检测DMR试剂筛选IPMN-HGD、PanIN-3或PDAC的用途及试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及检测DMR试剂筛选IPMN

【技术实现步骤摘要】
检测DMR试剂筛选IPMN
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HGD、PanIN
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3或PDAC的用途及试剂盒
[0001]本申请是申请日为2017年4月13日专利技术名称为“检测胰腺高度异型增生”的申请号为201780032351.2的专利技术专利申请的分案申请。


[0002]本文提供了用于筛查胰腺高度异型增生的技术，并特别地但不仅限于用于检测胰腺高度异型增生(胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤高度异型增生(IPMN
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HGD)、胰腺上皮内瘤变3(PanIN
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3)或胰腺导管腺癌(PDAC))的存在的方法、组合物和相关用途。

技术介绍

[0003]尽管医学不断进步，但胰腺癌仍然是最致命的疾病之一。据估计，2011年在美国有44,030人被诊断出患有胰腺癌，其中大约37,660人死亡。胰腺癌是美国男性(仅次于肺癌、前列腺癌和结直肠癌)和女性(仅次于肺癌、乳腺癌和结直肠癌)中第四最常见的癌症相关的死亡原因。发病高峰出现在生命的第7个和第8个十年，男性和女性二者的发病率几乎相同。自2003年以来，在美国肺癌、结直肠癌、乳腺癌和前列腺癌的死亡率已经有所下降，但胰腺癌的死亡率却在同期上升了。2011年全球发达国家中的胰腺癌新病例估计为84,200例(男性)和80,900例(女性)，而死亡估计为82,700例(男性)和79,100例(女性)。不幸的是，大多数有症状的患者是无法治愈的。胰腺癌患者的预后非常差，对于所有期的总和有6％的5年相对存活率。这是由于该疾病在诊断时已经为晚期。
>[0004]非常需要早期检测胰腺癌以提高这些患者的存活率。

