌色度较低，CC和CT基因型为大腿部皮肤乌色度的优势基因型。不同基因型个体间背部皮肤和胸部皮肤亮度L*值差异不显著。
[0011]通过上述技术方案，本专利技术实现了以下有益效果：采用EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中可以将CC和CT优势等位基因型作为选育大腿部皮肤亮度L*值的重要分子标记，通过选留CC和CT基因型个体，淘汰其他基因型个体的方法来辅助提高大腿部皮肤乌色度的选育，加快大腿部皮肤乌色度世代选育进展。
附图说明
[0012]图1是本专利技术实施例中EDNRB2基因SNP位点质谱分型图。
具体实施方式
[0013]本专利技术针对乌骨鸡皮肤乌色度常规选育进展慢和不准确的问题，提供了EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用，下面通过实施例具体说明。应当理解的是，此处所描述的具体实施方式仅用于说明和解释本专利技术，并不用于限制本专利技术。
[0014]实施例1筛选乌骨鸡皮肤乌色度显著相关的分子标记1、材料与方法随机选取丝羽乌骨鸡母鸡192只，记录脚号，并进行翅下静脉采血1 mL，ACD抗凝，混匀后放入
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20 ℃保存备用。采用常规苯酚
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氯仿法提取DNA。将192个个体的DNA样品送到生物公司开展丝羽乌骨鸡黑色素相关EDNRB2基因开展基于飞行时间质谱MassARRAY平台进行质谱检测，收集数据，并进行SNP位点基因分型。
[0015]2、大腿部皮肤、背部皮肤和胸部皮肤亮度L*值测定将活鸡大腿部、背部和胸部三个部位的羽毛拔掉1cm2左右的片区，用75%酒精棉球擦拭一下，再用TC.PIIG 型全自动测色色差计测定大腿部皮肤、背部皮肤、胸部皮肤的亮度L*值。所有肤色测定均由同一人测量，所测部位基本一致。
[0016]3、基因分型及其与皮肤亮度L*值相关性分析3.1 SNP位点基因分型采用基于飞行时间质谱分析技术的MassARRAY平台对黑色素沉积相关基因的60个SNP位点的192个个体进行基因分型，剔除45个没有多态性的SNP位点。其中EDNRB2基因具有1个多态性SNP位点，该SNP位点信息见表1。该SNP位点有3种基因型，质谱分析结果见图1。图1是SNP（rs316614064 C>T）质谱分型图，NO call (0)，T(30)，CT (97)，C(65)，TT=0.16，CT=0.50，CC=0.34。
[0017]表1EDNRB2基因多态性SNP位点信息3.2EDNRB2SNP位点的遗传多态性分析利本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.EDNRB2基因SNP分子标记在乌骨鸡皮肤乌色度分子标记辅助育种中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记位于NC_006091.4染色体4上第11161799位，为T或C多态。2. 根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的引物的核苷酸序列为：F：5
’
CCTCTTCTCTGGGGCATGTA 3
’
R：5
’
GCCTGATATCTGCTGGCTTC 3
’
。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的筛选方法为：采用基于飞行时间质谱分析技术的MassARRAY平台对黑色素沉积相关基因的60个SNP位点在丝羽乌骨鸡母鸡192个个体中进行基因分型，剔除没有多态性的SNP位点；使用SPSS 16.0软件的一般线性模型中的单变量方差分析进行多态性位点基因型与肤色亮度L*值关联分析；筛选到EDNRB2基因的1个SNP位点具有多态性，析该SNP标记与皮肤肤色亮度L*值性状的相关性，该SNP位点CC和CT基因型大腿部皮肤亮度L*值显著低于TT基因型，说明CC和CT基因型个体大腿部皮肤乌色度较高；不同基因型个体间背部皮肤和胸部皮肤亮...

【专利技术属性】
技术研发人员：束婧婷，屠云洁，章明，肖芹，姬改革，巨晓军，单艳菊，盛中伟，刘一帆，邹剑敏，赵伟东，郑国庆，
申请(专利权)人：泰和凤升农牧科技有限公司，
类型：发明
国别省市：