降低或防止艰难梭菌定殖的方法技术

本公开内容的一些实施方案涉及防止和/或降低表面的艰难梭菌(C.difficile)定殖的方法。在某些实施方案中，适配体可以用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。在某些实施方案中，适配体可以用于提高杀芽孢剂的杀芽孢活性。本公开内容的一些实施方案涉及使用与艰难梭菌表面蛋白(例如位于艰难梭菌芽孢表面上的蛋白质)特异性结合的适配体。特异性结合的适配体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】降低或防止艰难梭菌定殖的方法
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年4月17日提交的美国临时申请序列号63/011,850的权益和优先权，其全部公开内容通过引用整体并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请包含随同提交的序列表，其包括具有以下大小33,824字节、创建于2021年4月16日的文件193519
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010108_ST25.txt，其内容在此通过引用并入本文。


[0005]本公开内容的一些实施方案涉及防止和/或降低表面的艰难梭菌(C.difficile)定殖的方法。本公开内容的一些实施方案涉及使用与艰难梭菌表面蛋白(例如位于艰难梭菌芽孢表面的蛋白质)特异性结合的适配体。在某些实施方案中，适配体可用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。在某些实施方案中，适配体可用于提高杀芽孢剂(sporicidal agent)(例如杀芽孢溶液)的杀芽孢活性。

技术介绍

[0006]艰难梭菌(Clostridioides difficile，也称为C.difficile，并且先前称为Clostridium difficile)是革兰氏阳性厌氧芽孢形成物，并且是重要的医院内和社区获得性致病细菌。艰难梭菌感染(C.difficile infection，CDI)是全球感染的主要原因并且发病率升高。尽管实际上肠毒素TcdA和细胞毒素TcdB这两种主要毒力因子在CDI的发生中是必不可少的，但艰难梭菌芽孢是CDI的感染以及持续和传播的主要载体并且被认为在CDI复发的发作和水平传播中发挥重要作用。

