脑胶质瘤KIAA1549-BRAF融合基因及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种脑胶质瘤KIAA1549

【技术实现步骤摘要】
脑胶质瘤KIAA1549
‑
BRAF融合基因及其应用


[0001]本专利技术属于肿瘤检测
，具体涉及脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因及其应用。

技术介绍

[0002]脑胶质瘤是一种最常见的中枢神经系统恶性肿瘤，其中多形性胶质母细胞瘤(GBM)是恶性度最高的原发性脑肿瘤，五年生存率只有5％。恶性脑胶质瘤中存在一部分具有自我更新能力、多向分化能力和极强致瘤能力的细胞，即脑胶质瘤干细胞(GSCs)。GSCs被认为是恶性脑胶质瘤复发和复发后预后较差的主要原因。通过全基因组分析发现<30％的GBM患者存在生殖系统危险，包括TP53、TERT、EGFR、CDKN2B
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AS1和RTEL1基因的多态性。在过去的十多年中，肿瘤基因组分析揭示了GBM的突变、拷贝数、基因表达和表观遗传学的改变。GSCs在体外已被证明具有自我更新能力，可分化为多种细胞谱系，形成神经球，并表达特异性的神经干细胞标志物，如
[0003]Nestin、Sox2、Prom1/CD133和Nanog等。与分化的肿瘤细胞相比，GSCs对化疗和放疗具有抵抗性和耐药性，多项研究明确显示GSCs有能力使肿瘤重新生长，并在治疗后驱动继发性肿瘤复发。
[0004]近年来，关于融合基因在肿瘤中的作用的研究备受关注。融合基因是指将编码区首尾相连的两个或多个基因，置于同一套启动子、增强子、终止子、核糖体结合序列等控制之下，构成的基因嵌合状态，是染色体重排变异的结果。目前融合基因主要分为DNA水平上的融合和RNA水平上的融合，可通过产生嵌合蛋白等多种方式，参与肿瘤的发生发展。其中RNA水平上的融合基因又称作嵌合RNA，通过“通读/拼接”或“基因融合”等形成。融合基因不仅在肿瘤的发生、发展中具有重要作用，同时靶向肿瘤融合基因的治疗同样具有重要的临床意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因及其应用。
[0006]一种脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因，所述融合基因的核苷酸序列如序列表SEQ ID No：1所示。所述融合基因为KIAA1549的第15号外显子融合到BRAF第9号外显子。
[0007]所述脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因的表达蛋白，所述表达蛋白的氨基酸序列如序列表SEQ ID No：1所示。
[0008]检测所述融合基因表达水平的物质在制备评估脑胶质瘤患者病理分期的产品中的应用。
[0009]检测所述融合基因表达水平的物质在制备评估脑胶质瘤患者病理分级的产品中的应用。
[0010]检测所述融合基因表达水平的物质在制备评估脑胶质瘤患者预后风险的产品中的应用。
[0011]优选的，检测所述融合基因KIAA1549
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BRAF的表达水平可通过逆转录
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聚合酶链反应、转录组测序技术、实时荧光定量PCR技术、Northern blot、原位杂交技术、基因芯片技术或PacBio检测技术。
[0012]所述检测融合基因表达水平的物质包括特异性扩增所述的融合基因的引物对。
[0013]所述扩增融合基因KIAA1549
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BRAF的引物对由正向引物和反向引物组成，所述正向引物和反向引物序列可分别为：
[0014]正向引物(Primer F)：5
’‑
GCGCCACTGCCAGGACCTCTGAAGG
‑3’
(SEQ ID No：3)；
[0015]反向引物(Primer R)：5
’‑
GTGTTTTCCTGAGTACTCCTAC
‑3’
(SEQ ID No：4)。
[0016]检测所述的融合基因mRNA表达水平的物质。
[0017]所述的融合基因在制备脑胶质瘤预后评估的产品中的应用。
[0018]检测所述的融合基因mRNA表达水平的物质在制备脑胶质瘤预后评估的产品中的应用。
[0019]本专利技术的有益效果：本专利技术发现了脑胶质瘤相关融合基KIAA1549
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BRAF，经过检测研究发现显示，融合基因KIAA1549
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BRAF在脑胶质瘤组织中确定存在，且是发生在RNA水平上的编码框外的基因融合。融合基因KIAA1549
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BRAF促进脑胶质瘤发生发展，影响脑胶质瘤患者的预后，对脑胶质瘤的临床诊断和治疗有重要的意义。
附图说明
[0020]图1为KIAA1549
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BRAF融合基因琼脂糖凝胶电泳检测图；
[0021]图中，1为KIAA1549
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BRAF融合基因，2为内参GAPDH基因。
[0022]图2为脑胶质瘤组织样本的RNA
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Seq结果。
[0023]图3为正常脑组织样本的RNA
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Seq结果。
具体实施方式
[0024]为了便于理解本专利技术，下面将对本专利技术进行更全面的描述。但是，本专利技术可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本专利技术的公开内容的理解更加透彻全面。
[0025]下述实施例采用的脑胶质瘤组织样本48例，正常脑组织样本5例，取自2015年1月
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2022年1月在北京大学人民医院就诊、并经手术病理证实为脑胶质瘤的病理标本。世界卫生组织根据组织学和分子特征将中枢神经系统肿瘤分为I至IV分级，本专利技术选用的48例脑胶质瘤组织样本中I级有12例，Ⅱ级有10例，Ⅲ级有14例，IV级有12例；参与本专利技术试验患者，试验均签署知情同意书，并通过医院伦理委员会批准。
[0026]实施例1
[0027]提取脑胶质瘤组织样本的RNA，每样总RNA含量为3mg，使用NEBNextUltraTMRNA Library Prep Kit for Illumina(NEB，美国)生成测序文库，并将索引代码添加到每个样品的属性序列中；mRNA采用聚T寡聚糖基连接的磁珠从总RNA中提纯出来。在高温下，在NEB第一链合成反应缓冲液；使用随机六聚体引物和MuLV逆转录酶合成第一链互补脱氧核糖核酸；随后使用脱氧核糖核酸聚合酶Ⅰ和核糖核酸酶H进行第二链cDNA合成；剩余的突出端通过核酸外切酶/聚合酶活性转化为钝端；在脱氧核糖核酸片段的30个末端腺苷酸化后，NEB
下一个接头具有发夹环结构连接以准备杂交。
[0028]用AMPure XP系统纯化文库片段。然后，使用3ml用户酶(NEB)，在聚合酶链式反应之前，在37℃下用大小选择的衔接子连接的cDNA处理15分钟，然后在95℃下处理5分钟；然后用聚合酶、通用引物和指数引物进行聚合酶链反应；最后，纯化PCR产物(AMPure XP系统)，并在安捷伦本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因，其特征在于，所述融合基因的核苷酸序列如序列表SEQ ID No：1所示。2.权利要求1所述脑胶质瘤KIAA1549
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BRAF融合基因的表达蛋白，其特征在于，所述表达蛋白的氨基酸序列如序列表SEQ ID No：1所示。3.检测权利要求1所述融合基因表达水平的物质在制备评估脑胶质瘤患者病理分期的产品中的应用。4.检测权利要求1所述融合基因表达水平的物质在制备评估脑胶质瘤患者病理分级的产品中的...

【专利技术属性】
技术研发人员：张瑞，刘松林，曹金良，
申请(专利权)人：阔然医学检验实验室上海有限公司，
类型：发明
国别省市：