用于预测和/或监测心血管疾病及其治疗的方法和组合物技术

本文描述了用于预测心血管疾病(CVD)的方法和组合物。具体地，本文件描述了用于确定至少一个CpG基因座的甲基化状态和至少一个单核苷酸多态性(SNP)的序列的方法和组合物，所述甲基化状态和所述序列可预测CVD的发病率(例如，一年、三年、五年发病率)。五年发病率)。五年发病率)。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于预测和/或监测心血管疾病及其治疗的方法和组合物
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]根据35 U.S.C.
§
119(e)，本申请要求2020年9月4日提交的美国申请号63/074,878的优先权权益。本文件通过引用以其整体并入本文。


[0003]本公开文本总体上涉及与预测个体的心血管疾病(CVD)(例如，冠心病(CHD))相关的方法和组合物。

技术介绍

[0004]心血管疾病(CVD)并且特别是冠心病(CHD)，是最常见的心脏病类型，并且2017年在美国造成超过360,000人死亡。为了降低死亡人数，已经开发了许多风险估计器，以更好地鉴定患有CHD或有CHD风险的人。从弗雷明汉(Framingham)风险得分(FRS)和最近的ASCVD合并群组方程(PCE)开始，这些工具捕获关键生理参数(如已知与CVD(包括CHD)风险相关的血清脂质水平)的变化。
[0005]尽管有这些巨大的努力，但当前的风险估计器通常缺乏灵敏度和特异性。因此，需要用于CVD的替代分层方法。

