本发明专利技术属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记及其应用。本申请所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。本发明专利技术还公开了该分子标记的检测方法及其在牦牛性状关联分析中的应用，该分子标记可应用于牦牛生长性状辅助选择育种，检测方法快速、准确；通过筛选该SNP分子标记的基因型能够加快牦牛相关生长性状的育种进展,节省育种成本,提高牦牛养殖的经济效益。种成本,提高牦牛养殖的经济效益。种成本,提高牦牛养殖的经济效益。
【技术实现步骤摘要】
一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于分子生物学检测
，具体涉及一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]牦牛主要分布在生态环境极其严酷的高寒高山草原，是青藏高原及周边地区特有的牛种资源和主导畜种，不仅能够为当地人民提供肉、奶、毛等重要生活资料，其粪便也能够作为燃料，因此，牦牛被称为“全能家畜”。牦牛产业是我国青藏高原地区的特色主导产业和区域优势产业，对于藏区农牧业发展、人民增收具有重要意义。但由于牦牛分布区域、生产条件的限制，尤其受自然环境的影响，牦牛生产水平低，产业效能不强。因此，提升牦牛生产性能，促进牦牛产业发展具有重要意义。
[0003]单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是基因组DNA序列最基本的变异形式，由DNA序列中的单个碱基突变引起的，该突变将一个核苷酸替换为另一个核苷酸。SNP在基因内或某一调控区域的出现可能对基因功能产生直接影响。因此，这些SNP变异可以作为定位与某些性状相关的基因的生物标记，广泛应用于标记辅助育种、连锁分析和生物多样性研究
[0004]叉头转录因子1(Forkhead box O 1，FOXO1)基因是参与骨骼肌分化的调节因子和共有成分其作为早期分子调节因子，能参与激素的激活途径、成骨细胞的糖代谢途径，也是脂肪和肌肉组织代谢的递质。FOXO1基因能调节转录活性，并且有许多磷酸化位点，其不仅通过参与翻译来调节脂肪生成，而且还通过多种蛋白质相互作用抑制脂肪生成。此外，FOXO1是一种重要的营养敏感转录因子，可调节参与糖异生、糖原分解和能量稳态的胰岛素敏感基因的表达和活性，从而影响葡萄糖代谢。
技术实现思路
[0005]本专利技术的目的在于提供一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记及其应用，通过寻找与牦牛生长性状相关的SNP位点作为分子标记，为生长性状优秀的牦牛的选育提供可靠的工具，同时加快育种进程。具体包括以下内容：
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记，述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。
[0007]第二方面，本专利技术提供了一种检测与牦牛生长性状相关的SNP分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用，所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。
[0008]优选地，所述SNP分子标记碱基为T时，基因型为TT；所述SNP分子标记碱基为C时，基因型为CT；所述基因型TT牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型CT和CC。
[0009]优选地，所述试剂包括用于扩增含有所述SNP分子标记的核苷酸序列的引物对。
[0010]优选地，所述含有SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记位于第593位。
[0011]第三方面，本专利技术提供了一种检测与牦牛生长性状相关的SNP分子标记的试剂在牦牛生长性状早期育种中的应用，所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。
[0012]优选地，所述SNP分子标记碱基为T时，基因型为TT；所述SNP分子标记碱基为C时，基因型为CC或CT；所述基因型TT牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型CT和CC。
[0013]优选地，所述试剂包括用于扩增含有所述SNP分子标记的核苷酸序列的引物对。
[0014]优选地，所述含有SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记位于第593位。
[0015]第四方面，本专利技术提供了一种扩增含有上述第一方面所述SNP分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于检测牦牛生长性状中的应用；所述的特异性引物对序列为：
[0016]F：5
’‑
CTGATCAGTGCCTGTATGTGCTT
‑3’
；
[0017]R：5
’‑
AGGTCCACAGAAATCAGAGCTTC
‑3’
。
[0018]优选地，实现检测牦牛生长性状的方法包括：
[0019](1)提取牦牛血液基因组DNA为模板DNA；
[0020](2)利用特异性引物对，将步骤(1)获得的待测牦牛血液的基因组DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；
[0021](3)将步骤(2)获得的PCR扩增产物纯化，进行基因分型检测，所述SNP分子标记碱基为T时，基因型为TT；所述SNP分子标记碱基为C时，基因型为CC或CT；所述基因型TT牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型CT和CC。
[0022]第五方面，本专利技术提供了一种扩增含有上述第一方面所述SNP分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于牦牛生长性状早期育种中的应用；所述的特异性引物对序列为：
[0023]F：5
’‑
CTGATCAGTGCCTGTATGTGCTT
‑3’
；
[0024]R：5
’‑
AGGTCCACAGAAATCAGAGCTTC
‑3’
。
[0025]优选地，实现牦牛生长性状早期育种的方法包括：
[0026](1)提取牦牛血液基因组DNA为模板DNA；
[0027](2)利用特异性引物对，将步骤(1)获得的待测牦牛血液的基因组DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；
[0028](3)将步骤(2)获得的PCR扩增产物纯化，进行基因分型检测，所述SNP分子标记碱基为T时，基因型为TT；所述SNP分子标记碱基为C时，基因型为CC或CT；所述基因型TT牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型CT和CC；选取基因型为TT的牦牛个体进行早期育种。
[0029]本专利技术的有益效果是：本专利技术通过分析位点基因型与牦牛生长性状的相关性，发现与牦牛生长性状相关的SNP位点，基因型为TT的牦牛个体的体重和胸围显著高于CT基因型个体生长性状的表型值(p<0.05)，并通过PCR与基因测序法可快速鉴定对应性状。因此，生产中可优先选择该位点基因型为TT型个体作为亲本进行规模养殖。
附图说明
[0030]为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对本专利技术实施例中所需要使用的附图做简单的介绍，显而易见地，下面所描述的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0031]图1本专利技术实施例提供的SNP分子标记位点处的测序峰图；
[0032]图2本专利技术实施例提供的SNP分子标记位点处的基因分本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与牦牛生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。2.一种检测与牦牛生长性状相关的SNP分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。3.一种检测与牦牛生长性状相关的SNP分子标记的试剂在牦牛生长性状早期育种中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记位于牦牛参考基因组BosGru_v2.0版本GeneBank登录号为NW__005394190.1的第471466位，突变碱基为C或T。4.如权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述SNP分子标记碱基为T时，基因型为TT；所述SNP分子标记碱基为C时，基因型为CC或CT；所述基因型TT牦牛个体的体重和胸围显著高于基因型CT和CC。5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂包括用于扩增含有所述SNP分子标记的核苷酸序列的引物对。6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述含有SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的SNP分子标记位于第593位。7.扩增含有权利要求1所述SNP分子标记的核苷酸序列的特异性引物对在用于检测牦牛生长性状中的应用；所述的特异性引物对序列为：F：5
’‑
CTGATCAGTGCCTGTATGTGCTT
‑3’
；R：5
【专利技术属性】
技术研发人员：梁春年，孟光耀，吴晓云，喇永富，褚敏，马晓明，包鹏甲，郭宪，裴杰，
申请(专利权)人：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，
类型：发明
国别省市：
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