本发明专利技术提供一种基于细胞分割的信息处理方法、装置、设备及存储介质，涉及生物信息技术领域，该方法包括：获取矫正后的扫描图像；扫描图像是基于贴附于生物芯片上的组织切片得到的；对扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果；基于生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息；基于细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，确定各细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息。本发明专利技术可以提升细胞分析的效率和准确性。性。性。
【技术实现步骤摘要】
基于细胞分割的信息处理方法、装置、设备及存储介质
[0001]本专利技术涉及生物信息
，尤其涉及一种基于细胞分割的信息处理方法、装置、设备及存储介质。
技术介绍
[0002]随着计算机视觉和机器学习技术的发展，越来越多的自动化细胞分割方法被提出和应用。这些方法主要包括：边缘检测、阈值分割、形态学运算、区域生长、图像分割和深度学习等方法。
[0003]然而，现有技术在进行细胞分割之后没有将细胞分割结果和包含条形码微球的生物芯片进行结合，导致不能获得各细胞的准确位置信息和相应的条形码微球的统计信息，从而导致细胞分析的效率和准确性较低。
技术实现思路
[0004]本专利技术提供一种基于细胞分割的信息处理方法、装置、设备及存储介质，用以解决现有技术中细胞分析的效率和准确性较低的缺陷。
[0005]本专利技术提供一种基于细胞分割的信息处理方法，包括：
[0006]获取矫正后的扫描图像；所述扫描图像是基于贴附于生物芯片上的组织切片得到的；
[0007]对所述扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果；
[0008]基于所述生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息；
[0009]基于所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，确定各所述细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息。
[0010]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，所述细胞分割结果包括细胞核边界分割结果和细胞边界分割结果；所述对所述扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果，包括：
[0011]将所述扫描图像拆分为多个子图；
[0012]针对每个所述子图，对所述子图进行预处理，得到目标子图；
[0013]获取与所述组织切片的细胞类型匹配的预训练模型，并采用所述预训练模型对所述目标子图进行细胞核边界分割结果预测，得到所述目标子图中各细胞核的所述细胞核边界分割结果；
[0014]合并各所述目标子图，得到目标图像；
[0015]合并各所述目标子图中各细胞核的所述细胞核边界分割结果，得到所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果；
[0016]对所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果进行外扩处理，生成所述目标图像中各细胞的所述细胞边界分割结果。
[0017]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，所述将所述扫描图像拆分为多个子图，包括：
[0018]采用自定义滑动窗口将所述扫描图像拆分为多个初始子图；
[0019]对所述多个初始子图进行边缘分界线微调，得到所述多个子图。
[0020]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，所述针对每个所述子图，对所述子图进行预处理，得到目标子图，包括：
[0021]针对每个所述子图，对所述子图进行包括均衡化、尺寸调整、彩色空间转换、腐蚀、膨胀以及像素值均一化的预处理，得到所述目标子图。
[0022]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，所述对所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果进行外扩处理，生成所述目标图像中各细胞的所述细胞边界分割结果，包括：
[0023]基于所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果，生成二值化图像；
[0024]通过距离变换计算所述二值化图像的距离图；所述距离图用于表征每个像素到最近的细胞核边界的距离；
[0025]采用分水岭算法对所述距离图和预设的细胞边界阈值进行处理，得到所述目标图像中各细胞的所述细胞边界分割结果。
[0026]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，所述基于所述生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，包括：
[0027]基于所述生物芯片中每个条形码微球的固有位置，计算所述条形码微球的中心坐标位置；
[0028]基于所述中心坐标位置提取所述细胞分割结果的细胞数据中对应位置的区域；
[0029]创建圆形蒙版，并将所述区域内的细胞数据与所述圆形蒙版相乘，得到圆形范围内的细胞数据；
[0030]统计各所述圆形范围内的细胞数据，得到所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息。
[0031]根据本专利技术提供的一种基于细胞分割的信息处理方法，还包括：
[0032]对各所述细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息进行生信分析，得到每个所述第一位置信息对应的细胞的表达量矩阵；
