用于减少细胞中HLA-A的组合物和方法技术

用于降低细胞中HLA

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于减少细胞中HLA
‑
A的组合物和方法
[0001]本申请根据35U.S.C.119(e)要求2020年12月23日提交的美国临时申请第63/130,095号、2021年9月30日提交的美国临时申请第63/250,996号、2021年10月12日提交的美国临时申请第63/254,970号和2021年12月10日提交的美国临时申请第63/288,492号的权益；所述公开内容中的每一者都通过引用整体并入本文。
[0002]本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表以命名为“2021
‑
12
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20_01155
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0036
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00PCT_Seq_List_ST25.txt”的文件提供，所述文件创建于2021年12月20日，大小为320,511字节。所述序列表的电子格式的信息通过引用整体并入本文。
[0003]I.引言和
技术实现思路

[0004]下调MHC I类的能力对于许多体内和离体应用至关重要，例如，当使用同种异体细胞(源自供体)进行移植和/或例如在体外产生不激活T细胞的细胞群体时。特别是，将同种异体细胞转移至受试者中对于细胞疗法领域备受关注。同种异体细胞的使用由于接受受试者的免疫细胞排斥问题而受到限制，其将移植细胞识别为外来的并且发动攻击。为避免免疫排斥问题，基于细胞的疗法集中于自体方法，所述自体方法使用受试者的自身细胞作为疗法的细胞来源，这是一种耗时且昂贵的方法。
[0005]通常，同种异体细胞的免疫排斥由供体与接受者之间的主要组织相容性复合体(MHC)分子错配产生。在人类群体内，MHC分子以各种形式存在，包括例如编码不同形式的MHC蛋白质的任何给定MHC基因的许多基因变体，即等位基因。MHC分子的主要类别称为MHC I类和MHC II类。MHC I类分子(例如人类中的HLA
‑
A、HLA
‑
B和HLA
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C)表达于所有有核细胞上并且呈递抗原以激活细胞毒性T细胞(CD8+T细胞或CTL)。MHC II类分子(例如人类中的HLA
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DP、HLA
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DQ和HLA
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DR)仅在某些细胞类型(例如B细胞、树突状细胞和巨噬细胞)上表达并且呈递抗原以激活辅助T细胞(CD4+T细胞或Th细胞)，进而向B细胞提供信号以产生抗体。
[0006]例如个体之间的MHC等位基因的微小差异(例如错配)会导致接受者中的T细胞被激活。在T细胞发育期间，个体的T细胞库对自身MHC分子具有耐受性，但识别另一个体的MHC分子的T细胞可在循环中持续存在并且称为同种异体反应性T细胞。同种异体反应性T细胞可例如通过在体内存在另一个体的表达MHC分子的细胞而被激活，引起例如移植物抗宿主疾病和移植排斥。
[0007]虽然供体与接受者之间完全匹配HLA类型在理论上可能作为减少移植排斥的手段，但鉴于群体中HLA等位基因的多样性以完全匹配，例如10个等位基因中的10个(即，HLA
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A、HLA
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B、HLA
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C、HLA
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DRB1和HLA
‑
DQB1各2个等位基因)，此类方法在逻辑上并且实际上具有挑战性。
[0008]用于降低同种异体细胞对排斥的易感性的方法和组合物是令人感兴趣的，包括例如降低细胞的MHC蛋白表达以避免接受者T细胞反应。实际上，基因修饰同种异体细胞用于移植至受试者中的能力受到多重基因编辑以减少所有MHC蛋白表达同时避免其他有害的接受者免疫反应的要求的妨碍。例如，尽管耗尽MHC I类蛋白的策略可能会减少CTL活化，但表面上缺乏MHC I类的细胞易于由免疫系统的自然杀手(NK)细胞溶解，因为NK细胞活化是通过MHC I类特异性抑制受体调节。因此，安全地降低或消除MHC I类的表达已被证实具有挑
战性。
[0009]耗尽MHC II类分子的基因编辑策略也已证实是困难的，特别是在某些细胞类型中，原因包括低编辑效率和低细胞存活率，阻碍了作为细胞疗法的实际应用。
[0010]因此，需要用于修饰同种异体细胞的改进方法和组合物以克服接受者免疫排斥问题和与产生更安全的移植细胞所需的多重基因修饰相关的技术困难。
[0011]本公开提供了一种工程化人类细胞，其相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其中所述细胞对于HLA
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B为同型接合的并且对于HLA
‑
C为同型接合的。本文所公开的工程化人类细胞因此提供了针对同种异体细胞转移和MHC I类相容性问题的“部分匹配”方法。使用除降低或消除细胞中HLA
‑
A的表达外，对HLA
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B和HLA
‑
C为同型接合的细胞限制了为提供涵盖群体中大多数接受者的疗法所必需的供体数目，因为所公开的部分匹配方法仅需要一个匹配HLA
‑
B等位基因(相对于两个)和仅一个HLA
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C等位基因(相对于两个)。令人惊讶的是，本文所公开的相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达的工程化人类细胞展示出持久性并且对NK介导的排斥具有保护作用，尤其是与具有降低或消除的B2M表达的工程化细胞相比。本公开提供了用于产生此类相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达的工程化人类细胞的方法和组合物，其中所述细胞对于HLA
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B为同型接合的并且对于HLA
‑
C为同型接合的。在一些实施方案中，本公开提供了工程化人类细胞，和用于产生工程化人类细胞的方法和组合物，其中所述细胞在细胞表面上进一步具有降低的MHC II类蛋白表达，例如其中所述细胞在CIITA基因中具有基因修饰。在一些实施方案中，本公开提供了对细胞的进一步工程化，包括降低或消除内源性T细胞受体蛋白(例如TRAC、TRBC)的表达，和引入例如编码表达于细胞表面上的多肽或由细胞分泌的多肽的外源核酸。因此，本公开因此提供了用于对人类细胞进行基因工程化以用于多种期望的过继性细胞治疗目的的灵活平台。
[0012]本文提供了一种工程化人类细胞，其相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
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A表面表达，其包含HLA
