【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与对过继细胞疗法的应答相关的T细胞表型
相关申请的交叉引用
[0001]本专利申请要求2020年9月8日提交的美国临时专利申请第63/075,536号的权益，将所述美国临时专利申请通过引用以其整体并入本文。关于联邦赞助的研究或开发的声明
[0002]本专利技术是在政府支持下由美国国立卫生研究院国家癌症研究所在项目号ZIA BC 010984和ZIABC 011726下进行的。政府享有本专利技术的某些权利。以电子方式提交的材料通过引用并入
[0003]在此全文引入作为参考的是与本申请同时提交的计算机可读核苷酸/氨基酸序列列表，并如下定义：2021年9月7日提交的名为“756715_ST25.txt”的一个134,069 Byte ASCII(Text)文件。专利技术背景
[0004]使用T细胞的过继细胞疗法(ACT)可以在一些患者中产生阳性临床应答。然而，ACT成功用于治疗癌症和其它病况的几个障碍仍然存在。例如，T细胞表型对ACT在人类中的临床成功的影响尚未阐明。因此，需要制备用于ACT的细胞群体的改进方法。专利技术概述
[0005]本专利技术的一个实施方案提供了获得富含具有表型的T细胞的细胞群体的方法，所述方法包括：(a)从患者的肿瘤样品中获得大量T细胞群体；(b)从所述大量群体中特异性地选择具有包含标志物CD3
+
、CD39
‑
和CD69
‑
的表型的T细胞；以及(c)将(b)中选择的细胞与缺乏所述表型的细胞分离以获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体。
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.获得富含具有表型的T细胞的细胞群体的方法，所述方法包括：(a)从来自患者的肿瘤样品中获得大量T细胞群体；(b)从所述大量群体中特异性地选择具有包含标志物CD3
+
、CD39
‑
和CD69
‑
的表型的T细胞；以及(c)将(b)中选择的所述细胞与缺乏所述表型的细胞分离以获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体。2.根据权利要求1所述的方法，其还包括从分离的具有所述表型的T细胞中分离肿瘤反应性T细胞。3.获得富含具有表型的T细胞的细胞群体的方法，所述方法包括：(a)从来自患者的肿瘤样品中获得大量T细胞群体；(b)从所述肿瘤样品中分离肿瘤反应性T细胞；(c)从所述分离的肿瘤反应性T细胞中特异性地选择具有包含标志物CD3
+
、CD39
‑
和CD69
‑
的表型的T细胞；以及(d)将(c)中选择的所述细胞与缺乏所述表型的细胞分离以获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其中选择所述分离的具有所述表型的T细胞包括进行t分布随机近邻嵌入(t
‑
SNE)分析。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的方法，其中选择所述分离的具有所述表型的T细胞包括进行通过测序的转录组和表位细胞索引(CITE
‑
Seq)的分析。6.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中选择所述分离的具有所述表型的T细胞包括检测所述T细胞中是否存在编码所述表型的一种或多种标志物的RNA。7.根据权利要求1
‑
6中任一项所述的方法，其中选择所述分离的具有所述表型的T细胞包括检测所述T细胞是否存在所述表型的一种或多种标志物的细胞表面表达。8.获得富含具有表型的T细胞的细胞群体的方法，所述方法包括：(a)从来自患者的肿瘤样品中获得大量T细胞群体；(b)从所述肿瘤样品中分离肿瘤反应性T细胞；以及(c)修饰所述分离的肿瘤反应性T细胞以提供包含标志物CD39
‑
和CD69
‑
