与生育力相关的炎性病况的评估相关的方法和组合物技术

本文提供了用于评估个体不育症的方法和组合物，其包括检测细菌、miRNA或这两者。本文还提供了基于所述评估施用疗法。还提供了基于所述评估施用疗法。还提供了基于所述评估施用疗法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与生育力相关的炎性病况的评估相关的方法和组合物
交叉引用
[0001]本申请要求2020年9月10日提交的美国临时申请号63/076,690的权益，所述申请通过引用并入本文。

技术实现思路

[0002]本文提供了用于治疗有需要的个体的不育症的方法，所述方法包括：(a)通过测定来确定来自个体的样品中第一细菌的水平和miRNA的水平；和(b)如果所述样品具有第一细菌的水平和miRNA的水平，则施用疗法以调节所述个体的微生物组，从而治疗所述个体的不育症。本文还提供了用于评估有需要的个体的不育症的方法，所述方法包括：(a)通过测定来确定来自个体的样品中第一细菌的水平和/或miRNA的水平；和(b)如果所述样品具有第一细菌的水平和/或miRNA的水平，则施用补充剂以调节所述个体的微生物组，从而治疗所述个体的微生物组失衡。本文还提供了方法，其中所述第一细菌选自变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。本文还提供了方法，其中所述第一细菌选自惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述方法还包括确定第二细菌的水平。本文还提供了方法，其中所述第二细菌选自变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述第二细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。本文还提供了方法，其中所述第二细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，还包括确定所述第一细菌与所述第二细菌的比率。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是惰性乳杆菌并且所述第二细菌是短乳杆菌。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是厚壁菌门并且所述第二细菌是拟杆菌门。本文还提供了方法，其中所述miRNA来源于个体的转录组。本文还提供了方法，其中所述miRNA选自：miR21
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5p、miR155
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5p、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述第一细菌的水平降低到低于来源于对照样品队列的第一细菌的阈值水平。本文还提供了方法，其中所述第一细菌的水平降低到低于所述阈值水平的至少约0.25倍。本文还提供了方法，其中所述miRNA的水平升高到高于来源于对照样品队列的miRNA的阈值水平。本文还提供了方法，其中所述miRNA的水平升高到高于所述阈值水平的至少约2倍。本文还提供了方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率升高到高于来源于对照样品队列的所述第一细菌与所述第二细菌的比率的阈值水平。本文还提供了方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率升高到高于所述阈值水平的至少约2倍。本文还提供了方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率降低到低于来源于对照样品队列的所述第一细菌与所述第二细菌的比率的阈值水平。本文还提供了方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率降低到低于所述阈值水平的至少约2倍。本文还提供了方法，其中对照样品获自可生育的个体。本文还提供了方法，还包括通过测定来确定炎性生物标志物的水平，并且其中基于所述第一细菌的水平、所述miRNA的水平和所述炎性生物标志物的水平来施用疗法。本文还提供了方法，其中所述炎性生物标志物与选
自以下的疾病或病症相关：贫血、维生素B缺乏症、维生素D缺乏症、甲状腺功能减退、代谢综合征、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、自身免疫、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述炎性生物标志物选自抗甲状腺过氧化物酶、抗抗甲状腺球蛋白抗体、抗核抗体、抗酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)抗体IgA、抗酿酒酵母抗体IgG、及其任何组合。本文还提供了方法，还包括在步骤(b)之前确定个体的病史。本文还提供了方法，其中所述个体的病史包括确定所述个体的缩水甘油代谢组分、脂质代谢组分、肠道通透性或身体质量指数。本文还提供了方法，其中所述疗法包括向个体施用营养计划。本文还提供了方法，其中所述疗法包括向个体施用维生素、补充剂、益生菌、或其任何组合。本文还提供了方法，其中所述维生素选自维生素A、维生素B12、维生素C、维生素D3、维生素E、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述益生菌选自长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp lactis)、短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、短乳杆菌、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述补充剂选自欧米伽3、反式白藜芦醇、硒、L
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色氨酸、5
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羟色氨酸、镁、L
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谷氨酰胺、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述营养计划施用至少一周。本文还提供了方法，其中所述营养计划施用至少一个月。本文还提供了方法，其中所述样品选自唾液样品、口腔样品、血液样品、尿液样品、肛门样品、阴道样品、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述样品选自肛门样品、阴道样品、口腔样品、血液样品、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述测定选自定量实时PCR、northern印迹、RNA
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seq、微阵列、ELISA、均质蛋白测定、免疫印迹和质谱法。本文还提供了方法，其中所述个体是女性。