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A基因中的基因修饰，其中所述细胞对于HLA
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B为同型接合的并且对于HLA
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C为同型接合的。也提供了一种工程化人类细胞，其相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其包含HLA
‑
A基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29942854
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chr6:29942913和chr6:29943518
‑
chr6:29943619，其中所述细胞对于HL本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种工程化人类细胞，所述工程化人类细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其包含HLA
‑
A基因中的基因修饰，其中所述细胞对于HLA
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B为同型接合的并且对于HLA
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C为同型接合的。2.一种工程化人类细胞，所述工程化人类细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其包含HLA
‑
A基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：a.chr6:29942854
‑
chr6:29942913和b.chr6:29943518
‑
chr6:29943619；其中所述细胞对于HLA
‑
B为同型接合的并且对于HLA
‑
C为同型接合的。3.如权利要求1或2所述的工程化细胞，其中所述细胞具有降低或消除的至少一种HLA
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A等位基因的表达，所述HLA
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A等位基因选自：HLA
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A1、HLA
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A2、HLA
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A3、HLA
‑
A11和HLA
‑
A24。4.如权利要求1
‑
3中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr6:29942864
‑
chr6:29942903内的至少一个核苷酸。5.如权利要求1
‑
4中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr6:29943528
‑
chr6:29943609内的至少一个核苷酸。6.如权利要求1
‑
5中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；和chr6:29942883
‑
29942903。7.如权利要求1
‑
6中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；和chr6:29943589
‑
29943609。8.如权利要求1
‑
7中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr6:29942876
‑
29942897内的至少一个核苷酸。9.如权利要求1
‑
8中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含基因组坐标chr6:29943528
‑
29943550内的至少一个核苷酸。10.如权利要求1
‑
9中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29942864
‑
29942884、chr6:29942868
‑
29942888、chr6:29942876
‑
29942896和chr6:29942877
‑
29942897。11.如权利要求1
‑
10中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29943528
‑
29943548、chr6:29943529
‑
29943549和chr6:29943530
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29943550。12.一种工程化人类细胞，所述工程化人类细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其包含HLA
‑
A基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的至少一个核苷酸：chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；c hr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589
‑
29943609；和chr6:29944026
‑
29944046。
13.一种工程化人类细胞，所述工程化人类细胞相对于未经修饰细胞具有降低或消除的HLA
‑
A表面表达，其包含HLA
‑
A基因中的基因修饰，其中所述基因修饰包含选自以下的基因组坐标内的插入/缺失、C至T取代或A至G取代：chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；c hr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；c hr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；c hr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589
‑
29943609；和chr6:29944026
‑
29944046。14.如权利要求12或13所述的工程化细胞，其中所述细胞对HLA
‑
B为同型接合的并且对HLA
‑
C为同型接合的。15.如权利要求12
‑
14中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含所述基因组坐标内的至少5、6、7、8、9或10个连续核苷酸。16.如权利要求12
‑
15中任一项所述的工程化细胞，其中所述基因修饰包含所述基因组坐标内的至少一个C至T取代或至少一个A至G取代。17.如权利要求1
‑
16中任一项所述的工程化细胞，其中所述HLA
‑
A表达通过基因编辑系统降低或消除，所述基因编辑系统结合至包含基因组坐标内的至少5个连续核苷酸的HLA
‑
A基因组目标序列，所述基因组坐标选自：a.chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589
‑
29943609；和chr6:29944026
‑
29944046、chr6:29934330
‑
29934350、chr6:29943115
‑
29943135、chr6:29943135
‑
29943155、chr6:29943140
‑
29943160、chr6:29943590
