预测性反应生物标志物发现方法技术

本文所述的发明专利技术提供了一种鉴定治疗方案的预测性反应生物标志物(PRB)的方法。PRB可用于鉴定治疗方案的适宜或不适宜的患者群体。于鉴定治疗方案的适宜或不适宜的患者群体。于鉴定治疗方案的适宜或不适宜的患者群体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】预测性反应生物标志物发现方法
[0001]相关申请的引用
[0002]本申请要求2020年06月19日提交的美国临时专利申请号63/041,440；2020年09月17日提交的63/079,507；和2021年04月09日提交的63/172,904的申请日权益。上述相关申请的全部内容，包括在列表和附图中的任何序列，均通过引用并入本文。

技术介绍

[0003]大部分针对疾病指征(如癌症、自身免疫性疾病或神经退行性疾病)的治疗干预措施仅对部分患者有效，而对其余患者最好是无效的(如果不是有害的话)。治疗可能无法从某种治疗中获益的患者不仅经济负担沉重(尤其是对于涉及专利创新单克隆抗体的某些昂贵治疗方案)，而且可能对正在治疗的患者造成潜在危害，更不用说失去了用其他可能有效的替代疗法治疗这些患者的机会。
[0004]因此，需要为特定治疗方案确定合适的患者群体，以最大限度地提高成功治疗的机会。

