一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记、试剂盒及其用途制造技术

本发明专利技术公开了一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记、试剂盒及其用途。包括15个SNP标记，分别为SEQ ID NO:1的第51位；SEQ ID NO:2的第51位；SEQ ID NO:3的第51位；......以此类推，SEQ ID NO:15的第51位。本发明专利技术利用获得的15个SNP标记信息，可快速应用于选择具有较高抗寒能力的罗氏沼虾候选亲本，相较于传统的选育技术具有育种效率高、育种周期短等优点，一代选择就可获得明显效果。代选择就可获得明显效果。代选择就可获得明显效果。

【技术实现步骤摘要】
一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记、试剂盒及其用途


[0001]本专利技术涉及分子标记领域，尤其涉及一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记、试剂盒及其用途。

技术介绍

[0002]罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)，又名马来西亚大虾、淡水长臂虾、大河虾等，隶属于甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、长臂虾科(Palaemonidae)、沼虾属(Macrobrachium)。广泛分布于东南亚、印度洋、太平洋的热带和亚热带地区，但中国目前已成为全球罗氏沼虾养殖最多的国家，养殖产量占世界总产量的60％以上。
[0003]罗氏沼虾原产于热带、亚热带水域，其适宜的生活水温为24～30℃。在水温25～30℃时，摄食旺盛；当水温下降到18℃时，活动减弱，摄食量减少；降至16～17℃时，反应变迟钝，持续一定时间后会逐渐死亡。因此，罗氏沼虾在江浙适宜的养殖时间只有4～5个月。江浙一带通常在10月中旬完成罗氏沼虾的商品销售，其上市规格一般为30～40尾/斤。广东地区通过大棚可实现全年养殖，上市规格通常在10尾/斤左右，售价为江浙的2～3倍。整体上，国内养殖的罗氏沼虾个体大小远不及原产地国家，主要原因是适宜的养殖时间太短。若能适当延长罗氏沼虾的养殖时间，提高上市个体的规格，将会提高虾农的养殖效益。因此，罗氏沼虾耐寒品系的培育对产业发展和虾农增效增收具有重大意义，是罗氏沼虾良种培育的一个新方向。
[0004]育种技术也在渐渐从简单的通过表型优势而提升其繁殖机会，发展到通过基因组的一些标记中选择出优秀种质的过程。分子标记辅助选择(Marker
‑
Assisted Selection，MAS)育种是将个体在DNA水平的遗传变异与数量遗传结合起来，通过变异与一些数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)连锁这一特征，利用这些分子标记预测候选群体的分子育种值，并据此筛选优良亲本，从而提升育种效率的育种技术。
[0005]目前，国内外尚无罗氏沼虾抗寒分子标记的研究报道，也没有建立利用分子标记辅助进行抗寒罗氏沼虾选育的方法。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记。
[0007]为实现上述目的，本专利技术提供一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记，其特征在于，包括15个SNP标记，这15个SNP标记分别为SEQ ID NO:1的第51位；SEQ ID NO:2的第51位；SEQ ID NO:3的第51位；......以此类推，SEQ ID NO:15的第51位。
[0008]本专利技术还提供一种罗氏沼虾抗寒能力的育种试剂盒，其特征在于，含有所述的分子标记。
[0009]本专利技术还保护所述分子标记或试剂盒在罗氏沼虾抗寒能力选育中的应用。
[0010]进一步，包括对待育种罗氏沼虾的所述分子标记或所述试剂盒进行基因分型。
[0011]进一步，包括如下步骤，
[0012]S1，提取罗氏沼虾候选亲本基因组DNA；
[0013]S2，对所述的15个SNP标记或所述试剂盒的15个SNP标记的基因型分型；
[0014]S3，根据SNP标记的分型结果，计算候选亲本的基因组育种值GEBV；
[0015]S4，选取基因组育种值排名靠前的候选亲本作为亲本进行繁殖，获得抗寒力得到提高的后代。
