一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用。所述引物组合扩增选自WMWG1位点到WMWG8位点中的任意3到8种。利用本发明专利技术中的引物组合进行乌蒙乌骨鸡品种鉴定时，只要有一个SNP位点基因型不符合乌蒙乌骨鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于乌蒙乌骨鸡；任选3个SNP位点组合，符合乌蒙乌骨鸡基因型的判定概率即可达到97％以上。鉴定方法操作简便，准确性高，可以快速鉴定乌蒙乌骨鸡品种，有效打击市场上乌蒙乌骨鸡地方品种的假冒伪劣产品。种的假冒伪劣产品。

【技术实现步骤摘要】
一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用


[0001]本专利技术涉及家禽品种鉴定方法，具体地，涉及一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]乌蒙乌骨鸡是我国著名的地方乌骨鸡品种，主产于云贵高原黔西北部乌蒙山区的毕节市、织金、纳雍、大方、水城等地。乌蒙乌骨鸡体型中等，公鸡体大雄壮，母鸡稍小紧凑；羽毛以黑褐色为主，羽毛多为片羽。据明代李时珍《本草纲目》记载：“乌骨鸡性甘平无毒，主治虚劳[羊]弱，治消渴，中恶心腹痛。益产妇，治妇人崩中带下，一切虚损诸病。”“黑属水，走肾经。”“乌雄鸡属木，乌雌鸡属水，故胎产宜之。”乌蒙乌骨鸡乌性完全，肉糯味鲜，营养丰富，富含人体所必需的氨基酸和微量元素，富集锌、硒，集药、食、补为一体，对儿童智力开发和老年人延年益寿均具有很好的保健作用，营养价值和药用价值较高，深受广大消费者的喜爱。乌蒙乌骨鸡2008年成功申报了无公害农产品认证和产地认定，2009年乌蒙乌骨鸡进入了我国家禽品种目录。多年来，乌蒙乌骨鸡由原来的小群体发展成为今天的年可向社会提供近百万只鸡苗的种鸡群，为乌蒙乌骨鸡的产业化发展奠定了坚实基础。
[0003]由于乌蒙乌骨鸡的品种优点，市场上出现很多乌蒙乌骨鸡与国内外其他品种乱杂乱配的体型外貌酷似乌蒙乌骨鸡个体冒充乌蒙乌骨鸡品种，使广大养殖户利益受到损害；同时影响了乌蒙乌骨鸡原种的保种与选育。目前市场上鉴别乌蒙乌骨鸡的方法主要依靠外观观察，这种观察主观性较强，尤其在鉴定乌蒙乌骨鸡与其他品种鸡杂种后代时，其外貌相似，鉴定错误率较高。