技术实现思路

[0006]提供了用于预测心血管疾病(CVD)的发病率或风险的方法和组合物。例如，本文描述了用于预测冠心病(CHD)的一年、三年或五年发病率的方法和组合物。一般原理适用于其他发病率窗口(例如，一个月、六个月、两年或十年)以及其他类型的CVD(包括而不限于CHD、中风、心律失常、心脏停搏和充血性心力衰竭)的发病率或患病率。具体地，描述了用于确定至少一个CpG基因座的甲基化状态和至少一个单核苷酸多态性(SNP)的方法和组合物。
[0007]在一方面，提供了用于确定至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态和至少一个单核苷酸多态性(SNP)的基因型的试剂盒。此类试剂盒通常包括：长度为至少8个核苷酸的至少一个第一核酸引物，其与包含第一CpG二核苷酸或第二CpG二核苷酸的亚硫酸氢盐转化核酸序列互补，所述第一CpG二核苷酸在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处，所述第二CpG二核苷酸与在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处的所述第一CpG二核苷酸连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R＞0.3的值，其中所述至少一个第一核酸引物检测甲基化或非甲基化CpG二核苷酸；和长度为至少8个核苷酸的至少一个第二核酸引物，其与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或第二SNP的DNA序列或亚硫酸氢盐转化DNA序列互补，所述第二SNP与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R＞0.3的值。
[0008]在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物检测非甲基化CpG二核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物检测甲基化CpG二核苷酸。
[0009]在一些实施方案中，本文所述的试剂盒进一步包括与CpG二核苷酸上游的核酸序列互补的长度为至少8个核苷酸的至少第三核酸引物。在一些实施方案中，所述试剂盒进一步包括与CpG二核苷酸下游的核酸序列互补的长度为至少8个核苷酸的至少第三核酸引物。
[0010]在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个核苷酸类似物。在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个合成或非天然核苷酸。
[0011]在一些实施方案中，本文所述的试剂盒进一步包括与所述至少一个第一核酸引物结合的固体基质。在一些实施方案中，所述基质是聚合物、玻璃、半导体、纸、金属、凝胶或水凝胶。在一些实施方案中，所述固体基质是微阵列或微流体卡。
[0012]在一些实施方案中，本文所述的试剂盒进一步包括可检测标记。
[0013]在另一方面，提供了确定来自患者的生物样品中与预测CHD相关的生物标记物的存在的方法。此类方法通常包括(a)提供所述生物样品的第一部分和所述生物样品的第二部分，其中来自至少所述第一部分的核酸是亚硫酸氢盐转化的；(b)使所述生物样品的第一部分与长度为至少8个核苷酸的第一寡核苷酸引物接触，所述第一寡核苷酸引物与包含第一CpG二核苷酸或第二CpG二核苷酸的序列互补，所述第一CpG二核苷酸在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处，所述第二CpG二核苷酸与在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处的第一CpG二核苷酸连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R＞0.3的值，其中所述第一核酸引物检测甲基化或非甲基化CpG二核苷酸；并且(c)使所述生物样品的第二部分与长度为至少8个核苷酸的核酸引物接触，所述核酸引物与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或第二SNP的DNA序列或亚硫酸氢盐转化DNA序列互补，所述第二SNP与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R>0.3的值。通常，在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处所述CpG二核苷酸的甲基化百分比和在选自rs1 1716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或与所述第一SNP连锁不平衡的第二SNP处的核苷酸的身份是与CHD的发病率相关的生物标记物。
[0014]在一些实施方案中，所述生物样品选自血液和唾液。
[0015]在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物检测非甲基化CpG二核苷酸。在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物检测甲基化CpG二核苷酸。
[0016]在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个核苷酸类似物。在一些实施方案中，所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个合成或非天然核苷酸。
[0017]在一些实施方案中，发病窗口是三年。
[0018]在再另外的方面，提供了确定患者样品中与CHD相关的生物标记物的存在的方法。此类方法通常包括(a)从所述患者样品分离核酸样品，(b)对所述核酸样品的第一部分进行基因型分型测定，以检测至少一个SNP的存在，其中所述至少一个SNP是来自附录C的第一SNP和/或是与来自附录C的第一SNP连锁不平衡(R＞0.3)的第二SNP，以获得基因型数据；和/或(c)亚硫酸氢盐转化所述核酸的第二部分中的核酸，并对所述核酸样品的第二部分进行甲基化评估，以检测来自附录A的至少一个CpG位点和/或与来自附录A的CpG共线(R＞0.3)的CpG位点的甲基化状态，以获得甲基化数据；以及(d)将来自步骤(b)的基因型数据和/或来自步骤(c)的甲基化数据输入到算法中，所述算法考虑至少一个S本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于确定至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态和至少一个单核苷酸多态性(SNP)的基因型的试剂盒，所述试剂盒包括：长度为至少8个核苷酸的至少一个第一核酸引物，其与包含第一CpG二核苷酸或第二CpG二核苷酸的亚硫酸氢盐转化核酸序列互补，所述第一CpG二核苷酸在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处，所述第二CpG二核苷酸与在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处的第一CpG二核苷酸连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R>0.3的值，其中所述至少一个第一核酸引物检测甲基化或非甲基化CpG二核苷酸，以及长度为至少8个核苷酸的至少一个第二核酸引物，其与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或第二SNP的DNA序列或亚硫酸氢盐转化DNA序列互补，所述第二SNP与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R>0.3的值。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述至少一个第一核酸引物检测非甲基化CpG二核苷酸。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述至少一个第一核酸引物检测甲基化CpG二核苷酸。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的试剂盒，其中所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个核苷酸类似物。5.根据权利要求1
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4中任一项所述的试剂盒，其中所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个合成或非天然核苷酸。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包括所述至少一个第一核酸引物所结合的固体基质。7.根据权利要求6所述的试剂盒，其中所述基质是聚合物、玻璃、半导体、纸、金属、凝胶或水凝胶。8.根据权利要求6所述的试剂盒，其中所述固体基质是微阵列或微流体卡。9.根据权利要求1
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8中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包括可检测标记。10.根据权利要求1
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9中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包括长度为至少8个核苷酸的至少第三核酸引物，其与所述CpG二核苷酸上游的核酸序列互补。11.根据权利要求1
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9中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包括长度为至少8个核苷酸的至少第三核酸引物，其与所述CpG二核苷酸下游的核酸序列互补。12.一种确定与使用来自受试者的生物样品预测CVD的三年发病率相关的生物标记物的存在的方法，所述方法包括：(a)提供所述生物样品的第一部分和所述生物样品的第二部分，其中来自至少所述第一部分的核酸是亚硫酸氢盐转化的；(b)使所述生物样品的第一部分与长度为至少8个核苷酸的第一寡核苷酸引物接触，所述第一寡核苷酸引物与包含第一CpG二核苷酸或第二CpG二核苷酸的序列互补，所述第一CpG二核苷酸在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处，所述第二CpG二核苷酸与在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处的所述第一CpG二核苷酸连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R>0.3的值，其中所述第一核酸引物检测甲基化
或非甲基化CpG二核苷酸；以及(c)使所述生物样品的第二部分与长度为至少8个核苷酸的核酸引物接触，所述核酸引物与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或第二SNP的DNA序列或亚硫酸氢盐转化DNA序列互补，所述第二SNP与选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP连锁不平衡，其中所述连锁不平衡具有R>0.3的值，其中在选自cg00300879、cg09552548和cg14789911的GC基因座处所述CpG二核苷酸的甲基化百分比和在选自rs11716050、rs6560711、rs3735222、rs6820447和rs9638144的第一SNP或与所述第一SNP连锁不平衡的第二SNP处的核苷酸的身份是与CVD的三年发病率相关的生物标记物。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述生物样品选自血液和唾液。14.根据权利要求12所述的方法，其中所述至少一个第一核酸引物检测非甲基化CpG二核苷酸。15.根据权利要求12所述的方法，其中所述至少一个第一核酸引物检测甲基化CpG二核苷酸。16.根据权利要求12所述的方法，其中所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个核苷酸类似物。17.根据权利要求12所述的方法，其中所述至少一个第一核酸引物包含一个或多个合成或非天然核苷酸。18.根据权利要求12所述的方法，其中发病窗口是三年。19.一种确定受试样品中与CVD相关的生物标记物的存在的方法，所述方法包括：(a)从所述受试样品分离核酸样品...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：心脏诊断公司，
类型：发明
国别省市：