技术实现思路

[0007]本公开内容的一些方面涉及用于降低和/或防止艰难梭菌污染的方法以及用于该方法的产品和试剂盒。在一些实施方案中，提供了杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂(sporostatic agent)的试剂接触。在一些实施方案中，提供了增强杀芽孢剂针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢活性的方法，其包括使芽孢与能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。在一些实施方案中，试剂是杀芽孢剂。
[0008]在一些实施方案中，提供了用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂。在一些实施方案中，提供了用于增强针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢活性的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及杀芽孢剂和抑芽孢剂。在一些实施方案中，该试剂盒包含光源和观察镜，其用于在使位置与杀芽孢剂和/或抑芽孢剂接触之前，确定该位置处艰难梭菌的存在、不存在和/或浓度。
[0009]本公开内容的一些实施方案涉及杀伤和/或灭活位于表面上的艰难梭菌芽孢的方
法。该表面可以是位于医院或其他健康护理机构(例如照护所)中的表面。该表面可以是例如床单、医院手术服、地板、墙壁、手术台、家具等。本公开内容的一些实施方案涉及增强一种或更多种杀芽孢剂的杀芽孢活性的方法，其包括使用本文中所述的适配体。本公开内容的一些实施方案涉及降低或防止艰难梭菌在位置(例如表面)的定殖。
[0010]在一些实施方案中，99.9％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一个实施方案中，99.99％或99.999％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一些实施方案中，至少85％的芽孢不能够转化成营养细胞。
[0011]在某些实施方案中，本公开内容涉及使用一种或更多种适配体，例如一种、两种、三种或更多种能够与艰难梭菌芽孢结合的适配体以促进杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。适配体可单独和/或与杀芽孢剂组合使用。本公开内容的一些实施方案可包含使用一种或更多种如本文中所述的适配体以提高杀芽孢剂的杀芽孢活性。本文中提供了根据本公开内容的一些实施方案使用杀芽孢流体的进一步详细说明。
[0012]艰难梭菌定殖可由单一菌株构成，或者可以是菌株的混合物。
[0013]在本公开内容的一个方面中，提供了用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。
[0014]在本公开内容的一个方面中，提供了用于以下的方法：(i)检测位置处艰难梭菌的存在，以及(ii)杀伤或灭活艰难梭菌芽孢，该方法包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
[0015]在本公开内容的一个方面中，提供了用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
[0016]在本公开内容的一个方面中，提供了用于增强杀芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢作用的方法，该方法包括使艰难梭菌芽孢与一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。
[0017]在本公开内容的一个方面中，提供了用于以下的方法：(i)检测位置处艰难梭菌的存在，以及(ii)增强杀芽孢剂或抑芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢和/或抑芽孢作用，该方法包括使艰难梭菌芽孢与一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
[0018]在一些实施方案中，试剂是杀芽孢剂。
[0019]在一些实施方案中，该方法包括将一种或更多种适配体和杀芽孢剂定位在怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置处。
[0020]在一些实施方案中，该位置包含表面，并且该方法包括在一种或更多种适配体之前、基本上同时或之后，使表面与杀芽孢剂接触。
[0021]在一些实施方案中，该方法包括以下步骤：使表面与一种或更多种适配体接触预定时间，所述预定时间被配置为使得一种或更多种适配体能够与艰难梭菌芽孢结合以形成一种或更多种适配体
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芽孢复合物；以及使包含一种或更多种适配体
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芽孢复合物的表面与
杀芽孢剂接触。
[0022]在一些实施方案中，该方法包括在使表面与杀芽孢剂接触之前，确定与艰难梭菌芽孢结合的一种或更多种适配体。
[0023]在一些实施方案中，该方法还包括使表面与GH中和剂接触的步骤。
[0024]在一些实施方案中，表面是位于以下物体上的表面：例如病床、手术台、衣物、一般场所表面(例如地板、墙壁、天花板、家具外部)、特定设备表面(例如硬表面、制造设备、加工设备等)、纺织品(例如棉、羊毛、丝绸、合成织物(例如聚酯、聚烯烃和丙烯酸树脂)、纤维混合物(例如棉聚酯等))、基于木材和纤维素的系统(例如纸)、土壤、动物尸体(例如皮、肉、毛、羽毛等)。在一些实施方案中，物体可以是食品(例如水果、蔬菜、坚果、肉等)。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于杀伤或灭活艰难梭菌(Clostridioides difficile，C.difficile)芽孢的方法，其包括使所述芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。2.用于增强杀芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢作用的方法，所述方法包括使艰难梭菌芽孢与能够与艰难梭菌芽孢特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述试剂是杀芽孢剂。4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其包括将所述适配体和所述杀芽孢剂定位在怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置处。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述位置包含表面，并且所述方法包括在使所述表面与所述适配体接触之前、基本上同时或之后，使所述表面与所述杀芽孢剂接触。6.根据权利要求5所述的方法，其包括：使所述表面与所述适配体接触预定时间，所述预定时间被配置为使得所述适配体能够与所述艰难梭菌芽孢结合以形成适配体
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芽孢复合物，以及使包含所述适配体
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芽孢复合物的所述表面与所述杀芽孢剂接触。7.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其还包括使所述表面与GH中和剂接触。8.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其包括将所述艰难梭菌芽孢用包含所述适配体的组合物浸没和/或将所述芽孢浸没在所述试剂中。9.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述方法包括将所述艰难梭菌芽孢用包含所述适配体的组合物进行喷洒和/或将所述艰难梭菌芽孢用所述杀芽孢剂进行喷洒。10.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述方法包括通过布施加包含所述适配体的组合物，和/或通过布和/或擦拭物施加所述杀芽孢剂。11.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述方法在约5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃或90℃的温度下进行。12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中艰难梭菌芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中艰难梭菌蛋白包含CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.18中所示的氨基酸序列的CdeC蛋白。15.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.19中所示的氨基酸序列的CdeM蛋白。16.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.15中所示的氨基酸序列的CotA蛋白。17.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.16中所示的氨基酸序列的CotE蛋白。18.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.17中所示的氨基酸序列的CotE壳多糖酶蛋白。19.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体包含这样的适配体，其包含以下或由
以下组成：(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；或者(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列。20.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体是单链DNA适配体。21.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体包含选自以下的适配体：a)与CdeC特异性结合的适配体；b)与CdeM特异性结合的适配体，c)与CotA特异性结合的适配体，d)与CotE特异性结合的适配体；e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；以及f)(a)至(e)的任意组合。22.根据权利要求4所述的方法，其包括使所述位置与多种适配体接触，其中每种适配体能够与艰难梭菌芽孢特异性结合，其中所述多种适配体包含至少两种能够与艰难梭菌芽孢的相同表位特异性结合的适配体和/或至少两种适配体，每种适配体能够与艰难梭菌芽孢的不同表位特异性结合。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述多种适配体包含选自包含以下、基本上由以下组成或由以下组成的适配体的至少两种适配体：(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列，或者(e)(a)至(d)的任意组合。24.根据权利要求22或权利要求23所述的方法，其中所述多种适配体包含选自以下的至少两种适配体：a)与CdeC特异性结合的适配体；b)与CdeM特异性结合的适配体，c)与CotA特异性结合的适配体，d)与CotE特异性结合的适配体；e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；以及
f)(a)至(e)的任意组合。25.根据权利要求22所述的方法，其中所述多种适配体包含：包含SEQ.ID.NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；包含SEQ.ID.NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及包含SEQ.ID.NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。26.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述方法包括在使位...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗纳德，
申请(专利权)人：利夫加工有限公司，
类型：发明
国别省市：