本发明专利技术公开了与玉米抗茎腐病基因相关的KASP标记开发及其应用。本发明专利技术属于作物分子标记辅助育种技术领域，具体涉及与玉米茎腐病抗性相关的KASP标记开发及其应用。该SNP分子标记为玉米染色体上的一个位点(SNP位点)，其核苷酸种类为T或C，为序列表中序列4的第1702位核苷酸。本发明专利技术提供的检测玉米基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性中的应用。本发明专利技术可用于辅助鉴定玉米茎腐病的抗性，可以对筛选玉米进行早期筛选，可用于玉米分子标记辅助育种。可用于玉米分子标记辅助育种。
【技术实现步骤摘要】
与玉米抗茎腐病基因相关的KASP标记开发及其应用
[0001]本专利技术属于作物分子标记辅助育种
，具体涉及与玉米茎腐病抗性相关的KASP标记开发及其应用。
技术介绍
[0002]玉米茎腐病(maize stalk rot)是世界各玉米产区一种毁灭性的土传真菌病害，病菌禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)主要来源于病残体和种子带菌。发病时期主要在灌浆期至成熟期，但在乳熟期之前无明显的病征，乳熟期至蜡熟期才是发病的高峰期。其发病程度主要受不同地区的气候以及种植密度等条件的影响。目前该病害遍及全国各玉米产区，分布广、危害大、发展迅速，一般病株率在10％
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20％，严重的40％
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50％，特别严重的高达80％以上，造成玉米倒伏和大面积减产，甚至绝收。由于玉米茎腐病的性状和病原种类复杂，极易受环境影响，因此培育抗病品种是控制病害流行的主要手段，可以将抗茎腐病基因导入优良的自交系改良品种抗性。采用常规回交育种，选择效率低、育种进程较长；而且田间表型鉴定筛选工作量较大，发病情况受环境影响，甚至出现结果不准确。
[0003]分子标记辅助选择技术(Marker
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assisted Selection，MAS)是分子生物学和常规育种相结合的新型育种模式，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点，能够弥补常规回交育种的不足。中国农业大学徐明良教授课题在玉米自交系1145中克隆了抗茎腐病相关主效基因ZmCCT。基于高通量分子鉴定平台，围绕该基因开发与玉米茎腐病抗性相关的KASP分子标记，对于提高玉米的育种效率和育种水平具有重要意义。
技术实现思路
[0004]本专利技术所要解决的问题是如何鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性。
[0005]为了解决以上技术问题，本专利技术首先提供了检测玉米基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质的应用。
[0006]本专利技术所提供的应用为检测玉米基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在如下任一种中的应用：
[0007](1)鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性；
[0008](2)筛选或选育抗茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种；
[0009](3)筛选或选育感茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种；
[0010](4)玉米育种；
[0011](5)制备鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的产品；
[0012](6)制备筛选或选育抗茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种的产品；
[0013](7)制备筛选或选育感茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种的产品；
[0014](8)制备玉米育种的产品；
[0015]所述SNP位点为玉米染色体上的一个位点，其核苷酸种类为T或C，为序列表中序列4的第1702位核苷酸。
[0016]本专利技术还提供了鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的方法。
[0017]本专利技术所提供的鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的方法，包括检测待测玉米基因组中所述SNP位点的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性：所述SNP位点为玉米染色体上的一个位点，其核苷酸种类为T或C，为序列表中序列4的第1702位核苷酸；所述基因型为TT、CC或者TC，所述TT表示玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸为T的纯合型；所述CC基因型表示玉米基因组中SEQ ID No.4的第第1702位核苷酸为C的纯合型；所述TC基因型表示玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸分别为T和C的杂合型。
[0018]可选地，根据上述方法，所述鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性为如下任一种方式：
[0019]1)所述基因型为TT或TC的待测玉米为或候选为抗玉米茎腐病的玉米；
[0020]2)所述基因型为CC的待测玉米为或候选为感茎腐病的玉米；
[0021]3)所述基因型为TT或TC的待测玉米的茎腐病抗性高于所述基因型为CC的待测玉米。
[0022]作为一种实施方案，所述鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的方法可包括如下步骤：
[0023](1)以待测玉米的基因组DNA为模板，采用引物组合物进行测序；所述引物组合物由Primer A、Primer B和Primer C组成；
[0024]所述Primer A为核苷酸序列是序列表中序列1的单链DNA分子；
[0025]所述Primer B为核苷酸序列是序列表中序列2的单链DNA分子；