‑
29943610、chr6:29943824
‑
29943844、chr6:29943858
‑
29943878、chr6:29944478
‑
29944498和chr6:29944850
‑
29944870；b.chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589
‑
29943609；和chr6:29944026
‑
29944046；c.chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；和chr6:29943589
‑
29943609；d.chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；和chr6:29942883
‑
29942903；e.chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；和chr6:29943589
‑
29943609；f.chr6:29942864
‑
29942884、chr6:29942868
‑
29942888、chr6:29942876
‑
29942896和chr6:29942877
‑
29942897；
g.chr6:29943528
‑
29943548、chr6:29943529
‑
29943549和chr6:29943530
‑
29943550；h.chr6:29945290
‑
29945310、chr6:29945296
‑
29945316和chr6:29945297
‑
29945317、chr6:29945300
‑
29945320；i.chr6:29890117
‑
29890137、chr6:29927058
‑
29927078、chr6:29934330
‑
29934350、chr6:29942541
‑
29942561、chr6:29942542
‑
29942562、chr6:29942543
‑
29942563、chr6:29942543
‑
29942563、chr6:29942550
‑
29942570、chr6:29942864
‑
29942884、chr6:29942868
‑
29942888、chr6:29942876
‑
29942896、chr6:29942876
‑
29942896、chr6:29942877
‑
29942897、chr6:29942883
‑
29942903、chr6:29943062
‑
29943082、chr6:29943063
‑
29943083、chr6:29943092
‑
29943112、chr6:29943115
‑
29943135、c hr6:29943118
‑
29943138、chr6:29943119
‑
29943139、chr6:29943120
‑
29943140、c hr6:29943126
‑
29943146、chr6:29943128
‑
29943148、chr6:29943129
‑
29943149、c hr6:29943134
‑
29943154、chr6:29943134
‑
29943154、chr6:29943135
‑
29943155、c hr6:29943136
‑
29943156、chr6:29943140
‑
29943160、chr6:29943142
‑
29943162、c hr6:29943143
‑
29943163、chr6:29943188
‑
29943208、chr6:29943528
‑
29943548、c hr6:29943529
‑
29943549、chr6:29943530
‑
29943550、chr6:29943536
‑
29943556、c hr6:29943537
‑
29943557、chr6:29943538
‑
29943558、chr6:29943549
‑
29943569、c hr6:29943556
‑
29943576、chr6:29943589
‑
29943609、chr6:29943590
‑
29943610、c hr6:29943590
‑
29943610、chr6:29943599
‑
29943619、chr6:29943600
‑
29943620、c hr6:29943601
‑
29943621、chr6:29943602
‑
29943622、chr6:29943603
‑
29943623、c hr6:29943774
‑
29943794、chr6:29943779
‑
29943799、chr6:29943780
‑
29943800、c hr6:29943822
‑
29943842、chr6:29943824
‑
29943844、chr6:29943857
‑
29943877、c hr6:29943858
‑
29943878、chr6:29943859
‑
29943879、chr6:29943860
‑
29943880、c hr6:29944026
‑
29944046、chr6:29944077
‑
29944097、chr6:29944078
‑
29944098、c hr6:29944458
‑
29944478、chr6:29944478
‑
29944498、chr6:29944597
‑
29944617、c hr6:29944642
‑
29944662、chr6:29944643
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29944663、chr6:29944772
‑
29944792、c hr6:29944782
‑
29944802、chr6:29944850
‑
29944870、chr6:29944907
‑
29944927、c hr6:29945024
‑
29945044、chr6:29945097
‑
29945117、chr6:29945104
‑
29945124、c hr6:29945105
‑
29945125、chr6:29945116
‑
29945136、chr6:29945118
‑
29945138、c hr6:29945119
‑
29945139、chr6:29945124
‑
29945144、chr6:29945176
‑
29945196、c hr6:29945177
‑
29945197、chr6:29945177
‑
29945197、chr6:29945180
‑
29945200、c hr6:29945187
‑
29945207、chr6:29945188
‑
29945208、chr6:29945228
‑
29945248、c hr6:29945230
‑
29945250、chr6:29945231
‑
29945251、chr6:29945232
‑
29945252、c hr6:29945308
‑
29945328、chr6:29945361
‑
29945381、chr6:29945362
‑
29945382和c hr6:31382543
‑
31382563；j.chr6:29942815
‑
29942835、chr6:29942816
‑
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‑
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‑
29942837、chr6:29942828
‑
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‑
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‑
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‑
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‑
