包含CD3抗原结合结构域的蛋白质及其用途制造技术

本发明专利技术提供了结合分化簇3(CD3)的抗原结合结构域、包含该结合CD3ε的抗原结合结构域的蛋白质、编码它们的多核苷酸、载体、宿主细胞、制备和使用它们的方法。胞、制备和使用它们的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包含CD3抗原结合结构域的蛋白质及其用途
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年5月27日提交的美国临时申请序列号63/030,448、2020年7月29日提交的美国临时申请序列号63/057,958和2020年10月22日提交的美国临时申请序号63/094,931的优先权。上述申请中的每一者的公开内容全文以引用方式并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请包含已经以ASCII格式电子递交的序列表，并且据此全文以引用方式并入。所述ASCII副本创建于2021年5月11日，命名为JBI6316WOPCT1_SL.txt，并且大小为1,061字节。


[0005]本公开提供了结合分化簇3(CD3)蛋白质的抗原结合结构域、包含结合CD3的抗原结合结构域的蛋白质、编码它们的多核苷酸、载体、宿主细胞、制备和使用它们的方法。

技术介绍

[0006]已经探索了双特异性抗体和抗体片段作为募集溶细胞性T细胞以杀死肿瘤细胞的手段。然而，许多募集T细胞的双特异性抗体的临床用途受到挑战的限制，这些挑战包括不利的毒性、潜在的免疫原性和制造问题。因此，非常需要募集溶细胞性T细胞以杀死包括例如降低的毒性和有利的制造特征的肿瘤细胞的改进的双特异性抗体。
[0007]人CD3 T细胞抗原受体蛋白复合物由六条不同的链组成：一条CD3γ链(SwissProt P09693)、一条CD3δ链(SwissProt P04234)、两条CD3ε链(SwissProt P07766)和一条CD3ζ链同源二聚体(SwissProt P20963)(εγ:εδ:ζζ)，该同源二聚体与T细胞受体α和β链缔合。该复合物在将抗原识别偶联到几种胞内信号转导途径中起重要作用。CD3复合物介导信号转导，从而导致T细胞活化和增殖。CD3是免疫应答所需的。
[0008]重定向细胞毒性T细胞以杀死肿瘤细胞已经成为许多肿瘤适应症的重要治疗机理(Labrijn,A.F.，Janmaat,M.L.，Reichert,J.M.和Parren,P.，Bispecific antibodies:a mechanistic review of the pipeline.Nat Rev Drug Discov 18,585
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608,doi:10.1038/s41573
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019
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0028
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1(2019))。T细胞活化遵循双信号假说，其中第一信号通过T细胞受体(TCR)复合物与其同源肽MHC复合物在抗原呈递细胞(APC)上的接合来提供，并且第二信号可以是共刺激的或共抑制的(Chen,L.和Flies,D.B.，Molecular mechanisms of T cell co
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stimulation and co
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inhibition.Nat Rev Immunol 13,227
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242,doi:10.1038/nri3405(2013))。肿瘤通常不能呈递足够的非自身抗原以诱导基于T细胞的免疫应答，而接合T细胞的BsAbs(bsTCE)可通过在没有TCR
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pMHC相互作用的情况下诱导T细胞活化来克服这一挑战。T细胞受体信号传导通过TCR的CD3亚基的胞质区中的ITAM基序发生(Chen,D.S.和Meleman,I.，Oncology meets immunology:cancer
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immunity cycle.Immunity 39,1
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10,doi:10.1016/j.immuni.2013.07.012(2013))。具体地，CD3ε亚基以每个TCR复合物两个拷贝的形式存在，并且表示用于T细胞接合的有吸引力的抗原。事实上，许多靶向CD3的
bsTCEε在mAb失效的情况下显示出临床抗肿瘤功效，并且正在针对几种肿瘤靶标进行重大的药物开发工作(Labrijn,A.F.等人，2019)。bsTCE临床开发的三个主要挑战是：1)与经由全身或非肿瘤T细胞活化的细胞因子释放相关的快速并且严重的毒性的可能性，2)具有高效力和强烈治疗指数的bsTCE的制剂和给药的实际挑战，以及3)再活化诱导的T细胞死亡的可能性，其中肿瘤浸润性T细胞(TILS)响应于bsTCE的过度活化而经历细胞凋亡(Wu，Z.Wu和Cheung,N.V.，T cell engaging bispecific antibody(T
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BsAb):From technology to therapeutics.Pharmacol Ther 182,161
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175,doi:10.1016/j.pharmthera.2017.08.005(2018))。
[0009]总之，这些观察表明本领域需要更有利并且可用于治疗癌症的新型CD3特异性结合蛋白质。

