ANGPTL3的碱基编辑和使用其治疗疾病的方法技术

本文提供了用于基因修饰或编辑的组合物及其治疗或预防某些病症的使用方法。公开了能够安全且有效地编辑肝脏中表达的基因靶标以持久地降低LDL

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】ANGPTL3的碱基编辑和使用其治疗疾病的方法
相关申请的交叉引用
[0001]本申请根据35U.S.C.
§
119要求于2020年4月9日提交的临时申请序列号63/007,803；于2020年4月9日提交的临时申请序列号63/007,797；于2021年1月11日提交的临时申请序列号63/136,087；于2020年6月26日提交的临时申请序列号63/045,032；于2020年6月26日提交的临时申请序列号63/045,033的权益，其公开内容通过引用以其全文并入本文。序列表
[0002]本申请含有已经以ASCII格式电子递交的序列表并且所述序列表特此通过引用以其全文并入。创建于2021年4月8日的所述ASCII副本经命名为53989_711_601_SL.txt，并且大小是1,105,762字节。


[0003]本文提供了用于基因修饰或编辑的组合物及其使用方法，所述方法能够治疗或预防某些病症，诸如心血管疾病和与其相关联的病症或疾病，诸如糖尿病。

技术介绍

[0004]本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，就好像每个单独的出版物、专利或专利申请被明确地并单独地指示通过引用并入一样。这并不是承认本文明确地或隐含地引用的任何出版物或信息是现有技术或必然与要求保护的主题相关。在通过引用并入的出版物或专利或专利申请与说明书中包含的公开内容相矛盾或不一致的情况下，此类引用或并入的参考文献应被视为对本公开的补充，并理解说明书旨在替代和/或优先于任何不可协调的不一致或矛盾的材料。

技术实现思路

[0005]本申请中公开的专利技术性主题涉及能够编辑多核苷酸或靶基因的组合物以及这些组合物的使用方法。所述组合物及其组成组分，单独地和组合地，被认为是本专利技术性主题的独立方面，其可以通过本文所述的它们各自的物理和/或功能属性以任何组合而不受限制地定义和要求保护。本专利技术性主题的广度、特异性和变化通过这里总结的具体方面进一步说明。
[0006]本文所述的专利技术性主题的一个重要方面涉及心血管疾病(CVD)的治疗，根据世界卫生组织统计，所述疾病是世界范围内的主要死因，造成近三分之一的死亡。CVD也是预期寿命减少的主要原因，并且是护理最昂贵的健康病症之一。根据美国疾病控制与预防中心(CDC)，CVD是一个巨大的经济负担，每年使美国医疗保健系统付出超过3200亿美元的年度成本和生产力损失。CVD总体上是指心脏和血管的疾病，其被诊断为动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)或心肌病等。ASCVD是CVD的一大子集，其中胆固醇驱动动脉粥样硬化性斑块的发展，所述动脉粥样硬化性斑块是血管壁中导致动脉硬化的胆固醇、细胞和细胞碎片的混合物。当前治疗和预防ASCVD的基础是降低血脂的累积暴露，这旨在尽可能长时间地将低密
度脂蛋白胆固醇(LDL
‑
C，通常称为“坏”胆固醇)和/或甘油三酯维持尽可能低。例如，有大量证据表明，在足够长的时间段内将LDL
‑
C维持在足够低水平的个体发展ASCVD的可能性要小得多。降低LDL
‑
C与减少ASCVD之间的关系在医学中是被理解得最好的关系之一。已经显示，在确诊ASCVD的患者中在5年内将LDL
‑
C降低39mg/dL使ASCVD风险降低21％，而在一生中在相同程度上将LDL
‑
C降低39mg/dL使首次ASCVD事件的风险降低88％。当前的护理标准是慢性护理模式，其通常需要每天服用大量丸剂和/或进行间歇性注射，并且经常不能充分控制LDL
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C的累积暴露。尽管可以获得此类慢性护理疗法，但在许多患有ASCVD的患者中，LDL
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C的累积暴露经常没有得到充分的控制，并且很大一部分确诊ASCVD的个体的LDL
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C水平高于建议目标。较高的累积LDL
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C暴露导致胆固醇斑块在心脏或颈部动脉中加速积聚，并且其破裂可能导致心脏病发作、心脏死亡、中风并且需要侵入性医疗程序，诸如冠状动脉内支架置入术和冠状动脉搭桥手术。
[0007]本文公开的一方面是能够安全且有效地编辑肝脏中表达的基因靶标以持久地降低LDL
‑
C和/或甘油三酯、从而治疗CVD诸如ASCVD的组合物和方法。
[0008]本文公开的另一方面是当作为单程或单剂量(一次性完成)疗法、以重复或连续剂量和组合基因编辑疗法剂量施用时本文所述的基因编辑组合物的功效和安全性。本文所述的组合物的功效和安全性在本文所述的涉及各种细胞和动物实验(包括小鼠和非人灵长类动物实验)的体外和体内研究中示出，并且在这些研究中所表示的本文公开的组合物的结果或性能各自构成本专利技术的各个方面。
[0009]本文公开的组合物和方法的另一方面涉及在基因中进行编辑的位置，包括例如涉及在剪接位点中编辑基因的组合物和方法。
[0010]本文公开的组合物和方法的另一方面是组成指导RNA(gRNA)和碱基编辑器，其构成能够在单个碱基对处精确编辑基因而不在靶基因中赋予双链断裂的组合物。这些gRNA和碱基编辑器(包括表达并编码碱基编辑器的核苷酸或mRNA序列)的组合物和使用方法构成又一方面。
[0011]本文公开的另一方面是封装gRNA和碱基编辑器药物物质的脂质纳米颗粒(LNP)配制品、LNP的选择以及单独和作为LNP的一部分的药物物质组合物的各种组分之间的相对比例。
[0012]本文公开的另一方面涉及基因编辑组合物，诸如本文所述的那些基因编辑组合物的给药，以及给药和重复给药对于功效和安全性概况标记的影响。
[0013]本文公开的另一方面是所述组合物和使用方法包括被设计来靶向或编辑特定基因诸如PCSK9、ANGPTL3、APOC3和/或Lp(a)和/或对于由这些基因表达的蛋白质的蛋白质水平具有影响的实施方式。
[0014]在一个方面，本文提供了一种用于编辑基因靶标的组合物，包含：(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子(protospacer)，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少0.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少35％
