一种判别G-四链体结构DNA的方法技术

本申请涉及生物分析化学技术领域，尤其涉及一种判别G

【技术实现步骤摘要】
一种判别G
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四链体结构DNA的方法


[0001]本申请涉及生物分析化学
，尤其涉及一种判别G
‑
四链体结构DNA的方法。

技术介绍

[0002]随着对生物体核酸结构的深入研究，目前发现了一些含富鸟嘌呤G碱基的DNA序列具有功能结构特殊性，并可以在特定条件下形成G
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四链体结构后，在生物体内表现出生理活性，如人体端粒由含有G的DNA重复序列组成，该序列在特定的条件下形成G
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四链体结构后，可以从根本上抑制端粒酶和ALT对端粒的延伸而达到抗肿瘤的目的，因此人体端粒G
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四链体结构作为抗肿瘤靶点的研究是近年来抗肿瘤研究的热点。同时，体外研究表明，该G
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四联体结构和hemin分子结合后表现出类过氧化物酶的催化活性，可以催化显示底物显示，基于此原理，目前构建了比色分析体系，已被广泛用于生物医药、食品安全和环境检测的领域。
[0003]由于环境污染物进入人体后会对DNA造成损伤并诱发突变，其关键的一步是与DNA分子的结合，而现有研究表明，污染物不仅可以与双链DNA、单链DNA的碱基、沟槽等位点发生作用，同时G
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四联体结构也是污染物优势作用结构。因此，明确DNA分子立体构型，对研究环境污染物与DNA分子之间的结合方式并揭示作用机理，具有重要的研究意义。
[0004]现阶段针研究DNA构型、DNA与污染物作用模式的方法只能采用仪器方法，如紫外
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可见光谱法、拉曼光谱法、红外光谱法、圆二色光谱法等，而这些方法只能从体系宏观表征DNA构型，而目前针对DNA序列的结构特点，如何从分子水平对DNA结构研究，以建立快速判别G
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四链体结构DNA的方法，是目前亟需解决的技术问题。