[0003]本文提供了用于评估个体的不育症可能性的方法，所述方法包括：(a)确定来源于个体的样品中第一细菌的水平；(b)确定所述样品中miRNA的水平；和(c)基于所述第一细菌的水平和所述miRNA的水平来评估所述个体的不育症可能性，其中所述miRNA在受试者操作特征(ROC)曲线分析中提供大于约0.8的曲线下面积(AUC)值。本文还提供了方法，其中所述第一细菌选自变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。本文还提供了方法，其中所述第一细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述方法还包括确定第二细菌的水平。本文还提供了方法，其中所述第二细菌选自变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，其中所述第二细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。本文还提供了方法，其中所述第二细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。本文还提供了方法，还包括确定所述第一细菌与所述第二细菌的比率。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是惰性乳杆菌并且所述第二细菌是短乳杆菌。本文还提供了方法，其中所述第一细菌是厚壁菌门并且所述第二细菌是拟杆菌门。本文还提供了方法，其中所述miRNA来源于个体的转录组。本文还提供了方法，其中所述miRNA选自：miR21
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于治疗有需要的个体的不育症的方法，所述方法包括：(a)通过测定来确定来自所述个体的样品中第一细菌的水平、miRNA的水平或这两者；和(b)如果所述样品具有所述第一细菌的水平、所述miRNA的水平或这两者，则施用疗法以调节所述个体的微生物组，从而治疗所述个体的不育症。2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括通过测定来确定所述第一细菌的水平和所述miRNA的水平。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一细菌选自变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、及其任何组合。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、及其任何组合。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定第二细菌的水平。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述第二细菌选自变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、及其任何组合。8.根据权利要求6所述的方法，其中所述第二细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。9.根据权利要求6所述的方法，其中所述第二细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、及其任何组合。10.根据权利要求6
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9中任一项所述的方法，还包括确定所述第一细菌与所述第二细菌的比率。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述第一细菌是惰性乳杆菌并且所述第二细菌是短乳杆菌。12.根据权利要求10所述的方法，其中所述第一细菌是厚壁菌门并且所述第二细菌是拟杆菌门。13.根据权利要求1
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12中任一项所述的方法，其中所述miRNA来源于所述个体的转录组。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述miRNA选自：miR21
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5p、miR155
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5p、及其任何组合。15.根据权利要求1
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14中任一项所述的方法，其中所述第一细菌的水平降低到低于来源于对照样品队列的所述第一细菌的阈值水平。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述第一细菌的水平降低到低于所述阈值水平的至少约0.25倍。17.根据权利要求1
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16中任一项所述的方法，其中所述miRNA的水平升高到高于来源于对照样品队列的所述miRNA的阈值水平。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述miRNA的水平升高到高于所述阈值水平的至少约2倍。
19.根据权利要求10
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18中任一项所述的方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率升高到高于来源于对照样品队列的所述第一细菌与所述第二细菌的比率的阈值水平。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率升高到高于所述阈值水平的至少约2倍。21.根据权利要求10
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18中任一项所述的方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率降低到低于来源于对照样品队列的所述第一细菌与所述第二细菌的比率的阈值水平。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一细菌与所述第二细菌的比率降低到低于所述阈值水平的至少约2倍。23.根据权利要求15
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22中任一项所述的方法，其中所述对照样品获自可生育的个体。24.根据权利要求1
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23中任一项所述的方法，还包括通过测定来确定炎性生物标志物的水平，并且其中基于所述第一细菌的水平、所述miRNA的水平和所述炎性生物标志物的水平来施用所述疗法。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述炎性生物标志物与选自以下的疾病或病症相关：贫血、维生素B缺乏症、维生素D缺乏症、甲状腺功能减退、代谢综合征、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、自身免疫、及其任何组合。26.根据权利要求24所述的方法，其中所述炎性生物标志物选自抗甲状腺过氧化物酶、甲状腺抗甲状腺球蛋白抗体、抗核抗体、抗酿酒酵母抗体IgA、抗酿酒酵母抗体IgG、及其任何组合。27.根据权利要求1
