与小麦抗条锈病基因Yr81相关的特异SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及分子标记领域，具体涉及与小麦抗条锈病基因Yr81相关的特异SNP分子标记及应用。利用本申请的KASP分子标记KP6A_1.99和KP6A_5.22的特异性引物，若同时含有两种标记目标SNP“GG

【技术实现步骤摘要】
与小麦抗条锈病基因Yr81相关的特异SNP分子标记及应用


[0001]本专利技术涉及分子标记领域，具体涉及与小麦抗条锈病基因Yr81相关的特异SNP分子标记及应用。

技术介绍

[0002]小麦条锈病是小麦生产的主要威胁，选育并推广优良抗病品种是防治小麦条锈病、保护小麦生产安全最为经济有效且环保的措施，优异的抗性来源是抗病育种的基础。目前小麦抗病品种利用所面临的突出问题是：小麦条锈病抗源较单一、匮乏；生产上大面积种植单一抗性基因的品种，使新毒性小种在寄主选择压力下很快发展为优势小种，导致品种抗病性“丧失”。利用与抗病基因连锁的分子标记培育抗病品种是控制小麦条锈病的有效措施。
[0003]SNP标记具有高密度、数量多、分布范围广、遗传稳定、易于实现高通量基因分型等优势，随着普通小麦参考基因组中国春序列的公布，在小麦全基因组范围内开发SNP位点成为可能。
[0004]KASP标记是基于SNP开发的高通量SNP分子标记。在SNP位点处设计特异2条上游引物和一条引物，上游引物需要添加荧光探针，扩增过程中荧光探针结合扩增产物末端，通过特定的激光激发显示荧光信号，对荧光信号进行检测，最后转换为基因型数据。相比于传统的SNP检测方法，如酶切引物CAPS等，KASP可以通过通用荧光探针来无差别的连接目标引物，具有准确性高、通量灵活、操作价格低、平台兼容性好的特点。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供小麦抗条锈病基因Yr81相关SNP分子标记KP6A_1.99和KP6A_5.22的特异性KASP引物对。
[0006]本专利技术的再一目的在于提供上述引物对的应用。
[0007]本专利技术的再一目的是提供鉴定小麦条锈病抗性的方法。
[0008]所述KASP分子标记KP6A_1.99的核苷酸序列为：
[0009]5’‑
TCGACAACCATTTTAGATTTCTGCAGACTGATTGTTTTGTGCCAACCAGC[A/G]AGACACCTATTGCCCAGTATCATTTAAATGATTCCATCTAGGTGGTCTGA
‑3’
，且核酸序列自5
’
端起第51位碱基是SNP位点；
[0010]KASP分子标记KP6A_5.22的核苷酸序列为5
’‑
GATCACCACCCTTGGTCGTCGCTGCCACTTGCCCGTTTGCTTTGCTTGCG[C/T]CCACACAGATATCTTGTCGCCATCCGTGACGAGCACAATCGGGCACCCAC
‑3’
,且核酸序列自5
’
端起第51位碱基是SNP位点。
[0011]SEQ ID NO:2
[0012]根据本申请的小麦抗条锈病基因Yr81连锁KASP分子标记的特异性扩增引物对，所述分子标记KP6A_1.99和KP6A_5.22，其中
[0013]所述分子KP6A_1.99的特异性扩增引物对包括以下引物：
[0014]正向序列1：
[0015]5’‑
TTGTTTTGTGCCAACCAGCA
‑3’
(SEQ ID NO:1)，
[0016]正向序列2
[0017]5’‑
TTGTTTTGTGCCAACCAGCG
‑3’
(SEQ ID NO:2)，
[0018]反向序列：
[0019]5’‑
GCTGCATCAGACCACCTAGA
‑3’
(SEQ ID NO:3)；
[0020]所述分子KP6A_5.22的特异性扩增引物对包括以下引物：
[0021]正向序列1：
[0022]5’‑
CCGTTTGCTTTGCTTGCGC
‑3’
(SEQ ID NO:4)，
[0023]5’‑
CCGTTTGCTTTGCTTGCGT
‑3’
(SEQ ID NO:5)，
[0024]反向序列：
[0025]5’‑
GAGAACTTCCCCTGTGGTGG
‑3’
(SEQ ID NO:6)。