技术实现思路

[0005]本申请提供了一种判别G
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四链体结构DNA的方法，以解决现有技术中难以从分子水平快速判别G
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四链体结构DNA。
[0006]第一方面，本申请提供了一种判别G
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四链体结构DNA的方法，所述方法包括：
[0007]分析待判定结构DNA的碱基重复单元特征，确定待判定结构DNA的有效活性区域；
[0008]根据所述有效活性区域的起始碱基位点和终止碱基位点，确定有效活性区域的碱基总数；
[0009]根据所述碱基总数，判断所述碱基总数是否为偶数；
[0010]若是，则绘制碱基位点的分析曲线，并得到碱基排序特征和多个碱基重复单元；
[0011]根据所述碱基排序特征，以不同所述碱基重复单元的碱基G位点为顶点进行矩形框的构建，得到G4碱基框图；
[0012]根据所述G4碱基框图，判断所述G4碱基框图中矩形框的分布方式是否为连续分布；
[0013]若是，则判定待判定结构DNA为G
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四链体结构DNA；
[0014]其中，所述碱基重复单元包括非连续的GGG重复单元和/或非连续的GG重复单元。
[0015]可选的，所述有效活性区域的碱基满足：碱基G的占比≥40％。
[0016]可选的，所述碱基G的分布方式包括非连续GGG重复单元和/或非连续的GG重复单元的方式分布。
[0017]可选的，所述根据所述碱基排序特征，以不同所述碱基重复单元的碱基G位点为顶点进行矩形框的构建，得到G4碱基框图，具体包括：
[0018]根据所述碱基排序特征，连接不同所述重复单元中的碱基G位点，以进行矩形框的构建，得到G4碱基框图。
[0019]可选的，所述G4碱基框图的数量≥2。
[0020]可选的，所述起始碱基位点为碱基G；所述终止碱基位点为碱基G。
[0021]可选的，所述有效活性区域的碱基总数为12个～200个。
[0022]可选的，所述有效活性区域的碱基G数量≥4N，其中，N≥2。
[0023]可选的，所述分析曲线为圆形；所述分析曲线的碱基位点数≥所述有效活性区域的碱基位点数。
[0024]可选的，所述根据所述碱基总数，判断所述碱基总数是否为偶数，具体包括：
[0025]根据所述碱基总数，判断所述碱基总数是否为偶数；
[0026]若所述碱基总数为偶数，则绘制碱基位点的分析曲线，并得到碱基排序特征和多个碱基重复单元；
[0027]若所述碱基总数为奇数，则在所述有效活性区域的末端补加任意碱基，后绘制碱基位点的分析曲线，并得到碱基排序特征和多个碱基重复单元。
[0028]本申请实施例提供的上述技术方案与现有技术相比具有如下优点：
[0029]本申请实施例提供的一种判别G
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四链体结构DNA的方法，通过分析待判定结构DNA的重复单元特征，明确待判定结构DNA的有效活性区域，再通过有效活性区域的起始碱基和终止碱基明确有效活性区域的碱基总数，最后根据碱基总数绘制出的分析曲线，再根据重复单元特征的四个碱基G的位点为定点绘制G4碱基框图，再根据G4碱基框图中规则矩形框的分布方式是否连续，就可以判断出待判定结构DNA是否为G
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四链体结构DNA，因此通过对待判定结构DNA的碱基进行分析，就能直观判断出待判定结构DNA是否为G
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四链体结构DNA，从而可以快速判别G
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四链体结构DNA。
附图说明
[0030]此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分，示出了符合本申请的实施例，并与说明书一起用于解释本申请的原理。
[0031]为了更清楚地说明本申请实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，对于本领域普通技术人员而言，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0032]图1为本申请实施例提供的方法的流程示意图；
[0033]图2为本申请实施例提供的方法的详细流程示意图；
[0034]图3为本申请实施例提供的分析曲线的示意图；
[0035]图4为本申请实施例提供的绘制出G4碱基框图的示意图；
[0036]图5为本申请实施例提供的DNA
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1的分析曲线的示意图；
[0037]图6为本申请实施例提供的DNA
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1的G4碱基框图的示意图；
[0038]图7为本申请实施例提供的DNA
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2的G4碱基框图的示意图；
[0039]图8为本申请实施例提供的DNA
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3的G4碱基框图的示意图；
[0040]图9为本申请实施例提供的DNA
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4的G4碱基框图的示意图；
[0041]其中，曲线上圆圈代表碱基布局位点，与DNA序列中碱基顺序一致；圆圈数量与DNA序列中碱基一致；B代表任意碱基，N代表DNA序列中碱基的位点数，X代表补充的任意碱基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种判别G
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四链体结构DNA的方法，其特征在于，所述方法包括：分析待判定结构DNA的碱基重复单元特征，确定待判定结构DNA的有效活性区域；根据所述有效活性区域的起始碱基位点和终止碱基位点，确定有效活性区域的碱基总数；根据所述碱基总数，判断所述碱基总数是否为偶数；若是，则绘制碱基位点的分析曲线，并得到碱基排序特征和多个碱基重复单元；根据所述碱基排序特征，以不同所述碱基重复单元的碱基G位点为顶点进行矩形框的构建，得到G4碱基框图；根据所述G4碱基框图，判断所述G4碱基框图中矩形框的分布方式是否为连续分布；若是，则判定待判定结构DNA为G
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四链体结构DNA；其中，所述碱基重复单元包括非连续的GGG重复单元和/或非连续的GG重复单元。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述有效活性区域的碱基满足：碱基G的占比≥40％。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述碱基G的分布方式包括非连续GGG重复单元和/或非连续的GG重复单元的方式分布。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述碱基排序特征，以不同所述碱基重复单元...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁刚，潘立刚，靳欣欣，赵杰，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：