辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，属于亲子鉴定技术领域。包括以下步骤：S101：获取单细胞扩增产物样本S和供精方/供卵方样本F/M；S102：对两个样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据N(S)和N(F/M)；S103：统计位点集N(S)∩N(F/M)中的位点作为有效位点；S104：在有效位点的基础上计算两个样本的错配率和相关性；S105：根据错配率与相关性判断两个样本的亲子关系；若相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]，则判断两个样本为亲子关系。本专利在基因组可能丢失的情况下依旧能够准确判定胚胎与供精方/供卵方之间的亲子关系。胎与供精方/供卵方之间的亲子关系。胎与供精方/供卵方之间的亲子关系。

【技术实现步骤摘要】
辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法


[0001]本专利技术属于亲子鉴定
，特别涉及一种辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法。

技术介绍

[0002]在辅助生殖过程中，胚胎移植学专家会在体外受精第3日的胚胎取1
‑
2个卵裂球或者在体外受精的第5日取部分滋养层细胞，进行胚胎植入前遗传学检测（PreimplantationGeneticTestin；PGT），判断胚胎是否有异常，然后选择正常健康的胚胎进行移植，从而降低遗传疾病遗传给子代的风险。但是这仅仅只能判定胚胎是否健康，无法判定胚胎与供精方和供卵方之间的亲子关系。在人工授精实验过程中，会有一定概率出现失误，导致授错精。此外，在单细胞扩增过程中，部分杂子可能会随机丢失等位基因，导致最终测序结果误判为纯和子，给胚胎与供精方/供卵方的亲子鉴定带来诸多困难。