[0026]本申请提供了上述小麦抗条锈病基因Yr81的连锁KASP分子标记的PCR特异性扩增引物，分子标记KP6A_1.99的引物包括：
[0027]正向序列1(下划线部分为荧光基团序列标签)：
[0028]5’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTGTTTTGTGCCAACCAGCA
‑3’
，
[0029]正向序列2(下划线部分为荧光基团序列标签)：
[0030]5’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTGTTTTGTGCCAACCAGCG
‑3’
，
[0031]反向序列：
[0032]5’‑
GCTGCATCAGACCACCTAGA
‑3’
；
[0033]KP6A_5.22引物：
[0034]正向序列1(下划线部分为荧光基团序列标签)：
[0035]5’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCGTTTGCTTTGCTTGCGC
‑3’
，
[0036]正向序列2(下划线部分为荧光基团序列标签)：
[0037]5’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCCGTTTGCTTTGCTTGCGT
‑3’
，
[0038]反向序列：
[0039]5’‑
GAGAACTTCCCCTGTGGTGG
‑3’
。
[0040]本专利技术提供了上述的小麦抗条锈病基因Yr81的连锁KASP分子标记在小麦辅助育种中的应用。
[0041]根据本专利技术的具体实施方式的鉴定小麦条锈病抗性的方法包括以下步骤：
[0042]S1.提取待测材料的基因组DNA；
[0043]S2.分别用分子标记KP6A_1.99和分子标记KP6A_5.22的引物组进行PCR扩增；
[0044]S3.进行分型检测；
[0045]S4.采用分子标记KP6A_1.99引物组判断目标SNP的基因型，采用分子标记KP6A_5.22引物组的判断目标SNP的基因型；
[0046]S5，将S4中两个判断结果结合，若同时含有两种标记目标SNP“GG
‑
TT”组合型，则待测小麦为候选的含有Yr81的小麦；其他情况待测小麦为候选的不含有Yr81的小麦。
[0047]本专利技术的有益效果：
[0048]通过这两个分子标记的组合使用可以预测小麦对条锈病的抗性，组合使用对小麦
抗条锈病基因Yr81实现较为准确的预测与追踪；根据分子标记及其引物可以快速、高效地应用于小麦品种改良分子辅助育种，为实现小麦抗条本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.小麦抗条锈病基因Yr81连锁KASP分子标记的特异性扩增引物对，其特征在于，所述分子标记KP6A_1.99和KP6A_5.22，其中所述分子KP6A_1.99的特异性扩增引物对包括以下引物：正向序列1：5
’‑
TTGTTTTGTGCCAACCAGCA
‑3’
，正向序列25
’‑
TTGTTTTGTGCCAACCAGCG
‑3’
，反向序列：5
’‑
GCTGCATCAGACCACCTAGA
‑3’
；所述分子KP6A_5.22的特异性扩增引物对包括以下引物：正向序列1：5
’‑
CCGTTTGCTTTGCTTGCGC
‑3’
，5
’‑
CCGTTTGCTTTGCTTGCGT
‑3’
，反向序列：5
’‑
GAGAACTTCCCCTGTGGTGG
‑3’
。2.根据权利要求1所述的小麦抗条锈病基因Yr81连锁KASP分子标记的特异性扩增引物对，其特征在于，所述分子KP6A_1.99的特异性扩增引物对的正向序列1的5
’
端连接有荧光基团序列标签：5
’‑
GAAGGTGACCAAGTTCATGCT
‑3’
，正向序列2的5
’
端连接有荧光基团序列标签：5
’‑
GAAGGTCGGAGTCAACGGATT
‑3’
。3.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈国跃，蒋云峰，张海鹏，管方念，李豪，魏育明，郑有良，江千涛，王际睿，李伟，
申请(专利权)人：四川农业大学，
类型：发明
国别省市：