[0026]所述Primer C核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA分子。
[0027](2)完成步骤(1)后，确定待测玉米的所述SNP位点的基因型；
[0028](3)根据基因型结果进行鉴定待测玉米的茎腐病抗性：所述SNP位点的基因型为TT或TC的待测玉米的茎腐病抗性高于所述SNP位点的基因型为CC的待测玉米。
[0029]上述的方法在玉米育种中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0030]本专利技术还提供了玉米育种的方法。
[0031]本专利技术所提供的玉米育种的方法包括检测玉米基因组中所述SNP位点的基因型，选择所述基因型为TT或TG的玉米作为亲本进行育种，所述TT是玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸为T的纯合型，所述TG是所述玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸分别为T和C的杂合型，所述方法的育种的目的包括选育具有茎腐病抗性的玉米。所述育种的目标包括选育具有茎腐病抗性的玉米。
[0032]作为一种实施方法，玉米育种的方法可包括如下步骤：
[0033](1)以待测玉米的基因组DNA为模板，采用上述引物组进行PCR扩增；
[0034](2)完成步骤(1)后，进行测序，确定待测玉米所述SNP位点的基因型；
[0035](3)选择TT基因型玉米进行抗茎腐病育种。
[0036]上述方法包括回交的步骤，所述回交中，所述基因型为TT的玉米为非轮回亲本。
[0037]所述回交中，所述轮回亲本可为玉米自交系KFBX40、KFBM17或KFBM61。
[0038]所述方法中，所述基因型为TT的玉米为玉米自交系LA076。
[0039]本专利技术还提供了用于检测玉米基因组中SNP位点的多态性或基因型的产品。
[0040]本专利技术所提供的用于检测玉米基因组中所述SNP位点的多态性或基因型的产品，
包括上述检测玉米基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质，所述产品可为如下任一种：
[0041]C1)检测玉米茎腐病抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
[0042]C2)鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的产品；
[0043]C3)用于玉米育种的产品；
[0044]C4)筛选或选育抗茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种的产品。
[0045]上述应用、方法或产品中，所述茎腐病抗性可通过抗病率体现。
[0046]上述应用、方本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.检测玉米基因组中SNP的多态性或基因型的物质在如下任一种中的应用：(1)鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性；(2)筛选或选育抗茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种；(3)筛选或选育感茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种；(4)玉米育种；(5)制备鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的产品；(6)制备筛选或选育抗茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种的产品；(7)制备筛选或选育感茎腐病的玉米单株或株系或品系或品种的产品；(8)制备玉米育种的产品。所述SNP位点为玉米染色体上的一个位点，其核苷酸种类为T/C，为序列表中序列4的第1702位核苷酸。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质为下述任一种：D1)所述物质为扩增包含玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸在内的玉米基因组DNA片段的引物组合物；D2)所述物质为含有D1)所述引物组合物的PCR试剂；D3)所述物质为含有D1)所述引物组合物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物组合物由Primer A、PrimerB和Primer C组成；所述Primer A为核苷酸序列是序列表中序列1的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序列1的第22
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43位的单链DNA；所述Primer B为核苷酸序列是序列表中序列2的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序列2的第22
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43位的单链DNA；所述Primer C为核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA分子。4.鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性的方法，包括检测待测玉米基因组中SNP位点的基因型，根据待测玉米的基因型鉴定或辅助鉴定玉米茎腐病抗性：基因型为TT或TC的待测玉米的茎腐病抗性高于基因型为CC的待测玉米；所述SNP位点为玉米染色体上的一个位点，其核苷酸种类为T或C，为序列表中序列4的第1702位核苷酸；所述基因型为TT、CC或者TC，所述TT表示玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸为T的纯合型；所述CC表示玉米基因组中SEQ ID No.4的第1702位核苷酸为C的...
【专利技术属性】
技术研发人员：王超，化金阁，邹冰雪，李昆，郭春兰，李莹，侯文秀，黄珊珊，焦毓哲，孙振耀，张世英，陈阳，周成生，郭梅，许晶，杨楠，孙树民，卢美丽，
申请(专利权)人：北大荒垦丰种业股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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