技术实现思路

[0003]本专利基于对早期单个胚胎细胞的单细胞扩增结果进行NGS测序，在基因组可能丢失的情况下依旧能够准确判定胚胎与供精方/供卵方之间的亲子关系。所述方案如下：本专利技术实施例提供了一种辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，所述方法包括以下步骤：S101：获取单细胞扩增产物样本S和供精方/供卵方样本F/M；S102：对两个样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据N(S)和N(F/M)；S103：统计位点集N(S)∩N(F/M)中的位点作为有效位点；S104：在有效位点的基础上计算两个样本的错配率和相关性；S105：根据错配率与相关性判断两个样本的亲子关系；若相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]，则判断两个样本为亲子关系。
[0004]具体地，根据公式I计算相关性γ：
ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
(I);其中，x为S在SNP位点上A的深度与A和a深度之和的比值，记作：x
（S）
=A
（S）
/（A+a）
（S）
；y为F/M在SNP位点上A的深度与A和a深度之和的比值，记作：y
（F/M）
=A
（F/M）
/（A+a）
（F/M）
；A代表野生型位点，a代表突变型位点。
[0005]具体地，根据公式Ⅱ计算错配率：
ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
(Ⅱ)。
[0006]其中，选择样本基因组上突变频率在[0.05
‑
0.95]之间二态性的常染色体SNP位点作为遗传标记物，每个有效位点的深度不低于20X。
附图说明
[0007]图1是本专利技术实施例提供的辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法的流程图。
具体实施方式
[0008]为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合附图对本专利技术作进一步地详细描述。
[0009]实施例1参见图1，本专利技术实施例提供了一种辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，所述方法包括以下步骤：S101：获取单细胞扩增产物样本S和供精方/供卵方样本F/M；具体地，供精方样本为F，供卵方样本为M。
[0010]S102：对两个样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据N(S)和N(F/M)。测序过程具体为：采用二代测序技术对两个样本进行测序以得到测序数据。选取了人类基因组上具有高度保守的的上千个二态性SNP位点，以此作为遗传标记物，用于亲子鉴定判别。在获得检材后，首先对目标检材进行核酸提取，并进行全基因组建库，在建库的过程中对F/M和S的DNA序列加上代表编号的barcode序列和可以用于高通量测序的测序接头和其它必要序列，并进行全基因组扩增。在建库完成后，使用一组探针序列，对上千个SNP位点进行液相杂交捕获，并进行高通量测序和生物信息学分析。
[0011]S103：统计位点集N(S)∩N(F/M)中的位点作为有效位点，且每个有效位点的深度不低于20X。
[0012]S104：在有效位点的基础上计算两个样本的错配率和相关性。
[0013]具体地，每个样本的每个有效位点都会有一个总的测序深度，以及根据人类基因组参考序列进行判别的“野生型”和“突变型”位点深度。以某一个SNP位点为例，用A代表野生型位点，a代表突变型位点，将测得序列比对到人类参考基因组，计算每个样品在每个SNP位点上的A和a测序深度。根据公式I计算相关性γ：
ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
(I)。
[0014]其中，x为S在SNP位点上A的深度与A和a深度之和的比值，记作：x
（S）
=A
（S）
/（A+a）
（S）
；y为F/M在SNP位点上A的深度与A和a深度之和的比值，记作：y
（F/M）
=A
（F/M）
/（A+a）
（F/M）
。
[0015]统计有效位点中S与F/M的错配位点，在每个SNP位点上，如果两个样本共同含有至少一个A/a，则判定为匹配；反之，则判定为错配。根据公式Ⅱ计算错配率：
ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
(Ⅱ)。
[0016]S105：根据错配率与相关性判断两个样本的亲子关系；若相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]，则判断两个样本为亲子关系。反之，若相关性
∉
[0.45，0.60]或错配率
∉ꢀ
[0，3.125%]，则无法判断两个样本为亲子关系。具体地，相关性作为主要判断依据，其判断结果准确和稳定；但是，在[0.45，0.60]范围内，除亲子关系满足，全同胞关系也满足。因此，本专利引入了另一个判断依据：错配率；在相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]下，可确定两个样本为亲子关系；经其他方法验证，本方法判断的结果没有问题。
[0017]实施例2实施例2为相关性和错配率阈值的获取过程：相关性阈值的获取过程为：通过大量样本检测得知：常规的亲子鉴定鉴定中，若两个受检人符合亲子关系，则两个受检人的相关性在[0.45,0.60]区间内；由于胚胎与供精方和供卵方也符合亲子关系，因此两个受检样本的相关性也应该在[0.45,0.60]区间内。相关性符合[0.45,0.60]区间内可以作为判定单细胞扩增产物与供精方/供卵方支持亲子关系的标准之一。
[0018]错配率阈值的获取过程为：在常规的亲子鉴定中，由于子代的遗传物质一半来源于母亲，一半来源于父亲，两个符合亲子关系的受检样本检测到的所有有效位点均匹配，错配率为0。但是，由于单细胞扩增过程中会丢失一部分杂合子，导致杂合子在测序结果中显示为纯和子，导致符合亲子关系的胚胎单细胞扩增产物和供精方/供卵方的有效位点集合产生少量错配。例如，胚胎细胞在该SNP位点上的基因型为Aa，供精方/供卵方为aa；由于杂合缺失，胚胎细胞进行单细胞扩增过程种丢失了a，测序结果显示在该SNP位点上，胚胎单细胞扩增产物的基因型为AA，与供精方/供卵方比对后判定为本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：S101：获取单细胞扩增产物样本S和供精方/供卵方样本F/M；S102：对两个样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据N(S)和N(F/M)；S103：统计位点集N(S)∩N(F/M)中的位点作为有效位点；S104：在有效位点的基础上计算两个样本的错配率和相关性；S105：根据错配率与相关性判断两个样本的亲子关系；若相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]，则判断两个样本为亲子关系。2.根据权利要求1所述的辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，其特征在于，根据公式I计算相关性γ：
ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
(I);其中，x为S在SNP位点上A的深度与A和a深度之和的比值，记作：x
（S）...

【专利技术属性】
技术研发人员：熊茜，黄奎匀，杨功达，曾丰波，
申请(专利权)人：上海蓝沙生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：