一种鉴定水稻粒长QTLqGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用。借助本发明专利技术提供的特异性DNA标记可以准确鉴定待测水稻材料在qGL

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用


[0001]本专利技术涉及水稻粒型改良的遗传育种
，具体涉及一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其应用。

技术介绍

[0002]水稻作为最重要的粮食作物，提供了人类近50％的食物和营养来源，我国是世界上水稻产量最高的国家，总产量高达2亿吨以上，我国超过一半的人口将水稻作为主要食物。水稻的粒型是一个重要的商业指标，由水稻的粒长、粒宽以及长宽比共同决定，不同粒型的水稻具有不同的口感，目前北方人多偏好吃短圆形的粳米，南方人多偏好吃细长型的籼米。
[0003]粒重和粒型是典型的数量性状座位(QTL)，由少数主效位点和大量微效位点共同控制。分离和克隆控制粒重和粒型的QTL对水稻粒型的遗传改良具有重要意义。分子标记辅助选择技术是一种能将目标有利等位基因转育至待改良的水稻品种中的专业技术，其中与目标QTL共分离的特异性DNA标记是分子标记辅助选择育种技术的核心。专利技术人从由南恢968与嘉陵1B构建的遗传群体中鉴定到一个新的控制粒长的QTL qGL1
‑
(35.15
‑
35.18)(文中简称qGL1)，在该座位上，嘉陵1B携带的等位基因可以增加谷粒长度。目前，关于该QTL qGL1上嘉陵1B长粒等位基因的特异性DNA标记尚未开发。

技术实现思路

[0004]为了解决现有技术存在的上述不足，本专利技术的目的是提供一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记及其在分子标记辅助选择育种中的应用。
[0005]本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：
[0006]一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记Z1
‑
131，包括以下引物序列：
[0007]Z1
‑
131
‑
F：5'
‑
GGTCACAGGCTCACAG
‑
3'；
[0008]Z1
‑
131
‑
R：5'
‑
ACTGAATTTTACATTTTTTGTCCA
‑
3'。
[0009]上述特异性DNA标记Z1
‑
131在鉴定粒长QTL qGL1座位上嘉陵1B长粒等位基因的应用。
[0010]一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的试剂盒，包括权上述特异性DNA标记Z1
‑
131。
[0011]进一步地，采用上述特异性DNA标记Z1
‑
131或试剂盒鉴定粒长QTL qGL1座位上嘉陵1B长粒等位基因的方法，包括以下步骤：
[0012]1)以待测水稻材料和对照嘉陵1B的基因组DNA为模板，应用Z1
‑
131进行PCR扩增；
[0013]2)当待测样品的扩增产物片段大小与嘉陵1B的片段大小一致时，表明待测样品携带qGL1上嘉陵1B长粒等位基因。
[0014]进一步地，PCR扩增体系包括：5μL2
×
Mix、1μLDNA模板、1μL引物和3μLddH2O。
[0015]进一步地，PCR扩增过程中反应程序为：92～95℃预变性1～3分钟，92～95℃变性30～60秒，50～60℃退火30～60秒，70～75℃延伸40～50秒，共25～35个循环，70～75℃终延伸1～3分钟。
[0016]进一步地，PCR扩增过程中反应程序为：94℃预变性2分钟，94℃变性45秒，55℃退火45秒，72℃延伸45秒，共30个循环，72℃终延伸2分钟。
[0017]本专利技术具有以下有益效果：
[0018]本专利技术提供的鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记Z1
‑
131，通过对待测水稻材料和嘉陵1B基因组为模板，将特异性DNA标记Z1
‑
131应用于PCR扩增中，通过对比两者扩增产物片段大小是否一致判断其是否携带qGL1上嘉陵1B长粒等位基因，方法简单，判断迅速准确，本专利技术提供的特异性DNA标记，特异性好，准确性高，可以有效应用于水稻粒长改良的分子标记辅助选择育种中。
附图说明
[0019]图1为特异性DNA标记Z1
‑
131的电泳检测结果；
[0020]其中：1：南恢968(短粒等位基因)；2：嘉陵1B(长粒等位基因)；3
‑
32：待鉴定株系。
具体实施方式
[0021]以下所举实例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
[0022]实施例：应用特异性DNA标记检测qGL1上嘉陵1B长粒等位基因
[0023]根据qGL1在南恢968和嘉陵1B基因组中的位置，测定了南恢968和嘉陵1B的基因组序列，根据两者序列差异开发了可用于检测qGL1上嘉陵1B长粒等位基因的特异性DNA标记Z1
‑
131。包括以下引物序列：
[0024]Z1
‑
131
‑
F：5'
‑
GGTCACAGGCTCACAG
‑
3'；
[0025]Z1
‑
131
‑
R：5'
‑
ACTGAATTTTACATTTTTTGTCCA
‑
3'。
[0026]应用该标记对待测水稻品系是否携带qGL1上嘉陵1B长粒等位基因进行检测。
[0027]1)将30份衍生于嘉陵1B/南恢968组合且在qGL1座位上呈分离的近等基因系，于2022年种植于南充市农业科学院芦溪试验基地，每份材料种植20株。每个株系取中间8个单株的叶片，利用TPS法提取DNA。
[0028]2)应用特异性DNA标记Z1
‑
131对待测株系以及对照亲本南恢968和嘉陵1B的DNA进行PCR扩增，扩增体系为10μL体系，其中包含5μL2
×
Mix(购自擎科生物)、1μLDNA模板、1μL引物和3μLddH2O，PCR反应程序为：94℃预变性2分钟，94℃变性45秒，55℃退火45秒，72℃延伸45秒，共30个循环，72℃终延伸2分钟，4℃保存。扩增产物采用8.0％的非变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳检测，结束后采用银染显示。
[0029]3)所有株系成熟后，除去两个边株，混收中间5个单株，晒干后脱粒，选取20g饱粒，平均分成2份，应用万深SC
‑
G自动种子考种分析仪考查粒长。
[0030]试验结果如下：
[0031]如图1所示，检测的30个株系中，有12个株系的扩增产物片段大小与嘉陵1B一致，代表这些株系在qGL1上携带嘉陵1B长粒型本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的特异性DNA标记Z1
‑
131，其特征在于，包括以下序列：Z1
‑
131
‑
F：5'
‑
GGTCACAGGCTCACAG
‑
3'；Z1
‑
131
‑
R：5'
‑
ACTGAATTTTACATTTTTTGTCCA
‑
3'。2.权利要求1所述的特异性DNA标记Z1
‑
131在鉴定粒长QTL qGL1座位上嘉陵1B长粒等位基因的应用。3.一种鉴定水稻粒长QTL qGL1上长粒等位基因的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的特异性DNA标记Z1
‑
131。4.采用权利要求1所述的特异性DNA标记Z1
‑
131或权利要求2所述的试剂盒鉴...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱爱科，阳海宁，韩俊楠，蒋成龙，曾文静，彭伟，王健，刘福平，竭润生，杨春华，袁科军，何平，
申请(专利权)人：南充市农业科学院，
类型：发明
国别省市：