本发明专利技术涉及基因检测技术领域，具体涉及一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记、检测方法及装置。一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记，所述SNP分子标记如表10所示。本发明专利技术使用孕妇患者外周血中的游离DNA和胎儿生物学父亲外周血基因组DNA作为检测对象，采用液相杂交捕获和高通量测序技术，使用数千个SNP位点，通过夫妻双方的基因型，获得胎儿的基因型，消除胎儿来源cfDNA对移植器官来源cfDNA含量的影响，准确测定移植器官cfDNA的浓度，检测灵敏度要更高，只需患者外周血即可以进行多次检测，实现长期动态监测的目的。目的。
【技术实现步骤摘要】
一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记、检测方法及装置
[0001]本专利技术涉及基因检测
，具体涉及一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记、检测方法及装置。
技术介绍
[0002]器官移植是临床治疗终末期器官病变的优选手段，而术后排斥反应是影响移植器官生存率的重要因素，是器官移植患者面临的最大的威胁。早期诊断及时治疗排斥反应可以有效减少移植器官的病理损害程度，延长移植器官的存活时间。
[0003]穿刺活检一直是临床检测移植器官损伤状况的金标准，但取材部位受限，不能全面反应移植器官的病理情况，且常有创伤性并发症出现。所以寻求一种无创的检测技术成为努力的方向。目前临床上常规的无创检测方法有影像学、生化指标(丙氨酸氨基转移酶、总胆红素、碱性磷酸酶和γ
‑
谷氨酰转移酶、肌酐或心肌酶谱)检测，但检测的灵敏度和特异性低。比如血清中肌酐除了肾排斥反应，肾移植患者排异药物中毒引起的急性肾衰竭也会导致肌酐升高。目前，器官移植患者面临的主要临床问题之一就是缺少用于早期诊断和连续监控移植物排斥风险的高灵敏度、高特异性且非侵入性的检测。
[0004]游离DNA(cell free DNA,cfDNA)，是指游离于细胞外的部分降解了的机体内源DNA，主要来自于细胞的凋亡或坏死。异源或自体的体细胞突变DNA都可以通过无创的方法在本体的血液中检测到，已广泛应用到肿瘤早筛，肿瘤靶向治疗和无创产前诊断中。在器官移植领域，Dennis Lo最早在女性肝、肾移植患者的血浆中检测到来自男性供体组织的游离DNA，被认为是供体器官在患者体内凋亡或坏死，细胞裂解释放出的cfDNA，游离DNA可以作为器官移植排异的标志物。
[0005]孕妇器官移植患者是器官移植中一类特殊的群体，患者血液中除自身的cfDNA外，还包括移植器官释放的cfDNA和来自胎儿的cfDNA，而后两类cfDNA都属于异源cfDNA，单纯的检测异源cfDNA含量，不能真实的反映移植器官释放的cfDNA含量，从而不能准确的评估该类患者移植器官的损伤程度；成为孕妇器官移植患者进行无创检测的一大难点，也是临床在处理该类患者的痛点。因此，临床上需要一种适合孕妇器官移植患者的无创检测方法。
技术实现思路
[0006]因此，本专利技术要解决的技术问题在于提供一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记、检测方法及装置。
[0007]为此，本专利技术提供了如下的技术方案：
[0008]一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记，所述SNP分子标记如表10所示。
[0009]一种所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针，所述探针是基于所述的SNP分子标记设计的。
[0010]可选的，每个SNP分子标记的探针包括上游探针和下游探针，所述上游探针为以SNP位点为起始向5
’
端方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的，所述下游探针为以SNP位点为起始向3
’
端方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的。
[0011]一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的试剂盒或检测芯片，包括所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针。
[0012]一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的方法，包括如下步骤：
[0013]S1、获取待测样本的cfDNA和胎儿生物学父亲的基因组DNA；
[0014]S2、文库构建，获得cfDNA文库和基因组DNA文库；
[0015]S3、使用所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针对构建的文库进行目标区域捕获，扩增富集目标区域序列，测序；
[0016]S4、分别从cfDNA文库和基因组DNA文库的测序数据中提取所述SNP分子标记位点信息，进行基因分型，筛选cfDNA文库测序数据和基因组DNA文库测序数据中基因型相同且两者均为纯合子的SNP位点作为有效SNP位点；
[0017]S5、检测cfDNA文库中所述有效SNP位点处的基因分型，将所述有效SNP位点的基因分型与步骤S4中的有效SNP位点基因分型不一致的信号除以有效SNP位点处的总测序信号，所得到的比值为供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA；