中，如通过下一代测序或桑格(Sanger)测序所测量。在一些实施方案中，所述哺乳动物对象是食蟹猴，其中当所述指导RNA和所述mRNA以约1mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述食蟹猴的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。在一些实施方案中，所述哺乳动物对象是食蟹猴，其中当所述指导RNA和所述mR本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于编辑基因靶标的组合物，包含：(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少0.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。2.如权利要求1所述的组合物，其中所述哺乳动物对象是食蟹猴，其中当所述指导RNA和所述mRNA以约1mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述食蟹猴的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。3.如权利要求1所述的组合物，其中所述哺乳动物对象是食蟹猴，其中当所述指导RNA和所述mRNA以约3mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述食蟹猴的全部肝细胞的至少50％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。4.如权利要求2所述的组合物，其中与所述施用前相比，所述核碱基改变导致所述食蟹猴中血液甘油三酯水平降低至少20％。5.如权利要求3所述的组合物，其中与所述施用前相比，所述核碱基改变导致所述食蟹猴中血液甘油三酯水平降低至少50％。6.如权利要求1
‑
5中任一项所述的组合物，其中所述原间隔子位于剪接位点中。7.如权利要求1
‑
5中任一项所述的组合物，其中所述原间隔子互补序列位于所述ANGPTL3基因的反义链中。8.如权利要求1
‑
5中任一项所述的组合物，其中所述原间隔子互补序列位于所述ANGPTL3基因的有义链中。9.如权利要求1
‑
8中任一项所述的组合物，其中所述碱基改变发生在所述ANGPTL3基因上的所述原间隔子之外(脱靶位点)，其中表14中列出的脱靶位点的编辑百分比分别低于或等于表14中列出的编辑百分比。10.如权利要求1
‑
9中任一项所述的组合物，其中所述脱氨酶是腺嘌呤脱氨酶并且其中所述核碱基改变是A
·
T到G
·
C的改变。11.如权利要求1
‑
10中任一项所述的组合物，其中所述可编程DNA结合结构域包含核酸酶活性丧失的Cas9或Cas9切口酶。12.如权利要求1
‑
11中任一项所述的组合物，其中所述核碱基改变位于所述ANGPTL3基因的剪接位点处。13.如权利要求12所述的组合物，其中所述核碱基改变位于所述ANGPTL3基因的剪接供体位点处。14.如权利要求13所述的组合物，其中所述剪接供体位点位于如SEQ ID NO:7中所引用的ANGPTL3内含子6的5
’
末端。15.如权利要求12所述的组合物，其中所述核碱基改变位于所述ANGPTL3基因的剪接受体位点处。
16.如权利要求1
‑
15中任一项所述的组合物，其中所述核碱基改变导致由所述ANGPTL3基因编码的转录物中的移码、提前终止密码子、插入或缺失。17.如权利要求1
‑
16中任一项所述的组合物，其中所述核碱基改变导致由所述ANGPTL3基因编码的异常转录物。18.如权利要求1
‑
17中任一项所述的组合物，其中所述指导RNA经化学修饰。19.如权利要求16所述的组合物，其中所述指导RNA的所述tracr序列按照图7中描绘的方案进行化学修饰。20.如权利要求1
‑
19中任一项所述的组合物，其中所述间隔子序列包含表1中列出的ANGPTL3 ABE指导RNA间隔子序列。21.如权利要求20所述的组合物，其中所述指导RNA包含如表1中所列出的GA067、GA091、GA098、GA099、GA100、GA101、GA102、GA103、GA347、GA441、GA442、GA472、GA473、GA474、GA475、GA476、GA517或GA547的ANGPTL3 ABE指导RNA序列。22.如权利要求1
‑
19中任一项所述的组合物，其中所述原间隔子序列包含表1中列出的ANGPTL3 ABE原间隔子序列。23.如权利要求22所述的组合物，其中所述原间隔子包含序列5
’‑
AAGATACCTGAATAACTCTC
‑3’
(SEQ ID No:14)、5
’‑
AAGATACCTGAATAACCCTC
‑3’
(SEQ ID No:15)、5
’‑
GATACCTGAATAACTCTC
‑3’
(SEQ ID No:1606)、5
’‑
AGATACCTGAATAACCCTC
‑3’
(SEQ ID No:248)或5
’‑
GATACCTGAATAACCCTC
‑3’
(SEQ ID No:249)。24.如权利要求1
‑
23中任一项所述的组合物，其中所述碱基编辑器融合蛋白包含SEQ ID No:2137的氨基酸序列。25.如权利要求1
‑
24中任一项所述的组合物，其中所述mRNA序列的GC％含量大于50％。26.如权利要求25所述的组合物，其中所述mRNA序列的GC％含量大于56％。27.如权利要求26所述的组合物，其中所述mRNA序列的GC％含量大于或等于63％。28.如权利要求25所述的组合物，其中所述mRNA包含腺嘌呤tTNA脱氨酶(TadA)区域、Cas9区域和核定位序列(NLS)区域。29.如权利要求28所述的组合物，其中所述mRNA进一步包含将所述TadA区域和所述Cas9区域连接的第一接头区域，以及将所述Cas9区域和所述NLS区域连接的第二接头区域。30.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述TadA区域的GC％含量大于60％。31.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述TadA区域的GC％含量大于或等于70％。32.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述Cas9区域的GC％含量大于56％。33.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述Cas9区域的GC％含量大于或等于62％。34.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述NLS区域的GC％含量大于54％。35.如权利要求28或29所述的组合物，其中所述NLS区域的GC％含量大于或等于63％。36.如权利要求29所述的组合物，其中所述第一接头区域的GC％含量大于65％。37.如权利要求29所述的组合物，其中所述第一接头区域的GC％含量大于或等于79％。38.如权利要求29所述的组合物，其中所述第二接头区域的GC％含量大于67％。39.如权利要求29所述的组合物，其中所述第二接头区域的GC％含量大于或等于83％。40.如权利要求29所述的组合物，其中所述TadA区域的GC％含量大于60％，所述Cas9区域的GC％含量大于56％，所述NLS区域的GC％含量大于54％，所述第一接头区域的GC％含量
