用于大规模平行核酸测序的试剂制造技术

本公开内容提供了组合物和采用该组合物进行核酸测序工作流的方法，其中工作流包括文库制备，文库分子的固定和扩增以形成固定化模板分子，以及对模板分子进行测序。在一些实施方案中，组合物包含用于进行核酸测序工作流的试剂。试剂。试剂。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于大规模平行核酸测序的试剂
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求2020年10月30日提交的美国临时申请号63/108,207的权益，其通过引用整体并入于此。

技术介绍

[0003]核酸分子的序列可使用大规模平行测序来确定。大规模平行测序可使用合成测序进行，其中在引物延伸反应中，聚合酶将核苷酸按顺序添加至增长的链中，以产生与模板链互补的链，并检测所掺入的核苷酸。这样的序列可用于各种应用，例如疾病(例如，癌症)诊断。

技术实现思路

[0004]本文公开的方面提供了分析核酸的方法，该方法包括：(a)使引发的核酸序列与荧光标记的核苷酸缀合物在足以形成结合复合体的条件下接触，该结合复合体包含与荧光标记的核苷酸缀合物的第二核苷酸结合的引发的核酸分子的第一核苷酸；(b)使结合复合体与成像试剂接触；以及(c)在成像试剂的存在下获得结合复合体的图像，从而与在不存在成像试剂的类似条件下的光漂白风险相比，降低荧光标记的核苷酸缀合物的光漂白风险。
[0005]在一些实施方案中，该方法进一步包括通过分析(c)中获得的图像来鉴定第一核苷酸。在一些实施方案中，成像试剂包含抗坏血酸。在一些实施方案中，抗坏血酸包含抗坏血酸钠。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为至少20mM。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为约10mM至约100mM。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为约50mM。在一些实施方案中，荧光标记的核苷酸缀合物包含：(i)核心、(ii)与其偶联的多个第二核苷酸，和(iii)直接与核心偶联的一个或多个荧光团。在一些实施方案中，荧光标记的核苷酸缀合物进一步包含将多个第二核苷酸连接至核心的核心附接部分。在一些实施方案中，第二核苷酸包含约3至约10个磷酸基团。在一些实施方案中，第二核苷酸是包含可去除的链终止部分的核苷三磷酸。
[0006]在一些实施方案中，该方法进一步包括使引发的核酸序列与聚合酶在足以形成结合复合体的条件下接触，其中结合复合体进一步包含聚合酶。在一些实施方案中，聚合酶缺乏可检测标记。在一些实施方案中，聚合酶包含可检测标记。在一些实施方案中，结合复合体固定至支持物上。在一些实施方案中，支持物包含表面，并且其中表面包含与其偶联的亲水性涂层。在一些实施方案中，亲水性涂层包含小于50度的水接触角。
[0007]在一些实施方案中，该方法进一步包括使引发的核酸序列与第二荧光标记的核苷酸缀合物在足以形成第二结合复合体的条件下接触，该第二结合复合体包含与荧光标记的核苷酸缀合物的第三核苷酸结合的引发的核酸分子的下一个核苷酸，其中第三核苷酸不同于第二核苷酸。在一些实施方案中，引发的核酸序列包含在多联体核酸分子中，该多联体核酸分子包含引发的核酸序列的串联重复序列。在一些实施方案中，成像试剂包含抑制第二核苷酸掺入的非催化二价阳离子，其中非催化二价阳离子包含锶、钡、钪、钛、钙、钒、铬、铁、
钴、镍、铜、锌、镓、锗、砷、硒、铑、铕、锡或铽离子。
[0008]在一些方面，本专利技术描述了一种用于在成像期间减少生物实体的光漂白的制剂，该制剂包含：至少一种溶剂、pH缓冲剂、螯合剂、至少一种一价阳离子、非催化二价阳离子、洗涤剂和抗坏血酸。在一些实施方案中，pH缓冲剂包含Tris
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HCl。在一些实施方案中，Tris
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HCl的pH为约8.8。在一些实施方案中，螯合剂包含EDTA。在一些实施方案中，一价阳离子包含NaCl、KCl、(NH4)2SO4或谷氨酸钾。在一些实施方案中，非催化二价阳离子包含锶、钡、钪、钛、钙、钒、铬、铁、钴、镍、铜、锌、镓、锗、砷、硒、铑、铕、锡或铽离子，或其组合。在一些实施方案中，制剂缺乏包含镁或锰或其组合的催化二价阳离子。在一些实施方案中，洗涤剂包含Triton X
‑
100。在一些实施方案中，制剂进一步包含糖。在一些实施方案中，制剂进一步包含黏度剂，该黏度剂包含甘油。在一些实施方案中，制剂进一步包含1,3,5,7环辛四烯(COT)。在一些实施方案中，COT的浓度为约2毫摩尔(micromolar，mM)。在一些实施方案中，抗坏血酸包含抗坏血酸钠。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为至少10mM。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为至少20mM。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为约10mM至约100mM。在一些实施方案中，抗坏血酸的浓度为约50mM。在一些实施方案中，制剂进一步包含Trolox。在一些实施方案中，Trolox的浓度为约2mM。在一些实施方案中，制剂进一步包含3
