一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用，所述SNP位点组合包括1694个SNP位点；所述1694个SNP位点的物理位置是基于Oar_rambouillet_v1.0参考基因组比对确定的，所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述1694个SNP位点的位置及变异信息见表1；本发明专利技术可以对奶绵羊产羔数、初生重、断奶重3个重要的繁殖育种性状进行评估，可应用于奶绵羊的基因组选择育种、分子辅助育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏中，其分型检测准确性高、周期短、成本低，便于高效地开展分子标记和基因组选育工作。作。

【技术实现步骤摘要】
一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用


[0001]本专利技术属于分子育种
，具体涉及一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用。

技术介绍

[0002]奶绵羊在全球农业经济中发挥着重要作用，2019年全球奶绵羊存栏数为2.5亿只，绵羊奶产量总计为1058.79万吨其中大部分奶绵羊分布在法国、叙利亚、西班牙、土耳其等地中海地区的国家，其他地区占比微乎其微，因此，为了发展为了培育适合于本土特点的奶绵羊新品种，各国通常通常的做法是引进高产的奶绵羊品种与地方品种进行杂交育种，在育种过程中，选育绵羊双羔群体所产生的经济效益远超过单羔群体，对增加绵羊产业经济发展具有极其重要的作用，因此，提高奶绵羊的繁殖力是新品种培育的主要目标之一，但是，奶绵羊的产羔数性状具有较低的遗传力，利用传统育种方法通常很难在一个品种内进行遗传改良。此外，奶绵羊的初生重、断奶重性状也是奶绵羊繁殖育种的重要指标，其中，羔羊初生重作为一个复杂性状，受母羊体重、胎次等许多因素影响，并与产羔数性状有一定的关联性。因此，如何利用现代分子育种技术培育出具有优良的生长和繁殖力复合经济性状的奶绵羊品种具有深远意义。
[0003]而随着SNP技术的迅速发展，研发一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用，通过将SNP位点与奶绵羊的重要育种性状进行关联分析，从而使得利用SNP位点的基因型即可鉴定奶绵羊个体的重要育种性状的情况，极大的加快了育种人员对于奶绵羊育种表型性状的评估速度，加快了性状选育的进程。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于克服现有技术中的缺陷，提供了一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合、液相芯片及其应用。
[0005]为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案如下：
[0006]一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合，所述SNP位点组合包括1694个SNP位点；所述1694个SNP位点的物理位置是基于Oar_rambouillet_v1.0参考基因组比对确定的，Oar_rambouillet_v1.0参考基因组的获取网址为：
[0007]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_002742125.1/；所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述1694个SNP位点的位置及变异信息见表1；
[0008]表1
[0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024]作为进一步的技术方案，所述繁殖育种性状包括产羔数、初生重、断奶重中的一种或多种。
[0025]一套检测所述的与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合探针。
[0026]一种检测所述的与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合液相芯片。
[0027]一种所述的与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种任一项中的应用。
[0028]一套所述的探针在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种任一项中的应用。
[0029]一种所述的液相芯片在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种任一项中的应用。
[0030]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0031]1、本专利技术利用1694个SNP位点的基因分型，可以对奶绵羊产羔数、初生重、断奶重3个重要的繁殖育种性状进行评估，可应用于奶绵羊的基因组选择育种、分子辅助育种、以及种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏中，其分型检测准确性高、检测周期短、检测成本低，可进行大规模的位点检测，便于高效的开展分子标记和基因组选育工作；
[0032]2、本专利技术采用液相芯片及GBTS靶向测序基因型检测技术进行基因分型，其芯片具
有可增删、高精准度、高灵敏度的特点。
附图说明
[0033]图1为实施例3中53只奶绵羊产羔数分类图；
[0034]图2为实施例4中奶绵羊初生重ABLUP、GBLUP和ssGBLUP三种方法的参考群表型值与育种值拟合相关性。
[0035]图3为实施例4中五折交叉验证法的准确性结果。
具体实施方式
[0036]下面将结合具体实施例对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0037]实施例1：奶绵羊SNP芯片位点、探针及液相芯片产品的设计与开发
[0038]SNP位点开发时，对656只东佛里生羊和湖羊的级进杂交二代奶绵羊进行5x～10x全基因组重测序，然后将测序数据利用BWA软件将数据比对到Oar_rambouillet_v1.0参考基因组，得到BAM文件，利用slct构建每个样本的GVCF文件，最后利用slmgvcf_gpu合并GVCF文件，得到657个样本的vcf文件；之后，继续使用PLINK 1.9软件过滤(参数：
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mind 0.1
‑‑
maf 0.01
‑‑
geno 0.1)，使用BCFtools 1.13软件(参数：
‑
m2
‑
M2
‑
v snps)保留二等位基因，利用Beagle 5.4软件对上述过滤后的VCF文件进行无参考面板的互相填充，以丰富分析位点数目，得到质控后的SNPs数据集；然后，基于质控后的SNPs数据集，使用PLINK 1.9软件转换GWAS分析所需的bed、bim和fam文件并进行PCA主成分分析(参数：
‑‑
pca)以加入协变量校正群体分层差异；使用GEMMA 0.98.3软件(参数：
‑
gk 2计算k矩阵，
‑
k
‑
lmm 1使用wald检验计算显著性)进行GWAS，计算模型为:y＝Wα+xβ+u+ε，其中个，y指所有个体表型值，W指协变量矩阵，包括同胞数(初生重固定效应)、胎次及产羔季节(产羔数固定效应)和PCA分析的前三个主成分，α是系数向量，x指标记基因型，β为标记位点的效应，u指个体随机效应，ε指随机误差；经鉴定，得到与初生重相关SNP位点155个、断奶重相关SNP位点134个、产羔相关SNP位点为1405个，共1694个SNP位点用于繁殖育种；1694个SNP位点的位置及变异信息见表1；
[0039]根据获得的1694个SNP位点的上下游序列设计探针，探针长度100
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120nt，GC含量30
‑
80％之间，探针序列在本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合包括1694个SNP位点；所述1694个SNP位点的物理位置是基于Oar_rambouillet_v1.0参考基因组比对确定的，所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述1694个SNP位点的位置及变异信息见表1；表1
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2.根据权利要求1所述的一种与奶绵羊繁殖育种性状相关的SNP位点组合，其特征在于，所述繁殖育种性状包括产羔数、初生重、断奶重中的一种或多...

【专利技术属性】
技术研发人员：张磊，宋宇轩，李丹妮，安小鹏，赵雪洋，刘晓瑞，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：