29942916、chr6:29942898
‑
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‑
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‑
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‑
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‑
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‑
29942932、chr6:
29942913
‑
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‑
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‑
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‑
29943518、chr6:29943502
‑
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‑
29943522、c hr6:29943511
‑
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‑
29943540、chr6:29943521
‑
29943541、c hr6:29943566
‑
29943586、chr6:29943569
‑
29943589、chr6:29943569
‑
29943589、c hr6:29943570
‑
29943590、chr6:29943573
‑
29943593、chr6:29943578
‑
29943598、c hr6:29943585
‑
29943605、chr6:29943589
‑
29943609、chr6:29943568
‑
29943588和c hr6:29942815
‑
29942835；k.chr6:29942884
‑
29942904、chr6:29943519
‑
29943539、chr6:29942863
‑
29942883；l.chr6:29943517
‑
29943537和chr6:29943523
‑
29943543；m.chr6:29942845
‑
29942869、chr6:29942852
‑
29942876、chr6:29942865
‑
29942889、chr6:29942891
‑
29942915、chr6:29942895
‑
29942919、chr6:29942903
‑
29942927、chr6:29942904
‑
29942928、chr6:29943518
‑
29943542、chr6:29943525
‑
29943549、chr6:29943535
‑
29943559、chr6:29943538
‑
29943562、chr6:29943539
‑
29943563、chr6:29943547
‑
29943571、chr6:29943547
‑
29943571、chr6:29943548
‑
29943572、chr6:29943555
‑
29943579、chr6:29943556
‑
29943580、chr6:29943557
‑
29943581、chr6:29943558
‑
29943582、chr6:29943559
‑
29943583、chr6:29943563
‑
29943587、c hr6:29943564
‑
29943588、chr6:29943565
‑
29943589、chr6:29943568
‑
29943592、c hr6:29943571
‑
29943595、chr6:29943572
‑
29943596、chr6:29943595
‑
29943619、c hr6:29943596
‑
29943620和chr6:29943600
‑
29943624；n.chr6:29942885
‑
29942905、chr6:29942895
‑
29942915、chr6:29942896
‑
29942916、chr6:29942898
‑
29942918、chr6:29942899
‑
29942919、chr6:29942900
‑
29942920、chr6:29942904
‑
29942924、chr6:29943511
‑
29943531、chr6:29943520
‑
29943540、chr6:29943521
‑
29943541、chr6:29943529
‑
29943549、chr6:29943566
‑
29943586、chr6:29943568
‑
29943588、chr6:29943569
‑
29943589、chr6:29943569
‑
29943589、chr6:29943570
‑
29943590、chr6:29943573
‑
29943593、chr6:29943578
‑
29943598、c hr6:29943585
‑
29943605和chr6:29943589
‑
29943609；或o.chr6:29942469
‑
29942489、chr6:29943058
‑
29943078、chr6:29943063
‑
29943083、chr6:29943080
‑
29943100、chr6:29943187
‑
29943207、chr6:29943192
‑
29943212、chr6:29943197
‑
29943217、chr6:29943812
‑
29943832、chr6:29944349
‑
29944369、chr6:29944996
‑
29945016、chr6:29945018
‑
29945038和chr6:29945341
‑
29945361、chr6:29945526
‑
29945546。18.如权利要求1
‑
17中任一项所述的工程化细胞，其中所述HLA
‑
A表达通过基因编辑系统降低或消除，所述基因编辑系统结合至包含基因组坐标内的至少5个连续核苷酸的HLA
‑
A基因组目标序列，所述基因组坐标选自chr6:29942854
‑
chr6:29942913和chr6:29943518
‑
chr6:29943619。19.如权利要求1
‑
18中任一项所述的工程化细胞，其中所述HLA
‑
A表达通过基因编辑系统降低或消除，所述基因编辑系统结合至包含基因组坐标chr6:29942876
‑
29942897内的至少5个连续核苷酸的HLA
‑
A基因组目标序列。20.如权利要求1
‑
19中任一项所述的工程化细胞，其中所述HLA
‑
A表达通过基因编辑系
统降低或消除，所述基因编辑系统结合至包含基因组坐标chr6:29943528
‑
29943550内的至少5个连续核苷酸的HLA
‑
A基因组目标序列。21.如权利要求1
‑
20中任一项所述的工程化细胞，其中所述HLA
‑
A表达通过基因编辑系统降低或消除，所述基因编辑系统结合至包含基因组坐标内的至少5个连续核苷酸的HLA
‑
A基因组目标序列，所述基因组坐标选自：chr6:29942864
‑
29942884；chr6:29942868
‑
29942888；chr6:29942876
‑
29942896；chr6:29942877
‑
29942897；chr6:29942883
‑
29942903；chr6:29943126
‑
29943146；chr6:29943528
‑
29943548；chr6:29943529
‑
29943549；chr6:29943530
‑
29943550；chr6:29943537
‑
29943557；chr6:29943549
‑
29943569；chr6:29943589...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：因特利亚治疗公司，
类型：发明
国别省市：