技术实现思路

[0005]本专利技术的一个方面提供了一种用于鉴定使用T/B细胞靶向免疫调节疗法治疗疾病(例如，癌症)的预测性反应生物标志物(PRB)的方法反应生物标志物，所述方法包括下述步骤：(a)在所述疾病(例如，癌症)的治疗前样品中，鉴定具有与所述疾病(例如，癌症)的匹配治疗后样品中的克隆扩增T/B细胞的TCR(T细胞受体)/BCR(B细胞受体)克隆型相同的TCR/BCR克隆型的具有反应能力的T/B细胞，其中在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T/B细胞在所述治疗后克隆扩增；和(b)生成在所述治疗前样品的所述具有反应能力的T/B细胞中上调和/或下调的基因的列表，以建立所述PRB；(c)任选地，使用逻辑回归系数对在所述PRB中的每个基因进行加权，所述逻辑回归系数通过将作为预测因子的所述的每个基因与作为结果的扩增状态和/或临床反应状态拟合而获得。
[0006]在某些实施方式中，步骤(a)包括：(1)通过在足以使T细胞靶向免疫调节化合物对所述疾病(例如，癌症)的未治疗样品的离体培养物的免疫调节作用显现的条件和时间段内将所述离体培养物内的T细胞群与所述化合物接触来生成所述匹配治疗后样品；(2)将从所述离体培养物分离、纯化或富集的单个T细胞包封到用于功能性质的单细胞分析的皮升液滴中，从而分别根据所述功能性质的存在或不存在将每个包封的单个T细胞分离到第一应答T细胞池和第二非应答T细胞池中；(3)针对在所述第一应答T细胞池和所述第二非应答T细胞池中的每个包封的单个T细胞确定TCR克隆型，从而将所述应答T细胞的TCR克隆型鉴定为在所述匹配治疗后样品中的克隆扩增T细胞的所述TCR克隆型；(4)将从所述治疗前样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到皮升液滴中以鉴定具有与在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T细胞的TCR克隆型相同的TCR克隆型的所述具有反应能力的T细胞。
[0007]在某些实施方式中，步骤(a)包括：(1)从适宜的供体获得所述疾病(例如，癌症)的所述治疗前样品和所述匹配治疗后样品，其中所述匹配治疗后样品已经在足以使所述化合
物对所述治疗后样品内的T细胞群的免疫调节作用显现的条件和时间段内与所述化合物接触；(2)将从所述治疗后样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到用于功能性质的单细胞分析的皮升液滴中，从而分别根据所述功能性质的存在或不存在将每个包封的单个T细胞分离到第一应答T细胞池和第二非应答T细胞池中；(3)针对在所述第一应答T细胞池和所述第二非应答T细胞池中的每个包封的单个T细胞确定TCR克隆型，从而将所述应答T细胞的TCR克隆型鉴定为在所述匹配治疗后样品中的克隆扩增T细胞的所述TCR克隆型；(4)将从所述治疗前样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到皮升液滴中以鉴定具有与在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T细胞的TCR克隆型相同的TCR克隆型的所述具有反应能力的T细胞。
[0008]在某些实施方式中，步骤(b)包括：(5)使用单细胞RNA测序(scRNA
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seq)来鉴定在所述治疗前样品中的所述具有反应能力的T细胞中上调的基因的所述列表，其中在所述PRB中的每个基因具有>0.2的log2倍变化，并且在<40％的在所述匹配治疗后样品中不克隆扩增的具有TCR克隆型的T细胞中表达。
[0009]在某些实施方式中，所述scRNA
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seq是使用专门对于所述化合物的作用机制设计的基因组套或者设计用于评估免疫调节的预定基因组套进行的。
[0010]在某些实施方式中，所述治疗前样品是血液样品。
[0011]在某些实施方式中，所述疾病是癌症，如实体瘤。
[0012]在某些实施方式中，所述离体培养物是从疾病组织新分离的。
[0013]在某些实施方式中，所述离体培养物是从储存的(例如，冻存的)疾病组织建立的。
[0014]在某些实施方式中，所述离体培养物是单细胞悬液。
[0015]在某些实施方式中，所述离体培养物是贴壁培养物。
[0016]在某些实施方式中，所述时间段是约12
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24hr、24
‑
36hr、36
‑
48小时、长达3天、长达4天或长达5天。
[0017]在某些实施方式中，所述条件包括：所述化合物的一系列浓度之一，和/或具有或不具有与第二治疗剂的组合。
[0018]在某些实施方式中，所述第二治疗剂包括细胞因子(例如，IL
‑
2、TNF)、TCR刺激(例如，通过CD3交联)和/或共刺激(例如，CTLA、B7、CD28等)。
[0019]在某些实施方式中，所述化合物是免疫调节抗体。
[0020]在某些实施方式中，步骤(2)通过微流控装置进行。
[0021]在某些实施方式中，所述单个T细胞是通过分离、纯化或富集特定T细胞亚群或群(如CD4
+
或CD8
+
T细胞)分离、纯化或富集的。
[0022]在某些实施方式中，所述单个T细胞是通过一般地对于T细胞进行分离、纯化或富集分离、纯化或富集的。
[0023]在某些实施方式中，所述功能性质包括：IFN
‑
γ分泌和/或激活标志物的上调。
[0024]在某些实施方式中，所述基因组套包括：针对增殖的基因(如Ki67)；针对干细胞样特性的基因(如TCF7)；针对T细胞激活的基因(如CD25、颗粒酶B、穿孔蛋白、CD28、TNF、IL2、IFNG、4