的表型，从而获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体。9.制备富含具有CD3
+
CD39
‑
CD69
‑
表型的T细胞的细胞群体的方法，所述方法包括：(a)从来自患者的肿瘤样品中分离肿瘤反应性T细胞；以及(b)修饰所述分离的肿瘤反应性T细胞以(i)诱导一种或多种以下标志物的表达：AHNAK
+
、AL592183.1
+
、ANXA1
+
、ANXA4
+
、AQP3
+
、ATM
+
、BIN1
+
、C10orf54
+
、C11orf21
+
、C16orf54
+
、CCDC109B
+
、CD27
+
、CD52
+
、CD55
+
、CD8B
+
、CDC25B
+
、CDC42SE1
+
、CLEC2B
+
、CLIC3
+
、CLUAP1
+
、CRBN
+
、CTD
‑
3184A7.4
+
、DDI2
+
、DND1
+
、EMP3
+
、EPB41
+
、ERN1
+
、FAIM3
+
、FAM65B
+
、FBXL8
+
、FGFBP2
+
、GADD45B
+
、GIMAP4
+
、GIMAP7
+
、GPR155
+
、GZMM
+
、HSD17B11
+
、IL10RA
+
、IL7R
+
、ISG20
+
、KANSL1
‑
AS1
+
、KLF2
+
、KLHL24
+
、LDLRAP1
+
、LEF1
+
、LGALS3
+
、LINC00861
+
、LITAF
+
、LYAR
+
、MAPKAPK5
‑
AS1
+
、MED15
+
、MIAT
+
、MIR142
+
、MXI1
+
、MYC
+
、NEAT1
+
、NOSIP
+
、ODF2L
+
、P2RY8
+
、PDE6G
+
、PIK3IP1
+
、PLEC
+
、PLP2
+
、PPP2R5C
+
、PXN
+
、R3HDM4
+
、RAMP1
+
、RASA3
+
、RASGRP2
+
、RCBTB2
+
、RNASET2
+
、RP11
‑
395B7.4
+
、RP11
‑
539L10.2
+
、RP11
‑
640M9.1
+
、
S100A10
+
、S100A4
+
、S100A6
+
、S1PR1
+
、S1PR4
+
、SAMD3
+
、SELL
+
、SH3BP5
+
、SIGIRR
+
、SLAMF6
+
、SLCO3A1
+
、SORL1
+
、STK38
+
、SYNJ2
+
、TCF7
+
、TIMP1
+
、TRADD
+
、TSC22D3
+
、TSPAN32
+
、TXNIP
+
、UBXN11
+
、VCL
+
、VNN2
+
、YPEL3
+
、ZFP36L2
+
、ZNF276
+
和ZNF683
+
，和/或(ii)抑制一种或多种以下标志物的表达：ACOT7
+
,ADAM19
+
,AGPAT9
+
,AGTRAP
+
,AIF1
+
,ASPM
+
,ATAD2
+
,AURKA
+
,AURKB
+
,BIRC3
+
,BIRC5
+
,BRCA1
+
,C15orf48
+
,CASC5
+
,CCL3
+
,CCNA2
+
,CCNB1
+
,CCNB2
+
,CCND2
+
,CD38
+
,CD40LG
+
,CD69
+
,CD8B
+
,CDC20
+
,CDCA3
+
,CDCA8
+
,CDK1
+
,CDKN3
+
,CDT1
+
,CENPA
+
,CENPE
+
,CENPF
+
,CENPM
+
,CENPW
+
,CEP55
+
,CISH
+
,CKS1B
+
,CKS2
+
,CLSPN
+
,CRTAM
+
,CSF2
+
,DLGAP5
+
,DUSP5
+
,DUSP6
+
,DUT
+
,EGR1
+
,ENTPD1
+
,FEN1
+
,GINS2
+
,GTSE1
+
,H2AFX
+
,HIST1H4C
+
,HLA
+
DQA2
+
,HMMR
+
,IFI27
+
,IFNG
+
,IL2RA
+