大于65％，并且所述第二接头区域的GC％含量大于67％。41.如权利要求25所述的组合物，其中所述mRNA包含选自表23的mRNA序列。42.如权利要求41所述的组合物，其中所述mRNA包含SEQ IDNo:2136的mRNA序列。43.如权利要求25
‑
42中任一项所述的组合物，其中所述mRNA包含多聚A尾。44.如权利要求1
‑
43中任一项所述的组合物，进一步包含包封(i)的脂质纳米颗粒(LNP)。45.如权利要求44所述的组合物，其中所述LNP进一步包封(ii)。46.如权利要求44所述的组合物，进一步包含包封(ii)的第二LNP。47.如权利要求1
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44中任一项所述的组合物，其中所述指导RNA和编码所述碱基编辑器融合蛋白的所述mRNA的重量比率为约1:10至约10:1。48.如权利要求47所述的组合物，其中所述指导RNA与编码所述碱基编辑器融合蛋白的所述mRNA的重量比率为约1:1、1.5:1、2:1、3:1、4:1、1:1.5、1:2、1:3或1:4。49.如权利要求48所述的组合物，其中所述指导RNA和编码所述碱基编辑器融合蛋白的所述mRNA的重量比率为约1:1。50.一种药物组合物，包含如前述权利要求中任一项所述的组合物和药学上可接受的载体或赋形剂。51.一种用于治疗或预防有需要的对象的病症的方法，所述方法包括向所述对象施用治疗有效量的如权利要求1所述的组合物。52.如权利要求51所述的方法，其中所述施用是通过静脉内输注。53.如权利要求51或52所述的方法，包括顺序施用包封(i)的LNP和包封(ii)的LNP。54.如权利要求51或52所述的方法，包括并行施用所述包封(i)的LNP和所述包封(ii)的LNP。55.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在1天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。56.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在2天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。57.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在3天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。58.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在4天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。59.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在5天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。60.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在6天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。61.如权利要求53所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(ii)的LNP，然后在7天的间隔中施用交错剂量的所述包封(i)的LNP。62.如权利要求51或52所述的方法，包括施用单剂量的所述包封(i)和(ii)的LNP。63.如权利要求62所述的方法，其中所述LNP的所述单剂量为约0.3至约3mg/kg。64.如权利要求62或63所述的方法，包括向所述对象施用一个或多个治疗的疗程，其中
所述一个或多个治疗中的每一个包括一个或多个所述单剂量的所述LNP。65.如权利要求64所述的方法，包括施用两个至十个治疗的疗程。66.如权利要求64所述的方法，包括施用两个至五个治疗的疗程。67.如权利要求64所述的方法，包括施用两个治疗的疗程。68.如权利要求64所述的方法，包括施用三个治疗的疗程。69.如权利要求64所述的方法，包括施用四个治疗的疗程。70.如权利要求62所述的方法，包括施用五个治疗的疗程。71.如权利要求51
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70中任一项所述的方法，其中所述病症是动脉粥样硬化性心血管疾病。72.如权利要求51
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70中任一项所述的方法，其中所述病症是动脉粥样硬化性血管疾病。73.如权利要求51
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72中任一项所述的方法，其中所述对象是人。74.一种用于编辑基因靶标的组合物，包含：(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，并且其中所述指导RNA包含如表1中所列出的ANGPTL3 ABE指导RNA序列。75.一种用于编辑基因靶标的组合物，包含：(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，并且其中所述mRNA包含选自表23的序列。76.一种在有需要的对象中治疗或预防动脉粥样硬化性心血管疾病的方法，所述方法包括向所述对象施用治疗有效量的第一组合物和第二组合物，所述第一组合物包含(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于PCSK9基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述PCSK9基因中的核碱基改变，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少0.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量；所述第二组合物包含