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硝基苯甲酸(NBA)。在一些实施方案中，制剂进一步包含半胱胺。
[0009]本文公开的方面提供了制剂，其包含(i)至少一种溶剂、(ii)pH缓冲剂、(iii)螯合剂、(iv)至少一种一价阳离子、(v)非催化二价阳离子、(vi)洗涤剂、(vii)多个多价分子和(viii)测序聚合酶，其中多个多价分子中的每一个包含(1)核心，和(2)与核心偶联的多个核苷酸和多个可检测部分，并且其中测序聚合酶包含与SEQ ID NO:2
‑
5中的任一者具有至少80％同一性的氨基酸序列。在一些实施方案中，多个多价分子中的每一个进一步包含将多个核苷酸偶联至核心的接头，并且其中接头包含具有2
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6个亚基的脂族链或具有2
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6个亚基的低聚乙二醇链。在一些实施方案中，核心是球形的。在一些实施方案中，多个核苷酸是选自dATP、dGTP、dCTP、dTTP和dUTP的相同类型的核苷酸。在一些实施方案中，多个多价分子包含两种或更多种不同类型的多价分子，其中两种或更多种不同类型的多价分子中的每一种包含不同的多个核苷酸。在一些实施方案中，测序聚合酶在氨基酸序列中包含突变，该氨基酸序列相对于包含Leu416、Tyr417、Pro418、Ala493、Arg515、Ile529和Asn567的SEQ ID NO:1在一个或多个位置处包含取代。在一些实施方案中，测序聚合酶包含SEQ ID NO:2
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5中任一者的氨基酸序列。
[0010]本文公开的方面提供了试剂盒，其包含一个或多个容器，该一个或多个容器含有本文所述的制剂。在一些实施方案中，试剂盒进一步包含在制剂存在下在生化反应期间在对生物实体进行成像的同时减少对生物实体的光损伤的用法说明。在一些实施方案中，生化反应包括测序反应。在一些实施方案中，用法说明包括在对生物实体进行成像之前在生化反应期间将生物实体浸没在制剂中。
[0011]本文公开的方面提供了试剂盒，其包含：捕获试剂，该捕获试剂包含至少一种溶剂、pH缓冲剂、螯合剂、至少一种一价阳离子、非催化二价阳离子、洗涤剂、多个荧光标记的核苷酸缀合物和第一测序聚合酶；捕获后试剂，该捕获后试剂包含至少一种溶剂、pH缓冲剂、螯合剂、至少一种一价阳离子、非催化二价阳离子、洗涤剂和第一测序聚合酶；成像试剂，该成像试剂包含至少一种溶剂、pH缓冲剂、螯合剂、至少一种一价阳离子、非催化二价阳
离子、洗涤剂和抗坏血酸；以及步进试剂，该步进试剂包含至本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种分析核酸的方法，所述方法包括：(a)使引发的核酸序列与荧光标记的核苷酸缀合物在足以形成结合复合体的条件下接触，所述结合复合体包含与所述荧光标记的核苷酸缀合物的第二核苷酸结合的所述引发的核酸分子的第一核苷酸；(b)使所述结合复合体与成像试剂接触；以及(c)在所述成像试剂的存在下获得所述结合复合体的图像，从而与在不存在所述成像试剂的类似条件下的光漂白风险相比，降低所述荧光标记的核苷酸缀合物的光漂白风险。2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过分析(c)中获得的所述图像来鉴定所述第一核苷酸。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述成像试剂包含抗坏血酸。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述抗坏血酸包含抗坏血酸钠。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述抗坏血酸的浓度为至少20mM。6.根据权利要求3所述的方法，其中所述抗坏血酸的浓度为约10mM至约100mM。7.根据权利要求3所述的方法，其中所述抗坏血酸的浓度为约50mM。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述荧光标记的核苷酸缀合物包含：(i)核心、(ii)与其偶联的多个所述第二核苷酸，和(iii)直接与所述核心偶联的一个或多个荧光团。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述荧光标记的核苷酸缀合物进一步包含将所述多个所述第二核苷酸连接至所述核心的核心附接部分。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述第二核苷酸包含约3至约10个磷酸基团。