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1BB、CD38、CD69、OX
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40、GITR、IL4、IL6)；针对T细胞耗竭的基因(CD39、CTLA
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4、EOMES、PD
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1、TIGIT、2B4、LAG
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3、T
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bet、TIM3、TOX、CD160、IL
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10)；针对迁移的基因(如CD31、CD103、CXCR5、CXCR4、CCR7、CCR3、CCR4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于鉴定使用T/B细胞靶向免疫调节疗法治疗疾病(例如，癌症)的预测性反应生物标志物(PRB)的方法，所述方法包括下述步骤：(a)在所述疾病(例如，癌症)的治疗前样品中，鉴定具有与所述疾病(例如，癌症)的匹配治疗后样品中的克隆扩增T/B细胞的TCR(T细胞受体)/BCR(B细胞受体)克隆型相同的TCR/BCR克隆型的具有反应能力的T/B细胞，其中在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T/B细胞在所述治疗后克隆扩增；和(b)生成在所述治疗前样品的所述具有反应能力的T/B细胞中上调和/或下调的基因的列表，以建立所述PRB；(c)任选地，使用逻辑回归系数对在所述PRB中的每个基因进行加权，所述逻辑回归系数通过将作为预测因子的所述的每个基因与作为结果的扩增状态和/或临床反应状态拟合而获得。2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括：(1)通过在足以使T细胞靶向免疫调节化合物对所述疾病(例如，癌症)的未治疗样品的离体培养物的免疫调节作用显现的条件和时间段内将所述离体培养物内的T细胞群与所述化合物接触来生成所述匹配治疗后样品；(2)将从所述离体培养物分离、纯化或富集的单个T细胞包封到用于功能性质的单细胞分析的皮升液滴中，从而分别根据所述功能性质的存在或不存在将每个包封的单个T细胞分离到第一应答T细胞池和第二非应答T细胞池中；(3)针对在所述第一应答T细胞池和所述第二非应答T细胞池中的每个包封的单个T细胞确定TCR克隆型，从而将所述应答T细胞的TCR克隆型鉴定为在所述匹配治疗后样品中的克隆扩增T细胞的所述TCR克隆型；(4)将从所述治疗前样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到皮升液滴中以鉴定具有与在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T细胞的TCR克隆型相同的TCR克隆型的所述具有反应能力的T细胞；或者，(1)从适宜的供体获得所述疾病(例如，癌症)的所述治疗前样品和所述匹配治疗后样品，其中所述匹配治疗后样品已经在足以使所述化合物对所述治疗后样品内的T细胞群的免疫调节作用显现的条件和时间段内与所述化合物接触；(2)将从所述治疗后样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到用于功能性质的单细胞分析的皮升液滴中，从而分别根据所述功能性质的存在或不存在将每个包封的单个T细胞分离到第一应答T细胞池和第二非应答T细胞池中；(3)针对在所述第一应答T细胞池和所述第二非应答T细胞池中的每个包封的单个T细胞确定TCR克隆型，从而将所述应答T细胞的TCR克隆型鉴定为在所述匹配治疗后样品中克隆扩增T细胞的所述TCR克隆型；(4)将从所述治疗前样品中分离、纯化或富集的单个T细胞包封到皮升液滴中以鉴定具有与在所述匹配治疗后样品中所述克隆扩增T细胞的TCR克隆型相同的TCR克隆型的所述具有反应能力的T细胞。3.根据权利要求2所述的方法，其中步骤(b)包括：(5)使用单细胞RNA测序(scRNA
‑
seq)来鉴定在所述治疗前样品中的所述具有反应能力
的T细胞中上调的基因的所述列表，其中在所述PRB中的每个基因具有>0.2的log2倍变化，并且在<40％的在所述匹配治疗后样品中不克隆扩增的具有TCR克隆型的T细胞中表达；任选地，其中所述scRNA
‑
seq是使用专门对于所述化合物的作用机制设计的基因组套或者设计用于评估免疫调节的预定基因组套进行的。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其中(1)所述治疗前样品是血液样品；和/或(2)所述疾病是癌症，如实体瘤。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的方法，其中所述离体培养物是：(1)从疾病组织新分离的；(2)从储存的(例如，冻存的)疾病组织建立的；(3)单细胞悬液；和/或(4)贴壁培养物。6.根据权利要求2
‑
5中任一项所述的方法，其中：(1)所述时间段是约12
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24hr、24
‑
36hr、36
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48小时、长达3天、长达4天或长达5天；和/或(2)所述条件包括：所述化合物的一系列浓度之一，和/或具...

【专利技术属性】
技术研发人员：L，
申请(专利权)人：高诚生物医药香港有限公司，
类型：发明
国别省市：