抗黑胚病QTLQBp.caas-2AL与QBp.caas-5BL的KASP标记制造技术

本发明专利技术公开了抗黑胚病QTL QBp.caas

【技术实现步骤摘要】
抗黑胚病QTL QBp.caas
‑
2AL与QBp.caas
‑
5BL的KASP标记


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及抗黑胚病QTL QBp.caas
‑
2AL与QBp.caas
‑
5BL的KASP标记。

技术介绍

[0002]小麦黑胚病是一种籽粒病害，近年来由于全球气候变化及土壤条件的改善，呈现明显加重的趋势。在我国长江流域、黄淮流域等小麦主产区发病严重。黑胚病主要症状表现为籽粒胚部呈现明显的黑褐色斑点，严重影响籽粒外观、营养品质和加工品质。我国新的小麦国标(GBl351
‑
1999)明确将黑胚籽粒列为不完善粒。根据我国小麦商品粮收购的标准，不完善粒超过6％则将降级。现阶段对于黑胚病的发病原因尚无一致结论，包括真菌致病学说和酶促褐变学说，该病发生的严重程度还受到多种环境因素的影响。
[0003]培育利用抗病品种是降低黑胚病危害的有效手段，黑胚病抗性是由多基因控制的复杂数量性状。挖掘黑胚病抗性位点，开发与其紧密连锁的分子标记，利用分子标记辅助选择育种策略培育抗性品种，是减少黑胚病危害的有效方法。随着小麦9K、50K、90K和660K芯片和二代测序技术的发展，SNP标记得到广泛应用。然而，SNP标记信息主要来源于芯片或重测序，成本过高难以大规模使用。将SNP标记转化成检测成本相对较低的KASP标记，对于小麦分子标记辅助选择育种(MAS)具有重要意义。目前，已开发和验证数百个与小麦病害抗性、加工品质和营养品质相关的KASP标记。
[0004]近年来，随着中国春小麦测序的完成以及新一代测序和芯片技术的进步，有关小麦复杂性状遗传解析研究迅速增加，但目前为止，有关小麦黑胚病的遗传研究较少。目前已鉴定和开发了一些抗黑胚病相关的分子标记，但尚没有见到能直接应用于黑胚抗病育种的报道。因此，开发育种中可用的黑胚病抗性KASP标记，对于加快小麦黑胚抗病育种进程十分重要。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供抗黑胚病QTL QBp.caas
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2AL与QBp.caas
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5BL的KASP标记。
[0006]第一方面，本专利技术要求保护小麦基因组上SNP位点AX
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179560327的单核苷酸多态性和/或SNP位点AX
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179388377的单核苷酸多态性作为标记物在如下任一中的应用：
[0007](A1)鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性；
[0008](A2)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的产品；
[0009](A3)比较待测小麦的黑胚病抗性强弱；
[0010](A4)制备用于比较待测小麦的黑胚病抗性强弱的产品；
[0011](A5)选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种；
[0012](A6)制备用于选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种的产品；
[0013](A7)筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株；
[0014](A8)制备用于筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株的产品。
[0015]所述SNP位点AX
‑
179560327位于小麦2A染色体上SEQ ID No.7的第36位，该SNP位点处的核苷酸为A或C。所述SNP位点AX
‑
179560327对应于小麦参考基因组Chinese Spring RefSeq v1.0的753.6Mb(https://urgi.versailles.inra.fr/blast_iwgsc/)(下同)。
[0016]所述SNP位点AX
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179388377位于小麦5B染色体上SEQ ID No.8的第36位，该SNP位点处的核苷酸为G或A。所述SNP位点AX
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179388377对应于小麦参考基因组Chinese Spring RefSeq v1.0的673.0Mb(https://urgi.versailles.inra.fr/blast_iwgsc/)(下同)。
[0017]第二方面，本专利技术要求保护用于检测小麦基因组上SNP位点AX
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179560327的单核苷酸多态性的物质和/或用于检测小麦基因组上SNP位点AX
‑
179388377的单核苷酸多态性的物质在如下任一中的应用：
[0018](A1)鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性；
[0019](A2)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的产品；
[0020](A3)比较待测小麦的黑胚病抗性强弱；
[0021](A4)制备用于比较待测小麦的黑胚病抗性强弱的产品；
[0022](A5)选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种；
[0023](A6)制备用于选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种的产品；
[0024](A7)筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株；
[0025](A8)制备用于筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株的产品。
[0026]所述SNP位点AX
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179560327位于小麦2A染色体上SEQ ID No.7的第36位，该SNP位点处的核苷酸为A或C。
[0027]所述SNP位点AX
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179388377位于小麦5B染色体上SEQ ID No.8的第36位，该SNP位点处的核苷酸为G或A。
[0028]其中，用于检测小麦基因组上所述SNP位点AX
‑
179560327的单核苷酸多态性的物质可为后文第三方面中所述的KASP引物甲或后文第四方面中所述的试剂甲或含有所述试剂甲的试剂盒。
[0029]其中，用于检测小麦基因组上所述SNP位点AX
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179388377的单核苷酸多态性的物质为后文第三方面中所述的KASP引物乙或后文第四方面中所述的试剂乙或含有所述试剂乙的试剂盒。
[0030]第三方面，本专利技术要求保护用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的成套引物。
[0031]本专利技术要求保护的用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的成套引物，可为如下任一：
