SNP标记mdm4-43及引物在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种SNP标记mdm4

【技术实现步骤摘要】
SNP标记mdm4
‑
43及引物在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用


[0001]本专利技术属于分子标记
，具体地说，涉及一种SNP标记mdm4
‑
43及引物在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用。

技术介绍

[0002]大菱鲆是一种冷水性鱼类，养殖水温超过了适宜范围则很容易导致的大菱鲆的高温应激，高温应激对鱼类的生长、存活和代谢过程产生较大的影响，从而引起代谢紊乱、氧化应激、免疫力和抗病力急剧下降等不良后果，最终导致鱼体死亡，给养殖产业造成损失。因此培育耐高温的新品种对降低养殖成本、扩大养殖区域以及节能环保都有重要意义。近年来，随着现代分子生物学技术的迅速发展和后基因组时代的到来，SNP作为第三代分子标记技术在水产动物分子育种研究中广泛应用，为更好的开发和培育优良品种发挥着重要的作用。因此，筛选经济性状相关的分子标记用于早期选种，对于缩短世代间隔，提高育种效率和准确性具有重要意义。

技术实现思路

[0003]本专利技术针对上述技术问题提供一种SNP标记mdm4
‑
43及引物在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用，所述SNP标记mdm4
‑
43为分子标记辅助选择耐高温性状的大菱鲆品系奠定基础。
[0004]本专利技术通过以下技术方案实现上述目的：
[0005]本专利技术第一方面提供一种SNP标记mdm4
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43在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用，所述SNP标记mdm4
‑
43位于mdm4基因的核苷酸序列第3429bp处，其多态性形式为A/G。
[0006]进一步地，碱基突变位点的基因型包括AA、AG或GG。
[0007]本专利技术第二方面提供提供一种检测上述SNP标记mdm4
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43的引物对，所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO:2
‑
3所示。
[0008]本专利技术第三方面提供了一种检测大菱鲆耐高温性状的方法，其包括以下步骤：使用所述引物对对于大菱鲆的基因组DNA进行PCR扩增，检测PCR扩增产物第43bp处的基因型，基因型为AA的个体耐高温性能极显著低于AG、GG基因型。
[0009]本专利技术第四方面提供提供一种大菱鲆耐高温性状遗传改良的方法，利用上述引物对检测群体中的个体在SNP标记mdm4
‑
43碱基突变位点的基因型，保留基因型为AG、GG的个体，淘汰基因型为AA的个体，来提高大菱鲆耐高温性能。
[0010]本专利技术与现有技术相比的有益效果：本专利技术提供了一种与大菱鲆耐高温性状相关联的SNP位点，所述SNP分子标记位于大菱鲆第6号染色体mdm4基因中的第3429bp处；所述位点上存在A/G碱基突变，与大菱鲆耐高温性状具有显著的相关性，其中AG、GG基因型的个体耐高温性显著高于AA基因型。等位基因A在耐高温群体中的频率为10％，而在不耐高温群体中频率为40％。本专利技术提供的分子标记能够用于大菱鲆耐高温性状选育，可以不通过大规
模高温实验即可进行准确筛选，能够显著促进耐高温新品种选育的育种进程。
附图说明
[0011]图1为扩增产物的三种基因型测序峰图。
具体实施方式
[0012]下面通过实施例结合附图来对本专利技术的技术方案做进一步解释，但本专利技术得保护范围不受实施例任何形式上的限制。若无特殊说明，实施例中所用的实验方法均为领域技术人员所熟知的常规方法和技术，材料试剂均通过商业购买获得。
[0013]实施例1大菱鲆mdm4基因多态性位点的鉴定
[0014]1、大菱鲆耐高温材料的获取：本实验用鱼均来自于烟台天源水产有限公司，挑选180尾体格健壮、无损伤、活力好的幼鱼，体长10.34
±
0.76cm，体重23.01
±
3.63g。分到6组实验缸，每缸30尾鱼，暂养10天，暂养期间，14
±
0.5℃，30
±
0.5ppt的水环境及自然光周期下进行，每日投喂2次。实验前24h停食，实验过程中不再投喂。利用加热棒进行升温，保持1℃/h的升温速率，直至水温升至29℃。此后，水温保持在29℃，持续观察并记录大菱鲆死亡时间。将死亡的大菱鲆按照死亡时间顺序进行编号，最先死亡的50尾为不耐高温组，最后存活且活力最强的50尾作为耐高温组。剪取鱼鳍作为提取基因组DNA的实验样品，
‑
20℃保存。
[0015]2、提取待测大菱鲆组织中的基因组DNA：利用TIANGEN海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒，提取鱼鳍基因组DNA。提取后利用1％的琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量和完整性；采用NanoDrop2000超微量分光光度计测定DNA浓度，符合浓度要求及完整性良好的基因组DNA样品保存于冰箱
–
20℃备用。
[0016]3、扩增含SNP位点的核苷酸片段
[0017]3.1引物设计：从大菱鲆基因组数据库中找到基因mdm4(NCBI的登录号为NC_061526.1)对应的DNA序列，以mdm4基因的部分DNA序列为模板，设计引物，包括正向引物F：5
’‑
TGGTCAGACGTGCGGAGG
‑3’
(SEQ ID NO:2)；和反向引物R：5
’‑
TCGGTGTCATCGCTCAAACAC
‑3’
(SEQ ID NO:3)。
[0018]该引物的可扩展区域的长度为846bp序列，序列如SEQ ID NO:1所示，其中包含第43bp位A/G突变的分子标记位点。
[0019]SEQ ID NO:1：
[0020]gcctctcctgcagaccccctcccagagacgaccgcgggagccagacgatggtaaacaaattgtctgttaaatgctcagaa
[0021]atactctcaggactctagcttttgtcaacatgttgaatttaactgctcaaaaccctctccagactcccttgaaggattgccgag
[0022]gtcagcttgcaaacgggccaagctggatgttactctggatgactgggatctctccggcctgccctggtggtttctgggtaat
[0023]ctccgtagtaactacagccgtaggagcaacggctccactgacatccacaccaaccaagtaagaaagctcaagtgctgtttg
[0024]ataaacaaaaaccgagtcagggctaatttgagagtttttaagattaaaaacacagactcaattgtttcttgttggaaaatatcat
[0025]gaacctgaacgtaacagtggtggtctgcctgatgtgtcagctgtctcctgcacaggaggaggacacggccatcgtatcgg
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种SNP标记mdm4
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43在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用，其特征在于，所述SNP标记mdm4
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43位于mdm4基因的核苷酸序列第3429bp处，其多态性形式为A/G。2.根据权利要求1所述的一种SNP标记mdm4
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43在大菱鲆耐高温性状检测及育种中的应用，其特征在于，SNP标记mdm4
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43碱基突变位点的基因型包括AA、AG或GG。3.一种检测权利要求1所述SNP标记mdm4
‑
43的引物对，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄智慧，赵一诺，马爱军，王新安，蒋宇航，曹郡文，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院黄海水产研究所，
类型：发明
国别省市：