胆管癌分子分型基因标志物及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种可用于胆管癌分子分型的基因标志物组合和相应的诊断剂或试剂盒，所述基因标志物组合、诊断剂或试剂盒能够将胆管癌分为四个亚型：C1增殖型、C2间充质型、C3代谢型和C4免疫荒芜型。本发明专利技术还提供了使用所述基因标志物组合、诊断剂或试剂盒对胆管癌免疫治疗预后的应用。疗预后的应用。

【技术实现步骤摘要】
胆管癌分子分型基因标志物及其应用


[0001]本专利技术涉及癌症领域。更具体地，本专利技术涉及胆管癌分子分型基因标志物及其应用。

技术介绍

[0002]胆管癌(Cholangiocarcinoma,CCA)是最具侵袭性的肿瘤之一，大多数患者就诊时已经进入中晚期[1]。尽管胆管癌被认为是一种罕见的癌症，但其发病率在全球范围内迅速攀升，每年约占全球癌症相关死亡人数的2％[2,3]。根据不同的解剖位置，胆管癌可以分为肝内胆管癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,iCCA)和肝外胆管癌(extrahepatic cholangiocarcinoma,eCCA)，肝外胆管癌包括肝门部胆管癌(perihilar Cholangiocarcinoma,pCCA)和远端胆管癌(distal cholangiocarcinoma,dCCA)[4]。目前，根治性手术切除仍然是主要的治疗方法，然而，真正从手术中获益的患者数量非常有限[5]。局部复发和远处转移导致预后不佳，近50％的胆管癌患者在术后的12个月内复发，5年总生存率低于10％[7,8]。吉西他滨联合顺铂是目前治疗复发性或晚期胆管癌唯一的一线标准化疗方案，然而，胆管癌的高度异质性严重限制了化疗的疗效[6]。因此，迫切需要对胆管癌进行分子鉴定，以帮助分子亚型的划分、候选生物标志物的发现，并加快个体化治疗的发展。
[0003]除传统治疗外，免疫疗法是胆管癌目前备受瞩目的疗法。部分药物已进入临床试验阶段，为胆管癌的治疗提供了一种新的研究方向[9]，一些免疫治疗的临床试验，包括过继细胞疗法、免疫检查点抑制剂等研究结果令人鼓舞，然而免疫治疗的适用人群及个体化治疗仍存在极大挑战。在PD
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1/PD
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L1阳性表达[10]、微卫星不稳定性高(MSI
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H)[11]、错配修复(MMR)缺陷[12
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15]和肿瘤突变负荷高(TMB
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H)[16]基础上，免疫特征分析可能有助于选择能够受益于免疫治疗的胆管癌人群。
[0004]之前的一些研究已经对与特定临床和分子特征相关的CCA的多组学分析进行了充分的探索[17
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21]，但尚没有基于临床应用的胆管癌亚分类和基于免疫特征的综合分子分析的报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术人通过结合理论研究和实验手段，通过多组学数据挖掘工具，利用WGS、WES、RNA
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seq、WGBS和蛋白质免疫组化技术对来自多个中心的450例未经治疗的不同解剖亚型(肝内iCCA、肝门部pCCA、远端dCCA)胆管癌患者的肿瘤组织的进行了大规模的检测，并对全基因组、外显子组、转录组、免疫表达谱、DNA甲基化谱以及临床病理特征进行了综合分析。对其中53例胆管癌的转录组数据分析，进行预测模型建模，发现了四个不同的聚类C1
