【技术实现步骤摘要】
一种获取血浆样本TCR指数的方法及装置
[0001]本专利技术涉及一种对血浆样本进行检测的方法和装置，特别是涉及一种获取血浆样本TCR指数的方法及装置，属于生物检测和生物信息领域。
技术介绍
[0002]肺癌是最常见的一种致死癌症类型。根据GLOBOCAN 2020的预估，2020年约有220万的肺癌新发病例和180万肺癌死亡病例。在2020年的全球肺癌新发病例中，约有37％来自中国，而在因肺癌死亡的病例中，中国病例约占其中的39.8％。尽管近年来肺癌治疗手段取得较快发展，然而总体预后并无明显改善，虽然I期肺癌患者的五年生存率可达68％～92％，但我国仅有20.8％的肺癌患者确诊为I期肺癌。目前，对于肺癌的高危人群推荐进行LDCT筛查。但是，LDCT发现的肺结节患者比例相对较高(平均约20％)，LDCT的高假阳性率(96.4％)会造成过度医疗和不必要的心理负担。因此，迫切需要一种辅助方法来帮助评估肺癌恶性潜能并降低假阳性率。
[0003]液体活检是一种非侵入性的筛查技术，与LDCT相比，筛查结果可量化且没有辐射暴露。该技术包括从血液、尿液等体液中检测和分析生物标志物，特别是循环肿瘤细胞(CTCs)和循环肿瘤核酸(ctDNA)。已有一些研究报道了T细胞组库(TCR)可以作为生物标记物应用于癌症治疗。但是，很少有研究使用TCR组库数据进行肺癌人群的鉴定。
[0004]因此，本领域中亟需一种新的肺癌液体活检指标，可以用于评估肺癌患病风险及肺癌人群鉴定。
技术实现思路
[0005]本专利技术针...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种获取血浆样本TCR指数的方法，包括以下步骤：(1)获取已知肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体种类，获取血浆样本的血浆T细胞受体的种类和丰度；(2)统计血浆样本的血浆T细胞受体(P)与肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体(T)一致性大于50％、优选大于60％的T细胞受体的种类和丰度(T～P)；(3)计算血浆T细胞受体与肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体一致性大于50％、优选大于60％的T细胞受体(T～P)占血浆样本的血浆T细胞所有受体(P)种类的平均比例(AvgFreq)，计算血浆样本的血浆T细胞受体的克隆性(Clonality)，将所述平均比例和克隆性整合，获得血浆样本的TCR指数(TCR_index)；其中，所述血浆样本优选来源于肺癌患者或者健康者的外周血样本。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述T细胞受体以T细胞受体β链的CDR3区域(CDR3β序列)进行表征。3.根据权利要求1或2所述的方法，其是通过对血浆样本的血浆T细胞的CDR3β序列进行测序实现的。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其包括以下步骤：(1)从已知单细胞测序数据中获取肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体β链的CDR3区域(CDR3β序列)，对血浆样本的血浆T细胞受体β链的CDR3区域(CDR3β序列)进行测序，获得测序读长，将所选取的读长拼接，形成多个拼接序列，将所述多个拼接序列进行CDR3β序列特征识别，得到血浆T细胞受体的CDR3β序列的种类和丰度；(2)统计血浆T细胞受体和肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体序列一致性大于50％、优选大于60％的CDR3β序列的种类和丰度；(3)通过公式
①
计算血浆T细胞受体和肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体序列一致性大于50％、优选大于60％的CDR3β序列占血浆T细胞所有CDR3β序列的平均比例：T是肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞CDR3β序列；P是血浆样本CDR3β序列；T～P是P中与T的一致性大于50％、优选大于60％的CDR3β序列；N是T～P的数量；P
i
Freq是T～P中第个CDR3β序列占P的总CDR3β序列的比例；通过公式
②
计算血浆T细胞CDR3β序列克隆性：P是血浆样本CDR3β序列；R是P的数量；P
j
Freq是P中第个CDR3β序列占P的总CDR3β序列的比例；将所述平均比例和克隆性整合，通过公式
③
获得样本的TCR指数：TCR_index＝36973.350
×
AvgFreq+13.958
×
Clonality
‑
6.474
③
。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的方法，其进一步包括：
(4)将血浆样本的TCR指数与阈值进行比较，从而评估血浆样本的肺癌患病风险，所述TCR指数的阈值优选为
‑
1.326，TCR指数越大血浆样本的肺癌患病风险越高。6.一种获取血浆样本TCR指数的装置，包括以下模块：(1)获取模块，用于获取已知肿瘤特异CD8
+
耗竭T细胞受体种类，...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈克终，杨帆，王俊，易鑫，邵卓，白晶，
申请(专利权)人：北京吉因加医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：
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