技术实现思路

[0010]例如，通过提供对肿瘤抗原具有高亲和力并且对T细胞具有弱亲和力的新型CD3ε特异性结合蛋白质，本公开满足了这一需求。本公开的包含结合CD3ε的抗原结合结构域的蛋白质表现出高热稳定性、减小的脱酰胺风险和降低的免疫原性。
[0011]在某些实施方案中，本公开提供了一种分离的蛋白质，该分离的蛋白质包含结合分化簇3ε(CD3ε)的抗原结合结构域，其中该结合CD3ε的抗原结合结构域包含：
[0012]a.SEQ ID NO:23的重链可变区(VH)的重链互补决定区(HCDR)1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:24的轻链可变区(VL)的轻链互补决定区(LCDR)1、LCDR2和LCDR3；
[0013]b.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:27的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；
[0014]c.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:28的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；
[0015]d.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:29的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；或者
[0016]e.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:30的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3。
[0017]在其他实施方案中，该分离的蛋白质包含以下序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3：
[0018]a.分别为SEQ ID NO:6、7、8、9、10和11；
[0019]b.分别为SEQ ID NO:12、13、14、15、16和17；或者
[0020]c.分别为SEQ ID NO:18、19、20、21、16和22。
[0021本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种分离的蛋白质，所述分离的蛋白质包含结合分化簇3ε(CD3ε)的抗原结合结构域，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含：a.SEQ ID NO:23的重链可变区(VH)的重链互补决定区(HCDR)1、HCDR2和HCDR3以及SEQ ID NO:24的轻链可变区(VL)的轻链互补决定区(LCDR)1、LCDR2和LCDR3；b.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQID NO:27的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；c.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQID NO:28的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；d.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQID NO:29的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3；或者e.SEQ ID NO:23的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3以及SEQID NO:30的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3。2.根据权利要求1所述的分离的蛋白质，所述分离的蛋白质包含以下序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3：a.分别为SEQ ID NO:6、7、8、9、10和11；b.分别为SEQ ID NO:12、13、14、15、16和17；或者c.分别为SEQ ID NO:18、19、20、21、16和22。3.根据权利要求1或2所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是scFv、(scFv)2、Fv、Fab、F(ab')2、Fd、dAb或VHH。4.根据权利要求3所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是所述Fab。5.根据权利要求3所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是所述scFv。6.根据权利要求5所述的分离的蛋白质，其中所述scFv从N末端到C末端包含VH、第一接头(L1)和VL(VH
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L1
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VL)或所述VL、所述L1和所述VH(VL
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L1
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VH)。7.根据权利要求6所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含：a.约5至50个氨基酸；b.约5至40个氨基酸；c.约10至30个氨基酸；或者d.约10至20个氨基酸。8.根据权利要求6所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含SEQ ID NO:31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63或64的氨基酸序列。9.根据权利要求8所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含SEQ ID NO:31,37或64的氨基酸序列。10.根据权利要求1至9中任一项所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含SEQ ID NO:23的VH以及SEQ ID NO:24、27、28、29或30的VL。11.根据权利要求10所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含：a.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:24的VL；
b.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:27的VL；c.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:28的VL；d.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:29的VL；或者e.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:30的VL。12.根据权利要求1至11中任一项所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含SEQ ID NO:65、66、67、68、69、70、71、72、73或74的氨基酸序列。13.一种分离的蛋白质，所述分离的蛋白质包含结合CD3ε的抗原结合结构域，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含SEQ ID NO:23的重链可变区(VH)和SEQ ID NO:103的轻链可变区(VL)。14.根据权利要求13所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是scFv、(scFv)2、Fv、Fab、F(ab')2、Fd、dAb或VHH。15.根据权利要求14所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是所述Fab。16.根据权利要求14所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域是所述scFv。17.根据权利要求16所述的分离的蛋白质，其中所述scFv从N末端到C末端包含VH、第一接头(L1)和VL(VH
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L1
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VL)或所述VL、所述L1和所述VH(VL
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L1
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VH)。18.根据权利要求17所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含：a.约5至50个氨基酸；b.约5至40个氨基酸；c.约10至30个氨基酸；或者d.约10至20个氨基酸。19.根据权利要求18所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含SEQ ID NO:31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63或64的氨基酸序列。20.根据权利要求19所述的分离的蛋白质，其中所述L1包含SEQ ID NO:31、37或64的氨基酸序列。21.根据权利要求13至20所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含SEQ ID NO:23的VH以及SEQ ID NO:24、27、28、29或30的VL。22.根据权利要求21所述的分离的蛋白质，其中所述结合CD3ε的抗原结合结构域包含：a.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:24的VL；b.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:27的VL；c.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:28的VL；d.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:29的VL；或者e.SEQ ID NO:23的VH和SEQ ID NO:30的VL。23.根据权利要求1至22中任一项所述的分离的蛋白质，其中所述分离的蛋白质是多特异性蛋白质。24.根据权利要求23所述的分离的蛋白质，其中所述多特异性蛋白质是双特异性蛋白
质。25.根据权利要求23所述的分离的蛋白质，其中所述多特异性蛋白质是三特异性蛋白质。26.根据权利要求1至25中任一项所述的分离的蛋白质，所述分离的蛋白质还包含免疫球蛋白(Ig)恒定区或其所述Ig恒定区的片段。27.根据权利要求26所述的分离的蛋白质，其中所述Ig恒定区的所述片段包含Fc区。28.根据权利要求26所述的分离的蛋白质，其中所述Ig恒定区的所述片段包含CH2结构域。29.根据权利要求26所述的分离的蛋白质，其中所述Ig恒定区的所述片段包含CH3结构域。30.根据权利要求26所述的分离的蛋白质，其中所述Ig恒定区的所述片段包含CH2结构域和CH3结构域。31.根据权利要求26所述的分离的蛋白...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：詹森生物科技公司，
类型：发明
国别省市：