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C4。C1为增殖亚型，其主要特点是细胞周期激活、高增殖基因标志物、高浸润Th17细胞和较差的临床结果。C2为间充质亚型，其主要特点是高基质细胞、高EMT基因标志物、免疫抑制和预后不良。C3为代谢型，其主要特点是代谢紊乱、高浸润γδT细胞、免疫检查点表达、预后
好。C4为免疫荒芜型，其主要特点是肿瘤和间质免疫信号减弱、富集CIMP+肿瘤、CA199表达低，预后不良。
[0006]在此基础上，我们在每一亚型中选取40个标记基因，建立了一个包含160个基因的胆管癌分子分型筛选系统。所述胆管癌包含肝内胆管癌(iCCA)和肝外胆管癌(肝门部胆管癌pCCA与远端胆管癌dCCA)。
[0007]该系统包含160个基因(基因详情见下方描述)。
[0008]所述胆管癌分子分型系统还可用于胆管癌的免疫治疗效果预测。
[0009]本专利技术还提供了胆管癌分子分型系统在胆管癌诊断及治疗方法及其相关试剂/试剂盒中的用途。
[0010]因此，根据本专利技术的一个方面，提供了一种可用于胆管癌分子分型的基因标志物组合(即，多个基因标志物组成的组，或者基因群)或包括所述基因标志物组合的(诊断)试剂盒/制品，所述基因标志物组合包括：
[0011](1)C1增殖型胆管癌的基因标志物，包括AOC1、C19orf33、CKMT1B、CAPN8、SERPINB5、ST6GALNAC1、CYP2S1、ERN2、SH3RF2、S100P、TSPAN1、STX19、OVOL1、ETHE1、MSLN、RAPGEFL1、TMPRSS4、EFHD2、FAM83E、KCNN4、PRR15、ABHD17C、RNF39、CDH3、MROH6、TRIM31、TMEM92、BCL2L14、NMU、AGR3、FAM213B、GALE、FERMT1、FUT2、LPCAT4、STYK1、ARRDC1、HHLA2、AP1S3和FAM132A；
[0012](2)C2间充质型胆管癌的基因标志物，包括COLEC12、COL15A1、FBLN5、EFEMP2、ST6GALNAC6、OLFML2B、SFRP4、SRPX、TIMP3、KCNE4、CSF1、FAM129A、ID4、LHFP、COL14A1、IGFBP4、MXRA8、NDN、PDPN、SFRP2、GNG11、FAM198B、FBXL7、RAB3IL1、PDGFRL、FBLN2、CALHM2、FIBIN、ARHGAP24、FSTL1、SMIM10、CPXM1、SPARC、CD36、JAM3、PALM、CD200、FAM162B、DDR2和SPARCL1；
[0013](3)C3代谢型胆管癌的基因标志物，包括HP、FGL1、APOC3、HPX、ITIH3、LIPC、ORM1、FGB、ITIH4、ORM2、APOA1、FGG、ASGR2、C4BPA、RBP4、HPD、CYP2E1、UGT2B7、ALDOB、CYP2C8、TTR、TF、TDO2、GC、CP、CPB2、ADH4、A1BG、SERPINF2、FMO3、C4A、C5、PCK1、CPS1、TFR2、AOX1、HPN、PON3、C6和SLC27A2；和
[0014](4)C4免疫荒芜型胆管癌的基因标志物，包括RTN4RL1、BICC1、PKHD1、GLIS3、ATP1A1、SNAP25、ANXA9、GOLGA7B、PAQR5、TDRP、WNK2、RAP1GAP、PGBD5、CTD
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3193O13.9、PDGFC、NUAK2、HNF1B、TMEM61、KRT80、FAM171A1、VEPH1、ZNF467、MLK4、C8orf47、CITED4、ARNT2、CLDN10、ENPP5、SHC2、WWC1、FAM155B、NOTCH2、DMKN、RGL3、CTTNBP2、ANXA4、FGFR4、IGSF3、HUNK和BEX2。
