对着床前胚胎进行BRCA1/2基因序列检测的试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种对着床前胚胎进行BRCA1/2基因检测的试剂盒套装及其应用，该方法基于转录组进行检测，降低了脱扣的可能，提高在着床前胚胎细胞中针对BRCA1/2基因检测的精准性和成功率。精准性和成功率。精准性和成功率。

【技术实现步骤摘要】
对着床前胚胎进行BRCA1/2基因序列检测的试剂盒及其应用


[0001]本专利技术涉及生物医疗领域，具体涉及一种对着床前胚胎进行BRCA1/2基因序列检测的试剂盒及其用途。

技术介绍

[0002]BRCA1，位于17号染色体，由22个外显子组成，编码1863氨基酸的220kD的乳腺癌易感蛋白BRCA1。BRCA1主要参与细胞周期调控、DNA损伤修复、基因转录激活、肿瘤生长抑制等细胞活动。BRCA2，位于13号染色体，基因大于BRCA1，它具有10.3kB开放阅读框，由27个外显子组成，编码由3418个氨基酸组成的BRCA2蛋白，该蛋白也被证实在DNA损伤修复中起到重要作用。
[0003]正常女性一生中患有乳腺癌的概率约为13%，患有卵巢癌的概率约为1.2%，但是相比之下，遗传BRCA1/2有害突变的女性，其患乳腺癌的概率升至55%
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72%，卵巢癌的概率升至39%
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44%。此外，BRCA1和BRCA2的有害变异更会增加其他几种癌症的风险，如输卵管癌、和原发性腹膜癌。对于男性来说，携带BRCA1/2基因有害突变的男性罹患乳腺癌和前列腺癌的风险也有所增加。乳腺癌及卵巢癌恶性程度高，手术费用贵，后续治疗时间较长，这给社会及个人均带来较大的经济负担及精神损失，也是对人类健康的极大挑战。
[0004]美国临床肿瘤学会目前对于BRCA1/2相关的HBOC的建议认为：所有诊断为上皮性卵巢癌的女性或家族中有多人患有乳腺癌的女性都应接受BRCA1、BRCA2和其他肿瘤易感基因遗传变异的基因检测，通过二代测序及sanger测序可以对于大部分患者发生的突变类型进行确诊，但是截至目前此方法仅能对于家族中的存活家属进行检测以采取预防性手术，不能从根本上解决BRCA1/2基因突变对于子代产生的影响。
[0005]单基因病胚胎着床前遗传学检测（preimplantation genetic testing for monogenic defects, PGT
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M）可以有效的阻断BRCA1/2基因的有害变异向后代传递。通过对于胚胎基因型进行挑选的方式可以筛选不携带有害变异的胚胎，并使得疾病家庭拥有健康的子代，减少BRCA1/2基因突变对于社会及家庭的影响。目前PGT
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M主要是通过在囊胚期进行活检，获得微量的遗传分析材料，经过全基因组扩增（whole
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genome amplification, WGA）后再进行后续诊断分析，相较于传统的产前诊断（prenatal genetic diagnosis, PND），PGT
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M对着床前胚胎进行检测，避免了因引产携带突变的胎儿对女性带来的身心伤害。
[0006]但是成人基因检测使用的是外周血样本，提取后可获得微克级别的基因组DNA，后续采用Sanger测序或二代测序技术对突变位点检测，而着床前胚胎基因检测的样本来自于囊胚期胚胎外滋养层（trophectoderm, TE）活检的细胞（约5个细胞），其基因组DNA量在皮克级别，与成人通过外周血获得的基因组DNA比相差悬殊。
[0007]由于BRCA1/2基因序列较长，变异形式较为多样，变异位点分散遍布于2个基因的全长位置，目前WGA覆盖度约80
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85%，进行WGA后直接位点检测存在等位基因脱扣（allele drop
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out, ADO）风险高达20%；此外并不是所有的BRCA1/2基因变异都会损伤蛋白质功能，
对于新发胚系突变患者来说，基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）或短串联重复序列（short tandem repeat, STR）的家系连锁分析无法准确对胚胎进行诊断，因此在目前的常规检测方法中，存在检测漏洞及检测错误的可能。