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26中任一项所述的方法，其中所述疗法部分地基于所述个体的病史来确定。28.根据权利要求27所述的方法，其中所述个体的病史包括确定所述个体的缩水甘油代谢组分、脂质代谢组分、肠道通透性或身体质量指数。29.根据权利要求1
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28中任一项所述的方法，其中所述疗法通过所述第一细菌的水平、所述第二细菌的水平、miRNA的水平、所述第一细菌与所述第二细菌的比率或生物标志物的水平或存在来确定。30.根据权利要求1
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29中任一项所述的方法，其中所述疗法选自预定疗法，所述预定疗法由以下组成：施用营养计划、施用维生素、补充剂、益生菌、或其任何组合。31.根据权利要求30所述的方法，其中所述维生素选自维生素A、维生素B12、维生素C、维生素D3、维生素E、及其任何组合。32.根据权利要求30所述的方法，其中所述益生菌选自长双歧杆菌、动物双歧杆菌乳亚种、短双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、短乳杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、及其任何组合。33.根据权利要求30所述的方法，其中所述补充剂选自欧米伽3、反式白藜芦醇、硒、L
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色氨酸、镁、维生素D、维生素A、维生素B12、维生素E、维生素C、L
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谷氨酰胺、及其任何组合。34.根据权利要求30
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33中任一项所述的方法，其中所述营养计划施用至少一周。35.根据权利要求30
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33中任一项所述的方法，其中所述营养计划施用至少一个月。36.根据权利要求1
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35中任一项所述的方法，其中所述样品选自唾液样品、口腔样品、血液样品、尿液样品、肛门样品、阴道样品、及其任何组合。37.根据权利要求1
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35中任一项所述的方法，其中所述样品选自肛门样品、阴道样品、口腔样品、血液样品、及其任何组合。
38.根据权利要求1
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37中任一项所述的方法，其中所述测定选自定量实时PCR、northern印迹、RNA
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seq、微阵列、ELISA、均质蛋白测定、免疫印迹和质谱法。39.根据权利要求1
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38中任一项所述的方法，其中所述个体是女性。40.根据权利要求1
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38中任一项所述的方法，其中所述个体是男性。41.一种用于评估个体的不育症可能性的方法，所述方法包括：(a)确定来源于所述个体的样品中第一细菌的水平、miRNA的水平或这两者；和(b)基于所述第一细菌的水平、所述miRNA的水平或这两者来评估所述个体的不育症可能性，其中所述miRNA在受试者操作特征(ROC)曲线分析中提供大于约0.8的曲线下面积(AUC)值。42.一种用于评估个体的不育症可能性的样品制备方法，所述方法包括：(a)提供来自所述个体的样品，其中所述样品包含第一细菌、miRNA或这两者；(b)裂解所述样品，从而产生裂解的样品；(c)对所述裂解的样品进行逆转录反应，以获得裂解的逆转录样品；(d)对所述裂解的逆转录样品进行扩增反应，以获得扩增的生物样品，其中用对细菌核酸序列特异的一组细菌引物、对miRNA核酸序列特异的一组miRNA引物或这两者进行对所述裂解的逆转录样品的所述扩增反应，其中所述细菌引物特异性扩增所述细菌核酸序列，并且所述miRNA引物扩增miRNA核酸序列；和(e)使用RNA测序对所述扩增的样品进行测序，或者对所述扩增的样品中的所述第一细菌、所述miRNA或这两者进行定量。43.根据权利要求41
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42中任一项所述的方法，其中所述第一细菌选自变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、及其任何组合。44.根据权利要求41
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42中任一项所述的方法，其中所述第一细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。45.根据权利要求41
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42中任一项所述的方法，其中所述第一细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。46.根据权利要求41
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45中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定第二细菌的水平。47.根据权利要求46所述的方法，其中所述第二细菌选自变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、及其任何组合。48.根据权利要求46所述的方法，其中所述第二细菌是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门或厚壁菌门的物种。49.根据权利要求46所述的方法，其中所述第二细菌选自惰性乳杆菌、短乳杆菌、厚壁菌门、拟杆菌门、及其任何组合。50.根据权利要求46
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49中任一项...

【专利技术属性】
技术研发人员：加布瑞拉，
申请(专利权)人：阿根廷国家科学与技术研究理事会，
类型：发明
国别省市：