[0032](B1)KASP引物甲；所述KASP引物甲由引物1、引物2和引物3组成；所述引物1为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列A和SEQ ID No.1的第22
‑
41位的单链DNA；所述引物2为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列B和SEQ ID No.2的第22
‑
41位的单链DNA；所述引物3为核苷酸序列如SEQ ID No.3所示的单链DNA。
[0033](B2)KASP引物乙；所述KASP引物乙由引物4、引物5和引物6组成；所述引物4为自5...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.小麦基因组上SNP位点AX
‑
179560327的单核苷酸多态性和/或SNP位点AX
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179388377的单核苷酸多态性作为标记物在如下任一中的应用：(A1)鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性；(A2)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的产品；(A3)比较待测小麦的黑胚病抗性强弱；(A4)制备用于比较待测小麦的黑胚病抗性强弱的产品；(A5)选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种；(A6)制备用于选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种的产品；(A7)筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株；(A8)制备用于筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株的产品；所述SNP位点AX
‑
179560327位于小麦2A染色体上SEQ ID No.7的第36位，该SNP位点处的核苷酸为A或C；所述SNP位点AX
‑
179388377位于小麦5B染色体上SEQ ID No.8的第36位，该SNP位点处的核苷酸为G或A。2.用于检测小麦基因组上SNP位点AX
‑
179560327的单核苷酸多态性的物质和/或用于检测小麦基因组上SNP位点AX
‑
179388377的单核苷酸多态性的物质在如下任一中的应用：(A1)鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性；(A2)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的产品；(A3)比较待测小麦的黑胚病抗性强弱；(A4)制备用于比较待测小麦的黑胚病抗性强弱的产品；(A5)选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种；(A6)制备用于选育黑胚病抗性相对较强的小麦单株或株系或品系或品种的产品；(A7)筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株；(A8)制备用于筛选剔除黑胚病抗性相对较弱的小麦单株的产品；所述SNP位点AX
‑
179560327位于小麦2A染色体上SEQ ID No.7的第36位，该SNP位点处的核苷酸为A或C；所述SNP位点AX
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179388377位于小麦5B染色体上SEQ ID No.8的第36位，该SNP位点处的核苷酸为G或A。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：用于检测小麦基因组上所述SNP位点AX
‑
179560327的单核苷酸多态性的物质为权利要求4或5中所述的KASP引物甲或权利要求6或7中所述的试剂甲或含有所述试剂甲的试剂盒；用于检测小麦基因组上所述SNP位点AX
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179388377的单核苷酸多态性的物质为权利要求4或5所述的KASP引物乙或权利要求6或7中所述的试剂乙或含有所述试剂乙的试剂盒。4.用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的成套引物，其特征在于：所述成套引物为如下任一：(B1)KASP引物甲；所述KASP引物甲由引物1、引物2和引物3组成；所述引物1为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列A和SEQ ID No.1的第22
‑
41位的单链DNA；所述引物2为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列B和SEQ ID No.2的第22
‑
41位的单链DNA；所述引物3为核苷酸序列如SEQ ID No.3所示的单链DNA；
(B2)KASP引物乙；所述KASP引物乙由引物4、引物5和引物6组成；所述引物4为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列C和SEQ ID No.4的第22
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39位的单链DNA；所述引物5为自5
’
端到3
’
端依次为荧光标签序列D和SEQ ID No.5的第22
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39位的单链DNA；所述引物6为核苷酸序列如SEQ ID No.6所示的单链DNA；(B3)由(B1)中所述KASP引物甲和(B2)中所述KASP引物乙组成。5.根据权利要求4所述的成套引物，其特征在于：所述荧光标签序列A为荧光标签序列FAM，其核苷酸序列为SEQ ID No.1的第1
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21位；所述荧光标签序列B为荧光标签序列HEX，其核苷酸序列为SEQ ID No.2的第1
‑
21位；所述荧光标签序列C为荧光标签序列FAM，其核苷酸序列为SEQ ID No.4的第1
‑
21位；所述标签序列D为荧光标签序列HEX，其核苷酸序列为SEQ ID No.5的第1
‑
21位；进一步地，所述引物1为核苷酸序列如SEQ ID No.1所示的单链DNA；所述引物2为核苷酸序列如SEQ ID No.2所示的单链DNA；和/或进一步地，所述引物4为核苷酸序列如SEQ ID No.4所示的单链DNA；所述引物5为核苷酸序列如SEQ ID No.5所示的单链DNA。6.用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的试剂或试剂盒，其特征在于：所述试剂盒含有所述试剂；所述试剂为如下任一：(C1)试剂甲，含有权利要求4或5中所述的KASP引物甲；(C2)试剂乙，含有权利要求4或5中所述的KASP引物乙；(C3)由(C1)中所述试剂甲和(C2)中所述试剂乙组成。7.特异性DNA分子，如SEQ ID No.7或SEQ ID No.8所示。8.权利要求4或5所述的成套引物或权利要求6所述的试剂或试剂盒或权利要求7所述的特异性DNA分子在如下任一中的应用：(A1)鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性；(A2)制备用于鉴定或辅助鉴定小麦的黑胚病抗性的产品；(A3)比较待测小麦的黑胚病抗性强弱；(A4)制备用于比较待测小麦的黑胚病抗性强弱的产品；(A5)选育黑胚病抗性相对较强的小...

【专利技术属性】
技术研发人员：张勇，陈甜甜，刘金栋，曾建琪，李玲莉，田宇兵，夏先春，何中虎，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：