技术实现思路

[0008]为了解决前述的问题，本专利技术提供一种基于转录组的，用于着床前胚胎BRCA1和/或BRCA2基因序列检测的试剂盒及其应用。
[0009]第一方面，本专利技术提供针用于着床前胚胎BRCA1基因序列检测的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含以下引物对中的至少一个：引物对1覆盖BRCA1基因外显子1
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8，扩增片段长度903 bp第1上游引物：CCTCTGCTCTGGGTAAAGT（SEQ ID No：1）第1下游引物：CTGCTGTTCTCATGCTGTAATG（SEQ ID No：2）；引物对2覆盖BRCA1基因外显子9，扩增片段长度3706 bp第2上游引物：CAGTGTGGGAGATCAAGAATTG（SEQ ID No：3）第2下游引物：GATGGAAGGGTAGCTGTTAGA（SEQ ID No：4）；引物对3覆盖BRCA1基因外显子10
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22，扩增片段长度1743 bp第3上游引物：GCTTTGAAGTGGATCCTACCA（SEQ ID No：5）第3下游引物：GGACCTGTGGCTACTAAGAAAG（SEQ ID No：6）。
[0010]第二方面，本专利技术提供用于着床前胚胎BRCA2基因序列检测的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含以下引物对中的至少一个：引物对4覆盖BRCA2基因外显子1
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9，扩增片段长度2461 bp上游引物：AAAGAACTGCACCTCTGGA（SEQ ID No：7）下游引物：CCTTTGAGCTTGTCTGACATTT（SEQ ID No：8）；引物对5覆盖BRCA2基因外显子10，扩增片段长度5397 bp上游引物：CCTCTGAAAGTGGACTGGAAATA（SEQ ID No：9）下游引物：GTACACAGGTAATCGGCTCTAAA（SEQ ID No：10）；引物对6覆盖BRCA2基因外显子11
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27，扩增片段长度3665 bp上游引物：AGTCATGCCACACATTCTCTT（SEQ ID No：11）下游引物：CGATACACAAACGCTGAGGTA（SEQ ID No：12）。
[0011]第三方面，本专利技术提供一种用于着床前胚胎BRCA1和/或BRCA2基因序列检测的试剂盒套装，其特征在于，包括第一方面所述的试剂盒和第二方面所述的试剂盒。
[0012]第四方面，本专利技术提供一种用于着床前胚胎BRCA1和/或BRCA2基因序列检测的系统，其包括：
样本预处理装置，所述样本预处理装置用于从外滋养层细胞获得核酸样本；特定核酸序列扩增装置，所述特定核酸序列扩增装置与所述样本预处理装置相连，用于使用第三方面的试剂盒套装对目标基因进行扩增；测序装置，所述测序装置与所述特定核酸序列扩增装置相连，以便对所述扩增得到的产物进行测序分析。
[0013]进一步地，在一些实施例中，样本预处理装置包括：细胞裂解单元，所述细胞裂解单元中使得所述外滋养层细胞得到充分裂解，暴露出其中的mRNA；逆转录单元，所述逆转录单本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于着床前胚胎BRCA1基因序列检测的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含以下引物对中的至少一个：引物对1第1上游引物：CCTCTGCTCTGGGTAAAGT（SEQ ID No：1）第1下游引物：CTGCTGTTCTCATGCTGTAATG（SEQ ID No：2）；引物对2第2上游引物：CAGTGTGGGAGATCAAGAATTG（SEQ ID No：3）第2下游引物：GATGGAAGGGTAGCTGTTAGA（SEQ ID No：4）；引物对3第3上游引物：GCTTTGAAGTGGATCCTACCA（SEQ ID No：5）第3下游引物：GGACCTGTGGCTACTAAGAAAG（SEQ ID No：6）。2.用于着床前胚胎BRCA2基因序列检测的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含以下引物对中的至少一个：引物对4上游引物：AAAGAACTGCACCTCTGGA（SEQ ID No：7）下游引物：CCTTTGAGCTTGTCTGACATTT（SEQ ID No：8）；引物对5上游引物：CCTCTGAAAGTGGACTGGAAATA（SEQ ID No：9）下游引物：GTACACAGGTAATCGGCTCTAAA（SEQ ID No：10）；引物对6上游引物：AGTCATGCCACACATTCTCTT（SEQ ID No：11）下游引物：CGATACACAAACGCTGAGGTA（SEQ ID No：12）。3.用于着床前胚胎BRCA1和/或BRCA2基因序列检测的试剂盒套装，其特征在于，包括权利要求1和2所述的试剂盒。4.一种用于着床前胚胎BRCA1和/或BRCA2基因序...

【专利技术属性】
技术研发人员：乔杰，王玉倩，丁灵，徐凡清，闫丽盈，严智强，朱小辉，阔瀛，王楠，关硕，
申请(专利权)人：北京大学第三医院北京大学第三临床医学院，
类型：发明
国别省市：