(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在施用给哺乳动物对象时在体内实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少1mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。77.如权利要求76所述的方法，包括顺序施用所述第一组合物和所述第二组合物。78.如权利要求77所述的方法，包括施用一个或多个剂量的所述第一组合物，随后施用一个或多个剂量的所述第二组合物。79.如权利要求78所述的方法，包括施用一个或多个剂量的所述第二组合物，随后施用一个或多个剂量的所述第一组合物。80.如权利要求76所述的方法，包括并行施用所述第一组合物和所述第二组合物。81.如权利要求80所述的方法，包括一个或多个剂量的所述第一组合物和所述第二组合物。82.一种用于编辑基因靶标的组合物，包含：(i)碱基编辑器融合蛋白，所述碱基编辑器融合蛋白包含可编程DNA结合结构域和脱氨酶，或编码其的mRNA，(ii)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器融合蛋白的结合支架，所述间隔子序列对应于ANGPTL3基因上的原间隔子，其中所述指导RNA引导所述碱基编辑器融合蛋白在体外实现所述ANGPTL3基因中的核碱基改变，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少0.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少35％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。83.如权利要求82所述的组合物，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少1mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少40％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。84.如权利要求82所述的组合物，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少1.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少45％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。85.如权利要求82所述的组合物，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少2mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少50％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。86.如权利要求82所述的组合物，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少2.5mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少55％中，如通过下一代测序或桑格测序所测量。87.如权利要求82所述的组合物，其中当所述指导RNA和所述mRNA以至少3mg/kg的总量施用时，所述碱基改变发生在所述哺乳动物对象的全部肝细胞的至少60％中，如通过下一
代测序或桑格测序所测量。88.一种用于编辑ANGPTL3基因的组合物，包含：(a)mRNA，所述mRNA编码具有编辑窗口的腺嘌呤碱基编辑器蛋白，和(b)指导RNA，所述指导RNA包含tracr序列和间隔子序列，所述tracr序列用作所述碱基编辑器蛋白的结合支架，所述间隔子序列用于将所述碱基编辑器蛋白指引至所述ANGPTL3基因上的原间隔子序列，其中所述间隔子序列至少部分地与所述ANGPTL3基因的剪接位点或外显子区域互补。89.如权利要求83所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中当所述碱基编辑器蛋白与所述指导RNA可操作地结合并且所述指导RNA与所述ANGPTL3基因上的所述原间隔子序列的互补链杂交时，所述编辑窗口涵盖所述ANGPTL3基因的所述剪接位点。90.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中当所述碱基编辑器蛋白与所述指导RNA可操作地结合并且所述指导RNA与所述ANGPTL3基因上的所述原间隔子序列的互补链杂交时，所述编辑窗口涵盖所述ANGPTL3基因的内含子的区域。91.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中当所述碱基编辑器蛋白与所述指导RNA可操作地结合并且所述指导RNA与所述ANGPTL3基因上的所述原间隔子序列的互补链杂交时，所述编辑窗口涵盖所述ANGPTL3基因的内含子1、内含子3或内含子4的区域。92.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中当所述碱基编辑器蛋白与所述指导RNA可操作地结合并且所述指导RNA与所述ANGPTL3基因上的所述原间隔子序列的互补链杂交时，所述编辑窗口涵盖所述ANGPTL3基因的内含子1的区域。93.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述间隔子序列与选自经鉴定为GA067、GA100和GA574的指导RNA序列的间隔子序列具有80％
‑
100％核苷酸序列同一性。94.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述tracr序列与选自经鉴定为GA067、GA091、GA098、GA099、GA100、GA101、GA102、GA103、GA347、GA441、GA442、GA472、GA473、GA474、GA475、GA476、GA517和GA547的指导RNA序列的tracr序列具有80％
‑
100％核苷酸序列同一性。95.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA与经鉴定为MA002、MA004、MA040、MA0041或MA045的mRNA序列具有80％