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述第二核苷酸是包含可去除的链终止部分的核苷三磷酸。12.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括使所述引发的核酸序列与聚合酶在足以形成所述结合复合体的条件下接触，其中所述结合复合体进一步包含所述聚合酶。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述聚合酶缺乏可检测标记。14.根据权利要求12所述的方法，其中所述聚合酶包含可检测标记。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述结合复合体固定至支持物上。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述支持物包含表面，并且其中所述表面包含与其偶联的亲水性涂层。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述亲水性涂层包含小于50度的水接触角。18.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括使所述引发的核酸序列与第二荧光标记的核苷酸缀合物在足以形成第二结合复合体的条件下接触，所述第二结合复合体包含与所述荧光标记的核苷酸缀合物的第三核苷酸结合的所述引发的核酸分子的下一个核苷酸，其中所述第三核苷酸不同于所述第二核苷酸。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述引发的核酸序列包含在多联体核酸分子中，所述多联体核酸分子包含所述引发的核酸序列的串联重复序列。20.根据权利要求1所述的方法，其中所述成像试剂包含抑制所述第二核苷酸掺入的非催化二价阳离子，其中所述非催化二价阳离子包含锶、钡、钪、钛、钙、钒、铬、铁、钴、镍、铜、锌、镓、锗、砷、硒、铑、铕、锡或铽离子。21.一种用于在成像期间减少生物实体的光漂白的制剂，所述制剂包含：至少一种溶
剂、pH缓冲剂、螯合剂、至少一种一价阳离子、非催化二价阳离子、洗涤剂和抗坏血酸。22.根据权利要求21所述的制剂，其中所述pH缓冲剂包含Tris
‑
HCl。23.根据权利要求22所述的制剂，其中所述Tris
‑
HCl的pH为约8.8。24.根据权利要求21所述的制剂，其中所述螯合剂包含EDTA。25.根据权利要求21所述的制剂，其中所述一价阳离子包含NaCl、KCl、(NH4)2SO4或谷氨酸钾。26.根据权利要求21所述的制剂，其中所述非催化二价阳离子包含锶、钡、钪、钛、钙、钒、铬、铁、钴、镍、铜、锌、镓、锗、砷、硒、铑、铕、锡或铽离子，或其组合。27.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制剂缺乏包含镁或锰或其组合的催化二价阳离子。28.根据权利要求21所述的制剂，其中所述洗涤剂包含Triton X
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100。29.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制剂进一步包含糖。30.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制剂进一步包含黏度剂，所述黏度剂包含甘油。31.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制剂进一步包含1,3,5,7环辛四烯(COT)。32.根据权利要求31所述的制剂，其中所述COT的浓度为约2毫摩尔(mM)。33.根据权利要求21所述的制剂，其中所述抗坏血酸包含抗坏血酸钠。34.根据权利要求21
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33中任一项所述的制剂，其中所述抗坏血酸的浓度为至少10mM。35.根据权利要求21
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33中任一项所述的制剂，其中所述抗坏血酸的浓度为至少20mM。36.根据权利要求21
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33中任一项所述的制剂，其中所述抗坏血酸的浓度为约10mM至约100mM。37.根据权利要求21
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33中任一项所述的制剂，其中所述抗坏血酸的浓度为约50mM。38.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制剂进一步包含Trolox。39.根据权利要求37所述的制剂，其中所述Trolox的浓度为约2mM。40.根据权利要求21所述的制剂，其中所述制...

【专利技术属性】
技术研发人员：锡南，
申请(专利权)人：元素生物科学公司，
类型：发明
国别省市：