【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】多重免疫荧光图像的图构建和可视化
[0001]本披露内容总体上涉及构建多重免疫荧光图像的图表示,以用于交互式探索多重免疫荧光图像内的细胞关系以及用于生成关于治疗结果和治疗功效的预测。
技术介绍
[0002]多重免疫荧光(MIF)是一种用于使用标记抗体检测生物样品中的抗原的分子组织病理学工具。MIF已经成为使得能够同时检测组织切片中的生物标志物表达并深入了解细胞组成、功能和相互作用的有用工具。MIF的一个益处是捕获关于细胞环境内的细胞的复杂和广泛的信息。虽然由MIF图像提供的数据的深度和广度是有用的,但是数据的极度复杂性和数据量给解释和可视化带来了挑战。换句话说,分析MIF图像中的数据可能是一项艰巨的任务。
技术实现思路
[0003]众所周知,细胞环境很复杂。它们可能包括数百万个细胞和许多不同类型的细胞。这些细胞中的每一个都可能有数百种潜在的相互作用。对MIF图像中的生物标志物表达的分析为分析细胞和这些相互作用提供了有益的起点,但是考虑到所涉及的细胞数量,人工分析MIF图像几乎是不可能的。本披露内容中描述的技术将MIF图像提供的数据转换成直观的图格式,其中,MIF图像内的细胞可以被操纵、过滤、查询并用于相关联的医学预测。
[0004]本文提供了用于提供对MIF图像内表示的细胞环境的交互式探索和分析的系统、装置、制品、方法和/或计算机程序产品实施例和/或其组合和子组合。
[0005]在一些非限制性实施例中,该系统可以是在通用计算设备或用于图像分析和数据可视化的更专用的设备内实施的流水线。该 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于表征多重免疫荧光图像中的细胞相互作用的方法,该方法包括:识别该多重免疫荧光图像中的多个细胞,其中,该多个细胞中的每个细胞都与坐标和属性相关联,该多个细胞至少包括第一细胞和第二细胞;基于这些坐标和这些属性生成该多重免疫荧光图像的图,其中,该图包括与该多个细胞相对应的多个节点、多条边以及这些属性,并且其中,该多个节点至少包括与该第一细胞相对应的第一节点和与该第二细胞相对应的第二节点,并且其中,该多条边至少包括该第一节点与该第二节点之间的边;将该图变换成多个嵌入,其中,该多个嵌入包括该多个节点、该多条边以及这些属性的向量表示;以及基于该多个嵌入提供该图的交互式可视化。2.如权利要求1所述的方法,其中,这些属性包括该第一细胞的第一属性,并且这些属性包括该多个细胞中的每个细胞的多个免疫荧光强度,并且其中,该第一属性包括该第一细胞的免疫荧光强度,该方法进一步包括:使用一批免疫荧光强度的批量归一化来产生归一化免疫荧光强度,其中,该批免疫荧光强度是该多个细胞的该多个免疫荧光强度的子集,其中,该批免疫荧光强度包括该第一属性。3.如权利要求2所述的方法,其中,这些属性包括这些归一化免疫荧光强度。4.如权利要求1所述的方法,其中,这些坐标包括该第一细胞的第一坐标和该第二细胞的第二坐标,并且这些属性包括该第一细胞的第一属性和该第二细胞的第二属性,并且其中,生成该图进一步包括:检测该多个细胞中的多个节点对,其中,该多个节点对包括作为一对节点的该第一节点和该第二节点;以及基于该第一坐标与该第二坐标之间的距离在预定阈值内,建立该第一节点与该第二节点之间的边。5.如权利要求1所述的方法,进一步包括:提取该第一细胞的辅助特征,其中,该辅助特征包括该第一细胞的直径、该第一细胞的面积、或该第一细胞的偏心率中的至少一者。6.如权利要求5所述的方法,进一步包括:使用该多个细胞的包括该第一细胞的辅助特征的多个辅助特征的归一化来产生归一化辅助特征,其中,该多个嵌入进一步包括这些归一化辅助特征的向量表示。7.如权利要求1所述的方法,其中,变换该图进一步包括:选择与该多个节点中的所选节点相关联的跳数,其中,该跳数定义了该图内的邻域,并且其中,该邻域包括该多个节点的子集,该子集包括这些所选节点以及该多个节点中在到这些所选节点的该跳数内的任何节点;以及选择嵌入大小,其中,该嵌入大小代表保存在该多个嵌入内的与该图相关联的信息的量。8.如权利要求7所述的方法,其中,变换该图进一步包括:基于该跳数和该嵌入大小对该图应用训练算法;以及基于应用该训练算法生成该多个嵌入。
9.如权利要求8所述的方法,其中,该训练算法是无监督图训练算法,并且其中,对该图应用该训练算法进一步基于至少一个所选超参数。10.如权利要求1所述的方法,其中,该交互式可视化包括与该多个嵌入相对应的多个可选图标。11.如权利要求10所述的方法,其中,该交互式可视化被配置成接收对该多个可选图标的子集的选择,其中,该子集表示细胞邻域,该方法进一步包括:提供该细胞邻域的图表,该图表包括该多个可选图标的子集,并且其中,该多个可选图标的子集的颜色和形状中的至少一者...
【专利技术属性】
技术研发人员:K,
申请(专利权)人:阿斯利康瑞典有限公司,
类型:发明
国别省市:
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