[0018]S6、对供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA进行校正，校正计算公式如下：
[0019]adj_ddcfDNA＝ddcfDNA/(ddcfDNA+(1
‑
ddcfDNA)*(1
‑
ffcfDNA))；
[0020]公式中ffcfDNA通过表11得到；
[0021]将步骤S5中得到的ddcfDNA代入所述校正计算公式中。
[0022]可选的，所述待测样本为血液样本；
[0023]可选的，为外周血样本。
[0024]一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的装置，包括：
[0025]样本获取单元：用于获取待测样本的cfDNA和胎儿生物学父亲的基因组DNA。
[0026]文库构建单元：用于对待测样本的cfDNA和胎儿生物学父亲的基因组DNA进行文库构建；
[0027]目标区域捕获和测序单元：使用所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针对构建的文库进行目标区域捕获，扩增富集目标区域序列，测序；
[0028]有效SNP位点提取单元：用于将cfDNA文库和基因组DNA文库的测序数据中提取所述SNP分子标记位点信息，进行基因分型，筛选cfDNA文库测序数据和基因组DNA文库测序数据中基因型相同且两者均为纯合子的SNP位点作为有效SNP位点；
[0029]供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA计算单元：用于检测cfDNA文库中所述有效SNP位点处的基因分型，将所述有效SNP位点的基因分型与有效SNP位点提取单元中的有效SNP位点基因分型不一致的信号除以有效SNP位点处的总测序信号，所得到的比值为供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA；
[0030]校正单元：对供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA进行校正，校正计算公式如下：
[0031]adj_ddcfDNA＝ddcfDNA/(ddcfDNA+(1
‑
ddcfDNA)*(1
‑
ffcfDNA))；
[0032]公式中ffcfDNA通过表11得到；
[0033]将供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA计算单元中得到的ddcfDNA代入所述校正计算公
式中，得到校正后的供体来源cfDNA的浓度adj_ddcfDNA。
[0034]可选的，包括：
[0035]所述待测样本为血液样本；
[0036]可选的，为外周血样本。
[0037]本专利技术技术方案，具有如下优点：
[0038]1.本专利技术提供了一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记如表10所示。2.一种如权利要求1所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针，其特征在于，所述探针是基于所述的SNP分子标记设计的。3.根据权利要求2所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针，其特征在于，每个SNP分子标记的探针包括上游探针和下游探针，所述上游探针为以SNP位点为起始向5
’
端方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的，所述下游探针为以SNP位点为起始向3
’
端方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的。4.一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的试剂盒或检测芯片，其特征在于，包括权利要求2或3所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针。5.一种检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、获取待测样本的cfDNA和胎儿生物学父亲的基因组DNA；S2、文库构建，获得cfDNA文库和基因组DNA文库；S3、使用权利要求2或3所述的检测妊娠器官移植患者供体cfDNA的SNP分子标记的探针对构建的文库进行目标区域捕获，扩增富集目标区域序列，测序；S4、分别从cfDNA文库和基因组DNA文库的测序数据中提取所述SNP分子标记位点信息，进行基因分型，筛选cfDNA文库测序数据和基因组DNA文库测序数据中基因型相同且两者均为纯合子的SNP位点作为有效SNP位点；S5、检测cfDNA文库中所述有效SNP位点处的基因分型，将所述有效SNP位点的基因分型与步骤S4中的有效SNP位点基因分型不一致的信号除以有效SNP位点处的总测序信号，所得到的比值为供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA；S6、对供体来源cfDNA的浓度ddcfDNA进行校正，校正计算公式如下：adj_ddcfDNA＝ddcfDNA/(ddcfDNA+(1
‑
ddcfDNA)*(1
‑<...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋廷亚，刘海涛，黄慧强，王银峰，
申请(专利权)人：上海奥根诊断技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。