[0033]对各所述细胞分别对应的所述表达量矩阵进行聚类处理，得到细胞聚类信息；
[0034]基于所述细胞聚类信息中各所述细胞的聚类编号，在所述扫描图像中每个所述聚类编号对应的细胞区域绘制相应的颜色，得到聚类图像；
[0035]通过对所述聚类图像进行细胞轮廓查找，生成所述聚类图像中各所述细胞的第二位置信息；
[0036]对所述聚类图像和所述聚类图像中各所述细胞的第二位置信息进行可视化展示。
[0037]本专利技术还提供一种基于细胞分割的信息处理装置，包括：
[0038]获取模块，用于获取矫正后的扫描图像；所述扫描图像是基于贴附于生物芯片上的组织切片得到的；
[0039]分割模块，用于对所述扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果；
[0040]提取模块，用于基于所述生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息；
[0041]确定模块，用于基于所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，确定各所述细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息。
[0042]本专利技术还提供一种电子设备，包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述程序时实现如上述任一种所述的基于细胞分割的信息处理方法的步骤。
[0043]本专利技术还提供一种非暂态计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，该计算机程序被处理器执行时实现如上述任一种所述的基于细胞分割的信息处理方法的步骤。
[0044]本专利技术提供的基于细胞分割的信息处理方法、装置、设备及存储介质，首先，获取矫正后的扫描图像，扫描图像是基于贴附于生物芯片上的组织切片得到的，可以在细胞分割之前获取到准确无误的经过矫正的扫描图像；而后，对扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果；基于生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息；可以将细胞分割结果和包含条形码微球的生物芯片进行结合，提取出单个细胞对应的条形码微球的位置信息；最后，基于细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，确定各细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息，可以基于单个细胞对应的条形码微球的位置信息统计出各细胞的准确位置信息和相应的条形码微球的统计信息，从而提升细胞分析的效率和准确性。
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种基于细胞分割的信息处理方法，其特征在于，包括：获取矫正后的扫描图像；所述扫描图像是基于贴附于生物芯片上的组织切片得到的；对所述扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果；基于所述生物芯片中各条形码微球的固有位置，提取所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息；基于所述细胞分割结果中的每个细胞所对应的条形码微球的位置信息，确定各所述细胞的第一位置信息和相应的条形码微球的统计信息。2.根据权利要求1所述的基于细胞分割的信息处理方法，其特征在于，所述细胞分割结果包括细胞核边界分割结果和细胞边界分割结果；所述对所述扫描图像进行细胞分割，得到细胞分割结果，包括：将所述扫描图像拆分为多个子图；针对每个所述子图，对所述子图进行预处理，得到目标子图；获取与所述组织切片的细胞类型匹配的预训练模型，并采用所述预训练模型对所述目标子图进行细胞核边界分割结果预测，得到所述目标子图中各细胞核的所述细胞核边界分割结果；合并各所述目标子图，得到目标图像；合并各所述目标子图中各细胞核的所述细胞核边界分割结果，得到所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果；对所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果进行外扩处理，生成所述目标图像中各细胞的所述细胞边界分割结果。3.根据权利要求2所述的基于细胞分割的信息处理方法，其特征在于，所述将所述扫描图像拆分为多个子图，包括：采用自定义滑动窗口将所述扫描图像拆分为多个初始子图；对所述多个初始子图进行边缘分界线微调，得到所述多个子图。4.根据权利要求2所述的基于细胞分割的信息处理方法，其特征在于，所述针对每个所述子图，对所述子图进行预处理，得到目标子图，包括：针对每个所述子图，对所述子图进行包括均衡化、尺寸调整、彩色空间转换、腐蚀、膨胀以及像素值均一化的预处理，得到所述目标子图。5.根据权利要求2所述的基于细胞分割的信息处理方法，其特征在于，所述对所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果进行外扩处理，生成所述目标图像中各细胞的所述细胞边界分割结果，包括：基于所述目标图像中各细胞核的所述细胞核边界分割结果，生成二值化图像；通过距离变换计算所述二值化图像的距离图；所述距离图用于表征每个像素到最近的细胞核边界的距离；采用分水岭算法对所述距离图和预设的细胞边界阈值进行处理，得...
【专利技术属性】
技术研发人员：郑洪坤，刘敏，秦志远，欧阳锋，张梦龙，
申请(专利权)人：青岛百创智能制造技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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