[0015]应当理解，在本专利技术中，这四组基因标志物，每组亚型包括40个基因，都是在其胆管癌分型的患者中相对于其他三种胆管癌分型的患者高表达的基因，而并非本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种可用于胆管癌分子分型的基因标志物组合，其包括：(1)C1增殖型胆管癌的基因标志物，包括AOC1、C19orf33、CKMT1B、CAPN8、SERPINB5、ST6GALNAC1、CYP2S1、ERN2、SH3RF2、S100P、TSPAN1、STX19、OVOL1、ETHE1、MSLN、RAPGEFL1、TMPRSS4、EFHD2、FAM83E、KCNN4、PRR15、ABHD17C、RNF39、CDH3、MROH6、TRIM31、TMEM92、BCL2L14、NMU、AGR3、FAM213B、GALE、FERMT1、FUT2、LPCAT4、STYK1、ARRDC1、HHLA2、AP1S3和FAM132A；(2)C2间充质型胆管癌的基因标志物，包括COLEC12、COL15A1、FBLN5、EFEMP2、ST6GALNAC6、OLFML2B、SFRP4、SRPX、TIMP3、KCNE4、CSF1、FAM129A、ID4、LHFP、COL14A1、IGFBP4、MXRA8、NDN、PDPN、SFRP2、GNG11、FAM198B、FBXL7、RAB3IL1、PDGFRL、FBLN2、CALHM2、FIBIN、ARHGAP24、FSTL1、SMIM10、CPXM1、SPARC、CD36、JAM3、PALM、CD200、FAM162B、DDR2和SPARCL1；(3)C3代谢型胆管癌的基因标志物，包括HP、FGL1、APOC3、HPX、ITIH3、LIPC、ORM1、FGB、ITIH4、ORM2、APOA1、FGG、ASGR2、C4BPA、RBP4、HPD、CYP2E1、UGT2B7、ALDOB、CYP2C8、TTR、TF、TDO2、GC、CP、CPB2、ADH4、A1BG、SERPINF2、FMO3、C4A、C5、PCK1、CPS1、TFR2、AOX1、HPN、PON3、C6和SLC27A2；和(4)C4免疫荒芜型胆管癌的基因标志物，包括RTN4RL1、BICC1、PKHD1、GLIS3、ATP1A1、SNAP25、ANXA9、GOLGA7B、PAQR5、TDRP、WNK2、RAP1GAP、PGBD5、CTD
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3193O13.9、PDGFC、NUAK2、HNF1B、TMEM61、KRT80、FAM171A1、VEPH1、ZNF467、MLK4、C8orf47、CITED4、ARNT2、CLDN10、ENPP5、SHC2、WWC1、FAM155B、NOTCH2、DMKN、RGL3、CTTNBP2、ANXA4、FGFR4、IGSF3、HUNK和BEX2。2.一种可用于胆管癌分子分型的诊断剂或试剂盒，所述诊断剂或试剂盒能够将胆管癌分为四个亚型：C1增殖型、C2间充质型、C3代谢型和C4免疫荒芜型；其中：(1)C1增殖型胆管癌的基因标志物包括AOC1、C19orf33、CKMT1B、CAPN8、SERPINB5、ST6GALNAC1、CYP2S1、ERN2、SH3RF2、S100P、TSPAN1、STX19、OVOL1、ETHE1、MSLN、RAPGEFL1、TMPRSS4、EFHD2、FAM83E、KCNN4、PRR15、ABHD17C、RNF39、CDH3、MROH6、TRIM31、TMEM92、BCL2L14、NMU、AGR3、FAM213B、GALE、FERMT1、FUT2、LPCAT4、STYK1、ARRDC1、HHLA2、AP1S3和FAM132A；(2)C2间充质型胆管癌的基因标志物包括COLEC12、COL15A1、FBLN5、EFEMP2、ST6GALNAC6、OLFML2B、SFRP4、SRPX、TIMP3、KCNE4、CSF1、FAM129A、ID4、LHFP、COL14A1、IGFBP4、MXRA8、NDN、PDPN、SFRP2、GNG11、FAM198B、FBXL7、RAB3IL1、PDGFRL、FBLN2、CALHM2、FIBIN、ARHGAP24、FSTL1、SMIM10、CPXM1、SPARC、CD36、JAM3、PALM、...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭华，陈璐，贺钰超，陆伟，宋天强，张伟，陈丽维，罗艺，
申请(专利权)人：天津市肿瘤医院天津医科大学肿瘤医院，
类型：发明
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