技术实现思路

[0005]胰腺癌是目前美国第4最常见的癌症死亡原因(参见，Siegel,R.,等人,CA Cancer J Clin,2014.64(1):p.9
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29)，是所有癌症中最致命的，总体5年存活率在5％以下(参见，Wolfgang,C.L.,等人,CA:a cancer journal for clinicians,2013.63(5):p.318
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48)。每年，诊断出胰腺癌的人数几乎等于该疾病的死亡人数。尽管努力改善疗法，但这一令人沮丧的结果在过去的30年里并没有改变(参见，Wolfgang,C.L.,等人,CA:a cancer journal for clinicians,2013.63(5):p.318
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48)。令人严重担忧的是，胰腺癌正在增多。预计到2030年，胰腺癌将成为美国第2最常见的癌症死亡原因(参见，Rahib,L.,等人,Cancer research,2014.74(14):p.4006)。在世界其他地区，胰腺癌是仅有的前景日趋严峻的癌症之一，而其他常见癌症(例如，乳腺癌、结肠癌和前列腺癌)的发病率和死亡率呈下降趋势(参见，Malvezzi,M.,等人,Annals of oncology:official journal of the European Society for Medical Oncology/ESMO,2014)。
[0006]因为没有有效的或广泛使用的筛查工具，所以胰腺癌通常是在症状出现后且在晚期才被诊断出来。目前，85％的病例呈现具有转移性疾病，且通常在确诊后存活＜6个月(参见，Wolfgang,C.L.,等人,CA:a cancer journal for clinicians,2013.63(5):p.318
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48)。对于少数症状上没有呈现出明显的局部晚期疾病或远处转移并继续切除的患者，总体
5年存活率低于20％(参见，Wolfgang,C.L.,等人,CA:a cancer journal for clinicians,2013.63(5):p.318
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48)。令人鼓舞的是，一小部分发现为最早期肿瘤的病例有最好的预后，对于病灶＜2cm的5年存活率为30
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60％，以及对于病灶＜1cm的5年存活率超过75％(参见，Sohn,T.,等人,Journal of gastrointestinal surgery:official journal of the Society for Surgery of the Alimentary Tract,2000.4(6):p.567
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579；Furukawa,H.,等人,Cancer,1996.78(5):p.986
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990；Shimizu,Y.,等人,Journal of gastroenterology and hepatology,2005.20(10):p.1591
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1594；Ishikawa,O.,等人,Hepato
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Gastroenterology,1999.46(25):p.8
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15；Tsuchiya,R.,等人,Annals of Surgery,1986.203(1):p.77
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81)。此外，基于少量病例记录，无症状的人中偶然发现的早期胰腺癌似乎有高存活率并可以根治性切除(参见，Yeo,C.J.和J.L.Cameron,Langenbeck'sarchives of surgery/Deutsche Gesellschaft fur Chirurgie,1998.383(2):p.129
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33；Okano,K.和Y.Suzuki,World journal of gastroenterology:WJG,2014.20(32):p.11230
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11240)。因此，有确凿的证据表明最早期胰腺癌的症状前检测可以导致高治愈率，这显著强调了对有效筛查工具的需要。
[0007]散发性形式的胰腺癌占所有病例的＞90％，且＜10％的病例具有潜在的遗传性或后天的诱发条件。这种高风险的后天条件包括某些罕见的遗传病、慢性胰腺炎、偶然发现的囊性胰腺癌前期(尤其是胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs))、肥胖症和最近发生的糖尿病(参见，Chakraborty,S.,等人,Biochimica et biophysica acta,2011.1815(1):p.44
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64)。使用各种内窥镜和成像学方法的筛查和监测项目不一致地应用于具有这些已知的遗传或后天风险因素的患者。由于绝大多数胰腺癌发生在没有明显风险因素的人群中，因此在高风险部分人群中进行选择性筛查对总体癌症发病率或死亡率影响很小。为了对胰腺癌死亡率产生最大的影响，需要有效的全民筛查工具。
[0008]为了减轻这种可怕疾病的沉重代价，迫切需要有效的筛查方法。创新势在必行，以为最早期癌症和晚期癌前体的症状前检测提供准确、可负担并安全的筛查工具。
[0009]本专利技术解决了这一需求。实际上，本专利技术提供了将有高度癌前病变和癌症的病例与有正常胰腺或低度癌前体的对照区分开的新颖的甲基化DNA标记物。<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测差异甲基化区域(DMR)的试剂制备用于筛选胰腺IPMN
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HGD、PanIN
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3或PDAC的试剂盒的用途，包括：a)测定来自从受试者获得的样品中的两种或更多种基因中的至少一个DMR的甲基化水平，其中所述两种或更多种基因选自BMP3、NDRG4、ABCB1、AK055957、C13ORF18、CD1D、CLEC11A、DLX4、ELMO1、EMX1、FER1L4、FRMD4A、GRIN2D、HOXA1、PRKCB、SP9、ST6GAL2、ST8SIA1、TBX15、VWC2和ZNF781；其中所述两种或更多种基因中的至少一种是TBX15；以及b)当所述两种或更多种基因的甲基化水平不同于在不具有胰腺IPMN
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HGD、PanIN
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3或PDAC的受试者中测定的相应基因的甲基化水平时，鉴定所述受试者为具有胰腺IPMN
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HGD、PanIN
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3或PDAC。2.根据权利要求1所述的用途，其中，其中所述两种或更多种基因中的至少一种是BMP3。3.根据权利要求1所述的用途，其中，所述样品包括胰腺组织和/或胰腺囊肿液。4.根据权利要求1所述的用途，其中，所述样品包括粪便样品、血液样品和/或血液级分样品。5.根据权利要求1所述的用途，其中，所述两种或更多种基因的所述甲基化水平包括相对于正常甲基化水平增加的甲基化水平。6.根据权利要求1所述的用途，其中，所述两种或更多种基因的所述甲基化模式包括相对于正常甲基化水平不同模式的甲基化。7.根据权利要求1所述的用途，其中，测定来自所述两种或更多种基因中的至少一个DMR的甲基化水平包括使用甲基化特异性聚合酶链反应、核酸测序、质谱、甲基化特异性核酸酶、基于质量分离或靶标捕获。8.根据权利要求1所述的用途，其中，来自所述两种或更多种基因中的至少一个DMR位于编码区。9.根据权利要求1所述的用途，其中，来自所述两种或更多种基因中的至少一个DMR位于调控区。10.根据权利要求1所述的用途，其中，测定来自所述两种或更多种基因中的至少一个DMR的甲基化水平包括确定甲基化评分和/或甲基化频率。11.根据权利要求1所述的用途，其中，测定来自所述两种或更多种基因中的至少一个DMR的甲基化水平包括用甲基化特异性试剂处理所述样品中的基因组DNA。12.根据权利要求11所述的用途，其中测定来自所述两种或更多种基因中的至...

【专利技术属性】
技术研发人员：大卫，
申请(专利权)人：梅约医学教育与研究基金会，
类型：发明
国别省市：