[0016]进一步，所述基因型分型的方法选自全基因组重测序、捕获测序、SNP芯片、MassArray、KASP中的任意一种。
[0017]进一步，所述计算候选亲本的基因组育种值GEBV的方法为使用R语言包EMMREML或ASREML来计算候选亲本的基因组的育种值GEBV。
[0018]本专利技术的SNP是指单核苷酸多态性，Single Nucleotide Polymorphism的缩写，表示在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。
[0019]本专利技术利用获得的15个SNP标记信息，可快速应用于选择具有较高抗寒能力的罗氏沼虾候选亲本，相较于传统的选育技术具有育种效率高、育种周期短等优点，在对亲本抗寒能力评估和选择时，其准确性可达到0.27。一代选育就可获得明显效果。
附图说明
[0020]图1为本专利技术实施例提供的罗氏沼虾抗寒研究的GWAS分析的曼哈顿图，该图为15个抗寒标记筛选的依据。
[0021]图2随机抽取10次亲本抗寒能力育种值预测的准确性图。
具体实施方式
[0022]下面详细描述本专利技术的实施例，所述实施例的示例如下。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本专利技术，而不能理解为对本专利技术的限制。实施例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。
[0023]实施例1：
[0024]本实施例结合图1：图1为本专利技术实施例提供的罗氏沼虾抗寒研究的GWAS分析的曼哈顿图，该图为15个抗寒标记筛选的依据。
[0025]1)在江苏数丰水产种业有限公司进行抗寒实验，对养殖于同一水泥池里的幼虾通过加入冰块的方式降温，每4小时降1度，从22度降至所有虾死亡(11.5℃)采集早期死亡246个体作为敏感组(不耐寒)，在最后死亡的个体中采集172个体作为抗寒组，两组合计共418尾。对上述样本进行全基因组重测序，使用软件BWA和GATK进行基因型分型，并使用beagle软件对缺失基因型进行填充，利用plink对分型文件进行质量控制后得到最终分型结果。
[0026]2)抗寒个体(晚死亡个体)用数字1记录其表型，不耐寒个体(早期死亡个体)用数字0表示，结合基因分型结果，使用EMMAX软件进行全基因组关联分析，并将计算结果按照SNP标记的显著性P值从小到大排序。
[0027]SNP标记信息如表1所示。表1中英文表头的具体含义如下：SNP代表单核苷酸多态性标记的编号；CHR(chromosome)代表染色体编号；Position代表SNP标记在染色体的物理位置，P代表全基因组关联分析中SNP标记的显著值；REF代表SNP位点参考的等位基因；ALT
代表SNP位点改变的等位基因；MAF代表次等位基因的频率。
[0028]表1SNP标记信息总结表
[0029][0030][0031]15个位点在基因组上前后50bp的碱基序列如表2，其中括号内为SNP位点，其等位基因见表3。
[0032]表2序列表
[0033][0034][0035]通过plink软件对步骤1)中产生的文件提取罗氏沼虾抗寒育种中的15个标记基因型信息，同时使用
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recode A参数将基因型格式转化后进行统计。罗氏沼虾15个抗寒SNP标记在抗寒组和敏感组SNP基因型信息如表3所示。由表3可知，15个SNP位点的等位基因频率在抗性和敏感组中存在显著差异(P&l本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种罗氏沼虾抗寒能力育种的分子标记，其特征在于，包括15个SNP标记，这15个SNP标记分别为SEQ ID NO:1的第51位；SEQ ID NO:2的第51位；SEQ ID NO:3的第51位；......以此类推，SEQ ID NO:15的第51位。2.一种罗氏沼虾抗寒能力的育种试剂盒，其特征在于，含有权利要求1所述的分子标记。3.权利要求1所述分子标记或权利要求2的试剂盒在罗氏沼虾抗寒能力选育中的应用。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，包括对待育种罗氏沼虾的权利要求1所述分子标记或权利要求2所述试剂盒进行基因分型。5.如权利要求3所述的应用，其特征在于，包括如下步骤，S1，提取罗...

【专利技术属性】
技术研发人员：王志勇，方铭，唐琼英，杨国梁，原应博，夏正龙，易少奎，
申请(专利权)人：江苏数丰水产种业有限公司，
类型：发明
国别省市：