,IL5
+
,KIAA0101
+
,KIF11
+
,KIF23
+
,KPNA2
+
,KRT7
+
,MAD2L1
+
,MCM7
+
,MKI67
+
,MX1
+
,MYBL2
+
,NCAPG
+
,NDC80
+
,NDFIP2
+
,NUDT1
+
,NUSAP1
+
,ORC6
+
,PBK
+
,PCNA
+
,PLK1
+
,RPL39L
+
,RRM2
+
,SGOL2
+
,SHCBP1
+
,SMC2
+
,SPC25
+
,STMN1
+
,TESC
+
,TK1
+
,TNF
+
,TNFRSF18
+
,TNFSF10
+
,TOP2A
+
,TPM4
+
,TPX2
+
,TUBA1B
+
,TUBA1C
+
,TUBB
+
,TYMS
+
,UBE2C
+
,UBE2S
+
,UBE2T
+
,XCL1
+
和ZWINT
+
，其中(i)中诱导一种或多种所述标志物的表达和/或(ii)中抑制一种或多种所述标志物的表达诱导所述T细胞具有CD3
+
CD39
‑
CD69
‑
表型。10.获得包含富含具有表型的T细胞的细胞群体的药物组合物的方法，所述方法包括：根据权利要求1
‑
9中任一项所述的方法获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体；以及将富含具有所述表型的T细胞的细胞群体与药学上可接受的载体组合以获得包含富含具有所述表型的T细胞的细胞群体的药物组合物。11.根据权利要求1
‑
10中任一项所述的方法，其还包括在由所述细胞表达外源性TCR的条件下，将编码所述外源性TCR的核酸引入富含具有所述表型的T细胞的群体的细胞中。12.根据权利要求1
‑
10中任一项所述的方法，其还包括在由所述细胞表达CAR的条件下，将编码嵌合抗原受体(CAR)的核酸引入富含具有所述表型的T细胞的群体的细胞中。13.根据权利要求1
‑
12中任一项所述的方法，其还包括扩增通过所述方法获得的富含具有所述表型的T细胞的群体中的细胞数目。14.根据权利要求1
‑
13中任一项所述的方法获得的分离的或纯化的细胞群体。15.药物组合物，其包含权利要求14所述的分离的或纯化的细胞群体和药学上可接受的载体。16.产生用于治疗或预防哺乳动物中癌症的药物的方法，所述方法包括根据权利要求1
‑
13中任一项所述的方法获得富含具有所述表型的T细胞的细胞群体。17.针对癌症患者选择疗法的方法，所述方法包括：(a)从来自患者的肿瘤样品中获得大量T细胞群体；(b)测量(i)具有或(ii)缺乏表型的大量群体中T细胞的比例，其中所述表型包含标志物CD3
+
、CD39
‑
和CD69
‑
；以及(c)将(i)具有或(ii)缺乏所述表型的T细胞的比例与对照进行比较；以及(d)当(i)具有所述表型的T细胞的比例低于所述对照或者(ii)缺乏所述表型的T细胞的比例等于或高于所述对照时，选择所述患者进行不是免疫疗法的疗法；或者(e)当(i)具有所述表型的T细胞的比例等于或高于所述对照或者(ii)缺乏所述表型的
T细胞的比例低于所述对照时，选择所述患者进行免疫疗法。18.针对癌症患者选择疗法的方法，其还包括：接收针对癌症患者选择的疗法的鉴定，其中已经通过权利要求17所述的方法选择所述疗法；以及(I)当(i)具有所述表型的T细胞的比例低于所述对照或者(ii)缺乏所述表型的T细胞的比例等于或高于所述对照时，不是免疫疗法的疗法用于所述患者中癌症的治疗；或者(II)当(i)具有所述表型的T细胞的比例等于或高于所述对照或者(ii)缺乏所述表型的T细胞的比例低于所述对照时，免疫疗法用于所述患者中癌症的治疗。19.预测癌症患者对免疫疗法的临床应答的方法，所述方法包括：(a)从来自所述癌症患者的肿瘤样品中获得大量...
【专利技术属性】
技术研发人员：弗兰克，
申请(专利权)人：美国卫生和人力服务部，
类型：发明
国别省市：
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