技术实现思路

[0004]针对采用外观观察方式鉴定乌蒙乌骨鸡品种错误率高的问题，本专利技术提供了一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，通过检测提供的乌蒙乌骨鸡8个SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于乌蒙乌骨鸡。鉴定方法操作简便，准确性高，可以快速鉴定乌蒙乌骨鸡品种，有效打击市场上乌蒙乌骨鸡地方品种的假冒伪劣产品。
[0005]为了实现上述目的，本专利技术一方面提供一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，所述引物组合扩增选自如下WMWG1位点到WMWG8位点中的任意3到8种：
各SNP引物的序列为：所述SNP位点的筛选方法为：利用芯片对12个鸡种的55000个SNP位点进行筛选确定，根据每个品种跟其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数前1%，最小等位基因频率>0.4，缺失率<0.2 进行筛选，确定68个SNP位点，优先选择乌蒙乌骨鸡参考基因组位点等位基因频率为0或1，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与乌蒙乌骨鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的SNP位点，其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点，最终确定用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的8个SNP位点，其中，所述12个鸡种包括乌蒙乌骨鸡、兴文乌骨鸡、金湖乌凤鸡、丝羽乌骨鸡、乌蒙凤鸡、竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡、哈伯德肉鸡和来航鸡。
[0006]本专利技术另一方面所要解决的技术问题是提供一种上述SNP引物组合在乌蒙乌骨鸡
品种鉴定中的应用。
[0007]具体地，鉴定方法包括如下步骤：（1）提取待测鸡基因组总DNA；（2）根据所选SNP位点引物组合，利用对应的引物对分别进行PCR扩增；（3）将PCR扩增产物测序后、判断基因型；（4）根据基因型结果，判断个体是否属于乌蒙乌骨鸡品种。
[0008]步骤（4）中具体判断方法为：如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合乌蒙乌骨鸡对应的基因型，则判定该个体不属于乌蒙乌骨鸡；如果所选的至少3个SNP位点组合对应的基因型全部符合乌蒙乌骨鸡的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于乌蒙乌骨鸡的概率。
[0009]优选地，步骤（1）中所述待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。
[0010]步骤（2）中，WMWG1~WMWG8的PCR产物长度分别为174bp、186 bp、244 bp、219 bp、205bp、200bp、179 bp、155 bp。
[0011]具体地，所述乌蒙乌骨鸡中8个SNP位点WMWG1~WMWG8的基因型依次为CC、AA、GG、TT、TT、AA、TT、TT。
[0012]具体地，贝叶斯定理计算公式如下：其中，pi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率。
[0013]具体地，所述SNP位点在乌蒙乌骨鸡及其他品种中的基因型频率如下表：
通过上述技术方案，本专利技术实现了以下有益效果：采用本专利技术提供的SNP位点引物进行乌蒙乌骨鸡品种鉴定时，任意1个SNP位点基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率最低为71.78％，最高为89.35％；任意2个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到90.35％以上；任意3个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到97.07％以上；任意4个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到99.15％以上；任意5个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到99.76％以上；任意6个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到99.95％以上；任意7个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率达到99.99％以上；全部8个SNP位点联合基因型判定为乌蒙乌骨鸡的概率为100％。
[0014]综上，只要有一个SNP位点基因型不符合乌蒙乌骨鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于乌蒙乌骨鸡；任选3个SNP位点组合，符合乌蒙乌骨鸡基因型的判定概率即可达到97％以上。这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒乌蒙乌骨鸡产品的行为。
具体实施方式
[0015]本专利技术针对乌蒙乌骨鸡品种鉴定难的问题，本专利技术提供了一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，所述引物组合扩增选自WMWG1位点到WMWG8位点中的任意3到8种。
[0016]8个SNP位点的筛选方法为：利用京芯一号芯片（55K，北京康普森生物技术有限公司）对不同鸡品种（乌蒙乌骨鸡、金湖乌凤鸡、丝羽乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙凤鸡等国内代表性乌骨鸡品种，竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡等非乌骨鸡品种以及国外代表性引进用于杂交配套的哈伯德、来航鸡品种合计12个品种）的55000个SNP位点进行筛选确定，根据每个品种跟其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数（Fst）前1%，最小等位基因频率（MAF）>0.4，缺失率（miss rate）<0.2 进行筛选，确定68个SNP位点，为了进一步筛选出乌蒙乌骨鸡核心位点信息，优先选择乌蒙乌骨鸡参考基因组位点等位基因频率为0或1，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与乌蒙乌骨鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的SNP位点，其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点，最终确定用于乌蒙乌骨鸡品种本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一套用于乌蒙乌骨鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，其特征在于，所述引物组合扩增选自如下WMWG1位点到WMWG8位点中的任意3到8种：WMWG1位于NC_006088.4染色体1上第61744529位，其为T或C多态；WMWG2位于NC_006090.4染色体3上第51790475位，其为G或A多态；WMWG3位于NC_006090.4染色体3上第45696498位，其为A或G多态；WMWG4位于NC_006093.4染色体6上第14970286位，其为C或T多态；WMWG5位于NC_006089.4染色体2上第124716465位，其为G或T多态；WMWG6位于NC_006092.4染色体5上第56394647位，其为G或A多态；WMWG7位于NC_006110.4染色体23上第1391570位，其为C或T多态；WMWG8位于NC_006115.4染色体28上第3218672位，其为T或A多态。2. 根据权利要求1所述的SNP位点引物组合，其特征在于，各SNP引物的核苷酸序列为：WMWG1
‑
F：5
’
AGGTGCCTCTGAATGCTTTTGCC3
’
WMWG1
‑
R：5
’
TGTTCTCCCCTGGAAGCTGTTTATG3
’
WMWG2
‑
F：5
’
CCCACCACTTTTTCCAAATG3
’
WMWG2
‑
R：5
’
ACAGCTTGGCATGCAAGTAA3
’
WMWG3
‑
F：5
’
TGTGGGACCAAAAATGTCAA3
’
WMWG3
‑
R：5
’
GGAAATGCTGTGTGCGTATG3
’
WMWG4
‑
F：5
’
GCGCTTCAGGATGAAAGAAG3
’
WMWG4
‑
R：5
’
GCACTGAGAAAGGTCCCAAG3
’
WMWG5
‑
F：5
’
TGCCTTGGTATCATCTTCTGC3
’
WMWG5
‑
R：5
’
AGTGGCATGAAGGCTCTTGT3
’
WMWG6
‑
F：5
’
GCCAGTCTGCAACCCTTAAA3
’
WMWG6
‑
R：5
...

【专利技术属性】
技术研发人员：屠云洁，束婧婷，巨晓军，刘一帆，肖芹，章明，盛中伟，单艳菊，姬改革，李春苗，骆科印，王现科，王关吉，邹剑敏，
申请(专利权)人：六盘水市畜牧水产业发展中心，
类型：发明
国别省市：