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100％序列同一性。96.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA具有下表中列出的GC核苷酸区域百分比中的一个或多个：核苷酸区域平均GC核苷酸含量27
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21367
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73％389
‑
66167
‑
71％735
‑
82963
‑
74％4207
‑
428667
‑
70％4537
‑
456965
‑
73％4683
‑
474162
‑
67％97.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA具有下表
中列出的GC核苷酸区域百分比中的一个或多个：核苷酸区域平均GC核苷酸含量27
‑
213至少73％389
‑
661至少71％735
‑
829至少74％4207
‑
4286至少70％4537
‑
4569至少73％4683
‑
4741至少67％98.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA和gRNA被封装在脂质纳米颗粒中。99.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA和gRNA被封装在脂质纳米颗粒中，所述脂质纳米颗粒具有以下项：LNP组合物(mol％)：40
‑
65％iLipid2
‑
20％DSPC1
‑
5％PEG剩余的mol％余量是胆固醇；LNP粒径：55
‑
120nm Z平均流体动力学直径；和通过动态光散射确定的多分散性指数<0.2。100.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述mRNA和gRNA被封装在LNP粒径为50
‑
70nm Z平均流体动力学直径的脂质纳米颗粒内。101.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约0.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于40％。102.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约0.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于50％。103.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约0.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于30％。104.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于40％。105.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用
于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于50％。106.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于60％。107.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于70％。108.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于40％。109.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于50％。110.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于60％。111.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于70％。112.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约1.5mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于80％。113.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约3mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于40％。114.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约3mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于50％。115.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以
每kg食蟹猴重量约3mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于60％。116.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约3mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于70％。117.如权利要求88所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中所述组合物在以每kg食蟹猴重量约3mg的所述指导RNA和所述mRNA组合总重量的剂量通过静脉内输注施用于一组食蟹猴时能够在所述食蟹猴的肝脏中在所述ANGPTL3靶剪接位点处诱导腺嘌呤碱基编辑，平均编辑百分比大于80％。118.如权利要求87
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117所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中在给药后15天时经由所述猴的肝脏活检或尸检通过分析经给药的食蟹猴肝脏来确定所述编辑百分比。119.如权利要求87
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117所述的用于编辑所述ANGPTL3基因的组合物，其中通过对经给药的所述食蟹猴进行定期肝脏...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚历山德拉，
申请(专利权)人：维乎医疗有限公司，
类型：发明
国别省市：