【技术实现步骤摘要】
水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。农田重金属污染是当今世界面临的重大环境问题,受到各界广泛关注。重金属污染具有复杂隐蔽性、危害持久性,尤其可能通过食物链的富集作用危及人类健康。其中镉是对环境毒性最大的重金属元素之一,对水稻等粮食作物的安全生产构成严重威胁。
[0003]镉对有机体有极强的毒害作用，尤其在人类身体中，其半排出周期长达30年，长期摄取被镉污染的稻米，会增加患肺癌、肾脏和肝脏疾病以及痛痛病的几率。粮食作物的安全问题与人类健康息息相关，但镉污染农田治理周期长难度大，因此，如何在不浪费现有农田的基础上，生产出安全的粮食作物显得尤为重要。
[0004]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单倍型(haplotype)则是位于一条染色体上某一区域的一组相关联的多个SNP等位位点。单核苷酸多态性标记具有遗传稳定、数量多、分布广且易于检测等特点，适合于数量庞大的检测分析。
技术实现思路
[0005]本专利技术所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定水稻镉累积性状或如何鉴定或辅助鉴定水稻籽粒的镉含量或如何进行水稻育种。
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.应用，其特征在于：所述应用为P1、P2或P3，所述P1为检测TagSNP
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14208267的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述TagSNP
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14208267是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为A或C；所述P2为检测TagSNP
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14208267和6个SNP的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述6个SNP分别为OsCd1
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TagSNP
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840593、OsHMA2
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TagSNP
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29481835、OsHMA3
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TagSNP
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7406920、OsMTP1
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TagSNP
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1679325、OsNramp1
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TagSNP
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8965009和OsNramp5
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TagSNP
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8880395：所述OsCd1
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TagSNP
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840593是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为G或A；所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为G或A；所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为C或A；所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为C或T；所述P3为检测联合单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述OsCd1
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TagSNP
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840593、所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835、所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920、所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325、所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009、所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395和所述TagSNP
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14208267这7个SNP的多态性组合。2.应用，其特征在于：所述应用为Q1、Q2或Q3，所述Q1为检测TagSNP
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14208267的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的产品中的应用，所述TagSNP
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14208267是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为A或C；所述Q2为检测TagSNP
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14208267和其他6个SNP的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述6个SNP分别为OsCd1
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TagSNP
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840593、OsHMA2
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TagSNP
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29481835、OsHMA3
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TagSNP
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7406920、OsMTP1
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TagSNP
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1679325、OsNramp1
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TagSNP
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8965009和OsNramp5
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TagSNP
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8880395，所述OsCd1
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TagSNP
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840593是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为G或A；所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列5的第30位核
苷酸，其为G或A；所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为C或A；所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为C或T；所述Q3为检测联合单倍型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述OsCd1
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TagSNP
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840593、所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835、所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920、所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325、所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009、所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395和所述TagSNP
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14208267这7个SNP的多态性组合。3.应用，其特征在于：所述应用为E1、E2或E3，所述E1为检测TagSNP
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14208267的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述TagSNP
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14208267是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为A或C；所述E2为检测TagSNP
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14208267和其他6个SNP的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述6个SNP分别为OsCd1
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TagSNP
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840593、OsHMA2
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TagSNP
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29481835、OsHMA3
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TagSNP
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7406920、OsMTP1
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TagSNP
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1679325、OsNramp1
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TagSNP
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8965009和OsNramp5
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TagSNP
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8880395，所述OsCd1
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TagSNP
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840593是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为G或A；所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为G或A；所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为G或A；所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为C或A；所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395是水稻基因组的一个SNP，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为C或T；所述E3为检测联合单倍型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述OsCd1
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TagSNP
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840593、所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835、所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920、所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325、所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009、所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395和所述TagSNP
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14208267这7个SNP的多态性组合。4.产品，其特征在于：所述产品有权利要求1中所述检测水稻基因组TagSNP
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14208267多态性或基因型的产品或含有权利要求1中所述检测水稻基因组所述OsCd1
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TagSNP
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840593、所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835、所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920、所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325、所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009、所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395和所述TagSNP
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14208267这7个SNP的多态性或基因型的物质的产品或含有权利要求1中所述检测联合单倍型的物质的产品，且可为下述G1)
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G3)中的任一种：
G1)检测水稻镉含量相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；G2)鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的产品；G3)用于水稻育种的产品。5.鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的方法，所述方法包括方法A、方法B:方法A:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组TagSNP
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14208267多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述TagSNP
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14208267的基因型为AA的水稻的镉含量低于或候选低于所述TagSNP
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14208267的基因型为CC的水稻，所述AA是TagSNP
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14208267为A的纯合型；所述CC是TagSNP
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14208267为C的纯合型；方法B:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组所述OsCd1
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TagSNP
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840593、所述OsHMA2
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TagSNP
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29481835、所述OsHMA3
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TagSNP
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7406920、所述OsMTP1
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TagSNP
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1679325、所述OsNramp1
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TagSNP
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8965009、所述OsNramp5
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TagSNP
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8880395和所述TagSNP
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14208267这7个SNP的多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述7个SNP的基因型为基因型AAAAAAGGCCTTAA的水稻的籽粒镉含量低于或候选低于所述7个SNP的基因型为基因型GGGGGGAAAACCCC或基因型GGGGAAGGCCTTAA的水稻，所述基因型AAAAAAGGCCTTAA的水稻为OsCd1
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TagSNP
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840593的基因型为AA，且OsHMA2
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TagSNP
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29481835的基因型为AA，且OsHMA3
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TagSNP
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7406920的基因型为AA，且OsMTP1
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TagSNP
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1679325的基因型为GG，且OsNramp1
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TagSNP
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8965009的基因型为CC，且OsNramp5
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TagSNP
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8880395的基因型为TT，且TagSNP
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14208267的基因型为AA的7个SNP的组合基因型；所述基因型GGGGGGAAAACCCC的水稻为OsCd1
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TagSNP
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840593的基因型为GG，且OsHMA2
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TagSNP
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29481835的基因型为GG，且OsHMA3
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TagSNP
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7406920的基因型为GG，且OsMTP1
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TagSNP
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1679325的基因型为AA，且OsNramp1
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TagSNP
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8965009的基因型为AA，且OsNramp5
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TagSNP
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8880395的基因型为CC，且TagSNP
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14208267的基因型为CC的7个SNP的组合基因型；所述基因型GGGGAAGGCCTTAA的水稻为OsCd1
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TagSNP
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【专利技术属性】
技术研发人员：何振艳，闫慧莉，许文秀，
申请(专利权)人：中国科学院植物研究所，
类型：发明
国别省市：
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